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51.
玉米品种DNA指纹数据库构建的标准化规范 总被引:7,自引:0,他引:7
为了保证玉米品种DNA指纹库构建的标准化,从建库标记、检测平台、试剂、样品、评估程序、数据整合、模式库、扩展库、随机盲测等九个方面进行了全面的规范:(1)通过对不同分子标记的比较,确定SSR标记作为建库标记;(2)通过对不同DNA指纹检测方法的比较,确定毛细管电泳结合多色荧光检测方法作为DNA指纹片段分析方法;(3)规范了DNA、引物、Taq酶等试剂质量,以保证数据的稳定性和可重复性;(4)规范了样品来源、样品类型及分析样品数量;(5)确定评估品种的数量及引物的取舍标准;(6)为解决不同来源DNA指纹数据的有效整合问题,提出了固定一套核心引物、提供标准品种、提供标准DNA、确定引物等位基因BIN、规定对异常带型数据处理方式、规定数据的编码方式等6个解决策略;(7)规范了构建模式库的材料名单、来源及构建方式;(8)规范了构建扩展库的材料来源及构建方式;(9)进行数据库数据随机盲测,以评估入库数据质量.以上规范将为不同单位合作开展大规模的DNA指纹库构建研究奠定基础. 相似文献
52.
为了探究不同基因组DNA提取方法在生物学试验中适用性问题,采用5种方法提取番茄基因组DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳、微量紫外分光光度计、聚合酶链式反应(PCR)比较提取的DNA浓度、质量及适用性。结果显示,碱裂解煮沸法成本低、操作简便,但所提取的DNA浓度最低,质量最差,只适合一般PCR检测试验;SDS冰浴法和改良的CTAB法操作步骤多、程序复杂,提取的DNA浓度和质量好,通用性最强,但所用试剂具有毒性;高盐低pH法和PVP-40法操作简单,提取的DNA浓度和质量较好,具有一定的通用性,且所用试剂无毒,建议一般性的生物学试验可优先考虑这两种方法。 相似文献
53.
把铜锈环棱螺(Bellamya aeruginosa)暴露于3组不同成分的微藻悬浮液中[蓝藻组:只投喂产毒铜绿微囊藻(Microcystis aeruginosa);混合藻组:50%四尾柵藻(Scenedesmus quadricanda)+50%产毒铜绿微囊藻;对照组:只投喂四尾柵藻],用酶联免疫检测法(Enzyme-linked immuno sorbent assay,ELISA)检测藻液和螺肝组织中的藻毒素浓度。结果表明,藻液中包括藻相和水相的总微囊藻毒素(MCs)浓度分别为:蓝藻组(36.34±4.12)μg·L-1;混合藻组(18.69±2.12)μg·L-1;对照组未检出。在喂食暴露的前6h内,混合藻组和蓝藻组螺肝组织中微囊藻毒素含量持续增长,而后出现下降趋势;第12h更换藻液并将微藻浓度调整至初始值后,肝组织中MCs含量又迅速回升。同期螺肝细胞DNA损伤指标彗星尾长(TL)、彗星尾距(TM)和彗星尾部DNA百分含量(Tail DNA%)也随螺肝组织中MCs含量发生相应变化,各项DNA损伤指标均在产毒微囊藻喂食暴露6h时达到最大值,之后,各项指标值有所回落,但第12h更换藻液后,DNA损伤再次加剧。整个实验期间(24h),混合藻组和蓝藻组的DNA损伤指标均显著高于对照组,混合藻组均显著高于蓝藻组。说明铜锈环棱螺经产毒微囊藻喂食暴露后,其肝组织细胞的DNA受到损伤,且螺肝组织MCs积累越多,DNA损伤越严重。 相似文献
54.
由于西北土壤理化性质的复杂性和真菌特殊性,所以从土壤中提取真菌基因组DNA就相对细菌更困难。在2种常用的土壤微生物基因组DNA提取方法与在传统提取方法的基础上,结合了一种专门适用于真菌的提取方法进行了比较,并且利用真菌28SrDNA通用引物U1/U2进行扩增。三种提取方法比较结果表明:SDS法提取的DNA纯度最低,传统CTAB-SDS的DNA产量最低,实验室的提取方法既可以提高DNA产量又可以保证DNA的片段完整性,并且本实验室的提取方法扩增效果最好,可广泛应用于西北地区土壤真菌的分子生物学研究。 相似文献
55.
56.
为了提高瑞氏木霉(Trichoderma reesei)纤维素酶的活力,用类似基因改组的方法改造其碳源阻遏相关基因cre1。以瑞氏木霉基因组DNA为模板PCR扩增cre1基因,用DNaseⅠ消化cre1基因后,回收50-100 bp的DNA片段,用T4 DNA连接酶连接,以连接产物作为模板进行无引物PCR,并将PCR产物转入瑞氏木霉原生质体,通过测定滤纸酶活的方法筛选突变菌株,并在NCBI上比对分析突变菌株的cre1基因。结果表明,筛选获得1株纤维素滤纸酶活比出发菌株提高0.7倍的突变菌株cre2-3。cre2-3菌株在液体培养基中呈棉花状,而出发菌株呈小颗粒状,菌株cre2-3发酵液的颜色比出发菌株的更黄亮。推测cre1基因与瑞氏木霉菌株的生长代谢有关。 相似文献
57.
本文对3种常用的土壤微生物总DNA提取方法Martin法、高盐改进法及试剂盒法进行了比较,并通过DNA得率、纯度及16S rDNA V3可变区的PCR扩增结合DGGE法(denatumg gradient gel electrophoresis),分别对3种方法进行评价。结果表明,3种方法提取的DNA均能满足土壤微生物多样性分析的要求。其中试剂盒方法操作简单,提取的DNA质量较高,但DNA得率较低且成本昂贵。Martin法和高盐改进法用时较长,DNA得率较高,纯度较低,但对后续PCR扩增和DGGE分析没有明显影响,且成本低廉。 相似文献
58.
为筛选适宜贵州省栽培种植的优良品种,以Y10、ZY、Y42、QL、Y43、Y8、Y160、ZF等8个薏苡新材料为试验材料,以‘兴仁小白壳’为对照,采用SSR标记对8个材料间的亲缘关系进行了鉴定,随机区组设计进行品种比较试验。结果表明:将20对组合的SSR引物扩增结果进行聚类,遗传相似系数变化范围为0.467~0.922,供试材料间存在差异,说明这9个参试材料间各不相同;2015—2016年品种比较试验结果表明,Y10、ZY、Y42、QL、Y160与对照的产量比较均达到极显著水平,Y10 2年产量均最高,说明筛选出的Y10、ZY、Y42、QL、Y160薏苡新材料具有显著的优势,为薏苡新品种选育提供参考。 相似文献
59.
SSR指纹技术在甜、糯玉米区试中的应用 总被引:1,自引:0,他引:1
以2009年浙江省甜、糯玉米区试品种为材料,利用SSR指纹技术研究了参试品种的一致性和真实性。结果表明:除T10和T12之外,其他品种一致性均达到国家玉米区试品种纯度标准。真实性检测结果表明,糯玉米区试品种中,N2、N6、N73个品种在40个SSR位点上均无差异,并且这3个品种均与已审定的京科糯2000相似。从检测效果看,应用SSR技术进行参试品种的一致性和真实性检测非常必要,可有效防止雷同及一致性差的品种通过审定,确保品种审定的严肃性。 相似文献
60.
为探讨染色体加倍对四倍体枳橙(Citrus sinensis (L.) Osb.×Poncirus trifoliate (L.) Raf.)叶片基因组DNA甲基化修饰的影响,明确四倍体枳橙基因组DNA甲基化水平及模式的变化特征。本研究以枳橙二倍体为对照,利用MSAP分子标记技术对同源四倍体枳橙叶片基因组DNA甲基化水平及模式变化进行分析。结果表明,10对选择性扩增引物共扩增出775条条带,二倍体和同源四倍体枳橙扩增带数分别为391条和384条,对应的总甲基化率分别为31.97%(含全甲基化率16.37%,半甲基化率15.6%)和31.25%(含全甲基化率18.49%,半甲基化率12.76%);MSAP扩增条带统计表明,同源四倍体的总甲基化率变化较小,全甲基化率高于二倍体,半甲基化率较二倍体均有所降低,相比二倍体对照,四倍体枳橙叶片基因组DNA主要发生了甲基化模式的变化。 相似文献