2个甜菜夜蛾信息素结合蛋白cDNA片段的克隆和序列分析

 通过比较几种已发表夜蛾科昆虫的信息素结合蛋白（PBP）氨基酸序列，设计合成一对简并性引物, 利用反转录多聚酶链式反应（RT-PCR）技术从甜菜夜蛾(Spodoptera exigua Hübner)雄虫触角扩增得到2个分别为275 bp和281 bp的cDNA片段SexigPBP1和SexigPBP2，其分别由92个氨基酸残基和94个氨基酸残基组成。通过在GenBank中进行序列的同源性比较，表明这2个序列与已知几种昆虫的PBP氨基酸序列具较高同源性。     

猪核线粒体假基因的分布特征研究

核线粒体假基因(NUMT)是线粒体DNA插入到核基因组中的DNA片段。目前,已经发现越来越多的真核生物基因组存在线粒体假基因现象。猪线粒体假基因在核基因组中的分布尚未见报道。研究通过猪线粒体基因组全序列与核基因组全序列进行比对,由BLAST程序鉴别出132个NUMT。结果表明:这些NUMT的大小在37～4 453bp,其中90%的NUMT长度处于40～1 000 bp的范围内,NUMT与相应的线粒体DNA片段之间的同源性数值范围为66%～100%。此外,鉴定出的NUMT序列几乎涵盖了包括线粒体DNA控制区在内的全部线粒体基因组,包括30个完整的线粒体基因,分布于猪的1、4、5、7、11、13、14、15、17号染色体上,近50%的NUMT定位在14号染色体上。     

5种壁虎科动物Cyt b基因的序列分析

以红斑大壁虎、黑斑大壁虎、蹼趾壁虎和中国石龙子为材料,采用改进的SDS/蛋白酶K裂解法提取DNA,用特异引物进行PCR扩增线粒体Cyt b基因部分序列,PCR产物经纯化后,进行序列测序。用邻接法和最大简约法构建了其系统发育关系,结果显示红斑大壁虎和黑斑大壁虎首先聚在一起,再先后与同为壁虎属的蹼趾壁虎和白脊壁虎相聚,然后与同为壁虎科的沙虎相聚,最后与石龙子科的中国石龙子相聚。     

与Mi相关的抗蚜基因的引物设计

通过NCBI等生物信息数据库搜索出与此抗蚜相关的Mi-1.1、Mi-1.2的基因组DNA序列[(Mi-1.1(CS025317 3768 bp,DNA和Mi-1.2(CS025319,3774bp,DNA)],采用Primer Premier生物信息学软件设计出Mi-1.1、Mi-1.2基因组DNA的PCR扩增引物,采用Oligo对引物进行分析,并得到:Mi-1.1的上下游引物分别是5'-AAATACTGTGGTTGCGTGAA-3'(Seq No:3347)和3'-GGGTGCTCGAAGTCTAGG-5'(Seq No:3736);Mi-1.2的上下游引物分别是5'-TAAAGTTGCGAGTGCTGT-3'(Seq No:2996)和3'-TGTTAGTAGGTCCCTCTT-5'(SeqNo:3462)。为抗蚜育种研究和PCR扩增提供条件。     

StSRK2E-like基因的序列分析及表达载体构建

SnRK2作为脱落酸(abscisic acid,ABA)信号转导途径的关键因子,对应答非生物胁迫防御机制的形成具有重要作用。为验证马铃薯SnRK2s的功能,本试验以‘青薯9号’为材料,利用RT-PCR对SnRK2家族中的StSRK2E-like基因进行克隆。序列分析显示,该基因CDS序列为1089 bp,编码蛋白全长为362 aa,相对分子质量为41.06 kD,脂溶指数为89.67,亲水指数为-0.321,为亲水性蛋白;进化分析显示该基因与番茄中同源基因的亲缘关系最近,相似性高达98.44%;该基因上游2000 bp启动子序列中除了含有TATA-box和CAAT-box核心元件,还含有干旱相关元件(MBS)及激素响应元件(TCA-element,ABRE,TGA-element),推测该基因参与干旱和激素胁迫应答。用RT-qPCR定量检测不同干旱胁迫时间下马铃薯根、茎和叶中StSRK2E-like基因表达水平。结果显示:StSRK2E-like基因在胁迫处理下的表达量显著低于对照,该结果表示该基因对干旱胁迫敏感;且随胁迫时间增加,对照组茎和叶中StSRK2E-like基因的表达量下调显著,胁迫组叶中下调显著(P<0.05),推测该基因在马铃薯抵御干旱胁迫过程中扮演着重要角色。StSRK2E-like基因的具体功能需要进一步研究。本试验成功构建pJAM1502-StSRK2E-like表达载体,为后续进行StSRK2E-like基因的功能验证提供试验基础。     

猪细小病毒河南分离株全基因组克隆及序列分析

[目的]进一步了解河南地区猪细小病毒(PPV)的变异特点.[方法]利用PCR方法,对河南郑州、周口、济源等地采集的疑似PPV感染的病料进行检测.PCR检测为阳性的病料经处理后,同步接种猪睾丸细胞盲传6代,对4株PPV全基因组进行分段克隆及测序,并与GenBank登录的国内外PPV流行株全基因组进行比较.[结果]获得的4株PPV全基因组序列全长均为4679 bp.4个毒株之间的核苷酸同源性介于99.6％ ～99.8％,与其他毒株间核苷酸同源性为98％～100％,遗传进化较为稳定.[结论]为PPV在河南地区分子流行病学调查及遗传变异分析奠定了基础.     

结缕草属植物种间关系和遗传多样性的SSR标记分析

利用SSR分子标记技术对结缕草属(Zoysia Willd.)5种、1变种共96份种质材料进行遗传多样性分析,结果表明:(1)结缕草属种质间存在丰富的遗传多样性,29对SSR引物共扩增出282条清晰谱带,其中多态性条带272条,多态性比率(PPB)为96.45%,Nei’s基因多样性指数(H)为0.2203,Shannon信息指数(I)为0.3504。(2)应用Nei—Li相似系数法估算了96份材料间的遗传相似系数(GS),范围在0.5922~0.9362,平均为0.7811,在不同种之间,结缕草(Z.japonica Steud.)与中华结缕草(Z.sinica Hance.)、沟叶结缕草(Z.matrella(L.)Merr.)与细叶结缕草(Z.tenuifloia Willd.ex Trin.)中的遗传相似系数较高,大穗结缕草(Z.macrostachya Franch.)Z010、长花结缕草(Z.sinica var.nipponica)Z122与其它结缕草的遗传相似系数均相对较低。结缕草、中华结缕草和沟叶结缕草的种内遗传变异较大,GS分别为0.5922~0.9362,0.6879~0.9078和0.6738~0.8582。(3)通过分子系统聚类法,将96份种源分为6个大类群,其中第一大类主要包括结缕草、中华结缕草和少量沟叶结缕草,占所有材料的90.6%。沟叶结缕草和细叶结缕草聚成一小类,大穗结缕草Z010、长花结缕草Z122、沟叶结缕草(Z.matrella)Z095和结缕草(Z.japonica)Z115聚为一类。从亚群来看,基本上结缕草与中华结缕草交叉相聚,沟叶结缕草与细叶结缕草交叉相聚,沟叶结缕草与结缕草、中华结缕草也有交叉聚类现象。本研究明确了结缕草属植物不同种质间亲缘关系及遗传多样性、部分种质的种类归属,还为其进一步研究与利用提供了分子水平的依据。     

新疆小西葫芦黄化花叶病毒的分子鉴定与序列分析

在新疆石河子地区采集具有黄化、花叶和疱斑等症状的多种葫芦科作物,分别提取总RNA,利用小西葫芦黄化花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus,ZYMV)特异性引物进行RT-PCR扩增,其中来自黄瓜、甜瓜和丝瓜的模板RNA上可以得到1185bp片段。将扩增得到的片段克隆到pMD18-T上,序列分析结果表明:该片段含有1185个核苷酸,包含完整CP基因。与ZYMV Florida分离物、California、韩国KR-PA分离物、新加坡S及中国北京CH-BJ等GenBank报道的7个不同地域、不同种寄主植物上的分离物序列进行同源性分析的结果显示:ZYMV新疆分离物的CP基因核苷酸与其它11种ZYMV分离物的同源性高达99.42%,氨基酸序列同源性高达98.48%;新疆5个来源于不同寄主植物的ZYMV,不存在明显的遗传变异性,同源性高达97%,而与北京CH-BJ,Reunion和Singapore分离物相比存在较大差异,说明ZYMV地域的相关性要大于寄主上相关性。     

水貂株犬瘟热病毒融合蛋白基因的克隆与序列分析

以犬瘟热病毒水貂分离株RNA为模板,经RT-PCR反应,扩增出融合蛋白基因的1053bp DNA片段,通过T-A克隆技术,成功构建克隆载体PMD-18T/F。序列分析表明:分离株与01-2689株、2544-Han95株、A75-17株、DOGDK91C株、00-2601株、ONP株、PDV-2株核苷酸序列同源性分别为94.3%、93.5%、94.4%、93.6%9、5.3%、97.3%和94.5%;氨基酸序列同源性分别为97.2%、96.6%、97.4%、97.4%、97.4%、97.2%和98.0%。抗原指数分析表明分离株与疫苗ONP株、强毒A75-17株在40-50位氨基酸间存在明显差异。