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171.
用绵羊睾丸细胞培养山羊痘病毒疫苗株G14-STV44-55,提取其基因组为模板,设计TK基因的特异性引物并进行PCR扩增,获得了2405bp的DNA片段,并将PCR产物克隆至pGEM-TEasy载体。酶切鉴定、PCR鉴定和测序结果表明,成功获得了TK基因,获得的TK基因内存在唯一的ACC65I酶切位点和3′末端早期转录终止信号TTTTTN(T)T。核苷酸和氨基酸同源性分析表明,弱毒疫苗株G14-STV44-55TK基因与基因Bank中发表的13个参考毒株的同源性在96%和95%以上,说明羊痘病毒TK基因具有高度的保守性。 相似文献
172.
173.
在电子克隆的基础上,利用RT-PCR方法克隆了家蚕的同源基因BmSlc35b3(GenBank登录号:GU244352)。生物信息学分析结果显示,该基因编码区长1128bp,包含5个外显子,由基因推定的蛋白质由375个氨基酸组成,内有9个跨膜结构域,8个N-糖基化位点,与家蚕溶质运载蛋白家族B3(ABD36159)有4个氨基酸的差异,与赤拟谷道(EFA00972)、金小蜂(XP_001601459)、致倦库蚊(EDS30138)、疟蚊(EAA11308)等的同源性均在70%以上。RT-PCR对BmSlc35b3基因在五龄3d家蚕幼虫9种组织中的表达进行检测,结果表明,其在中肠和精巢中表达,在其他组织中不表达。 相似文献
174.
刘晓柱 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2010,36(4):388-391
以烟草WS38为材料,根据GenBank中登录的烟草生长素结合蛋白(ABP1)氨基酸序列设计引物,通过RT-PCR克隆了烟草WS38ABP1基因cDNA分子编码区,序列全长为564bp,可编码1条188个氨基酸的多肽.利用ClustalX软件对该序列翻译获得的多肽序列与报道的烟草生长素结合蛋白氨基酸序列比较,两者同源性为98.4%,存在2个氨基酸的差异,但差异氨基酸对ABP1结构和功能影响微弱.认为克隆的cDNA序列即为烟草WS38ABP1cDNA,不同品种烟草ABP1基因存在的核苷酸单位点多态性(SNP)造成了两者氨基酸序列的差异. 相似文献
175.
176.
177.
苹果bZIP转录因子家族生物信息学分析及其在休眠芽中的表达 总被引:1,自引:1,他引:0
【目的】鉴定苹果(Malus×domestica Borkh.)基因组上的bZIP基因(MdbZIP),为研究苹果bZIP转录因子提供相关信息以及在芽休眠过程中的调控作用提供理论参考。【方法】通过Pfam下载bZIP隐马尔科夫模型bZIP_1(PF00170)与bZIP_2(PF07716),利用HMMER 3.0鉴定苹果bZIP基因。使用Clustal Omega、MEGA6.0、MapInspect、DNAMAN 6.0和MEME4.10.2等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用Microarray分析与qRT-PCR技术检测苹果bZIP基因在不同处理下及其在高需冷量品种与低需冷量品种中的表达情况。【结果】鉴定得到120个苹果bZIP基因,与拟南芥的系统进化树分析将苹果bZIP分为10个亚家族(A-I和S)。染色体定位分析显示,109个苹果bZIP不均匀分布于17条染色体上,其中,11个基因无匹配的染色体定位。8号染色体上分布最多(13个),1号染色体分布最少(1个),一些染色体区域基因密度较高。基因结构分析表明,MdbZIP基因家族外显子数量0-23个,其中23个基因无内含子,分布于F亚家族(4)与S亚家族(19),基因结构进化高度保守。保守元件分析表明,MdbZIP基因家族包含30个保守元件:元件1为bZIP保守结构域;在D亚家族发现的元件10与G亚家族发现的14为已知元件,另外多数元件功能未知。通过Microarray分析显示,多个MdbZIP均可能与芽休眠的解除相关。qRT-PCR结果显示在不同品种中A亚家族8个MdbZIP均呈现出ABA诱导表达,而D亚家族中随着冷处理时间延长,在需冷量不同的品种中出现多种表达模式。【结论】苹果bZIP基因家族结构高度保守,在ABA与冷处理下呈现不同表达模式,可能参与调控苹果芽休眠进程。 相似文献
178.
179.
[ABSTRACT] AIM: To clone and analyze the heme oxygenase-1 (HO-1) gene from Ochotona curzoniae (plateau pika). METHODS: The cDNA of HO-1 was cloned by RT-PCR and rapid amplication of cDNA ends (RACE) from the liver of Ochotona curzoniae. The bioinformatic analysis of HO-1 gene was performed. RESULTS: The cDNA of HO-1 gene in Ochotona curzoniae was obtained. The data of the sequence was deposited into GenBank and the accession number is JX035934. The full length of cDNA was 1 466 bp, including 873 bp encoding sequence (290 amino acids). Homology comparison showed that the DNA sequence of the HO-1 gene was highly homologous with Oryctolagus cuniculus (89%), Homo sapiens (87%), Bos taurus (85%), Mus musculus (79%), Rattus norvegicus (84%), Sus scrofa (85%) and Equus caballus (85%), and the amino acid sequence of HO-1 was identified with the homology of 89%, 85%, 84%, 80%, 79%, 82% and 67%, respectively. Phylogenetic analysis suggested that the structure of HO-1 was highly similar to that in Oryctolagus cuniculus. CONCLUSION: The HO-1 gene of Ochotona curzoniae was successfully cloned and provides essential information for elucidating the possible roles of HO-1 in adapting of Ochotona curzoniae to extremely high altitude. 相似文献
180.
番鸭源小鹅瘟病毒PT株VP基因的克隆与序列分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为了获得番鸭(Cairina moschata)源小鹅瘟病毒(Goose parvovirus,GPV)结构蛋白VP基因的相关信息,根据国内外已发表鹅源GPV与番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV)全基因序列,应用DNAStar分子生物学软件设计一对引物,应用高保真PCR技术扩增番鸭源小鹅瘟病毒PT株(GPV PT株)VP全基因序列.将扩增得到的VP全基因克隆到pMD 18-T载体上,获得的重组质粒经PCR鉴定后进行序列测定.结果表明,PT株VP全基因大小为2 199 bp,编码732个氨基酸(GenBank登录号:JF926695),与番鸭源小鹅瘟病毒GPV DY株核苷酸及其推导氨基酸同源性分别为98.8%和98.8%,高于鹅源GPV与MDPV参考毒株.在国内外首次发现番鸭源GPV VP基因VP1独特区具有MDPV核苷酸序列特征,而VP2基因具有鹅源GPV核苷酸序列特征.本研究从番鸭源GPV PT株成功克隆到结构蛋白全基因序列,为深入研究番鸭源GPV的起源及水禽细小病毒遗传衍化提供参考. 相似文献