芒果 ANS 基因的克隆及其序列分析

为了研究芒果果实中ANS基因的功能。利用同源克隆方法从芒果果实中克隆得到了一个ANS基因,该基因的cDNA长度为1252 bp,开放阅读框的长度为1056 bp,编码351个氨基酸。通过系统发育分析,发现该基因编码的蛋白与荔枝、葡萄、可可豆、桑树等聚在一类。通过序列对比分析表明,已经成功得到芒果ANS基因,并对其生物信息进行了分析,为下一步芒果ANS基因的功能研究打下了基础。     

大鲵泛素结合酶cgsUBE2L3基因克隆及其在免疫应答中的表达分析

[目的]研究泛素结合酶UBE2L3基因在大鲵免疫应答过程中的作用。[方法]克隆大鲵泛素结合酶基因(cgsUBE2L3),进行相关生物信息学分析,并通过qRT-PCR对其组织分布及免疫刺激下的表达谱进行分析。[结果]成功克隆了cgsUBE2L3基因,该基因全长包含一个462 bp的开放阅读框,编码154个氨基酸,预计蛋白分子量为21.2 ku;cgsUBE2L3氨基酸序列保守性很高,与非洲爪蟾的同源性高达97.4%;此外,qRT-PCR结果显示,cgsUBE2L3基因在大鲵组织中广泛分布,且被LPS感染的大鲵多个免疫组织中cgsUBE2L3的mRNA水平均发生了明显变化。[结论]cgsUBE2L3基因具有高度保守的结构特征,其组织分布具有特异性且参与大鲵抵抗LPS刺激的免疫应答。     

广东省狂犬病病毒分离株N基因的序列分析

[目的]确定广东地区狂犬病毒流行毒株,更好地防控狂犬病。[方法]对2009年从广东省各地采集的犬脑和对应唾液腺进行直接免疫荧光和巢式RT-PCR检测,并通过颅内接种乳鼠进一步鉴定毒株。PCR扩增分离株的N基因,测定其核苷酸序列,并将其与广西地区的流行毒株和疫苗株进行了比对。[结果]分离到2株狂犬病毒毒株,其N基因序列与广西分离到的病毒具有极高的相似性（97.9%～99.4%）,与狂犬病毒疫苗株的相似性为87.7%～88.1%。[结论]外表健康犬只可能携带狂犬病毒,且狂犬病毒的流行存在明显的地域差异。     

杆状病毒泛素蛋白的序列及分子进化分析

[目的]分析杆状病毒泛素蛋白的序列特征和分子进化。[方法]运用ClustalW软件进行序列多重联配分析,采用临近法（NJ）和最大简约法（MP）构建系统进化树。[结果]昆虫杆状病毒泛素与真核生物泛素的一致性为73%～86%,差异体现在氨基酸15～32和53～57的序列上,其他序列高度保守。在真核生物泛素蛋白序列中,许多功能性的氨基酸残基在昆虫杆状病毒泛素蛋白序列中也存在。系统进化分析将昆虫杆状病毒和真核生物泛素蛋白大致分为3个亚家族,即GV族、I族和II族。杆状病毒泛素基因采取负选择的进化方式,在长期的进化过程中,其氨基酸序列倾向于逐渐被固定下来,达功能和结构上的稳定。[结论]分析杆状病毒泛素的序列特征和分子进化,为进一步研究其生物学功能提供参考。     

高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段的克隆和序列分析（摘要）

[目的]为高体革鯻的遗传资源、物种间的亲缘关系和系统进化等研究提供一定的生物学依据。[方法]采用PCR扩增和序列测定等技术,对高体革鯻线粒体DNA16S rRNA和COI基因片段进行初步研究。[结果]经PCR扩增和测序,分别得到16SrRNA和COI基因片段的碱基序列,其中16SrRNA基因片段的大小为791bp,碱基A、T、G、C的含量分别为31.6%、21.4%、20.4%和26.7%;COI基因片段的大小为631bp,碱基A、T、G、C含量分别为27.7%、23.6%、29.8%和18.9%。在这2个基因片段中,GC含量均低于AT含量,AT/GC分别为1.13和1.05。[结论]通过对高体革鯻16SrRNA和COI2个基因片段遗传特征的研究,发现其种内变异比较低,在3个样本中16SrRNA基因片段序列完全一样,COI基因片段也完全一样,说明高体革鯻的这2个基因都非常保守。     

不同寄主植物上茶黄硬蓟马mtDNACOⅠ序列分析

采用线粒体DNACOⅠ基因片段作为分子标记,对11个不同寄主上的茶黄硬蓟马(Scirtothrips dorsalis Hood)进行系统发育研究,获得655bp的线粒体DNACOⅠ基因片段。序列分析结果表明,不同寄主上茶黄硬蓟马mtDNACOⅠ的遗传距离在0~0.046之间,平均遗传距离为0.012。其中遗传距离最大的是木棉,遗传距离为0.046;杧果、荔枝、鳄梨、番荔枝、龙眼、咖啡无差异,遗传距离为0。基于COⅠ构建的11种寄主上茶黄硬蓟马之间的系统发育MP树显示:杧果、荔枝、鳄梨、番荔枝、龙眼、咖啡、花生、茶树紧密的聚合在一起;辣椒、台湾相思、木棉各为一支。     

植物黄烷酮3-羟化酶的生物信息学分析

研究黄烷酮3-羟化酶家族的酶学特性,为黄酮类化合物生物合成的分子机理提供理论依据。对NCBI已注册的12个植物F3H的核酸和氨基酸序列进行生物信息学方法分析,对其组成成分、理化性质、亚细胞定位、跨膜结构、分子进化、蛋白质二级结构和结构域进行预测和推断。结果得出,F3H蛋白是定位于细胞基质,无信号肽的非分泌型蛋白,α-螺旋和不规则卷曲是蛋白质二级结构中量最多的结构元件,伸展片段散布于整个蛋白质中。     

家蚕糖转运蛋白基因BmST3的克隆及序列分析与表达研究

糖转运蛋白在家蚕体内糖类化合物的转运与代谢过程中发挥重要作用。在电子克隆的基础上,通过RT-PCR方法克隆了家蚕糖转运蛋白基因BmST3(GenBank登录号:GQ871756)。生物信息学分析结果显示,该基因位于家蚕27号染色体,开放阅读框(ORF)长1434bp,编码477个氨基酸,预测蛋白有典型的Sugar_tr结构域和12个疏水的跨膜结构域,与埃及伊蚊、致倦库蚊、冈比亚按蚊、赤拟谷盗登录号分别为EAT47626、EDS35465、EAA11457、EFA05337的同源蛋白相似性均在60%以上。RT-PCR检测和基因芯片信号值分析结果显示,BmST3基因的表达具有组织特异性,在家蚕5龄第3天幼虫的9种组织中,主要在马氏管中大量表达,推测其可能在马氏管细胞膜内外物质的跨膜转运中发挥作用。     

橡实象虫及其近缘种基于线粒体DNA COⅡ基因的分子系统学研究

橡实象虫(Curculio arakawai)是危害柞树果实(橡实)和嫩芽的主要害虫。基于探索害虫的系统发育和遗传进化机制的目的,以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)编码的细胞色素氧化酶Ⅱ(cytochrome oxidaseⅡ,COⅡ)基因作为分子标记,对橡实象虫及10个近缘种昆虫进行分子系统学研究。序列分析表明:橡实象虫及10个近缘种的mtDNA COⅡ基因序列全长687bp(不同橡实象虫样本获得的目的基因在GenBank的登录号包括GU945544、GU945545、GU945546),共编码228个氨基酸;mtDNA COⅡ基因表现出明显的A+T含量偏向性,密码子不同位点碱基的使用也存在明显的A+T含量偏向性,mtD-NA COⅡ基因的碱基颠换数总体上高于转换数,颠换主要发生在A←→T间,转换主要发生在T←→C间。遗传变异分析表明,橡实象虫及10个近缘种的核苷酸多态性位点百分率为39.7%,氨基酸突变率为30.3%。分别采用UPGMA法、NJ法和MP法构建橡实象虫及10个近缘种间的COⅡ基因系统进化树,各物种间的拓扑关系虽然稍有差异,但系统进化关系却完全一致,即物种间分别以所在的属聚在一起,形成Curculio、Ceutorhynchus和Peritelus3个属群,其中Curculio属和Ceutorhynchus属的系统进化关系较近,二者聚在一起形成一大支,而Peritelus属单独形成一支。     

日本血吸虫谷胱甘肽硫转移酶原核表达载体的构建及序列分析

为构建带有组氨酸标签(his-tag)的日本血吸虫谷胱甘肽硫转移酶(sjGST)表达载体。以载有sjGST基因的载体PGEX-KG为模板,PCR扩增sjGST基因,并在进行酶切和基因测序后将其克隆到pET28a载体上。运用生物学软件与具有代表性的血吸虫GST基因进行比对并对可能的表达产物进行分析。结果表明,PCR产物与3种sjGST基因有99%的同源性。重组载体构建成功。