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[目的] 检测隆林猪的全基因组拷贝数变异。[方法] 采集33头隆林猪的耳组织样本,通过酚-氯仿法提取DNA后,使用猪中芯一号50K SNP芯片进行基因分型,得到的原始数据通过Genomestudio软件和Linux系统进行处理,使用CNVPartition和PennCNV软件分别检测拷贝数变异(copy number variation,CNV),并利用Bedtools软件将CNV合并为拷贝数变异区域(copy number variation region,CNVR),使用Biomart对CNVR进行基因定位,利用David网站对定位到的基因进行GO和KEGG富集分析,使用猪QTL数据库对共同CNVR进行QTL注释。[结果] CNVPartition软件共检测到260个CNVs,合并为47个CNVRs,其中缺失型40个、获得型5个、混合型2个,共定位到84个基因,显著富集到13条信号通路;PennCNV软件共检测到96个CNVs,合并为15个CNVRs,其中缺失型9个、获得型1个、混合型5个,共定位到8个基因,显著富集到8条信号通路;2个软件检测结果定位到的基因主要富集在嗅觉相关通路和G-蛋白偶联相关通路中,其中INPP5B、NEURL1和GAPDHS基因显著富集到精子活力通路;2个软件获得了3个共同CNVRs,其中缺失型、获得型和混合型均为1个,共定位到8个基因,显著富集到涉及嗅觉感官知觉的化学刺激检测通路、嗅觉受体活性通路、嗅觉转导通路、G-蛋白偶联受体活性通路、G-蛋白偶联受体信号通路、膜整体组件通路和质膜通路共7条信号通路;共有130个QTLs与3个共同CNVRs重叠,其中与背膘厚、肉质和乳头数相关的QTLs分别有11、9和6个。[结论] 隆林猪CNV可能与嗅觉功能、繁殖性能、背膘厚、肉质和乳头数性状相关。 相似文献
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以‘燕昌’板栗为试材,研究了经180d冷藏的板栗出库前分别用50%CO2和纯N2冲击处理对板栗货架期品质的影响。结果表明:50%CO2和纯N2处理对板栗货架期内糖代谢有显著影响,对蛋白质代谢影响不大。50%CO2处理5d以及纯N2处理5d和10d有利于板栗淀粉的保存。50%CO2处理可明显降低板栗的发芽率和腐烂率,货架期结束时,冲击处理5d和10d的板栗发芽率分别为2.07%和3.65%,显著低于对照(18.06%),腐烂率均为2.67%,显著低于对照(5.33%),而纯N2处理则显著促进板栗发芽,且不能有效控制腐烂的发生。研究证明:50%CO2冲击处理5d既能使板栗保持较好的货架期品质,又能显著抑制发芽及腐烂。 相似文献
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扭角羚肺炎克雷伯氏菌的分离鉴定 总被引:1,自引:0,他引:1
本试验旨在报告四川省野生扭角羚自然生存过程中致病性细菌的检测及生物学特征。试验对发病死亡扭角羚病变组织进行细菌学检查及分离,对分别从肝脏、脾脏和肺脏分离得到的4株优势菌进行形态特征、生化特性和16SrDNA分子鉴定,判定为肺炎克雷伯氏菌。这4株菌对供试小白鼠均有致病性。测其LD50,分别为2.9×107、2.9×107、4.5×107和1.1×108 CFU/只。4株分离菌对供试的先锋霉素等敏感,对阿米卡星等中度敏感,对红霉素等耐药。推测这4株肺炎克雷伯氏菌是导致扭角羚死亡的主要病原菌。 相似文献
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Yimei Cao Zengjun Lu Dong Li Pengju Fan Pu Sun Huifang Bao Yuanfang Fu Pinghua Li Xingwen Bai Yingli Chen Baoxia Xie Zaixin Liu 《Veterinary microbiology》2014,168(2-4):294-301
Epitope-based vaccines are always questioned for their cross-protection against the antigenically variable foot-and-mouth disease virus (FMDV). In this study, we proved the cross-protection effect of a multi-epitope vaccine incorporated with poly(I:C) against three topotypes of O type FMDV. A total of 45 naïve pigs were vaccinated with different doses of multi-epitope protein vaccine incorporated with poly(I:C). At 28 days post-vaccination, 45 vaccinated and 6 unvaccinated control pigs (two pigs for each group) were challenged with three topotypes of virulent O type FMDV, namely, O/Mya/98 (Southeast Asia topotype), O/HN/CHA/93 (Cathay topotype) and O/Tibet/CHA/99 (PanAsia topotype) strains. All unvaccinated pigs developed generalised FMD clinical signs. Results showed that all pigs (n = 15) conferred complete protection against the O/Mya/98 and O/HN/CHA/93 FMDV strains, 11 of which were protected against the O/Tibet/CHA/99 FMDV strain. The 50% protective dose values of the vaccine against the O/Mya/98, O/HN/CHA/93 and O/Tibet/CHA/99 FMDV strains were 15.59, 15.59 and 7.05, respectively. Contact challenge experiment showed that transmission occurred from the donors to the unvaccinated but not to vaccinated pigs. These results showed that vaccination with multi-epitope protein vaccine incorporated with poly(I:C) can efficiently prevent FMD in pigs. 相似文献
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为了解猪轮状病毒(PoRV)在MARC-145细胞系上的培养特性及增殖规律,本试验利用MARC-145细胞,从四川仔猪腹泻样品中分离到1株PoRV,并通过PCR检测、病毒理化实验与微量中和实验证实,命名为SC-R株。用含不同浓度胰酶营养液培养SC-R株48h后,分别收集病毒液进行定量分析;同时,以SC-R分离株感染MARC-145细胞,在感染后不同时间分别收集感染病毒液,利用PoRV荧光定量检测方法对不同样品中病毒RNA进行定量分析,绘制PoRV生长曲线。结果表明,用含3%胰酶营养液培养的细胞液中PoRV的RNA含量明显高于其他组;-步生长曲线显示细胞外病毒RNA含量呈“s型”曲线增长,感染后0~8h为潜伏期,病毒RNA含量维持在较低水平;8~36h为突破期,病毒RNA含量呈对数增长;感染48h增长速度减缓,维持在较高水平,逐步进入稳定期。胰酶可增加PoRV对细胞的感染性,3%是本试验最为适用的胰酶浓度;PoRV感染MARC-145后在细胞内增殖并逐步释到细胞外。 相似文献
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