亚洲百合DNA的提取及RAPD-PCR反应体系的优化

为了促进亚洲百合分子水平的研究,以亚洲百合幼嫩叶片为材料,采用改良CTAB法提取亚洲百合基因组DNA,得到的DNA质量较高,适合于RAPD -PCR分析。通过单因素优化得到在25μl反应体系中,亚洲百合RAPD 分析的最佳反应体系：160μmol/ L dNTPs,0.3μmol/L随机引物,Taq DNA聚合酶1.5U,Mg2＋浓度2.0mmol/L。     

北五味子RAPD-PCR反应条件优化

以采自吉林省汪清地区野生北五味子叶片为材料,提取其基因组DNA,并以此为模板进行北五味子RAPD—PCR反应条件的优化．结果表明,PCR反应混合液为：25μLPCR反应体系中加入20ng模板DNA,200μmol／LdNTPs,0．3μmol／L引物,2．0mmol／LMg^2＋,1UTaqDNA聚合酶,2．5μL 10×Buffer;PCR反应程序为：94℃预变性5min后,在94℃变性1rain,40℃退火1min,72℃延伸2min,共40个循环后,在72℃下最后延伸5min时,在不同引物中均扩增出清晰而稳定的DNA电泳谱带．     

抗生素诱导下的农杆菌耐药性及RAPD分析

用头孢噻肟、亚胺培南和关罗培南等抗生素对农杆菌EHA101、LBA4404和GV3101进行诱导,检测其对诱导后3种农杆菌的最小抑菌浓度(MIC)、最小杀菌浓度(MBC)和耐药性变化.结果表明,3种农杆菌在含一定浓度抗生素的培养基上培养12～18 d后.表现出MIC和MBC值的增加.经耐药性标准鉴定,达到中度敏感或耐药.对筛选到的耐药菌株基因组进行RAPD-PCR随机扩增,探讨其基因组DNA多态性是否存在差异.结果RAPD-PCR扩增产生的条带多态性发生变化,出现特异性条带的增加和缺失.所筛选到的特异性片段的产生和缺失可能与农杆菌耐药性产生相关.     

甘草RAPD-PCR反应体系正交优化研究(英文)

[目的]建立一套适合甘草分子学研究的RAPD-PCR反应体系。[方法]以甘草种质为试材,采用正交试验法设计,对影响RAPD-PCR扩增的主要因素dNTPs、引物、Taq酶和DNA模板进行优化筛选。[结果]总体积25μl的甘草RAPD-PCR最佳反应体系为:10×PCR缓冲液(含MgCl2)2.5μl,10mmol/LdNTPs2.5μl,50ng DNA2μl,10μmol/L引物2μl,5UTaq酶0.4μl。对引物的退火温度进行了梯度筛选,34℃时扩增效果较好。[结论]进行甘草RAPD-PCR反应体系的正交优化非常有效。     

海南假臭草地理群遗传多样性RAPD分析

对海南省18个市(县)的假臭草地理种群进行RAPD-PCR聚类分析,将海南假臭草地理群分为5个类群:其中澄迈、海口、文昌、临高、儋州、昌江为一类群,东方、乐东、三亚、保亭、五指山、琼海、万宁、陵水、定安为一类群,屯昌、白沙、琼中各为一个类群。通过NTsys-pc2.10数据处理,分析各假臭草地理群的遗传相似系数,其遗传相似系数范围在0.539 682 5~0.904 761 9之间,说明快速进化是假臭草生物入侵的一种手段。     

彩色甜椒基因组DNA提取方法的优化

以不同颜色的甜椒为试验材料．采用CTAB法、SDS法、ROSE法和氯化苄法提取彩色甜椒基因组DNA。结果表明,CTAB法所提取DNA的质量和纯度较高,以此DNA为模板进行RAPD—PCR分析,DNA扩增效果较好,带形清晰、整齐,说明CTAB法提取的DNA较为完整,能用作RAPD—PCR模板来开展彩色甜椒分子水平的研究。     

苦瓜枯萎病菌的鉴定及其遗传多样性分析

 对分离获得的32株苦瓜枯萎病菌菌株进行形态学特征和寄主专化型测定, 结果表明, 测试的苦瓜枯萎病菌株均为尖孢镰刀菌苦瓜专化型 (Fusarium oxysporum f. sp. momordicae), 这些菌株可以侵染苦瓜和瓠瓜幼苗, 但不侵染其他葫芦科瓜类作物。对苦瓜枯萎病菌菌株的rDNA-ITS区 (ITS1、5.8S和ITS2)序列进行扩增测序, 结果显示其序列长度均为456 bp;聚类分析表明测序菌株与镰刀菌属中尖孢镰刀菌不同专化型的菌株聚为一群。利用RAPD标记技术分析苦瓜枯萎病菌的遗传多样性, 结果显示苦瓜枯萎病菌株与其他葫芦科瓜类作物枯萎病菌株间的遗传相似系数范围为0.59~0.99, 当遗传相似系数为0.85时, 供试的48个菌株分成10个类群 (G_1~10)。在RAPD聚类树中所有苦瓜枯萎病菌株聚在一个分支上 (G₁群), 菌株间的遗传相似系数范围为0.92~1.00, 具有较高的遗传相似性, 且菌株的聚群与地理来源存在一定的相关性。     

RAPD-PCR技术在根结线虫分类鉴定中的应用

 采用Operon公司A组的9个引物对3种根结线虫:南方根结线虫1号小种(Meloidogyne incognitarace 1),爪哇根结线虫(M.javanica),北方根结线虫(M.hapla)的基因组DNA进行随机扩增,扩增产物显示了明显的多态性,其中引物OPA-01、OPA-03、OPA-04、OPA-05能区分3种根结线虫,其它5个引物仅能区分1个或2个种.     

秦岭野生蕙兰RAPD反应体系的优化

【目的】建立适宜于秦岭野生蕙兰RAPD分析的PCR反应条件,为利用RAPD技术研究秦岭野生蕙兰的遗传多样性提供技术依据。【方法】以秦岭野生蕙兰叶片为材料,采用改良CTAB法,提取野生蕙兰基因组DNA进行RAPD扩增反应。以5′-CCTTGACGCA-3′(S12)为随机引物,通过L16(45)正交试验与单因素试验2种方法,对RAPD反应体系的主要参数(Mg2+浓度、dNTPs浓度、模板DNA用量、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量)进行摸索和优化,并经过验证试验,建立适合秦岭野生蕙兰的RAPD遗传多样性分析体系。【结果】研究得到的适于秦岭野生蕙兰的RAPD遗传多样性分析体系为:25μL反应体系中,Mg2+浓度为2.5μmol/L,dNTPs浓度为0.16mmol/L,模板DNA用量为100ng,引物浓度0.6μmol/L,Taq DNA聚合酶用量为1.5U。各因素对RAPD反应的影响程度依次为:模板DNA用量>引物浓度>Taq DNA聚合酶用量>dNTPs浓度>Mg2+浓度。【结论】优化的秦岭野生蕙兰RAPD反应体系扩增效果比较理想,扩增条带的多态性明显、清晰度高、重复性好,可用于进一步的遗传多样性分析。     

应用RAPD-PCR分析棉花A基因组的起源与进化

应用RAPD -PCR技术对 2 1份棉花材料进行了遗传多样性分析。结果表明 :中棉、草棉与海岛棉、陆地棉 4个栽培种间的平均遗传距离分别为 0 .43 17、0 .3 946、0 .4193、0 .43 18;海岛棉与草棉的A染色体组较接近 ,而陆地棉与中棉的A染色体组相近 ,反映了异源四倍体与二倍体A基因组的进化关系。表明利用RAPD标记 ,通过遗传距离和聚类分析可以阐明棉花种质的亲缘关系。