噬菌体基因组DNA快速提取方法

针对传统噬菌体基因组DNA的提取方法缺乏广泛适用性,并且提取中用到酚/氯仿抽提,操作步骤繁琐,会对操作人员身体造成一定程度的损伤等不足,笔者建立了1种噬菌体基因组DNA快速提取方法。其提取的主要步骤包括宿主核酸降解、噬菌体粒子沉淀、噬菌体DNA释放、杂质去除、DNA吸附、DNA清洗和DNA洗脱等。结果表明,通过此法能快速提取以溶藻弧菌、大肠杆菌和阴沟肠杆菌为宿主菌的多种噬菌体基因组DNA,最快可以在2 h内完成,而且提取的产量和纯度均较高,DNA浓度超过100 ng·μL~(-1),OD_(260/280)达到1.8以上,提取产物不受宿主菌基因组DNA污染,可用于下游的实验分析。     

DNA干扰现象及其作用机理研究进展

与体内某一基因相同的DNA序列可特异性抑制细胞内靶标基因的表达,这种现象称之为DNA干扰(DNAi)。DNAi是随着转录后基因沉默现象而在烟草属植物上被发现,之后在一些动植物及其细胞上也被发现。在原核生物中也存在DNAi现象,且原核生物的Ago在体外也能实现DNAi。原核生物DNAi的机理主要是Ago以DNA为向导切割DNA或RNA,而真核生物可能是基因转录后抑制、基因组甲基化和启动子结合的转录抑制等。本文还对DNAi的进一步研究和应用进行了讨论和展望。     

基于毛细管电泳的日本落叶松MSAP反应体系的建立

[目的]建立基于毛细管电泳的日本落叶松最佳MSAP反应体系,获得条带清晰,信号强度均一的DNA甲基化图谱,为今后开展日本落叶松表观遗传变异研究奠定基础。[方法]以日本落叶松未成熟木质部为试材,设置不同梯度的DNA模板用量以及选择扩增体系中引物浓度、Mg~(2+)浓度、dNTP浓度和exTaq DNA聚合酶浓度,确定各组分不同用量对毛细管电泳效果的影响,从而确立最适的MSAP反应体系。[结果]结果表明模板DNA以及exTaq DNA聚合酶浓度对毛细管电泳结果影响不明显,而高的引物浓度会引起条带的减少。Mg~(2+)及dNTP浓度是影响毛细管电泳结果最为关键的因素,浓度过低或过高会导致毛细管电泳图谱条带明显减少,杂峰显著增多。[结论]最终确立的反应体系为:DNA模板100 ng,引物0.75 pmol·μL~(-1),Mg~(2+)2 mmol·L~(-1),dNTP 0.375 mmol·L~(-1)和exTaq DNA聚合酶0.05 U·μL~(-1)。     

亚马逊黑土及其黑碳颗粒中的真菌丰度和多样性互不相同

Amazonian Dark Earth (ADE) is a highly fertile soil of anthropogenic origin characterized by high levels of charred black carbon (BC).It is considered a model of fertility;however,knowledge on the fungal community structure and diversity inhabiting ADE and its BC particles is scarce.Fungal community structure and diversity of ADE and its BC from four sites under different land uses (three agricultural systems and a secondary pristine forest) in the Brazilian Central Amazon were evaluated by 18S rRNA gene pyrosequencing.Fungal communities in ADE and BC were dissimilar and showed differential abundances of fungal operational taxonomic units (OTUs).Estimated fungal species richness (abundance-based coverage estimate and Chao-1 index) and diversity estimators (Shannon and Simpson's reciprocal indices) were higher in ADE than in BC in all agricultural areas.No differences were observed in those parameters in ADE and BC samples from the secondary forest.Pezizomycotina fungi and OTUs assigned to Cordyceps confragosa,Acremonium vitellinum,Camarops microspora,and Hirsutella rhossiliensis were more abundant in BC particles than in ADE.These findings represent a breakthrough in our understanding of fungal communities in BC particles from ADE,and will be valuable in future studies considering biochar application in soil.     

赤眼鳟线粒体NADH脱氢酶6基因克隆及序列特征分析

[目的]根据赤眼鳟线粒体NADH脱氢酶6（ND6）基因序列分析不同种鱼类的分子进化关系。[方法]根据其他鱼类的线粒体ND6基因及侧翼序列设计引物,采用PCR扩增并克隆、测序赤眼鳟ND6基因,通过MEGA4．0Neighbor—Joining法分析不同鱼类的进化关系。[结果]赤眼鳟（Squaliobarbus curriculus）线粒体基因组ND6基因序列长度为522bp,编码173个氨基酸。该基因碱基组成为：A41．5％、C32．7％、G12．4％、T13．4％,其中A＋T含量（54．9％）高于G＋C含量（45．1％）。将赤眼鳟ND6基因序列与GenBank中其他11种鱼类ND6基因序列进行比对发现,赤眼鳟ND6核酸序列与团头鲂的同源性最高,为90．8％;与红点鲑鱼的同源性最低,为73．0％。赤眼鳟ND6氨基酸序列与其他物种ND6氨基酸进行比对发现,赤眼鳟与团头鲂同源性最高,为98．3％;与大黄鱼的同源性最低,为75．7％。以ND6氨基酸序列采用NJ法构建12种鱼类的系统发生树基本反映了它们的种间、属间和科间的关系。[结论]首次得到了赤眼鳟线粒体ND6基因序列,并确定了赤眼鳟与其他11种鱼类的分子进化关系。     

枸杞干果DNA不同提取方法的比较

[目的]为枸杞DNA分子标记、种质资源研究及地道药材鉴别等提供技术支持。[方法]以枸杞干果为试材,分别采用常规CTAB法、高盐CTAB法、改进CTAB法、5×CTAB法、常规SDS法、改进SDS法等12种方法提取其基因纽DNA,比较不同方法的提取效果。[结果]12种方法中,5×CTAB法、改进SDS法等4种方法的提取效果不理想,其余8种方法均能有效提取枸杞干果的基因组DNA,且8种方法所提DNA的质量和产量均无明显差异。[结论]所用12种DNA提取方法中,8种方法提取的枸杞干果基因组DNA能够满足RAPD试验分析的需要。     

不同方法提取天麻DNA的研究

[目的]探索适合于天麻DNA的提取方法。[方法]采用3种方法提取天麻DNA,测定提取的天麻DNA纯度与产量,并对其扩增产物进行电泳分析。[结果]改进的CTAB法提取的天麻DNA产量和纯度均较高,扩增产物的电泳条带也较明显。[结论]改进的CTAB法较适合用于天麻DNA的提取。     

玉米基因差异表达与杂种优势的关系研究进展

综述了玉米基因的差异表达、DNA甲基化、遗传群体等与杂种优势之间的关系等方面的研究进展。     

纳米材料在DNA电化学生物传感器中的应用

对金属纳米材料、氧化物纳米粒子、碳纳米管、复合纳米粒子等在DNA电化学生物传感器中的应用进行了综述。     

随机扩增多态性DNA技术在绿蝇分类鉴定中的应用

采用RAPD技术对丝光绿蝇、铜绿蝇、亮绿蝇、紫绿蝇进行区分,并对反应体系和程序进行一系列优化,从中选出可以区分4种绿蝇的引物和特异性条带。RAPD技术为绿蝇的种类鉴定提供了一种全新的鉴定方法,成为形态学分类的一种有效的补充。