基于rDNA ITS序列研究蚌科6种类的系统发生关系

通过测定核糖体转录间隔区ITS1以及ITS2序列研究了江苏地区蚌科(Unionidae)6种常见贝类——褶纹冠蚌(Cristaria plicata)、三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、背角无齿蚌(Anodneta woodiana woodiana)、扭蚌(Arconaialanceolata)、圆顶珠蚌(Unio douglasiae)以及背瘤丽蚌(Lamprotula leai)的系统发生关系。结果显示:6种蚌的ITS1序列长度介于354~439 bp之间,平均G+C百分含量为52.7%;ITS2序列长度介于287~354 bp之间,平均G+C百分含量为51.2%。对6种贝类的相关序列进行比对,ITS1的比对长度包括501个位点,其中有364个变异位点和99个简约信息位点;ITS2的比对长度包括381个位点,其中有259个变异位点和66个简约信息位点。以虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)为外群,采用邻接法(NJ)分析6种贝类的系统发生关系,贝类明显聚合为3个类群:类群Ⅰ包括三角帆蚌(H.culingii)和背瘤丽蚌(L.leai),类群Ⅱ包括扭蚌(A.lanceolata)和圆顶珠蚌(U.douglasiae),类群Ⅲ由背角无齿蚌(A.woodiana woodiana)和褶纹冠蚌(C.plicata)组成。     

DNA序列分析在植物分子系统学研究中的应用现状——-以蔷薇科为例

 近20年来, DNA序列已被广泛应用于植物各分类阶元的系统学研究中, 为解决长期有争议 的和亟待解决的系统进化问题提供了有力的证据。现以蔷薇科为例, 概述了应用DNA片段进行植物分子系统研究的现状, 详细剖析了应用DNA序列进行植物系统发育研究时常见的问题及其原因, 提出了对存在多倍化、杂交起源和快速分化等复杂进化史的植物类群进行系统学分析时选用DNA序列的策略和注意事项。     

Genetic diversity of apricot revealed by a set of SSR markers from linkage group G1

Eight polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers located in the G1 linkage group of apricot (Prunus armeniaca L.) were previously developed and evaluated in a small set of cultivars. Those primers were used for studying variability in 77 apricot cultivars belonging to five different geographical groups, such as Chinese, Asian (Irano-Caucasian and Central Asian), North American, Mediterranean and Western European as well as Middle European cultivars. Six of the markers were polymorphic and revealed a total of 71 alleles ranging from 5 (aprigms11) to 20 (aprigms1) alleles per locus with a mean value of 11.83 alleles per locus. In conclusion, the SSR loci located in the G1 linkage group show a level of polymorphism which is similar to loci dispersed throughout the entire genome. The total number of alleles and the number of unique alleles were the highest in Chinese apricots and the lowest in Middle European cultivars. Heterozygosity also showed a decrease from Asia and China to Middle Europe. No association could have been observed between any SSR markers tested and plum pox virus (PPV) resistant phenotype of cultivars. PPV resistant cultivars did not form a separate clade on the dendrogram obtained by UPGMA cluster analysis. Middle European and Chinese cultivars formed separate clusters while other genotypes formed smaller multiple sub-groups or scattered among different clusters. Our results support previous hypotheses on the origin of PPV resistance in North American apricots. The allele data was also presented in a form that allowed the easy observation of allele frequencies in each geographical group at each locus. Using this data field, differences and similarities between cultivar groups can be easily assessed. The analysis demonstrated the links between the North American and Mediterranean apricot germplasm and confirmed that the Chinese and Eastern European cultivars are distantly related.     

柑橘天然杂种秭归橘橙来源探究

秭归橘橙为天然柑橘杂种,果实无核、早熟,但其亲本来源未得到深入的分析和验证。为探明秭归橘橙的亲本,应用倍性检测、形态学标记和AFLP、cpSSR、nSSR等分子标记,对其进行遗传鉴定。倍性检测证实秭归橘橙为二倍体,叶形指数、气孔密度和大小、花粉育性和花粉形态分析表明秭归橘橙形态特征上偏向于甜橙,而其花粉染色活力介于甜橙与红橘之间。AFLP聚类分析表明秭归橘橙介于橙和橘之间。cpSSR、nSSR确认秭归橘橙的母本为甜橙(Citrus sinensis[L.]Osbeck),父本为橘类(C.reticulate Blanco)。     

核果类果树遗传连锁图谱的研究进展

遗传连锁图谱构建是基因组研究中的重要环节,是基因定位与克隆乃至基因组结构与功能研究的基础。近20a来,分子生物学特别是分子标记技术的飞速发展为高饱和核果类遗传连锁图谱的构建和利用奠定了基础。目前国内外已经公布十几张核果类的遗传连锁图谱,但这些图谱均有不同的缺陷。因此,我们就核果类遗传连锁图谱的构建进展、性状的QTL定位及比较图谱应用进行了综述,并探讨了核果类遗传连锁图谱研究的前景和存在的问题。     

纳米铜晶胞体积弹性模量变化规律的分子动力学模拟

用分子动力学的方法详细模拟纳米铜晶胞随温度与压强变化的规律,得到了铜晶胞体积弹性模量突变的敏感压强点.模拟结果表明:单晶铜的在压强小于75GPa时体积弹性模量随温度升高而降低,随压强增大而增大;在压强大于75GPa时,体积弹性模量随温度升高而增大,随压强增大而减小.     

木薯遗传图谱16号连锁群与其细胞学图谱的整合

利用荧光原位PCR技术体系整合木薯的分子遗传图谱,将16号连锁群上的NS376和SSRY86标记定位到华南6号木薯的染色体上,结果表明:这2个标记均能在华南6号不同时期的细胞上检测到1个信号.结合核型分析,将NS376标记定位在华南6号的第4号染色体的短臂上,扩增位点到着丝粒的百分距离是31.25,将SSRY86标记定位在第4号染色体的长臂上,扩增位点到着丝粒的百分距离是75.86.NS376和SSRY86 2个标记位于木薯的同一对染色体上,并且分别位于该染色体的两端,进一步揭示了16号连锁群对应的是木薯的4号染色体.     

抗条锈病小麦-滨麦Lm#3Ns二体异附加系的分子细胞遗传学鉴定

滨麦(Leymus mollis)是小麦的三级基因源,具有改良小麦所需的许多优良性状。为了将滨麦中的优异基因导入到普通小麦中,通过远缘杂交获得小麦-滨麦异附加系、异代换系、易位系,以选自普通小麦7182与滨麦衍生后代M42(2n=54)F_6代的株系M11005-1-2-7-10-1-1(M11005A)为供试材料,对其进行了形态学、细胞学、原位杂交、分子标记、抗病性等综合鉴定。细胞学观察结果显示,M11005A有44条染色体且配对良好,可以稳定遗传。原位杂交及分子标记结果表明,M11005A含有42条普通小麦染色体和1对来自滨麦Lm#3Ns的染色体,并且用Oligo-pTa535探针得到了Lm#3Ns的FISH核型;筛选出6个EST及8个PLUG特异分子标记可以用来鉴定Lm#3Ns染色体,其中只有1个EST和4个PLUG标记可以同时在M11005A中扩增出滨麦和华山新麦草的条带,说明滨麦的Lm#3Ns染色体与华山新麦草的3Ns基因组之间存在差异。M11005A的穗长、穗型、小穗数、千粒重与亲本7182无显著差异,但分蘖数较7182显著增加,株高显著降低。抗条锈病鉴定结果显示,苗期M11005A对条锈菌生理小种CYR29和CYR34表现高抗,对CYR32表现高感,成株期对CYR32和CYR33混合小种表现高抗,推测滨麦的Lm#3Ns染色体携带对CYR29和CYR34小种的抗性基因,又携带了成株期对CYR32和CYR33的抗性基因。因此,M11005A可以作为抗源应用于小麦的条锈病抗性改良中。     

普通小麦穗发芽抗性相关分子标记在RIL群体中的验证与评价

为了鉴定我国西南冬麦区普通小麦品种的穗发芽抗性,筛选能鉴定穗发芽抗性的相关分子标记,利用小麦品种川农17和新品系R146构建的重组自交系(F7:8)共135个家系作为研究材料,通过测定种子的发芽指数和降落值来共同鉴定小麦的穗发芽抗性。选择7个已发表的与穗发芽抗性相关的分子标记(Xgwm46、Xgwm269、Xgwm282、Xgwm328、Xgwm397、Xwmc468和Xgwm518)对这些材料进行PCR扩增,分析扩增片段与发芽指数和降落值的相关性。结果表明,在135份重组自交系材料中,发芽指数小于0.4的材料有21份,介于0.4~0.8的材料有86份,高于0.8的材料有28份;降落值小于250的材料有20份,大于400的有16份。标记扩增片段与发芽指数和降落值相关分析表明,7个标记中有3个标记(Xgwm397、Xgwm282和Xwmc468)与穗发芽抗性相关,标记Xgwm397和Xwmc468可作为穗发芽抗性选择的分子标记在育种中加以利用;另外三个标记Xgwm269、Xgwm328、Xgwm518与穗发芽抗性不相关;标记Xgwm46只与发芽指数相关,与降落值相关不显著,能否用作穗发芽筛选标记需进一步验证。     

SSR标记在小麦遗传育种中的应用研究进展

SSR(simple sequence repeat)标记是建立在PCR基础上的一种新型DNA分子标记。由于SSR在普通小麦中多态性丰富,随机分布于小麦的整个基因组中,多数表现为共显性,所以它是进行小麦遗传研究的理想工具。本文就SSR标记在构建小麦遗传连锁图谱、标记和定位目的基因、鉴定和标记染色体片段、鉴定品种、遗传多样性分析和标记辅助选择等方面的研究进展进行了综述。