白菜型油菜和菜薹的InDel 标记开发及其RILs群体遗传连锁图谱的构建

 通过白菜型油菜‘R-O-18’和菜薹‘L58’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列（‘Chiifu-401-42’的基因组序列）的比对,在全基因组范围内检测到了18 479 个短插入缺失变异位点（≤5 bp）。从中挑选了500 个插入/缺失片段为4 ~ 5 bp 的InDel 变异位点,将其设计成InDel 分子标记并进行试验验证,结果有452 个标记通过PCR 扩增出单一条带,但仅有106 个在‘R-O-18’和‘L58’间表现出多态性,346 个没有多态性,48 个在PCR 中没有扩增。亲本间具有多态性的106 个InDel 标记可用来检测以‘R-O-18’和‘L58’为亲本构建的RILs 基因型,并构建了一张包含99 个标记的遗传连锁图谱。     

Intestinal Microbiota in Large Yellow Croaker,Larimichthys crocea,at Different Ages

The polymerase chain reaction–denaturing gradient gel electrophoresis (PCR‐DGGE) of 16S ribosomal RNA gene was used to investigate bacterial communities in the intestines of large yellow croaker at six different ages (12 d, 18 d, 26 d, 40 d, 3 mo, and 1 yr old) as well as within the corresponding feed and culture water. In addition, Illumina Miseq sequencing was utilized to compare intestinal microbiota between 12‐d‐old and 1‐yr‐old individuals. PCR‐DGGE results revealed that the culture water had the highest bacterial diversity, followed by the feed, while the intestines had the lowest diversity. The intestinal microbiota at six ages changed severely; however, the change did not follow any trend. The large yellow croaker intestines harbored specific bacterial communities that differed from those in both feed and water. Illumina Miseq sequencing results revealed that the diversity of intestinal bacteria in 12‐d‐old fish was higher than that in 1‐yr‐old fish, and the bacterial composition differed significantly between them. γ‐Proteobacteria and Pseudoalteromonas supplied the most abundant phylum and genus in the 12‐d‐old fish intestine. However, in the 1‐yr‐old fish intestine, Firmicutes and Clostridium were the most dominant, respectively. The study may contribute to a better understanding of gut microbiota and dynamics of the large yellow croaker and the relationship with their surrounding environment.     

饲粮中性洗涤纤维/淀粉比值对荷斯坦公牛瘤胃古菌和甲烷排放量的影响

本试验旨在通过Illumina HiSeq测序技术和实时定量PCR研究饲粮中性洗涤纤维(NDF)/淀粉比值对荷斯坦公牛瘤胃古菌和甲烷排放量的影响.选取36头体重[(282±37)kg]相近、健康的荷斯坦奶公牛,随机分为3组,每组12头.各组分别饲喂NDF/淀粉比值为1.13(Ⅰ组)、1.38(Ⅱ组)、1.63(Ⅲ组)的...     

绿脓杆菌焦磷酸测序检测方法的建立

本试验旨在利用绿脓杆菌的序列信息分析和焦磷酸测序技术,建立一种快速、简单检测绿脓杆菌的方法。从培养的绿脓杆菌中提取DNA,PCR扩增目的基因片段,采用焦磷酸测序技术(pyrosequencing technology,PSQ)针对保守核苷酸区段的测序分析。通过焦磷酸测序后获得的序列信息与已知的目的基因的序列比对,能进一步确证毒株的序列信息为绿脓杆菌。利用焦磷酸测序能快速获取核酸的序列信息,可为毒株及早确证奠定基础。     

甘薯病毒病原相关的microRNA的挖掘及分析

【目的】甘薯的病毒种类比较多,不同的病毒感染会引起相应的症状变化,田间自然发病的甘薯表型不一,这可能与病毒感染类型有关。论文旨在鉴定和研究甘薯中与不同甘薯病毒感染相关的microRNA（miRNA）。【方法】采用Illumina公司高通量测序技术,对来自福建泉州地区同一品种（龙薯9号）、具有不同症状的叶片样本（畸形黄化、疱疹、褪绿矮化和曲叶,样本编号分别为Fj01、Fj02、Fj03和1H）进行高通量测序,利用生物信息学手段挖掘和分析差异表达miRNA,并对差异miRNA和病毒表达进行PCR验证,鉴定基因和病毒在样本中表达情况,分析测序数据的可靠性,利用生物信息学分析进行miRNA靶基因预测和功能分析,探究差异miRNA与病毒种类的相关性。【结果】通过与病毒数据库的比对,发现Fj01、Fj02、Fj03样本（除1H外）均感染了甘薯常见病毒,如甘薯褪绿矮化病毒（Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV）、甘薯病毒2号（Sweet potato virus 2,SPV2）、甘薯羽状斑驳病毒（Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV）、甘薯G病毒（Sweet potato virus G,SPVG）、甘薯C病毒（Sweet potato virus C,SPVC）等,但Fj01、Fj02和Fj03这3个样本的症状并不一致,样本之间只在甘薯不常见的病毒种类中有差异,通过PCR验证了SPFMV和SPVC病毒在样本中的表达情况与测序数据基本一致。在4个样本中共鉴定出679个已知的miRNA和1 004个新的miRNA,通过配对比较分析,其中288个已知的miRNA和433个新的miRNA在4个样本之间有差异性表达,并且这些miRNAs,如miR-156、miR-157、miR-166等家族的成员在4个样本中表达模式各异。同时,采用实时荧光定量PCR验证几个差异miRNAs（如miR-156、novel-miR-40和miR-319m）在各个样本间的表达情况与测序结果基本一致,另外,与脱毒苗样本进行比较,检测到3个miRNA（miR-160a、miR-2096和miR-5387b）在4个症状样本中具有不同程度的上调表达,证明miRNA的表达与植株的表型有关。通过对miRNA靶基因的预测与分析,发现这些差异miRNA的靶基因多数为转录调控因子,编码蛋白多含有ZFP、WD、Myb、SPL等功能区域,这些因子多参与调控植物的基因、代谢通路和抗原识别等来调控植物生长发育、形态建成和抗逆性,表明这些miRNA靶基因的功能多样性。【结论】不同病毒感染确实能够引起miRNA差异表达,并且这些miRNA通过其靶基因参与调控植物的生长发育、抗胁迫性和防御。     

不同季节土庄绣线菊根围丛枝菌根真菌群落差异性研究

土庄绣线菊(Spiraea pubescens)是内蒙古大青山干旱生态系统重要的护土灌木,研究季节变化对土庄绣线菊根围丛枝菌根真菌(arbuscular mycorrhizal fungi,AMF)群落的影响,有助于进一步探讨AMF在土庄绣线菊生长发育过程中发挥的作用。采用传统染色检测与Illumina Mi Seq测序相结合的方法,研究季节变化对内蒙古大青山土庄绣线菊AMF侵染率、孢子密度、丰富度、多样性和群落组成的影响。结果显示:在春季、夏季和秋季,AMF侵染率和丛枝丰度不存在显著差异,而孢子密度却存在显著差异。AMF丰富度和多样性在夏季显著低于春季和秋季,但在春季和秋季间差异并不显著;主成分分析(principal coordinate analysis,PCo A)和PERMANOVA分析表明,春季和秋季AMF群落组成与夏季存在显著差异,而在春季和秋季间差异并不显著。