樟叶木防己叶绿体基因组特征分析

为探讨樟叶木防己(Cocculus laurifolius)叶绿体基因组特征及与同科属叶绿体基因组的系统发育关系。采用Illumina HiSeq 4000平台对樟叶木防己进行测序、组装和注释,并对其序列特征、密码子偏好性、重复序列、简单重复序列、系统发育进行分析。结果表明,樟叶木防己叶绿体基因组呈典型的四分体结构,总长度为157 961 bp,包括大单拷贝区长度为89 173 bp,小单拷贝区长度为20198bp,反向互补重复区长度为24295 bp;共有基因129个,其中蛋白质编码基因85个,tRNA基因36个和rRNA基因8个;密码子偏好性分析表明,亮氨酸(Leu)的密码子数量最多(4 920个),而半胱氨酸(Cys)的密码子数量最少(568个);从樟叶木防己叶绿体基因组中共检测出26个长重复序列及65个SSR位点;系统发育分析表明,樟叶木防己与粉防己(Stephania tetrandra)聚为一支,亲缘关系最密切。本研究为防己科和木防己属分子标记、物种鉴定、亲属关系解析、遗传多样性分析等研究提供科学依据。     

法国海岸沙丘的综合治理与可持续经营

几乎所有法国大西洋沿岸沙丘都是19世纪由国家圈定,并形成今日的2种主要环境类型:一种为含有天然阔叶树成分的海岸松沙丘林,另一种是受海蚀、风蚀和人为活动影响的裸露流动沙丘。治理措施包括机械沙障、造林封育和自然保护等。以前作为防护屏障严格按标准格式设计的沙丘林带,现被认为是具有浓郁天然遗产价值的海岸生态复合体的组成部分。海岸沙丘的可持续经营包含着灵活的生态工程内涵,从而使防护、休闲、保护3者优化于一体。     

新城疫病毒F48E8株核衣壳蛋白基因在鸡痘病毒中的表达及其部分序列分析

通过反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增了新城疫病毒(NDV)F48E8株核衣壳蛋白(NP)基因,并克隆到pUC18中,得阳性克隆pUCNP.应用分子克隆技术,将NP基因导入鸡痘病毒(FPV)转移载体pFG1175-1中P7.5启动子的下游,得到含NDV NP基因的质粒pFGNP1175-1.利用脂质体转染技术,将该质粒转染FPV疫苗株282E4感染3～4 h的鸡胚成纤维细胞,采用蓝斑筛选方法纯化多次,得到稳定的重组FPV.用狄高辛标记的探针进行斑点杂交实验,结果表明pFGNP1175-1已与FPV 发生同源重组;用抗NDV的SPF鸡的阳性血清进行间接免疫荧光实验,证实重组FPV在感染细胞中表达了F48E8株NP蛋白.该基因两端部分序列与已发表的D26株NP基因对应区域的核苷酸同源性为89.1%,推断的氨基酸同源性则为93.1%.     

大肠杆菌glgC基因的克隆,序列分析与定点突点

通过ＰＣＲ、从Ｅ．ｃｏｌｉ Ｋ１２ Ｙ１０９０株系中扩增获得ｇｌｇＣ基因,插入ｐＵＣ１９的ＰｓｔＩ和ＳａｃＩ位点之间,得到重组质粒ｐＡＧＰ。对所克隆的ｇｌｇＣ基因进行全序列测定,结果表明,与已发表的序列相比,有７个核苷酸发生了改变,核苷酸顺序的同源性为９９．４％,推导的氨基酸序列的同源性为９９．２％,其中,第２９６位由赖氨酸变为谷氨酸。通过寡核苷酸介导的定点诱变,将第１００７位核苷酸由Ｇ变为Ａ,从     

与黄原胶生物合成相关的"1.9" kb EcoRI DNA片段的序列测定分析

对Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓｃａｍｐｅｓｔｒｉｓｐｖ．ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ（下称Ｘｃｃ）８００４菌株染色体基因组中９．４ｋｂＨｉｎｄⅢＤＮＡ的“１．９”ｋｂＥｃｏＲＩ酶切片段的测序分析结果表明,该ＥｃｏＲＩＤＮＡ片段的实际长度为１．８８ｋｂ。在核苷酸水平上与Ｘｃｃ的ｇｕｍ基因有９８％的一致性;这一ＥｃｏＲＩ片段上有两个有意义的ＯＲＦ：ＯＲＦ１和ＯＲＦ２。ＯＲＦ１是一个不完整的ＯＲＦ;在氨基酸水平上,ＯＲＦ１和ＯＲＦ２的推断性编码产物蛋白分别与ｇｕｍＡ基因编码的ＧｕｍＡ及ｇｕｍＢ基因编码的ＧｕｍＢ蛋白有１００％的一致性。因此在１．８８ｋｂＥｃｏＲＩ片段上存在一完整的ｇｕｍＢ基因。     

基因序列分析确诊大熊猫的犬瘟热病毒感染

直接从死亡大熊猫肝脏提取细胞总 Ｒ Ｎ Ａ,经反转录后用犬瘟热病毒的 １ 对引物扩增出了约 ３２０ ｂｐ 的片段。此产物经纯化、序列分析表明,其片段 ２ 个引物间长度为 ２８１ ｂｐ,与预计片段大小相同。此毒株在核苷酸和氨基酸水平与北京犬等 ４ 个野毒株、哈尔滨犬野毒株、某疫苗弱毒株、 Ｏｎｄｅｒｓｔｅｐｏｏｒｔ 弱毒株和海豹瘟热病毒 ２ 型毒 株的 同源 性分 别为 ９２２％ 和 ９８９％ 、９２５％ 和 ９８９％ 、９１５％ 和 ９４６％ 、９２９％ 和 ９８９％ 、９８２％ 和 １００％ 。这样就进一步确定了大熊猫的犬瘟热病毒感染。     

鸡痘病毒282E4株Bam HI部分片段的重组载体质粒构建与序列分析

在中国鸡痘病毒２８２Ｅ４弱毒株基因组部分ＢａｍＨＩ片段的质粒ｐＵＢ、ｐＵＣ、ｐＵＤ、ｐＵＤ２、ｐＵＥ和ｐＵＦ酶切分析的基础上,对ｐＵＦ进行了亚克隆获得ｐＵＦ－Ｅ和ｐＫＳ－Ｘ,对最可能存在非必需区的ｐＵＥ质粒进行了序列分析,改造了含Ｐ１１Ｐ７．５－ＬａｃＺ报告基因盒,并在上述质粒的相应单一酶切位点插入Ｐ１１Ｐ７．５－ＬａｃＺ报告基因盒,构建成ｐＵＢ１、ｐＵＦＣ１、ｐＵＦＥ１、ｐＵＦ－Ｅ１和ｐＫＳＦ－Ｘ１５个重组载体质粒。体内重组等工作正在进行中。     

利用PCR法鉴定产SLT-IIe大肠杆菌

类志贺氏菌毒素Ⅱ型变异体（ Ｓｈｉｇａｌｉｋｅ Ｔｏｘｉｎ Ⅱ Ｖａｒｉａｎｔ, Ｓ Ｌ ＴⅡｖ ｏｒ Ｓ Ｌ ＴⅡｅ）,是仔猪水肿病的主要致病因子。根据 Ｓ Ｌ ＴⅡｅ 基因序列,合成一对针对 Ｓ Ｌ ＴⅡｅ 操纵子基因保守区的寡核苷酸引物,建立了聚合酶链式反应（ Ｐ Ｃ Ｒ）扩增方法。通过对产 Ｓ Ｌ ＴⅡｅ 毒素大肠杆菌菌株 Ｔ Ｂ１、产 Ｓ Ｌ ＴⅡ毒素大肠杆菌菌株 ９３３ Ｗ 和产 Ｓ Ｌ ＴⅠ毒素大肠杆菌菌株 Ｈ３０ 的试验,结果表明用所设计的引物建立的 Ｐ Ｃ Ｒ方法可特异性鉴定产 Ｓ Ｌ ＴⅡｅ 大肠杆菌。用此法对本实验室从患水肿病仔猪肠道分离的 １５ 株大肠杆菌进行了鉴定,结果可从 １５ 个菌株的 １２ 株中扩增到 Ｓ Ｌ ＴⅡｅ 的特异性保守序列基因片段,而其它菌株未见此保守序列的基因片段。     

新城疫病毒F48E9株融合蛋白基因核苷酸序列分析

通过反转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）扩增出新城疫病毒国内标准强毒株Ｆ４８Ｅ９的融合蛋白基因的ｃＤ－ＮＡ。经双粘端定向克隆到ｐＵＣ１９的多克隆位点中,采用Ｓａｎｇｅｒ’ｓ双脱氧末端终止法测定ｃＤＮＡ片段的核苷酸序列,并推导出其氨基酸序列。Ｆ基因全长为１６６２个ｂｐ,单一的开放阅读框编码５５３个氨基酸的多肽。Ｆ蛋白的疏水构型有三个强疏水区;其裂解位点的氨基酸序列为１１２Ｒ－Ｒ－Ｑ－Ｒ－１１６Ｒ－１１７Ｆ;Ｆ蛋白上共有１２个Ｃｙｓ残基位点和五个潜在糖基化位点。