棉花八氢番茄红素脱氢酶GhPDS1基因的克隆与表达谱分析

八氢番茄红素脱氢酶(PDS)在胡萝卜素生理代谢和病毒诱导外源基因沉默中起着非常重要的作用.本研究通过同源克隆方法,分析已报道植物八氢番茄红素脱氢酶氨基酸保守区,设计筒并引物,扩增出编码棉花PDS基因cDNA中间片段.通过RACE技术成功地克隆了棉花PDS基因的全长cDNA,命名为GhPDS1(GenBank No.HQ...     

副猪嗜血杆菌S-核糖基高半胱氨酸酶基因序列分析与推导蛋白三维结构的分子模拟

利用PCR方法获得副猪嗜血杆菌S-核糖基高半胱氨酸酶(luxS)基因全长DNA,将PCR纯化产物与pMD18-T载体连接并转化E.coil DH5α菌株,重组阳性质粒测序并采用生物信息学软件对所推导的氨基酸序列进行三维结构分析。结果表明,该基因全长510bp,并与GenBank中登录的其他5株菌株luxS基因完整参考序列进行比较,同源性均在70%以上。用ExPAsy软件包预测了推导蛋白的特性,运用Swiss-PDB viewer软件的SWISS-Model处理器,并利用同源建模的思想建立HPS-luxS的三维结构。拉马钱德兰图证明,构建的luxS蛋白的空间结构是合理的。     

犬细小病毒北京分离株VP2基因克隆及变异分析

对北京昌平地区分离的9株犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)进行VP2基因克隆测序,并利用生物信息学软件,将克隆的VP2基因与GenBank公布的国内外部分毒株序列相比较,绘制系统进化树,分析9株CPV VP2蛋白亲水性和抗原指数.结果表明,分离毒株与参考毒株核苷酸和氨基酸同源率在97%以上.通过序列比对与分析,确定其中有8株为New CPV-2a,1株为CPV-2,表明该地区目前主要以New CPV-2a流行为主.9株分离株在进化树上都能找到亲缘关系较近的毒株,没有形成新的分支.9株VP2蛋白亲水性高的区域抗原指数相应就高,不同株之间总体差别很小,主峰相同.     

利用ITS序列和trnL-F序列探讨赖草属6个物种的系统发育关系

本研究克隆了赖草属6个物种Leymus karelinii,L.angustus,L.racemosus,L.arenarius,L.triticoides和L.ambiguus的ITS序列和trnL-F序列,并选用3个新麦属物种的ITS序列和27个小麦族二倍体物种的trnL-F序列,均以Bromus catharticus为外类群,用最大简约法构建系统发育树。结果发现:不同组的赖草属物种分别聚在一起;赖草属植物与新麦草属植物亲缘关系较近;新麦草属植物是这6个赖草属物种的母本来源。     

鸡传染性支气管炎病毒SX-H09株膜蛋白基因的克隆及序列分析

对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)陕西分离株SX-H09株膜蛋白(M)基因进行克隆和序列分析.根据GenBank发表的IBV基因序列设计1对特异性引物,RT-PCR扩增IBV M基因片段,并进行克隆、序列测定和分析.结果表明,SX-H09株M基因全长为678 bp,编码225个氨基酸.同源性比较可知,SX-H09株M基因...     

羊驼酪氨酸酶基因部分cDNA序列的克隆及序列分析

从3～4龄青年公羊驼背部皮肤中提取总RNA作为模板,采用RT-PCR技术扩增出TYR基因的部分Cdna序列,将其克隆进Pgem-T easy vector中,经限制酶酶切鉴定后进行测序,将测序结果与小鼠、人、猩猩等其它物种的TYR核苷酸序列进行比对,发现本研究获得部分序列为羊驼酪氨酸酶基因第三外显子,该序列比较保守.     

致鹅卵黄性腹膜炎E.coli fimFGH基因序列分析

为研究致鹅卵黄性腹膜炎大肠杆菌(E.coli) fimFGH基因的变异情况,本实验根据GenBank中登录的序列设计引物,PCR扩增了3株致鹩卵黄性腹膜炎性E.coli E0238、E0239、E0240 Ⅰ型菌毛的fimFGH基因并测序.序列比对分析结果表明,3株细菌的fimF、fimG和fimH基因及其所编码的蛋白...     

非典型犬瘟热病毒核衣壳蛋白基因序列分析及其在大肠杆菌中的表达

为分析当地非典型犬瘟热病毒(CDV)核衣壳蛋白(N)基因的序列特征及其表达产物的抗原性,根据已发表CDV的N基因序列设计引物,用RT-PCR方法从引起非典型症状的CDV细胞培养物中扩增N基因,进行克隆和序列分析,结果表明:该非典型CDV的N基因与已发表的12个CDV强毒株的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别在96.6%～99.2%和97.9%～99.4%之间,与已发表的4个CDV疫苗弱毒株的同源性分别在93.2%～93.6%和96.4%～97.5%之间;在N基因系统发育进化树上,非典型CDV与12个强毒株处在同一亚群,而且与9个中国分离毒株的亲缘关系近于3个国外毒株。N基因在大肠杆菌中表达的重组N蛋白的分子量为62 ku,主要以包涵体的形式存在;用western blot分析,重组N蛋白可与CDV阳性血清发生特异性反应;以纯化的重组N蛋白为抗原建立的CDV抗体间接ELISA检测方法具有良好的特异性。     

J亚群禽白血病病毒四川株SCMS1的分离及其囊膜基因序列分析

为研究四川首例分离株SCMS1株J亚群禽白血病病毒(ALV-J)囊膜(env)基因是否产生新的变异,本实验通过将病毒接种鸡胚成纤维细胞、RT-PCR及PCR检测技术,对包括env基因和部分3'UTR在内的片段进行PCR扩增、克隆和序列测定.结果发现该病毒gp85基因出现6个碱基的缺失,与HPRS-103原型株6995位～7242位对应的核酸序列也发生248个碱基的缺失,包括整个rTM区域.这些碱基的缺失在病毒致病性变化中可能具有潜在的意义.     

植物乳杆菌α-半乳糖苷酶基因（melA）的克隆与序列分析

试验以L.plantarum1.557的基因组DNA为模板,通过PCR技术扩增α-半乳糖苷酶基因（melA）基因,PCR产物经纯化回收后克隆至pMD18-T载体中,转化E.coli DH5α感受态细胞,筛选阳性克隆,提取质粒进行SacⅠ和Sph Ⅰ酶切及PCR扩增鉴定,并对melA基因片段进行序列测定。结果表明,测得的melA基因序列全长2240 bp,含有酶切位点、启动子、SD序列及编码738个氨基酸的开放阅读框,理论分子质量为84 ku;4种核苷酸中GC含量为47.45%、AT含量为52.55%;序列中有3个碱基发生了变化,均为无义突变,未导致其推导的氨基酸的改变;序列测定结果与GenBank中登录的序列进行比较,核苷酸和氨基酸序列的同源性除与AY873840相比分别为96.6%和92.2%外,其余均大于99%。试验成功克隆了melA基因,为进一步构建重组表达载体奠定了基础。