杭州郊区马铃薯A病毒分离物的基因组3''-末端序列测定及系统进化分析

采用马铃薯A病毒属通用引物Sprimer扩谱了引起浙江杭州郊区发生的马铃薯病毒基因组3'-末端1687核苷酸序列,它包括MIb,CP和3'-UTR,3'-末端含Poly(A)尾,蚜传基序DAG位于多聚蛋白第215－217氨基酸。BLAST分析表明该病毒为马铃薯A病毒（PVA）,它与已报道的19个PVA分离物CP氨基酸进行比较,PVA浙江分离物与荷兰Alc分离物同源性最高,为99．6％。系统进化树分析表明,PVA分离物间存在一些明显的进化群体。     

不同毒株马立克氏病病毒囊膜糖蛋白gI基因的克隆与序列分析

根据马立克氏病病毒（MDV）国际标准株GA的基因序列，设计全盛一对引物，通过PCR技术，分别以弱毒株814和广西分离强毒株G2株基因组为模板，扩增获得预期大小的PCR产物，将PCR产物和pUC18分别经BamH I株和Sma I酶切后，连接、转化TG1，筛选获得了814－gI和G2-gI的基因克隆，将所得克隆进行测序，并将它们与已发表的MDV其他毒株gI的序列进行比较分析，获得了它们的同源性，绘制了系统发生树。     

鸡大肠杆菌1型菌毛蛋白氨基酸序列的变异

1型菌毛是致病性鸡大肠杆菌重要的粘附因子。鸡大肠杆菌通过1型菌毛对鸡呼吸道上皮的粘附，可获得侵袭上呼吸道，直达肺部入血的通道。但1型菌毛也是一种理想的免疫原，可将l型菌毛制成菌毛亚单位疫苗，用其免疫鸡体，可使鸡体获得抗菌毛抗体，阻断鸡大肠杆菌1型菌毛对呼吸道的粘附，从而防止鸡大肠杆菌病的发生。但由于     

鹅LPL基因外显子4、5、6克隆及序列分析

为揭示鹅脂蛋白脂酶(LPL)脂质和肝素结合区域的特性,对鹅LPL基因外显子4~6进行了克隆和序列分析。以皖西白鹅血清总DNA为模板,设计引物对鹅LPL基因的第4~6外显子区域进行扩增和测序,分析鹅与其他物种之间该区域的DNA序列同源性、密码子非随机应用以及相应氨基酸残基区域的亲水性。结果表明,鹅LPL基因外显子4~6的片段大小分别为112、234和243 bp,其序列与鸡LPL基因相应序列的同源性达到91.9%,与人、羊、牛、猪等哺乳动物的同源性为74%~77%;鹅与鸡密码子非随机应用的相似系数为0.839,与猪和鼠的相似系数为0.580~0.650;LPL中由外显子4~6编码的氨基酸残基有4个区域具有较大的表面概率,分别位于残基145~148、残基187~190、残基255~257和残基293~299区域,表面概率分别1.62~4.29、2.06~3.01、2.75~4.46和3.03~6.01,这些区域伴随有较强的亲水性。     

小麦根高亲和NO_3~-转运体全长基因(TaNRT2.1)的克隆和鉴定

 在前期获得的 pTaAF 的工作基础上,采用 RACE 方法进一步克隆和鉴定了小麦根 NO3 转运体全长基因-(TaNRT2.1)。将TaNRT2.1和已知的硝态氮转运体基因家族进行同源性比较,指出TaNRT2.1属于HATS中的NRT2家族。Southern　印迹揭示小麦基因组中有1个TaNRT2.1拷贝。Northern　分析示出硝态氮可瞬时诱导TaNRT2.1　mRNA积累,NO 处理 1 h　TaNRT2.1　mRNA很快增加,4　h 达到最大,24　h恢复至诱导前水平,具根专一表达特点。 - 3     

银耳α–微管蛋白基因的克隆及序列分析

 根据GenBank上已发表的其他真菌α–微管蛋白基因序列中的保守区域设计简并引物,扩增出银耳α–微管蛋白基因的cDNA部分序列。分别利用SEFA-PCR方法和RACE技术,克隆了银耳α–微管蛋白基因的DNA和cDNA全长序列。银耳α–微管蛋白基因DNA全长1 962 bp,含有9个内含子,cDNA全长1 347 bp,编码448个氨基酸。生物信息学分析结果表明：银耳α–微管蛋白基因的cDNA序列与新型隐球酵母有80%相似性,编码的蛋白质属于Tubulin_FtsZ超家族中的α–微管蛋白亚家族,氨基酸序列中存在保守的GTP结合区域GGGTGSG,系统发育树显示银耳与新型隐球酵母距离最近。     

西农萨能羊47kD尾部相互作用蛋白基因(TIP47)的cDNA克隆、序列结构分析与组织表达

47kD尾部相互作用蛋白基因(tail-interacting protein47,TIP47)是影响脂滴形成和代谢的重要基因。本实验以西农萨能羊(Capra hircus)的乳腺组织为研究材料,采用RT-PCR和RACE,克隆了山羊TIP47基因的cDNA全长序列。结果得到TIP47基因cDNA序列全长1906bp(GenBank收录号为:HQ846827),包括5'UTR82bp,完整编码区1314bp及3'UTR510bp,编码蛋白质的氨基酸数为437,分子量47.36kD,等电点(pI)5.14。对TIP47基因的核苷酸和氨基酸序列分析发现,山羊的TIP47与GenBank中牛(Bos taurus)、人(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculus)和猪(Sus scrofa)的TIP47相似性较高。蛋白质结构分析显示,TIP47不存在信号肽序列和跨膜结构;疏水性分析发现,其N端疏水性较强,中间靠近C端部分亲水性较强;三级结构分析发现,其C端呈大写的L形;该基因的遗传距离分析发现,山羊与牛的亲缘关系最近,其次是猪和人。通过RT-qPCR技术对TIP47基因进行了组织表达分析,发现所检测...     

猪黑素皮质激素受体-4基因(MC4R)启动子克隆及其分析

本研究旨在对猪黑素皮质激素受体-4基因(MC4R)的转录调控机制进行初步探讨.首先通过PCR方法扩增MC4R基因5’上游启动区l 234 bp(-1 264～-31 bp)的片段,再利用生物信息学方法对这一区域内潜在的转录起始位点进行了预测,最后采用步移缺失获得了11段长度不等的启动子片段,并分别克隆到荧光素酶(LUC)报告基因表达质粒(pGL3-Basic)中.同时,通过双荧光素酶报告活性分析检测MC4R基因启动子区不同长度片段在猪上皮型肾细胞(PK15)中瞬时转染后的活性.结果表明,猪MC4R 5’端-682 bp处存在1个潜在的转录起始位点(TSS),细胞检测结果显示-514～-486bp区域内存在控制MC4R基础转录活性的顺式调控元件,推测该序列内的热休克转录因子(HSF)结合位点可能对MC4R基因的表达调控及功能行使具有重要作用.     

3种大蒜中洋葱黄矮病毒的RT-PCR分子鉴定

洋葱黄矮病毒（Onion yellow dwarf virus,OYDV）是危害大蒜产量和品质的主要病毒之一。快速有效的病毒检测方法可为大蒜病毒病的研究和有效防御提供理论与技术资料。本研究利用反转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）技术对甘肃＂成县迟蒜＂和山东＂鲁蒜王2号＂中OYDV外壳蛋白基因进行特异性扩增,并克隆到载体PMD18-TEasy Vector上进行核苷酸序列测定及分析。成功分离得到OYDV的两个DNA片段——GSCCS和SDLSW2,与GenBank中已报道的AB000837.1、AB000838.1和AJ409311.1等22个OYDV DNA片段的核苷酸相似性分别为81%～98%和81%～84%,氨基酸相似性分别为85%～99%和89%～94%,二者之间核苷酸相似性为84%,氨基酸相似性为89%。系统进化树显示不同DNA片段可聚为3个组群,GSCCS与中国山东金乡OYDV DNA片段同属一组,SDLSW2与其它16个OYDV DNA片段同属一组,表明OYDV在甘肃＂成县迟蒜＂和山东＂鲁蒜王2号＂中均存在,但具有一定差异。本实验确定了OYDV的基因变异程度,为进一步研究病毒进化和变异提供了有利条件。     

短角幽天牛成虫林间诱集序列的混沌检测

通过时间序列分析和前馈网络模型建模方法的分析,短角幽天牛成虫林间诱集序列的复杂性动态,用前馈网络模型计算的最大Lyapunov指数为0.074 9,说明短角幽天牛成虫林间诱集序列存在混沌现象,可以用非线性模型预测短角幽天牛成虫林间诱集数量.