DNA芯片技术及其应用

本文介绍了DNA芯片技术的基本过程,主要包括DNA芯片的制备、样品的制备及与探针的杂交、杂交结果的检测与读出。还介绍了其应用前景及目前存在的一些问题。     

不同来源嗜水气单胞菌耐药基因检测

采用PCR方法,对分离于唐山和秦皇岛养殖场的宽体金线蛭(Whitmania pigra)、中国林蛙(Rana temporaria chensinensis)、牙鲆(Paralichthys olivaceus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellua)、青鱼(Mylopharyngodon piceus)以及鲤(Cyprinus carpio)肝脏的42株不同水产养殖动物的致病性嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)进行了4种耐药基因β-内酰胺类(TEM)、氨基糖苷类(ant(3″)-I)、磺胺类(Sul3)和四环素类(tet(A))的检测。结果表明:42株嗜水气单胞菌均100%携带TEM、ant(3″)-I和Sul3,不携带tet(A)。所检不同水产动物源嗜水气单胞菌均携带TEM、ant(3″)-I及Sul3耐药基因,从分子层面表明该致病菌多重耐药或潜在耐药严重。     

基于线粒体COⅠ基因序列的东南太平洋茎柔鱼群体遗传结构分析

茎柔鱼广泛分布在东太平洋海域,分布水域广,种群结构复杂。采用线粒体COⅠ序列为遗传标记分析了东南太平洋茎柔鱼(Dosidicus gigas)遗传结构特征。在秘鲁外海8个群体239个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到46种单倍型,42个变异位点。8个群体的单倍型多样性为(0.469±0.114)～(0.759±0.086),核苷酸多样性为(0.001 04±0.001 07)～(0.003 63±0.001 21),均具有较高的单倍型多样性水平和较低的核苷酸多样性水平。基于单倍型构建的NJ树以及基于群体间遗传距离构建的UPGMA树分析显示,8个群体间没有明显的地理谱系结构特征。AMOVA及F_(st)分析结果表明,群体间变异百分比为0.26%,群体内变异百分比为99.74%,说明遗传变异主要来自群体内部,群体间不存在显著的遗传结构分化。群体间的基因流数据分析表明,各群体间具有显著的基因交流。研究结果可为茎柔鱼资源的合理利用、开发及科学管理提供必要参考。     

鲤鱼基因组同源框Hoxa3a序列同源性分析与分子进化研究

本文利用生物信息学软件分析了鲤（Cyprinus carpio）基因组中同源框基因Hoxa3a与多种鱼类及其它生物的同源性,构建了分子进化树。结果表明：鲤与斑马鱼（Danio rerio）的序列同源性最高为95%,与大西洋鲑（Salmo salar）等四种鱼类的同源性次之为84%,与米氏叶吻银鲛（Callorhinch...     

无乳链球菌Sip-GAPDH嵌合核酸疫苗的制备及免疫效果评价

为了研究无乳链球菌Sip-GAPDH嵌合核酸疫苗对罗非鱼链球菌病的免疫保护作用,本研究通过PCR和重叠延伸拼接技术(SOEing)获得融合基因Sip-GAPDH,连接至真核表达载体pcDNA3.1(+)制备DNA疫苗,通过背鳍肌肉注射方式免疫吉富罗非鱼,免疫后第7、28天取样,采用PCR及RT-PCR方法检测pcDNA-Sip-GAPDH在各个组织(包括肌肉、脑、头肾、脾脏、鳃和肝脏)中的表达情况。采用ELISA、Real-time PCR法和体外攻毒法分别分析各实验组不同时间血清抗体效价、免疫基因(IgM、IL-1β和CD8)表达变化规律和相对保护率,研究该嵌合性疫苗对吉富罗非鱼的保护效果。结果显示,实验组在免疫接种第7和第28天时,注射点周围的肌肉、脑、头肾、脾脏、鳃和肝脏均能检测到嵌合性质粒,实验组罗非鱼血清抗体效价均高于对照组并于21 d时达到峰值(1∶4 096);qPCR数据表明,实验组鱼体胸腺、头肾和脾脏的IgM、IL-1β和CD8基因的mRNA表达量均出现了上调,并且在胸腺、头肾和脾脏中的表达量分别在免疫后第12和第48 h达到峰值;免疫后42 d进行人工攻毒后计算免疫保护率为93.3%。以上研究结果表明,本研究构建的无乳链球菌Sip-GAPDH嵌合核酸疫苗在罗非鱼链球菌病防治中具有潜在的应用价值。     

玉米蛋白粉替代鱼粉对暗纹东方鲀溶菌酶活性及c型溶菌酶mRNA表达的影响

以初重为(41.26±1.09)g的暗纹东方鲀为实验鱼,配制5种玉米蛋白粉使用量为0%、5%、10%、15%、20%的实验饲料,玉米蛋白粉对饲料中鱼粉的替代水平分别为0%、7.4%、14.8%、22.2%和29.6%。用实验饲料饲养暗纹东方鲀60d,研究玉米蛋白粉替代鱼粉对暗纹东方鲀肝胰脏、头肾和脾脏组织的溶菌酶活性及其c-型溶菌酶mRNA相对表达量的影响。结果表明,(1)暗纹东方鲀肝胰脏、头肾和脾脏的溶菌酶比活力分别为9.14、42.12和40.49U/mgprot,头肾和脾脏组织中c-型溶菌酶mRNA相对表达量分别是肝胰脏的3.76和3.24倍。(2)玉米蛋白粉替代鱼粉显著影响暗纹东方鲀溶菌酶比活力。5%和10%组的肝胰脏和头肾组织溶菌酶比活力显著高于对照组(P<0.05),而15%和20%组肝胰脏和头肾组织溶菌酶比活力则显著低于对照组(P<0.05);5%和10%组的脾脏组织溶菌酶活力与对照组无显著性差异(P>0.05),而15%和20%组显著低于对照组和5%组(P<0.05)。(3)玉米蛋白粉对暗纹东方鲀c型溶菌酶基因mRNA相对表达量有显著影响(P<0.05)。肝胰脏组织中5%和10%组表达量显著高...     

文蛤金属硫蛋白基因的克隆与分析

金属硫蛋白是一种普遍存在于生物体内的低分子量、半胱氨酸含量丰富、易于被外界刺激诱导的金属结合蛋白。采用表达序列标签（EST）法,首次获得了文蛤金属硫蛋白（Mm—MT）的全长eDNA序列,序列全长657bp,开放阅读框长度为231bp,可以编码76个氨基酸。编码的氨基酸中半胱氨酸含量丰富,达27．6％,含有软体动物等无脊椎动物金属硫蛋白的特征序列。序列特征分析表明,该序列具备金属硫蛋白的典型特征,是金属硫蛋白家族成员。     

海洋生物技术在水产养殖上的应用

本文综述了近十年来海洋生物技术在水产养殖上的应用,其中包括:基因转移技术、染色体操作、鱼类性别的控制、鱼病的早期诊断、预防和治疗、贝类的变态和附着、海洋自然产物和药物、经济海藻的原生质体分离和海带单倍体克隆的建立。作者认为,海洋生物技术在水产养殖上的应用,必须依赖于基础的研究。     

合浦珠母贝C-型凝集素基因的序列特征和功能分析

通过EST筛选结合重测序法获得合浦珠母贝一种C-型凝集素cDNA的全长序列(命名为PoLEC1)。PoLEC1全长988 bp,5′-UTR为33 bp,3′-UTR为101 bp,开放阅读框为864 bp,编码287个氨基酸,分子量为31.68 ku,理论等电点约5.83。预测的氨基酸序列中含有信号肽(Met¹-Ser¹⁹)和糖结合位点。同源性分析结果表明,PoLEC1与其它物种C-型凝集素的的糖识别结构域序列的同源性在18.8%~28.6%,相似性在28.9%~50.0%之间。进化树分析结果表明,PoLEC1与栉孔扇贝聚为一支。组织表达分析表明,PoLEC1 mRNA在消化腺、外套膜、性腺、闭壳肌、肠、鳃和血淋巴组织均有表达,在消化腺中的表达分析表明,经溶藻弧菌刺激后2 h表达显著下调,而在4和24 h后表达显著上调。利用PoLEC1成熟肽构建原核表达载体,在大肠杆菌中进行重组表达。制备包涵体后,用IDA HisBind 树脂纯化得到单一的重组蛋白,凝菌试验表明该蛋白对大肠杆菌有明显的凝集作用。     

异型雄性罗氏沼虾遗传多样性的微卫星分析

利用微卫星DNA标记研究3种近亲交配形态型雄性罗氏沼虾遗传多样性,所用虾样均采自国家级(南宁)罗氏沼虾良种场,共150尾成年近亲交配的雄虾,其中蓝色长臂型、橙色长臂型、小个体型各50尾。研究结果表明,3组样品的生长发育差异显著,蓝色长臂型、橙色长臂型、小个体型各组中微卫星位点的总等位基因分别为24、28和22,3组样品所有位点的平均观察杂合度为0.474～0.556。其平均群体内近交系数为-0.0189,说明杂合子过剩,对比分析和群体间分化系数表明,3组雄虾遗传差异明显,最大遗传间距位于蓝色长臂型和小个体型,最小的遗传间距位于蓝色长臂型和橙色长臂型。研究结果将为罗氏沼虾优质父本选育和调控雄性遗传发育提供基础性遗传信息。