Relationships in pineapple by random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was applied to eight commercial cultivars of pineapple, two intergroup hybrids and two wild species. Morphologically, pineapple is divided into the Cayenne, Queen, Spanish, Maipure and Abacaxi groups. Members of the first three groups have been analysed in this study. The cultivars ‘Tradsithong’, ‘Phuket’, ‘Sawee’ and ‘Tainan’, with spiny leaves, form the Queen group. In ‘Pattavia’, ‘Nanglae’ and ‘Petburi no. 2’ (Cayenne group), spines are confined to the leaf tips. ‘Intrachitdang’ is normally placed in the Spanish group, which is morphologically similar to the Queen group, but with inferior quality fruit. DNA amplification products were compared from 16 arbitrary 10‐mer primers from which a dendrogram was constructed. The results confirmed morphological classifications for seven of the eight commercial cultivars, with the Queen and Cayenne groups as separate clusters. However, the cv. ‘Intrachitdang’ was more closely related to the Cayenne group. Two hybrids from reciprocal Cayenne × Queen group crosses, were more closely allied to the Queen group. The two wild species were outside the groups. RAPD analysis can be exploited to investigate relationships within pineapple germplasm.     

8个云南主要栽培梨品种亲缘关系的ISSR分析

[目的]探索利用简单序列重复间区（ISSR）分子标记研究供试栽培梨品种的分类和系统发育。[方法]利用ISSR分子标记技术对8种云南主要栽培梨品种的亲缘关系进行分析。[结果]ISSR—PCR反应体系优化结果表明,20μl ISSR．PCR反应体系中各因素的最佳浓度分别为：1×PCR buffer、100μmol／L dNTP、0．3μmol／L引物、20ng的模板DNA和1．5U Taq DNA聚合酶,并在此基础上建立了梨ISSR—PCR反应体系。从24个引物中筛选出9个能扩增出清晰带并具多态性的引物,共扩增出了135条DNA片段,其中102个DNA片段呈现多态性,占总扩增片段的75．5％。利用NTSYS—pc2．10t软件计算8种梨品种间的Jaccard遗传相似系数。结果显示梨品种间的相似性系数为0．186～0．750,平均遗传相似性系数为0．476。UPGMA聚类分析表明,8种梨品种可以聚为2类：第一类群包括日本水晶梨、早95-2、四川火把和西子绿;第二类群由早酥、金花、旱黄酥和砀山梨4个品种组成,这与传统分类结果一致。[结论]该研究为梨资源的开发利用及新品种的选育提供科学依据。     

基于神经网络的硝基芳烃急性毒性QSAR研究

采用BP神经网络模型研究了45种硝基芳烃类化合物的结构与其急性毒性之间的关系,以硝基芳烃类化合物的量子化学参数作为输入,用3×4×1网络预测其急性毒性.采用内外双重验证的办法分析和检验所得模型的稳定性,所构建网络模型的相关系数为0.999 5,交叉检验相关系数为0.996 8,标准差为0.023 5,残差绝对值≤0.15,应用于外部预测集,外部预测集相关系数为0.998 4;而多元线性回归法(MLR)模型的相关系数为0.943 5,交叉检验相关系数为0.928 7,标准差为0.240 9,残差绝对值≤0.69,外部预测集相关系数为0.956 6.结果表明,BP神经网络模型获得了比MLR模型更好的拟合效果.     

南岭山脉宽皮柑橘近缘野生种亲缘关系鉴定

采用AFLP技术，对湖南省宽皮柑橘类野生资源莽山野橘、道县野橘、江永野橘及印度野橘、立花橘等23个材料进行了DNA多态性鉴定．从64对引物组合中，筛选了8对引物组合，共得到334个扩增位点、4612条带数据，其中多态性位点294个，多态性位点比率88％．采用DICE相似系数UPGMA方法聚类，进行亲缘关系分析，23个材料多态性带比率为0．729-0．850，相似系数为0．68～0．91．根据聚类结果和亲缘关系分析，莽山尖叶和圆叶型野橘、道县粗皮小果型野橘、江永粗皮小果型野橘与印度野橘、立花橘亲缘关系较远，是完全不同的宽皮柑橘近缘野生种．道县野橘与江永野橘亲缘关系较近，应是同一种的不同地域类型．     

周口地区番茄白粉菌的鉴定

[目的]鉴定周口地区番茄白粉菌的形态学及分子生物学.[方法]通过显微学对周口地区的番茄白粉病菌分生孢子及孢子梗的形态、大小进行观察对比,并分析了核糖体DNA转录间隔区（ITS）和进化树.[结果]在扫描电子显微镜下病菌分生孢子呈圆柱形或椭圆形,无支链;目的序列同来自日本番茄上的O.neolycopersici（AB094991）和来自美国番茄上的O.neolycopersici（AB163915）同源性最高聚为一支,与来自韩国绣球花上的O.hortensiae（JQ669944）等由于寄主植物不同而另聚为一条分支.[结论]不同物种的白粉菌间的遗传距离较远,来自周口地区的番茄白粉菌为O.neolycopersici.     

应用RAPD技术探讨红叶李、李和杏的亲缘关系

为了对红叶李Prunus cerasifera cv.Atropurpurea,李P.salicina和杏P.armeniaca的亲缘关系、品种识别及资源保存提供分子生物学依据,也为了验证传统的形态学分类方法,从132个随机引物中筛选出20个引物对红叶李、李和杏的8个材料进行了基因组DNA扩增,均具有多态性,共扩增出264条带,平均每个引物产生13.2个RAPD片段.RAPD带型及聚类分析表明:RAPD技术能将红叶李、李属植物和杏属植物完全分开,红叶李、李和杏之间表现出一定的亲缘关系,各属品种之间都有不同的遗传距离,证明RAPD技术可作为种和属水平的分类鉴定依据;利用红叶李、李和杏品种的特异谱带结合DNA指纹,可将参试的各品种鉴别出来,从而说明了RAPD技术能够用于种或品种之间的鉴定.图2表2参12     

土壤中金龟子绿僵菌菌落宏观特征与DNA多态性的RAPD分析

为了解不同地区土壤中金龟子绿僵菌菌株间的亲缘关系,以及不同菌株亲缘关系的远近与菌株的菌落形态和地理来源是否存在相关关系,对分离自河北省8个地区土壤中的12株金龟子绿僵菌进行形态观察及DNA多态性的RAPD分析.结果表明,不同地理来源菌株间的菌落形态和DNA图谱均存在明显差异;依据菌落孢子的分布形态、基质色泽、孢子颜色以及珠状渗出液的有无等特征能实现与RAPD聚类结果相同的菌株类型划分结果,证实了利用菌株培养特征对菌株亲缘关系远近进行类型划分的可行性;同时,RAPD聚类结果也表明菌株问差异与地理来源有一定的相关性.     

白阿魏侧耳及其近缘种的线粒体SSU rDNA5′端序列分析

以白阿魏侧耳(Pleurotus.nebrodensis)及其近缘种刺芹侧耳(Pleurotus.eryngii)、阿魏侧耳(Pleurotus.ferulae)为供试材料,利用差速离心法和改良的CTAB法提取供试菌株线粒体总DNA,并以此为模板,MS1和MS2为引物特异性扩增出供试菌株线粒体SSU rDNA 5′端的DNA片段,并对PCR产物纯化后进行序列测定。所测序列经比对后用BioEdit 6.0.5和MEGA 3.1软件分别对其序列长度、(G+C)含量和遗传距离进行分析,确定供试菌株间的亲缘关系。结果表明,白阿魏侧耳、刺芹侧耳、阿魏侧耳之间具有较近的亲缘关系,而且阿魏侧耳与白阿魏侧耳之间的亲缘关系比其与刺芹侧耳之间的亲缘关系更近,但白阿魏侧耳、刺芹侧耳、阿魏侧耳为3个不同的种。同时提示线粒体SSU rDNA 5′端序列可以区分不同种间亲缘关系。     

基于COI基因探讨雉科6个属的分类地位

试验测定了雉科4属7种的81条COI序列,获得片段长度为690 bp,并从Genbank、BOLD中获取21属46种的相应序列,进行了序列和系统发生分析。通过计算属间遗传距离,并以中华秋沙鸭(Mergus squamatus)、马来闭壳龟(Cuora amboinensis)为外群,用NJ法、ME法和ML法对雉科46种鸟类构建系统发育树,来探讨雉科内存在争议属的分类问题。结果表明:血雉与鹑类关系更近;雪鸡属与石鸡属关系很近;山鹑属始终与鹌鹑属聚在一起;勺鸡属与雉鹑属相邻而自成一个支;原鸡属与竹鸡属和鹧鸪属始终聚在一起;山鹧鸪属最先分化出来,在整个雉科类群的基部。