利用WGCNA方法分析猪胚胎期骨骼肌发育相关共表达网络的研究

为了了解猪胚胎期骨骼肌发育的共表达网络,并进一步揭示造成品种间骨骼肌发育差异的关键基因,试验分别选取大白猪和民猪妊娠第45,70,100天的怀孕母猪各1头,屠宰后采集胎儿的骨骼肌组织24份(大白猪和民猪各12份,即每个品种妊娠第45,70,100天各4份)进行测序,先对所有组织进行聚类分析以排除离群样品,然后采用加权共表达基因网络分析(weight gene co-expression network analysis, WGCNA)方法构建基因共表达模块,并进一步筛选阶段相关模块,对阶段相关模块中的所有基因进行GO富集分析,最后用DESeq2软件对阶段相关模块中的所有基因进行差异分析。结果表明:样品的比对率范围为94.0%～95.6%,共有23份样品可用于WGCNA分析。共构建了10个基因共表达模块,筛选出6个与阶段相关的共表达模块。在妊娠第45天相关模块基因显著富集到与细胞增殖、细胞循环和骨骼肌组织发育有关的生物学过程中;在妊娠第70天相关模块基因显著富集到与骨骼肌细胞分化有关的生物学过程中;在妊娠第100天相关模块基因显著富集到与线粒体呼吸链复合体Ⅰ组装和线粒体翻译有关的生物学过...     

藏猪与大约克夏猪Mx1基因CDS区多态性及生物信息学分析

为了解藏猪与大约克夏猪Mx1基因编码序列(coding sequence, CDS)多态性,试验选择健康的成年(180日龄以上)大约克夏猪20头和藏猪30头为试验动物,采用PCR法扩增两个猪群的Mx1基因CDS区,测序分析其单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs),采用生物信息学方法分析Mx1基因CDS区编码蛋白质的理化性质、疏水性、磷酸化位点、二级结构、三级结构和与其他蛋白质的相互作用,分析SNPs位点对Mx1基因编码蛋白的上述指标的影响。结果表明：在藏猪Mx1基因CDS区存在C867G、A923C、A1241G和C1324A 4个SNP位点,在大约克夏猪中存在A1241G和C1324A 2个SNP位点;其中C867G、A923C和A1241G位点属于错义突变,分别使第289位由天冬氨酸变为谷氨酸,第308位由谷氨酸变为丙氨酸,第414位由赖氨酸变为精氨酸;C1324A为同义突变。Mx1基因CDS区共编码663个氨基酸,编码蛋白质呈酸性、亲水性,二级结构以α螺旋为主;共有55个磷酸化位点,其中有37个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,13...     

西藏部分地区血蜱、革蜱形态和分子生物学鉴定

为了解西藏部分地区牛体表寄生的硬蜱种类,试验分别从西藏林芝、拉萨地区采集硬蜱样本,首先用形态学方法对采集的硬蜱进行初步鉴定,然后根据硬蜱线粒体12S rDNA、16S rDNA、COXⅠ基因进行序列扩增并测序,再应用MEGA 7.0软件采用邻近法(Neighbor-joining method)构建系统进化树,进行分子进化分析,并与形态学结果相互验证。结果表明：通过形态学初步鉴定西藏林芝地区所采集的样本为血蜱属成蜱,西藏拉萨地区所采集的样本为革蜱属成蜱。西藏林芝地区所采集的血蜱COXⅠ、12S rDNA、16S rDNA基因序列与GenBank中已知血蜱Haemaphysalis formosensis、Haemaphysalis longicornis、Haemaphysalis danieli核苷酸序列相似性分别仅为87.36%、91.28%、90.31%,而西藏拉萨地区所采集的革蜱COXⅠ、16S rDNA和12S rDNA基因序列与GenBank中已知革蜱Dermacentor everestianus核苷酸序列相似性分别为98.88%、98.76%和97.70%。根据不同基因...     

鸡IL-4和IL-2重组融合基因佐剂对鸡球虫活疫苗的增效作用研究

为了研究鸡白细胞介素4(IL-4)和IL-2重组基因佐剂pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP对鸡球虫活疫苗的增效作用,试验采用基因佐剂配合鸡球虫活疫苗对雏鸡进行免疫攻毒试验,测定该基因佐剂的最小有效剂量、给药途径,使用该基因佐剂对鸡球虫活疫苗的最短免疫间隔时间和免疫产生期的影响。结果表明：抗球虫指数(ACI)和相对增重率(RWG)随着基因佐剂剂量增高而升高,肌肉注射100μg/只时,ACI(189.32)和RWG(90.35%)达到高峰;口服基因佐剂300μg/只组的ACI(188.41)与肌肉注射基因佐剂100μg/只组接近;肌肉注射佐剂免疫攻毒组的两次免疫最短间隔时间(6 d)较不加基因佐剂组(7 d)缩短1 d;肌肉注射佐剂免疫攻毒组的免疫产生期为二免后第5天,较无基因佐剂免疫攻毒组提前1 d。说明肌肉注射IL-4和IL-2重组基因佐剂pCI-chIL-4-chIL-2-EGFP 100μg/只可提高鸡球虫活疫苗的免疫效果,缩短免疫产生期和免疫间隔。     

山麻鸭SCA-2基因克隆、生物信息学及组织表达谱分析

为了探究Struthiocalcin-2(SCA-2)基因在山麻鸭蛋壳形成过程中的作用,试验选择9只产蛋高峰期(30周龄)的健康山麻鸭,采用SMART-RACE方法对山麻鸭SCA-2基因cDNA序列进行克隆,运用生物信息学软件对SCA-2基因编码蛋白质的理化性质、二级和三级结构进行预测及分析,构建SCA-2基因系统进化树;采集试验山麻鸭心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胸肌、肌胃、下丘脑、垂体、卵巢,以及输卵管的漏斗部、膨大部、峡部和子宫部共14个组织,每3只做一次混样处理,每个组织共3个重复,提取组织RNA,通过实时荧光定量PCR分析SCA-2基因mRNA在上述组织中的相对表达量。结果表明：SCA-2基因的cDNA全长为726 bp,该基因编码蛋白的分子式为C₈₃₆H₁₂₄₇N₂₂₉O₂₄₇S₈,属于不稳定蛋白,其中丝氨酸(12.6%)、亮氨酸(12.0%)、丙氨酸(10.2%)含量较高;蛋白质的二级结构中,α螺旋占23.35%、β折叠占13.77%、无规卷曲占62.87%,且包...     

藏猪与大约克夏猪GADD45A基因多态性与表达差异研究

为了探究GADD45A基因在猪肌肉生长中的作用,试验选择180日龄的藏猪和大约克夏猪各8头,采用实时荧光定量PCR法测定和分析两品种试验猪只背最长肌、腿肌和垂体组织中GADD45A基因的mRNA相对表达量;同时选择180日龄藏猪37头和大约克夏猪55头,PCR扩增两品种试验猪只GADD45A基因起始密码子上游3 000 bp左右的序列(5′侧翼区),通过混池测序分析序列的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)位点,同时分析SNPs对GADD45A基因转录的影响。结果表明：在背最长肌和腿肌组织中,藏猪GADD45A基因的mRNA表达量均极显著高于大约克夏猪(P<0.01);在垂体组织中,藏猪GADD45A基因的mRNA表达量显著高于大约克夏猪(P<0.05)。GADD45A基因5′侧翼区存在G1 952A、C1 689T、G1 614T 3个突变位点,并且这3个突变位点在藏猪和大约克夏猪中均差异极显著(P<0.01),且均符合哈迪-温伯格定律(P>0.05);经转录因子预测,在C1 689T位点中,当C碱基突变...     

基于CRISPR/Cas9技术的水稻miR1866突变体构建

microRNA (miRNA)是长度为18～25个碱基的非编码单链RNA,在植物生长发育过程中起着重要的调节作用.水稻是世界上重要的粮食作物之一,近年来调控水稻生长发育的miRNA不断被发掘,但目前关于miR 1866的研究还比较少.本研究通过构建miR1866的CRISPR/Cas9表达载体,创制miR1866的突...     

菊花CmSVP基因结构及表达模式分析

SHORT VEGETATIVE PHASE(SVP)基因作为重要的开花抑制因子,受多种环境因子影响,参与多条花期调控途径.为了明确菊花CmSVP基因在花期调控中的功能,以日中性菊花金不凋为材料,通过PCR克隆CmSVP基因,分析CmSVP基因结构;采用qRT-PCR方法分析CmSVP在菊花不同时期的不同组织、不同光周...     

基于CiteSpace的昆虫性别决定基因研究现状与热点分析

为明确国内外昆虫性别决定基因研究的发展历程、研究热点及趋势,为未来研究方向提供参考与建议,本研究整理并筛选了1933—2022年中国知网（CNKI）和Web of Science(WOS)数据库收录的昆虫性别决定基因的论文,运用文献计量学分析软件CiteSpace对发文年代、关键词、作者和机构等进行可视化分析。结果表明：2001—2005年昆虫性别决定基因研究的发文量呈现上升趋势,发文量最多的国家是美国（446篇）,其次是中国（111篇）和日本（88篇）;国内外载文量最多的期刊分别是《昆虫学报》（9篇）和Genetics(94篇);通过关键词共现和聚类分析表明昆虫性别决定在国内外都是广泛关注的热点问题,且国内外研究方向大体一致,研究热点均集中在模式生物上;通过关键词共现和突现词分析发现利用昆虫性别决定基因进行害虫防治是未来研究的新趋势。