基于转录组测序筛选乌苏里白鲑肌肉生长关键候选基因研究

为了挖掘调控乌苏里白鲑(Coregonus ussurinsis Berg)肌肉生长的关键候选基因,本研究对不同生长速度乌苏里白鲑的肌肉组织进行转录组测序,以期为乌苏里白鲑群体选育提供基础数据。首先,在同等条件下(从混合池中)随机选择乌苏里白鲑F2个体进行实验分组(快长组和慢长组)。接着分别从快长组[体重为(219.20±38.66) g]和慢长组[体重为(74.30±17.86) g]中随机选取10尾样本,取其背部肌肉进行转录组测序。以FDR (false discovery rate)<0.05且|log2(FC)|>1 (FC, fold change)为条件筛选差异表达基因并对其进行GO (gene ontology)和KEGG (Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,并通过qPCR验证转录组数据的准确性。转录组测序结果显示,共筛选出2 211个差异表达基因,与慢长组相比,快长组中583个差异基因表达上调及1 628个基因表达下调。GO功能注释结果显示,差异基因主要参与细胞过程和结合过程,差异基因显著富集到251条KEGG通路(P<0.05),其中,MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)、紧密连接(tight junction)、胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)、糖酵解/糖异生(glycolysis/gluconeogenesis)和PPAR信号通路(PPAR signaling pathway)参与细胞生长。之后结合功能注释结果和KEGG,鉴定出肌浆/内质网钙ATP酶基因atp2a1和atp2a2、葡萄糖-6-磷酸脱氢酶基因g6pc、生长因子结合蛋白1基因igfbp1以及肌球蛋白重链基因myh1、myh4、myh6、myh7、myh9和myh13等可能与肌肉生长密切相关的基因。本研究共筛选出10个可能与乌苏里白鲑肌肉生长相关的关键候选基因,为今后乌苏里白鲑分子标记辅助育种提供了基础数据。     

鸡Rab6基因的克隆和特征分析

Rab是真核生物细胞器进行物质交换和信息传递重要的小分子结合蛋白。研究采用RT-PCR方法从22周龄母鸡脂肪组织中克隆了Rab6基因的cDNA序列。序列长度为774bp,包含1个627bp完整的CDS,编码208个氨基酸。该序列(Genbank No:DQ470138)与鸭、人、小鼠、狗的Rab6有85.8%～93.1%的同源性,而相应蛋白的同源性达97.6%以上。蛋白预测的分子量和等电点分别为23490Da、5.42,与鸭、人、小鼠、狗的Rab6蛋白高度相似,在78～102氨基酸处有1个跨膜结构。分析结果表明Rab6基因及其蛋白质在动物进化中是高度保守的。     

马疱疹病毒5型的鉴定及遗传进化分析

采集乌鲁木齐某马术俱乐部226匹纯血马鼻拭子样品,用高通量测序检测纯血马携带病毒多样性,结果宏病毒组学分析共产生73664946条reads,有16067条reads(0.022％)注释为哺乳动物病毒,其中105条reads注释到马疱疹病毒5型(EHV-5)gH基因.根据GenBank中的EHV-5参考株2-141/6...     

丁鱥不同群体线粒体COⅡ基因序列分析

我国新疆朱家湖、73水库2个地方丁鱥群体和引进的捷克丁鱥群体线粒体DNA的COⅡ基因3种单倍型碱基组成中,A T含量分别为59.67%、59.84%和59.33%。单倍型Ⅰ在3群体中均有分布,单倍型Ⅱ只在2个新疆地方性丁鱥群体中有分布,单倍型Ⅲ仅为捷克群体独有。单倍型Ⅰ与单倍型Ⅱ所编码的蛋白质相比较,一级结构发生了1个碱基替换,由赖氨酸替换为谷氨酸。     

铜绿假单胞菌oprH基因DNA疫苗的构建与检测

研究旨在构建铜绿假单胞菌oprH基因的DNA疫苗。试验根据GenBank中已发表的铜绿假单胞菌的oprH基因序列,设计合成了一对特异性引物,利用PCR技术由铜绿假单胞菌基因组DNA中扩增获得该目的基因,进行胶回收纯化并与T载体进行连接,经双酶切和PCR鉴定后将重组质粒进行酶切回收目的基因片段,并将其亚克隆于真核表达载体pCAGGS-HA中,以双酶切和PCR方法进行鉴定。结果显示：PCR成功扩增出约600 bp的oprH基因,连接T载体后的重组质粒经双酶切和PCR鉴定,均可获得大小正确的目的基因片段。真核重组载体鉴定结果显示,oprH基因成功克隆于真核表达载体pCAGGS-HA中。研究表明,试验成功构建了oprH基因的DNA疫苗,为进一步研究其免疫效果及铜绿假单胞菌新型疫苗的研制提供参考。     

新疆某规模化养殖场7、14日龄腹泻羔羊粪源非O157致病性STEC菌毒力基因分布调查

试验对7日龄、14日龄腹泻羔羊粪便进行选择性增菌,用PCR扩增方法进行初步筛选,多重PCR方法进行毒力基因(stx1、stx2、eae、hlyA)检测.结果 表明:腹泻羔羊粪便大肠菌株阳性率88.90％,stx1、stx2、hlyA相关编码毒力基因12株.其中编码毒力基因stx2和stx2+ hlyA各3株,编码毒力基...     

绞股蓝总皂甙对小鼠抗衰老功能的影响

进入21世纪后,许多国家(包括我国)已经进入人口老龄化社会。衰老与抗衰老研究面临诸多新的问题和新的使命。关于衰老的机理,国内外已经做了大量的研究,提出了200多种衰老的学说,诸如衰老的生物钟学说、基因调控障碍学说、自由基学说、端粒学说等等。这些学说之间一般都存在着内在的联系,并互为因果,一般也可以用实验的方法得到证实,但同时也应看到没有哪一种学说能够完整地阐明衰老的机理〔1〕。其中自由基学说是目前基本上得到公认的一种衰老学说〔2〕。绞股蓝(Gynostemma Pentaphyllan Makin)又名七叶胆,是葫芦科绞股蓝属植物,为多年生…     

兽用基因工程制品生物安全性探讨

自20世纪70年代初,Paul Berg获得第一例重组DNA,基因技术的应用一直是众多学科研究的热点。质粒直接肌肉转染表达的成功更是为基因操作提供了新的技术途径。随着技术的进步,基因工程制品成为了生物制品的重要组成部分,迄今为止真正被批准投放市场的动物基因工程制品还不多,但已经研究成功,甚至已申请专利的新产品已为数不少。与传统生物制品相同,基因工程制品也涉及到生物安全的问题,这既有与传统生物制品相类似的问题,同时又由于其研制特点,还必须考虑到其他一些特殊因素。1基因工程与生物安全1996年农业部颁布的《农业生物基因工程安全…     

猪HIF-1α基因启动子区及编码区的生物信息学分析

利用生物信息学方法,对NCBI中公布的猪缺氧诱导因子HIF-1α基因的5′端上游2 000 bp长度的候选启动子区进行了核心启动子及转录结合位点的预测;同时对其所编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、跨膜结构域、信号肽、高级结构及进化关系进行了分析。结果显示：猪HIF-1α基因5′端上游存在潜在启动子区,存在CpG岛,存在多个转录因子结合位点,编码的蛋白为亲水性蛋白;蛋白质等电点为5.11,共由824个氨基酸组成,含量最高的为亮氨酸。HIF-1α蛋白主要定位于细胞核内,不存在跨膜结构域,为非跨膜蛋白,不存在信号肽,二级结构主要为α-螺旋及无规卷曲。此外通过对猪HIF-1α基因序列的同源性比较发现,与猪HIF-1α基因同源性最近的是绵羊,同源性最远的是原鸡。此研究为猪HIF-1α基因结构和功能的探索提供了一定的理论依据。