1个水稻产量QTL区段及品系特异性重复序列的比较分析

为克隆1个水稻产量QTL,对遗传作图亲本珍汕97和明恢63物理图谱上与该QTL相对应的区段进行了比较分析,关闭了2个物理图谱在该区段的物理缺口,对该区段珍汕97和明恢63BAC末端序列分别与日本晴参考序列之间的预测单核苷酸多态性SNP位点进行了检验,发现大部分预测SNP序列正确,而有一部分预测SNP为BAC末端测序错误...     

新疆野生油菜BAC文库的构建

本实验以新疆野生油菜18号的基因组DNA为材料构建了其BAC(bacterial artificial chromosome)文库。该文库共有14592个克隆,插入片段在50-300kb之间,平均插入片段105kb,空载率低于5%,覆盖了新疆野生油菜基因组约4.0倍。新疆野生油菜基因组BAC文库的构建,为进一步研究其基因组结构及功能基因的利用等奠定了基础。     

草鱼BAC文库中TLR3基因的筛选及表达特征的研究

【目的】从草鱼的BAC文库中筛选TLR3基因的阳性克隆,研究该基因在草鱼体内的表达规律,为进一步研究奠定基础。【方法】用同位素P32标记的探针,对53 216个BAC克隆以双份平行形式制备的DNA尼龙膜进行杂交筛选,用半定量方法检测TLR3在草鱼不同组织(鳃、心脏、肠、肝胰脏、肌肉、皮肤、脾脏、头肾和中肾)中的表达模式,用实时荧光定量RT-PCR研究草鱼感染呼肠孤病毒后不同时间TLR3的表达规律。【结果】获得了2个TLR3基因的阳性BAC克隆,该基因在被检测的9个组织中都有表达,其中在脾脏、皮肤中的表达量较高。在感染呼肠孤病毒后24 h,草鱼肝胰脏中TLR3的相对表达量显著升高(P0.05);感染后48 h,其相对表达量恢复到正常水平(P0.05)。【结论】成功筛选到草鱼TLR3的BAC克隆,该基因在草鱼体内不同组织中有广泛表达,并且参与了草鱼抗呼肠孤病毒的过程。     

基于棉花BAC文库的大片段核DNA的提取方法

本实验在基因组大片段DNA的提取方法上,结合棉花的特殊性,作了一些改进。即首先将幼苗进行暗培养,减少了叶绿体和酚类等物质的影响;随后在Wash buffer中加入酚结合剂PVP40(polyvinylpyrrolidone),较好地去除了棉酚等次生物质的干扰;另外在细胞核分离过程中,增加了低速稍离心去沉淀的步骤但之前不需要过滤,较好地去除了不溶性杂质。此方法所提取得到的棉花基因组DNA,分子量约在1Mb左右,碎片较少,基本上无蛋白质和细胞器DNA等污染。其质量完全满足构建BAC文库的要求。     

一种用高拷贝质粒载体制备BAC载体基本功能基因的新方法(英文)

[Objective] The aim of this study was to provide a method for solving the problems in preparing BAC vector with High-copy plasmid pUC119-Bluelox BAC.[Method] With selecting a proper single restriction site,sequences of a single copy BAC vector plasmid were inserted into proper site of High-copy plasmid pUC119 vector.[Result] The gene sequence of BAC vector lost control function of single copy number in new plasmid pUC119-BAC and was copied through High-copy form. The gene sequence of BAC vector basic function was completely cutted off through single enzyme digestion and the control function of single copy could be recovered by auto-connection.[Conclusion] The High-copy pUC119-BAC plasmid was used to copy and amplify high copy of basic function gene sequence in BAC vector,besides that it could be used to construct transfer vector of molecular cloned recombinant virus or BAC library.     

绒山羊USP9Y基因的BAC筛选与鉴定

USP9Y是与精子生成密切相关的基因,在动物繁殖育种中起非常重要的作用。为了进一步探讨其在绒山羊精子生成中的作用机理,提高育种率,本研究依据牛的USP9Y基因序列设计引物,运用PCR技术,对绒山羊BAC文库进行USP9Y基因的筛选、克隆、测序鉴定。并将测序所得的部分序列与不同物种进行序列比对,结果显示,目的片段与牛的同源性为98%,与家猫的同源性为95%,与人、恒河猴、黑猩猩等的同源性为89%,表明该基因在进化过程中具有一定的保守性。USP9Y基因的BAC筛选,为后续BAC测序,进一步获得USP9Y全序列及功能研究,充分开发绒山羊的经济价值奠定基础。     

控制桃粘/离核PG基因的BAC克隆筛选与序列分析

【目的】控制桃果实粘/离核性状的多聚半乳糖醛酸酶(polygalacturonase,PG)基因存在串联重复和大片段的缺失。本研究对粘核桃所处的F-M基因座序列特征进行分析,为开发相关分子标记提供依据。【方法】本研究利用构建的粘核桃单株‘87-7-1’基因组的细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)文库,通过PCR筛选出含F-M基因座的阳性克隆,利用单分子纳米孔技术进行全长测序,并对BAC克隆中的插入片段进行基因注释、序列比对和生物信息学分析。【结果】利用已有桃品种的基因组重测序数据设计PCR引物,以BAC文库为模板,扩增F-M基因座上/下游稳定共有的序列,获得了扩增产物上/下游条带均为阳性的目标单克隆46-B-10。全长测序结果表明,BAC克隆的插入片段全长为111 612 bp,GC含量为37.03%。利用基因同源共线性方法对Prunus_persica_v2.0桃参考基因组和BAC克隆之间的同源信息进行比对分析,确定了同源区域。而与已知的桃参考基因组(测序品种为‘Lovell’,离核)序列进行...     

Research on the Construction of Bacterial Artificial Chromosome Vector DNA and the Potentials in Application

[Objective] The aim of this study was to provide a method for solving the problems in preparing BAC vector with High-copy plasmid pUC119-Bluelox BAC.[Method] With selecting a proper single restriction site,sequences of a single copy BAC vector plasmid were inserted into proper site of High-copy plasmid pUC119 vector.[Result] The gene sequence of BAC vector lost control function of single copy number in new plasmid pUC119-BAC and was copied through High-copy form. The gene sequence of BAC vector basic function was completely cutted off through single enzyme digestion and the control function of single copy could be recovered by auto-connection.[Conclusion] The High-copy pUC119-BAC plasmid was used to copy and amplify high copy of basic function gene sequence in BAC vector,besides that it could be used to construct transfer vector of molecular cloned recombinant virus or BAC library.     

瘤胃微生物基因组文库中BAC末端序列分析

基于前期从瘤胃微生物基因组文库中筛选的功能酶克隆菌,利用T7和pIBRP引物,测定功能酶克隆菌的BAC末端序列,并利用NCBI Blast系统对BAC末端序列进行分析.结果表明:共得到26条BAC末端序列,经Blast比对分析,与已知编码基因的匹配度低,而大部分BAC末端序列与阪崎肠杆菌和环境中的微生物匹配度高,说明瘤胃中的微生物与其它环境中的微生物具有一定的相似性,进一步丰富了对瘤胃微生物的认识.