江西烟草青枯病菌的分子鉴定及系统发育分析

从江西省信丰、广昌和峡江3县采集呈典型症状的烟草青枯病株进行病原菌分离,得到3个具有致病性的细菌分离株,分别命名为RSXF-1、RSGC-1和RSXJ-1。采用细菌16S rDNA基因通用引物对3个分离株的16S rDNA基因进行PCR扩增,对扩增产物进行克隆和序列测定,各得到长为1 500 bp的核苷酸序列。经同源性分析,发现3个分离株均为茄科劳尔氏菌(Ralstonia solanacearum),且三者间具有高度的序列同源性。将此3个分离株的16S rDNA核苷酸序列与GenBank中R.solanacearum代表性株系的对应序列进行同源性分析并构建系统发育树,结果表明RSXF-1、RSGC-1和RSXJ-1均与我国广东省和云南省的分离株具有最近的亲缘发育关系。     

云南切梢小蠹细胞色素P450基因的克隆与分析

利用RACE技术,从云南切梢小蠹Tomicus yunnanensis中克隆获得了一个细胞色素P450基因cDNA序列。该基因简写为TyunP450,其序列长1 524 bp,开放性阅读框为1 269 bp,编码422个氨基酸,预测蛋白分子量为48.50 ku,pI为8.94。通过MotifScan分析发现,TyunP450氨基酸序列中潜在1个酰胺化位点(XGR265-268)、4个N-糖基化位点(NLSV33-36、NDSV87-90、NGST97-100和NASK372-375)、4个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸位点(SVTE176-179、TQRD187-190、SDED217-220和TIDE420-423)、5个N-豆蔻酰化位点(GNVFGF2-7、GNVYND40-45、GGQNAA163-168、GGILSD213-218和GTNIAI340-345)、8个蛋白质激酶C磷酸化位点(SLK77-79、STK99-101、TQR187-189、SLK210-212、SLR288-289、SHK417-419、SLK431-433和TLR443-445)、1个P450细胞色素血红素铁配体的半胱氨酸位点(FSSGPRDCLG384-393),204~316氨基酸区域具有典型的细胞色素P450结合位点结构,317~441氨基酸区域具有典型的细胞色素P450结合位点结构,9~28氨基酸区域具有DUF321蛋白的未知函数结构域,1~441氨基酸区域具有典型的细胞色素P450结合位点结构。TyunP450与埃及伊蚊Aedes aegypt、家蚕Bombyx mori、丽蝇蛹集金小蜂Nasonia vitripennis、赤拟谷盗Tribolium castaneum和豌豆蚜Acyrthosiphon pisum的P450氨基酸序列相似性分别为19%、20%、21%、23%和15%。     

海南普通野生稻Waxy基因的分离和序列分析

根据已报道的栽培稻Waxy基因序列设计引物,对海南普通野生稻Waxy基因的DNA序列和cDNA序列进行克隆和鉴定。获得Waxy基因编码区的DNA序列3 330 bp,cDNA序列1 860 bp,该基因编码区存在13个外显子和12个内含子,编码609个氨基酸残基。海南普通野生稻与其他水稻Waxy基因序列之间存在显著差异,并且主要体现在内含子上,推测其可能影响Waxy基因的转录水平。Waxy基因聚类分析表明,栽培稻与海南普通野生稻亲缘关系较近。     

超声联合钼靶X线检查在乳腺良恶性肿瘤鉴别诊断中的应用

目的评价超声联合钼靶X线检查在乳腺良恶性肿瘤鉴别诊断中的应用价值。方法经病理证实的168个乳腺肿瘤术前均行超声及钼靶X线检查,评估两种诊断方法及联合应用的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值及诊断符合率。结果 168个乳腺肿瘤中,良性113个,恶性55个。除钼靶对恶性肿瘤钙化的显示率高于超声之外（P〈0.01）,两者在其余指标的检测差异均无统计学意义（P〉0.05）。二者联合诊断乳腺良恶性肿瘤的特异度、阳性预测值及符合率均优于单用超声、钼靶,差异均有统计学意义（P〈0.01或0.05）。结论超声和钼靶X线联合应用可显著提高乳腺肿瘤的诊断符合率。     

君子兰八氢番茄红素合成酶基因的克隆与序列分析

根据GenBank上登陆的黄水仙八氢番茄红素合成酶基因(登录号:X78814.1)设计特异引物,通过PCR扩增从君子兰cDNA中克隆出一个1.4 kb的片段。序列分析表明,这个序列全长1 395 bp,包含一个1 272 bp的开放阅读框,并且编码423个氨基酸。与水仙(DQ984674)、文心兰(FJ859988)和茶花(EF545005)相比,此cDNA序列显示出98%~76%的同源性,并且与水仙、猕猴桃、番茄和柿相比,其氨基酸序列显示出达到了99%~80%的同源性。由此可知,研究所克隆的序列为君子兰的PSY全长基因,该PSY基因已登陆GenBank(登录号:JF499694)。     

葡萄糖调节蛋白78研究进展

葡萄糖调节蛋白78(Glucose regulated protein 78ku, GRP78)又称免疫球蛋白重链结合蛋白(Immunoglobulin heavy chain binding protein, Bip),是位于内质网上的一种重要分子伴侣,属热休克蛋白70家族的一员,GRP78分子及其DNA分子序列结构在许多生物物种中高度保守.GRP78在内质网中参与阻止内质网新生肽聚集、调节内质网钙稳态、抗内质网相关性细胞凋亡以及启动未折叠蛋白反应等.近年来发现,GRP78与多种疾病发生发展密切相关,GRP78生物学功能研究已经引起广泛关注.     

湖南省柑橘黄龙病菌的PCR检测及序列分析

从湖南省8个市(县)采集柑橘黄龙病疑似植株的叶片,以特异引物进行PCR检测。结果表明:8个市(县)所采样品均检测到了柑橘黄龙病病原菌,其中新宁、武冈、隆回、洞口和通道县为首次发现,各地病原菌序列与柑橘黄龙病亚洲种(M94319)的同源性高达99.1%～100%;不同地区的柑橘黄龙病病原菌存在微小差异,其中新宁与通道县病株差异稍大。这说明由特异性引物建立的PCR检测技术具有特异性强、准确率高、可重复性好等特点,可用于柑橘黄龙病的快速检测。     

猪O型口蹄疫病毒温度敏感突变株部分基因的PCR扩增及序列分析

根据O型FMDV全基因组序列设计引物,通过PCR扩增得到目的基因,并对猪O型FMDV的强弱毒株基因进行克隆与序列分析。结果表明:扩增得到的O型口蹄疫病毒温度敏感株L、P1、P2、P3(3C、3D)区目的基因片段大小分别为603、2 208、1 464、639、1 410 bp,与预期相符。各区序列拼接后与野生型猪O型FMDV序列比对,两者同源性为88%。     

葡萄EST‐SNP位点的信息与特征

为了从不同基因型葡萄组织的表达序列标签(EST)中得到候选单核苷酸多态性(SNP)位点,从NCBI的dbEST数据库中下载来源于9个不同葡萄基因型的不同组织EST序列42493条,利用CAP3软件拼接得到6126个重叠群(contig),将拼接结果导入QualitySNP进行SNP筛选;同时,为提高候选SNP位点的可靠度,降低小规格contig开发SNP的假阳性率和大规格contig开发SNP的假阴性率,设置候选SNP位点的次要等位基因频率至少为30%,SNP侧翼序列保守度至少为5bp.结果表明:仅在1195个contig中存在候选SNP位点,共5032个,其中包括1800个颠换类型,2896个转换类型,336个单碱基的插入与缺失(indel),SNP的平均出现频率为4畅2SNP爛contig-1.利用CAPS(酶切扩增多态序列)分子标记和重测序方法对其中几个候选SNP位点进行验证表明,符合人工筛选原则且来自于小规格contig的候选SNP位点检测结果较好,可靠度最高.     

普利司通公司研究橡胶树基因组

普利司通公司声称,该公司已成功解码橡胶的主要基因组序列,并研发出改进橡胶树疾病诊断的技术。该公司称,该基因组序列包括重要的关于橡胶树繁殖和生命的基因信息。该研究突破是由日本国家遗传研究所的基因组信息学实验室完成的。该新基因数据将促进橡胶树的改良育种技术和种植方法的发展。