杧果细菌性角斑病菌phd基因克隆与序列分析

由柑橘黄单胞菌杧果致病变种(Xanthomonas citri pv．mangiferaeindicae, Xcm)引起的杧果细菌性角斑病是杧果上的一种重要细菌性病害,严重危害杧果产业发展。为了研究抗毒素phd基因的结构和功能,本试验通过在NCBI上选取已被注释的Xcm抗毒素phd基因的序列,设计出引物phd-F和phd-R,从Xcm003菌株中扩增出258 bp的DNA片段,提交至NCBI的登录号是MH401645。经序列分析该片段是一个完整的phd基因,编码85个氨基酸,其理论分子量9.68 kD,理论等电点为9.39,是一种亲水性蛋白,无信号肽,有6个磷酸化位点以及一个结构域。系统进化树结果显示,该基因的氨基酸序列与Xanthomonas citri pv.mangiferaeindicae LMG941的Phd蛋白聚为一类。通过克隆杧果细菌性角斑病菌phd基因并对其进行生物信息学分析,为深入研究phd基因做基础。     

侵染苘麻的菜豆金色黄花叶病毒的鉴定及基因组结构分析

为明确引起我国山西晋中地区苘麻叶片表现皱缩和花叶症状的病原物及其基因组分子特征, 本研究利用双生病毒简并引物扩增获得病毒基因组部分序列,经测序、比对后设计特异性引物扩增病毒基因组序列, 进而通过生物信息学方法构建系统发育树并进行序列分析。结果表明:引起苘麻叶片皱缩、花叶的病原物为番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus, TYLCV), 将该分离物命名为TYLCV-Abu, GenBank登录号为OP293347, 但未扩增到β卫星。该病毒DNA-A基因组全长为2 782 bp, 含有6个开放阅读框。TYLCV-Abu分离物与TYLCV茄子分离物KSQ1-3(GenBank登录号KC428753)的核苷酸序列一致性最高, 为98.99%, 其中C4和V2编码的蛋白变异较大。重组结果分析显示,分离物TYLCV-Abu是由TYLCV-F(GenBank登录号KY971326)和TYLCV-KSQ1-3重组得到, 重组区域为其基因组2 617－2 782 nt区域。这是首次从苘麻样品中扩增到TYLCV全基因组序列并进行分析。     

夜来香花叶病毒江西分离物的分子特征与序列分析

夜来香花叶病毒(telosma mosaic virus, TeMV)是侵染西番莲的重要植物病毒之一。本研究通过RACE和RT-PCR技术获得3条TeMV江西分离物全基因组序列,除poly(A)尾外,3个分离物基因组全长均为10069 nt。试验中采用汁液摩擦接种的方式对分离物进行生物学特性研究,首次发现该病毒可侵染豌豆寄主。对所获分离物全基因组进行序列一致性分析,结果显示,江西分离物间核苷酸与氨基酸序列一致性分别为98.1%-98.6%和98.8%-99.3%,与GenBank中报道的TeMV分离物全基因组的核苷酸与氨基酸序列一致分别为87.3%-98.9%和91.2%-99.5%,其中与武夷山分离物(MK340755)序列一致性最高。基于不同分离物CP基因的系统发育分析显示,寄主来源相同的分离物亲缘关系较近,推测TeMV的遗传进化与不同的植物寄主相关。     

贡柑黑腐病病原菌的分子鉴定

贡柑黑腐病是近年来在贡柑上发生的一种新型病害,该病害可导致嫩梢快速枯死,大量嫩叶脱落,严重影响树势和产量。本研究从病区采集发病枝叶,对贡柑黑腐病病原菌进行分离、纯化,并采用rDNA-ITS序列分析技术对其进行分子鉴定。结果表明,贡柑黑腐病病原菌为链格孢属（Alternaria Nees）真菌,rDNA-ITS序列与GenBank中芸薹链格孢菌(Alternaria brassicae (Berk.) Sacc.)和柑桔链格孢菌(Alternaria citri Ellis & Everhart)的ITS序列的同源性为99%。结合形态学特征,推断该病原菌为柑桔链格孢菌。     

云南普文葡萄柚黄龙病病原分子检测及鉴定

为确定云南林科院普文葡萄柚试验园从美国佛罗里达州引种的葡萄柚是否感染黄龙病以及其病原类型,以期为后续对葡萄柚黄龙病的研究提供前期研究基础。本实验对13个葡萄柚品种的116个柑桔黄龙病疑似病样进行PCR检测。结果表明,该试验园的13个葡萄柚品种中共有96个样品感染黄龙病,总感病率达到82.8%。并通过在NCBI中比对及使用MEGA5.1建立系统发育树得出,在该试验园分离出的黄龙病菌16SrDNA的序列一致性达到100%,与柑桔黄龙病亚洲种（Candidatus Liberibacter asiaticus）、柑桔黄龙病非洲种（Candidatus Liberibacter africanus）和柑桔黄龙病美洲种（Candidatus Liberibacter americanus）序列的相似性分别为100%、97.6%-98.5%和96.0%-96.7% 。该结论表明云南普文葡萄柚试验园发生的黄龙病病原菌属于柑桔黄龙病亚洲种。     

1株野生斑鸠源禽痘病毒的分离与鉴定

为确定山东大学趵突泉校区内1只皮肤表面有多个明显痘疹的野生斑鸠的病原体,采集该斑鸠的皮肤痘痂,将其研磨液分别接种于鸡胚绒毛尿囊膜和鸡胚成纤维细胞（CEF）及幼仓鼠肾细胞21(BHK-21)中,均出现明显病变,分离到1株病毒,命名为斑鸠痘病毒-2018(TDPV-2018);对其核心基因部分片段进行扩增,得到3条特异性条带;对扩增产物进行测序分析。结果显示,该毒株在进化分型上归属于禽痘病毒的B分支,与来自英国的燕八哥身上所分离的禽痘病毒亲缘关系最近。可以初步判定感染该斑鸠的主要病原体为1株新的禽痘病毒。本研究为禽痘病毒的防控及致病机理的深入研究奠定了理论基础。     

鸡新城疫病毒洛阳分离株HN基因的克隆和序列分析

应用RT PCR技术从新城疫病毒洛阳分离株中扩增HN的cDNA片段,并将其克隆至pMD18 T载体进行核苷酸序列测定。结果表明:新城疫分离株HN基因片段长度为1716bp,编码571个氨基酸;推测出的氨基酸序列中有5个糖基化位点,12个半胱氨酸残基;与国内外的14株新城疫毒株HN基因相比,核苷酸和氨基酸同源性分别为66.4%~98.5%和87.8%~98.3%;与标准毒株Lasota和Clone30的亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸差异性较大,而与天津分离株和云南分离株的亲缘关系较近,基本属于同一基因群。     

基于链表的出栈序列生成算法

目的:向栈中依次输入若干字符,输出所有不同的出栈序列.方法:根据栈后进先出的特征,采用链表确定字符进栈的所有时刻序列,输出字符的所有出栈序列.结果:抛开烦琐的组合数学证明,充分利用数据结构中链表、栈来解决出栈序列问题,并用c 程序描述了该算法.结论:从进栈出栈具有时刻先后关系出发,解决出栈序列问题,算法理解更为简单直观.     

白及种质资源遗传多样性分析

【目的】采用简单重复序列间扩增(ISSR)和相关序列扩增多态性(SRAP)等2种标记技术分析不同种源白及Bletilla striata样本的遗传多样性水平和遗传关系,为白及种质的鉴定、分类、保护和开发提供理论依据。【方法】从100个ISSR引物和238对SRAP引物组合中筛选出多态性高、扩增条带清晰、重复性好的引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,用Popgene 32.0计算来自浙江、云南、贵州和四川等省32个不同种源白及的遗传多样性参数和遗传距离,用NTSYS-pc 2.10e进行聚类分析。【结果】从100个ISSR引物中筛选出11个多态性较好的引物,共扩增出188个条带,平均每个引物扩增出17.09个条带,其中多态性位点174个,占总扩增片段的92.20%;从238对SRAP引物组合中筛选出11对多态性较好的引物组合,共扩增出216个条带,平均每个引物扩增出19.64个条带,其中多态性位点202个,占总扩增片段的93.52%。综合ISSR和SRAP的标记结果发现：四川白及种源的遗传多样性水平最高,贵州最低;非加权组平均法(UPGMA聚类)和主坐标分析(PCoA分析)结果显示：聚...