"兰箭3号"春箭筈豌豆叶绿体全基因组草图及特征分析

箭筈豌豆(Vicia sativa)是自花授粉的二倍体一年生豆科牧草,可为我国高海拔地区的反刍动物提供优质蛋白粗饲料。以"兰箭3号"春箭筈豌豆为研究对象,采用DNase I法纯化叶绿体,利用第二代高通量测序平台Illumina Hiseq2000进行测序,并对"兰箭3号"叶绿体全基因组序列的结构特征进行分析。结果表明,"兰箭3号"叶绿体基因组仅包括一个单拷贝的反向重复序列,其叶绿体全基因组大小为121 883bp,共编码了109个基因,包括4个核糖体RNA(rRNA)基因,29个转运RNA(tRNA)基因,75个蛋白质编码基因和1个假基因。"兰箭3号"在叶绿体基因组结构、基因种类、排列顺序上与其它豆科植物基本一致。其叶绿体全基因组序列已在GenBank注册,序列号为KU053796。"兰箭3号"叶绿体全基因组测序的成功为叶绿体分子生物学研究奠定了基础,并可有效地促进箭筈豌豆遗传育种和分子进化研究。     

华中地区犬细小病毒流行病学调查及其VP2基因序列分析

为了解华中地区犬细小病毒2型(CPV-2)的流行趋势以及变异情况,本研究于2020年9月至2022年1月间采集华中地区的418份疑似感染犬细小病毒的粪便样品,通过PCR方法检测,利用F81细胞进行病毒分离、间接免疫荧光试验,并对分离病毒的VP2基因进行氨基酸序列及其同源性和遗传进化分析。结果显示,358份病料检测出CPV-2,阳性率为85.65%。病料接种F81细胞后,有23份阳性样品出现明显细胞病变,间接免疫荧光试验观察到明显荧光。VP2基因序列分析结果表明,分离毒株中有New-CPV-2a型12株、New-CPV-2b型5株、CPV-2c型6株。核苷酸同源性为97.9%～99.8%,氨基酸同源性为95.9%～100.0%。遗传进化分析结果显示,分离毒株与国内分离株、伊朗、巴西分离株亲缘关系较近,与意大利、日本、阿根廷分离株亲缘关系较远。本研究为华中地区犬细小病毒防控及研制高效疫苗奠定了基础。     

猪伪狂犬病病毒野毒株的分离鉴定及gC、gD基因序列分析

2019年河南某猪场暴发疑似猪伪狂犬病疫情,本试验采集发病猪的病料组织,进行伪狂犬病病毒(PRV)毒株的分离鉴定,并分析分离毒株的生物学特性。结果显示：分离毒株HNCY的TCID₅₀为10^-8.48/0.1 mL;一步生长曲线显示,分离毒株在12～24 h复制较快,48 h到达最高峰;分离毒株对小鼠具有较强的致死性,且肺脏中病毒含量最高;序列分析显示,HNCY株gC基因核苷酸序列与国内外PRV分离毒株的同源性为95.9%～100.0%,gD基因同源性为98.9%～100.0%;gC氨基酸序列与国内外PRV分离毒株的同源性为92.9%～100.0%,gD氨基酸同源性为97.5%～100.0%,且国内同源性高于国外;遗传进化分析显示,HNCY分离株gC、gD基因与欧美毒株在不同的大分支上,亲缘关系远;与国内分离株在同一分支上,且与2011年之前分离的PRV毒株在不同的小分支上,表明HNCY分离株属于国内变异毒株。     

2021—2022年我国部分地区鸽圆环病毒感染状况调查

为了解目前我国鸽群中鸽圆环病毒(pigeon circovrius,PiCV)的流行现状及遗传变异情况,2021—2022年对山东等11个省(自治区)PiCV感染状况进行了调查,共采集鸽相关样品658份,采用PCR方法进行PiCV病原学检测,并对3份PiCV病原学阳性样品进行基因组序列测定及遗传进化分析。结果显示:在主动监测的9个省(自治区)49个采样点中,检出464份PiCV病原学阳性样品,个体阳性率为75.20%(464/617),场点阳性率为91.84%(45/49),其中河南省个体阳性率最高(100%);在被动监测的3个省41份病死鸽组织样品中,共检出28份PiCV病原学阳性样品;3份病原学阳性代表样品(QingDao 957、JiLin2、FuJian 1179)与已报道的24条PiCV全基因组序列同源性为87.30%～95.90%;QingDao 957和JiLin 2与国内报道的JS15-1序列亲缘关系较近,而FuJian 1179与国外报道的PL53参考序列属于同一分支,推测QingDao 957和JiLin2毒株在国内流行的PiCV中占主导地位,而FuJian 117...     

植物香豆素生物合成途径及关键酶基因研究进展

香豆素是来源于苯丙烷代谢途径中重要的次级代谢产物,具有多种生物活性,对植物的生长发育及应答逆境胁迫有重要作用。本研究对香豆素生物合成途径以及所涉及的关键酶基因研究进展进行综述,分析了葡萄糖基转移酶基因家族的系统进化,并对香豆素目前研究的问题进行总结以及今后的研究方向进行展望,以期为香豆素生物合成及其后续研究提供借鉴。     

鸡传染性支气管炎病毒广西流行株3种主要结构蛋白基因的遗传变异分析

为了解鸡传染性支气管炎病毒(IBV)广西流行株的遗传变异情况,应用RT-PCR方法对2004-2007年的7株广西IBV分离株的纤突蛋白S1基因、核(N)蛋白和膜(M)蛋白基因进行扩增、克隆、测序和同源性比较及系统进化分析。结果显示广西IBV分离株S1基因存在广泛的基因点突变,部分毒株出现基因插入和缺失,分离株之间氨基酸同源性为74.2%～98.7%;N基因无插入和缺失,但存在基因点突变,分离株之间氨基酸同源性为91.7%～99.3%;M基因存在点突变和插入现象,分离株之间氨基酸同源性为90.7%～98.2%。以疫苗株H120为参照,广西IBV分离株的S1、N和M基因都出现了变异,其中S1基因变异程度最大。7株广西IBV在S1、N和M基因氨基酸序列系统进化树中分别集中在2、3和3个基因群中,其中4株的S1、N和M基因分型结果不一致。结果表明广西IBV分离株的S1、N和M基因已发生变异,广西IBV存在广泛的基因突变、缺失或插入现象。研究的结果提示流行株的遗传变异可能是目前影响疫苗免疫效果的主要原因。     

微白黄链霉菌对红豆草壳二孢的拮抗效果评价

红豆草壳二孢叶斑黑茎病(Ascochyta onobrychidis)是红豆草(Onobrychis viciaefolia)最重要的病害之一,在分离此病菌的同时得到一种对此病菌具有较强抑制作用的微生物,为评价此拮抗菌的开发利用前景,本研究采用形态学、分子生物学和生物化学方法鉴定了其分类地位,并测定了其对红豆草壳二孢的抑菌效果。通过构建系统发育树并结合其形态特征和生理生化特性,将该拮抗菌鉴定为微白黄链霉菌(Streptomyces albidoflavu),在高氏一号培养基上菌落为黄白色,可产生黄白色水溶性色素,孢子丝钩状,顶端螺旋形;在平板对峙试验中该菌的菌落对红豆草壳二孢菌落的相对抑制率达74.33%,同时该菌发酵液对红豆草壳二孢菌丝生长和孢子萌发的抑制率分别为80.95%和93.87%。该菌具有生物防治红豆草壳二孢的开发和利用价值。     

4株NDV流行株的分离鉴定、生物学特性及遗传学特性的研究

为研究近年国内的新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）流行株与传统疫苗株（Mukteswar、La Sota及Clone 30）的亲缘关系和遗传演化情况,试验从广东、广西和海南地区患病的免疫鸡群病料中分离鉴定得到4株NDV流行株。通过RT-PCR技术对各毒株的F和HN基因进行扩增、克隆与序列分析,然后与GenBank上发表的NDV序列进行同源性比对、遗传进化树分析,并测定各毒株致病指数。结果显示,本试验中HN-08株的鸡胚半数感染量（EID₅₀）、平均死亡时间（MDT）、脑内致病指数（ICPI）和静脉致病指数（IVPI）分别为10^-8.37/0.2 mL、58.5 h、1.78和2.45,XX-08株分别为10^-6.50/0.2 mL、75.0 h、1.61和2.41,YS-09株分别为10^-7.75/0.2 mL、64.5 h、1.71和2.38,LF-09株分别为10^-7.60/0.2 mL、63.8 h、1.84和2.38。4株鸡源NDV流行株彼此间F和HN基因推导的氨基酸序列同源性在95.8%以上,与鸡源流行株GX11/03、GM株的同源性为96.8%~98.6%,而疫苗株Mukteswar、La Sota及Clone 30株的同源性为86.7%~90.6%,与标准强毒株F₄₈E₉的同源性为88.4%~91.3%。表明4株NDV流行株均为强毒株,与近年来国内流行的GX11/03、GM株有较近的亲缘关系,而与传统疫苗株的关系相对较远。     

宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒基因组遗传进化分析

对宁夏地区2011年分离到的5株H1N1亚型猪流感病毒进行了基因组测定和遗传进化分析。结果显示:宁夏地区H1N1亚型猪流感病毒具有多样性,5株分离株可分为3类,其中1株为类人H1N1猪流感病毒,2株为经典猪流感病毒,另外2株为重组猪流感病毒,其PB2、PB1、PA、NP、NS基因来源于北美三元重组猪流感病毒,HA、NA、M基因来源于经典猪流感病毒;HA蛋白裂解位点附近氨基酸分析显示5株H1N1亚型猪流感分离株均为低致病性毒株;序列分析结果显示5株病毒在HA蛋白受体结合位点、抗原位点,以及NA蛋白潜在糖基化位点处氨基酸存在差异,这些差异具有分支特异性。5株病毒在NA和M2蛋白上均未出现与神经氨酸酶抑制剂和金刚烷胺耐药性相关的氨基酸变异,但其中3株病毒的PB2蛋白基因具有哺乳动物适应性变异E627K。     

草食动物与植物之间协同进化研究

草食动物与植物之间存在协同进化关系。在环境的选择压力下,一方面植物为了逃避各类草食动物的采食而形成防御性的形态结构以及生理生态适应机制;另一方面,动物为了尽可能多地获得食物和满足营养需求,通过优化采食以提高其适合度。草食动物与植物之间的协同进化实际上也是自然界适者生存的＂军备竞赛＂,因而对物种进化产生重要影响。本文综述了草食动物与植物之间协同进化关系的研究进展,分析了协同进化的原因,并探讨其生态学意义。