生物信息学在蛋白质组学上的应用

蛋白质组学是后基因时代标志性的研究新领域,其快速发展很大程度上依赖于生物信息学的蓬勃壮大。从生物信息学与蛋白质数据库、蛋白质分析、蛋白质功能的联系3个方面,对生物信息学在蛋白质组学上应用的研究进展进行综述。     

寒胁迫诱导灰木相思无性系差异蛋白的表达

本实验提取寒胁迫前后的灰木相思组培苗的水溶性蛋白进行双向电泳和质谱鉴定,分析在寒胁迫条件下蛋白质组的变化。利用ImageMaster 5.0软件分析比较,经基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱测定差异蛋白点的肽质量指纹图谱,通过Mascot软件查询Swiss-Prot等数据库,鉴定得到4个显著差异蛋白点,R7、R15、R20表现为上调表达,R17表现为下调表达。结果表明:在寒胁迫条件下灰木相思组培苗存在明显的蛋白质表达差异。     

马立克氏病病毒感染鸡羽髓上皮细胞差异蛋白质组学研究

为鉴定鸡羽髓上皮细胞感染马立克氏病病毒(MDV)前后差异表达的蛋白,本研究以MDV强毒GA株人工感染SPF鸡,并通过双向电泳技术进行分析.结果显示:在病毒感染后4 d、7 d、14 d和21 d显著差异表达的蛋白点分别有2个、8个、25个和9个;而通过质谱技术鉴定出29种蛋白质,其中包括能量代谢相关蛋白、增殖和凋亡相关蛋白、细胞骨架蛋白、信号传导蛋白、转录相关蛋白、免疫相关蛋白和其他功能蛋白质.本实验首次对鸡羽髓上皮细胞感染MDV后各时期蛋白表达水平的变化进行研究,鉴定了多种差异表达蛋白质,为进一步揭示MDV与宿主的相互关系、感染性病毒粒子的成熟和致病机制提供了依据.     

犬类研究的新角度——系统生物学

随着分子生物学的发展、人类基因组计划、微生物基因组计划、功能基因组学以及蛋白质组学等学科的发展,传统生物学家通过直接的观察与实验已经获得了海量的数据,如何应用这些大量的实验数据进一步阐明生命的本质,已经成为当前研究者共同努力地目标,系统生物学为此提供了一个新的思维、研究方法。     

组学技术及其在营养学中的应用

人类基因组测序草图的完成标志着生命科学从此进入了后基因组时代,即组学革命时代（omicsrevolution）。随着组学技术即基因组学、蛋白质组学和代谢组学等技术的不断发展,营养组学应运而生并迅速成为营养学研究的新前沿。对这三大组学的概念、研究内容、技术手段及其在营养学领域中的应用作一综述。     

蛋白质组学在植物雄性不育研究中的应用

基因转录后还需要进行一系列的转录后修饰,仅从基因组水平不足以揭示植物雄性不育分子机制,还需要结合蛋白质组学的研究.现综述了近年来主要作物雄性不育的蛋白质组学研究情况,指出不育基因表达时具有器官特异性和时空性,并提出将蛋白质组学技术和基因工程相结合研究植物雄性不育机理的策略.     

应用于无标记质谱定量分析的生物信息学软件研究进展

在过去的10年间,伴随着蛋白质组学定量质谱实验技术的发展,产生了大量相应的数据处理手段。本文阐述了定量质谱的主要实验手段及其原理,介绍了不同无标记质谱数据分析软件的特点及其用途,并列举已有的常用定量质谱数据分析软件类型。本综述对研究人员更好地寻找适合实验目的的计算机软件以及编写新型数据分析软件具有一定的参考价值。     

抗Bt Cry1Ac毒素粉纹夜蛾离体细胞与敏感细胞的差异蛋白定量分析

苏云金芽胞杆菌(Bacillus thuringiensis,Bt)产生的毒素对许多昆虫具有特异性高效毒杀作用[1-2],但是随着Bt杀虫毒素的广泛使用,昆虫对Bt的抗性风险越来越高.这种抗性机制非常复杂[3],而蛋白质组学技术可较全面揭示昆虫细胞抗Bt毒素的分子机制.作者等[4]通过人工选择获得了高水平抗Bt Cry1Ac毒素的粉纹夜蛾细胞系,在此基础上本试验采用双向凝胶电泳技术对BtCry1Ac毒素敏感粉纹夜蛾细胞和抗性选择细胞的差异蛋白质进行了定量分析.     

土壤宏蛋白质组学之土壤蛋白质提取技术的发展

随着土壤宏基因组学的日益成熟和发展,作为后基因组时代重要技术平台的土壤宏蛋白质组学越来越受到关注。土壤宏蛋白质组学的研究是解析土壤宏基因功能的重要手段之一,对于碳氮磷的生物地球化学循环以及土壤有机质积累的研究具有重大价值,可将蛋白信息与相关的生态系统过程联系起来。但是,土壤蛋白含量少,样品复杂程度高,极大限制了土壤蛋白的分离提取和进一步分析。因此,通过改进和优化土壤蛋白的提取技术,得到高浓度的蛋白是土壤宏蛋白质组学研究的前提条件。本文总结了近几年来土壤蛋白提取方法,并对其适用的土壤性质以及适用的不同种类和功能的蛋白进行了分析。此外,本文也对现有的土壤蛋白提取技术以及土壤蛋白鉴定技术的方法改进进行了探讨。     

种子贮藏蛋白质丰度研究进展

种子贮藏蛋白质丰度研究是种子蛋白质组学研究的重要领域,对于明确蛋白质丰度与种子进化、结构和萌发的分子机制等具有重要意义,同时可应用于种质的分子改良,并能将种子作为转基因产物生产的优良平台。对不同类型种子发育和萌发过程中的贮藏蛋白质丰度研究进展进行了概述,同时介绍了蛋白质丰度研究中贮藏蛋白质的样品制备方法。