1株鸭疫里默氏杆菌的全基因组测序及耐药性与遗传进化分析

【目的】了解鸭疫里默氏杆菌的耐药性、基因组结构与遗传变异程度,为鸭疫里默氏杆菌耐药性与基因组研究提供参考。【方法】本研究对1株从病死鸭脑组织分离的鸭疫里默氏杆菌疑似菌株进行了PCR鉴定、耐药性检测及全基因组框架图测序,并基于16S rDNA与管家基因对其进行了遗传进化分析。【结果】测序数据经过质控与过滤后成功组装为1个包含38个contigs的基因组框架,使用Abricate软件、CARD在线数据库共检测出6种不同的耐药基因,其中4种与耐药表型符合;将基因序列提交至MLST数据库,发现了一种新ST型,定为ST93。构建的16S rDNA和管家基因进化树结果表明,分离菌株与2株鸭疫里默氏杆菌具有较近的亲缘关系。【结论】分离鉴定得到1株鸭疫里默氏杆菌,该菌株为多药耐药菌株,其基因组中携带多个耐药基因;鸭疫里默氏杆菌的基因变异程度较大,且存在跨区域流行传播风险。在临床用药时应注意合理用药,及时监控抗性基因的水平转移,防止鸭疫里默氏杆菌跨区域流行。     

外源MDR鼠伤寒沙门菌对健康小鼠肠道菌群的影响

旨在探究外源多重耐药(multidrug resistant, MDR)鼠伤寒沙门菌进入健康小鼠肠道后对其肠道菌群的影响。将25只小鼠随机分为质控组(C)、灌胃1 d组(G1)、灌胃3 d组(G2)、灌胃5 d组(G3)和灌胃7 d组(G4),每组5只。将携带耐药基因的猪源耐药鼠伤寒沙门菌按10⁶ CFU·mL^-1的浓度对除质控组外的试验组小鼠进行灌胃。分别采集灌胃前第0天和灌胃结束后1～14 d的新鲜粪便样本,采用高通量测序技术分析灌胃后小鼠粪便中肠道菌群多样性变化。结果显示：1)与C组比较,各试验组在灌胃结束后临床上均表现为轻微腹泻,从粪便样本中分离出与灌胃菌同一型的MDR鼠伤寒沙门菌,且分离率差异不大;2)试验组小鼠肠道菌群Alpha多样性中Chao1、Goods＿coverage和Observed＿species指数明显高于C组;3)G2组、G3组和G4组在门及属水平物种丰度上变形菌门(Epsilonbacteraeota)和螺杆菌属(Helicobacteraceae)相对丰度显著低于C组(P<0.05)。在LEfSe分析上变...     

生鲜乳金黄色葡萄球菌污染来源调查及其耐药性

为考察贵阳市生鲜乳中金黄色葡萄球菌污染环节及其对药物的敏感性,采集贵阳市周边5个大型奶牛场及一个牛奶加工厂的乳区棉签拭子75份和各生产环节奶样310份,按国家标准(GB 4789.10—2010)分离鉴定金黄色葡萄球菌,并测定其对9种常用抗菌药物的敏感性。结果表明:生鲜乳中金黄色葡萄球菌污染主要来源于牛乳头内;传统的"弃前三把奶"工艺对降低生鲜乳中金黄色葡萄球菌污染的作用不明显;规范的乳区消毒可以有效地降低乳头外环境金黄色葡萄球菌对生鲜乳安全的影响;所调查奶牛场的金黄色葡萄球菌对磺胺类、β-内酰胺类和四环素类药物的耐药水平较高。     

新疆伊犁某牛场不同生长期牛粪源大肠杆菌耐药性调查

为了调查新疆伊犁某牛场不同生长期牛粪源大肠杆菌对临床常用抗菌药物的耐药情况。从该牛场分别采集育肥牛、繁育牛、加育牛和未繁育牛的粪样。采用微量肉汤稀释法,对分离出的大肠杆菌进行最小抑菌浓度测定。结果表明,育肥牛、繁育牛、加育牛和未繁育牛粪源大肠杆菌分离率均为100%,不同生长期的牛源大肠杆菌对氨苄西林均耐药,耐药率分别为4.0%、8.6%、6.7%、20.0%;对安普霉素都较为敏感。繁育牛和加育牛粪源大肠杆菌耐药种类较多,未繁育牛粪源大肠杆菌对比其他生长期牛粪源菌耐药较严重,不同生长期的牛粪源大肠杆菌多重耐药情况不太严重,主要为0耐、1耐;新疆伊犁该牛场对临床常用抗菌药物的耐药程度不同,耐药程度虽然不高,但在养殖生产中需注意合理用药。     

新疆石河子市牛源大肠杆菌分离鉴定及对β-内酰胺类药物的耐药性分析

为调查石河子市牛源大肠杆菌对β-内酰胺类药物的耐药表型和耐药基因携带情况,采集健康牛群粪便,采用常规细菌分离鉴定方法并结合16S rRNA PCR检测方法进行分离鉴定;参考Clermont方法对分离菌株进行系统分子分群,采用PCR方法检测分离菌株的β-内酰胺类耐药基因blaCTX-M、blaOXA、blaSHV和blaTEM携带情况,通过K-B纸片法测定分离菌株耐药表型。结果显示：分离鉴定出100株牛肠道大肠杆菌分属于A、B1、C和F群;分离株对头孢唑林和阿莫西林的耐药率在50%以上,对氨苄西林、头孢氨苄与头孢吡肟的耐药率均在5%以下,所有分离株对头孢吡肟敏感;5株分离菌株检测到blaSHV基因片段,1株检测到blaCTX-M基因片段,所有菌株均未检测到blaOXA和blaTEM基因片段。结果表明,石河子市牛源正常大肠杆菌已少部分携带耐药基因,且对部分β-内酰胺类药物产生了耐药性。结果提示,应加快减抗政策的实施。     

连云港周边海域副溶血性弧菌的污染及耐药性研究

为了了解江苏连云港周边沿海不同区域海水及海产品中副溶血性弧菌的分布情况并研究它们的毒性及耐药性,对连云港周边沿海不同区域海水及海产品中的副溶血性弧菌进行分离,并对检出菌株进行溶血性及耐药性检测.结果显示,菌株的检出率为78%;溶血素阳性率68%;文蛤的浸养感染率和死亡率为20%～30%;副溶血性弧菌对GN,SXT,TE,CAZ,CTX,CRO,CI,DO和NOR较为敏感,耐药率低于10%;对FR和AMP的耐药率在60%以上.说明连云港周边沿海不同区域海水及海产品中均存在副溶血性弧菌的污染,TRH型毒素分布较多,对海水养殖行业及人体健康具有潜在的影响.     

江苏徐州市鸡白痢沙门氏菌的分离鉴定与耐药性分析

[目的]调查徐州地区鸡白痢沙门氏菌的耐药性。[方法]从徐州不同地区分离鉴定了19株鸡白痢沙门氏菌,并对19株鸡白痢沙门氏菌分离株进行了药敏试验。[结果]该地区鸡白痢沙门氏菌的多重耐药率为94.7%,多重耐药谱为PG-MY-DOX-TET-AMP的菌株百分比为42.1%,对青霉素和林可霉素耐药率为100%,而对氨苄西林、四环素和新霉素耐药率在50%以上,对头孢唑啉和强力霉素耐药率为40%~50%,对头孢氨苄和复方新诺明耐药率为20%~30%,对氟苯尼考、阿米卡星和环丙沙星未出现耐药菌株,对氟苯尼考和头孢曲松高敏菌株在80%以上。[结论]徐州地区鸡白痢沙门氏菌的多重耐药情况比较严重。     

海水养殖源弧菌耐药性调查与分析

对2010年收集自上海、江苏、海南等地海水养殖区域内的184株弧菌进行了耐药率测定和分析,绘制了其对常见药物的耐药谱。结果显示,所有弧菌对喹诺酮类、氯霉素类、磺胺类、氨基糖苷类、β-内酰胺类、大环内酯类及利福霉素类等常见药物均有不同程度的耐药,对抗生素耐药率分别为新生霉素64.7%、复方新诺明57.6%、恩诺沙星54.3%、利福平54.3%、卡那霉素45.7%,对诺氟沙星、氯霉素类和红霉素的耐药率则维持在较低水平,分别为8.2%、10.3%和9.2%;菌株交叉耐药和多重耐药现象严重,对1种以上药物产生耐药的菌株占总数的100%;对2种以上药物产生耐药的菌株占总数的93.5%;对3种以上药物耐药的菌株占80.4%;对4种以上药物耐药的菌株占49.5%;对5种以上药物耐药的菌株占26.6%;对6种以上药物耐药的菌株亦有3.8%。由此可见,水产细菌的耐药性十分严重,已成为当前渔业细菌性疾病防控的突出问题。     

广西卵形鲳鲹海豚链球菌基因分型、耐药谱型以及毒力基因检测

为了解近年来广西卵形鲳鲹海豚链球菌流行菌株的基因型信息以及菌株间的差异,对2015—2016年从广西地区7个养殖场的患病卵形鲳鲹体内分离得到的17株海豚链球菌菌株分别进行了基因型分析、耐药谱测定以及毒力基因检测。采用随机扩增多态性DNA标记技术(RAPD)和基因组重复序列PCR(rep-PCR)分析其基因型。结果显示,RAPD和rep-PCR指纹图谱结果一致,17株海豚链球菌可分为2种基因型。对海豚链球菌7种主要的毒力相关基因特异PCR检测,所有菌株均为sim A+scp I+pdi+sag A+cps D+pgm A+cfi+毒力基因型,表明这2种基因型的海豚链球菌似乎均为毒力较强的菌株。采用K-B法进行了20种抗生素敏感实验分析其耐药谱,结果表明归于基因1型的菌株耐药谱为AZT,基因2型菌株则出现3种相似的耐药谱,分别为SIZ/T/S/PEN/AZT/SPE/CAZ/PB、SIZ/T/S/PEN/AZT/SPE/CAZ/CRO和SIZ/T/S/PEN/AZT/SPE/CAZ/PB/RIF,证实基因型相同的菌株耐药谱型也相似,2种基因型的菌株耐药谱型差异显著,因此基因型和耐药谱型存在相关性。此结果为卵形鲳鲹海豚链球菌病流行病学研究、疫苗研制以及疫病监测提供理论依据。     

湛江地区水产养殖场大肠杆菌耐药性和耐药基因分析

从湛江地区3个水产养殖场分别采集各场的水、池塘底泥和土壤样品,分离鉴定大肠杆菌,调查水产养殖环境中大肠杆菌的耐药情况。采用PCR法鉴定分离菌株,通过纸片扩散法检测分离菌株对22种抗生素的耐药性,PCR法检测耐药基因的携带情况。结果显示,从水体、池塘底泥和土壤样品中共分离鉴定出90株大肠杆菌,分离菌株对青霉素、林可霉素和克林霉素的耐药率为100%;对磺胺异(口恶)唑、利福平、新诺明、阿莫西林和氟苯尼考的耐药率分别为90.0%、88.9%、80.0%、57.8%和48.9%;对头孢唑啉、头孢噻肟、阿奇霉素和多肽类、喹诺酮类、四环素类、硝基呋喃类抗生素的耐药率较低(1.1%～8.9%);对丁胺卡那霉素和庆大霉素的耐药率为0。分离的90株菌均至少对4种药物耐受,最多耐受14种药物,耐受9种药物的菌株数最多,且90株均为多重耐药菌株。该养殖场分离的90株菌中bla_CTX-M、aphA1、sul2、floR等6种耐药基因检出率较高(≥50%);aac(3)-Ⅱ、ereA、oqxB、tetM、sul1等5种耐药基因检出率较低(≤20%)。单株菌株至少检出1种耐药基因,最多检出1...