高温纤维素降解菌的筛选及内切酶基因的克隆表达

以滤纸条作为唯一碳源从以牛粪和砻糠为原料的堆肥样品中分离到了8株具有纤维素降解特性的微生物,其中菌株T1和T2在刚果红培养基上培养48 h后的水解圈明显大于其他菌株。对菌株T1和T2进行了生理生化和16S rRNA序列分析,克隆了菌株T2的内切酶基因并对该基因进行了结构域分析,同时构建了表达载体p28-egB并将其转化至E.coli BL21(DE3)感受态细胞中进行表达。研究结果表明:(1)菌株T1和T2可分别鉴定为Bacillus cereus和Bacillus subtilis;(2)菌株T2的内切酶基因片段大小为1500 bp,编码499个氨基酸,结构域分析显示该酶由两个不连续的结构域组成,其一为N端催化结构域,由糖基水解酶家族5组成,其二为C端底物结合结构域,由碳水化合物绑定结构域家族3组成;(3)在E.coli BL21中成功表达了菌株T2的内切酶基因,SDS-PAGE电泳图谱显示该蛋白大小约为50 KD,浓度约为93.14 mg·L-1。     

大豆基因组GmGAI同源基因的生物信息学分析

利用Phytozome数据库、NCBI站和MEGA4.0、ClustalX软件对大豆(Glycine max)基因组中GAI(GA insensitive)同源基因进行生物信息学分析,发现大豆GAI基因有7个拷贝,都不含有内含子,分别分布于第4、5、6、8、10、11和18号染色体上,它们都属于GRAS家族,都存在DELLA (34-106)和GRAS(158-513)2个结构域.氨基酸序列比对和系统进化树分析表明,大豆GAI的7个拷贝进化距离并不是最近的,而是分别有与之最近的其他物种,推测大豆GAI的7个拷贝在进化的过程中功能上发生了一些变化,对植物的生长发育可能会产生不同的影响.     

罗氏沼虾3个Dmrt基因的序列分析

Dmrt基因家族是一个与性别决定相关的基因家族。迄今，已在鱼类、爬行类、鸟类、哺乳类等高等动物中检测到了Dmrt基因的存在。为了进一步探讨该家族在系统进化中的保守性，本研究采用简并PCR技术，扩增了罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)Dmrt基因的DM结构域。经序列分析，     

大豆TCP转录因子家族结构域分析及功能预测

利用已知的拟南芥TCP基因和大豆基因组数据库,通过生物信息学方法,鉴定并获得了大豆TCP家族基因序列,基因定位信息.共鉴定大豆TCP基因54个,分布在大豆除14号染色体外的其他19条染色体上.对54个基因进行进化和聚类分析及功能结构域的分析,发现全部具有高度保守的TCP结构域.根据结构域差异和系统发育分析的结果,将大豆TCP转录因子家族分成2个TCP亚家族.以生物信息学手段和已有的其他物种的TCP基因进行了比较分析,大豆TCP基因占总数的3.5％,与拟南芥同源基因比较,序列长度存在相似性.对启动子元件分析显示,TCP基因含有大量与在子叶、根、茎处大量表达有关的元件及对分生组织有作用的元件.     

4个绵羊品种Callipyge基因和Meg3.1、DLK1-INTR1.1位点的SNPs分析

对宁夏滩羊(TAN,n=87),特克塞尔(TX,n=73),萨福克(SF,n=70)和无角道塞特(PD,n=112)4个绵羊群体DLK1-GTL2印记化结构域的Callipyge、Meg3.1和DLK1-INTR1.1基因座位进行SNP检测,并对Callipyge基因进行PCR-RFLP分析。结果表明:Callipyge基因没有发现A→G的突变,但在该位点其上游35bp处检测到1个C→T的突变。在Meg3.1位点附近发现了2个呈紧密连锁的突变,在DLK1-INTR1.1座位附近发现了5个SNP位点。提示,上述绵羊群体在DLK1-GTL2印记化结构域表现丰富的SNP多态,基因及基因型频率群体间差异显著。     

拟南芥AtFBDL 1 在植物顶端生长调节中的作用

拟南芥 AtFBDL1 基因是FBD-like基因家族的一员,其编码蛋白含有类似于F-box的结构域。表达模式网络预测结果显示该基因在茎顶端分生组织中高丰度表达,但对于FBD-like基因家族的研究还很少,其功能目前尚不明确。为此,本研究通过组织半定量表达分析和GUS染色显示 AtFBDL1 基因在拟南芥中具有时空表达特异性。结果表明:在真叶形成前和形成初期,该基因主要在茎顶端分生组织和下胚轴区域表达;真叶形成后,该基因在下胚轴的表达明显减少,而主要集中在茎顶端分生组织表达。遗传转化显示:与野生型植株相比,过表达 AtFBDL1 基因的植株生长发育缓慢,抽薹时间推迟3 4 d,莲座叶叶片面积减小,叶片数目平均增多10片,并且伴随有变态叶出现;过表达植株株高比野生型矮,株高最大差值达到12 cm。共表达网络预测 AtFBDL1 与多个与生长素和花发育相关的基因具有共表达关系。以上研究结果表明: AtFBDL1 基因在拟南芥的生长发育过程中,特别是在顶端分生组织分化过程中起重要作用。     

GAF结构域的研究进展

GAF结构域广泛存在于各种蛋白中,其主要通过结合环核苷酸cGMP、cAMP、生色团和血基质等小分子作为信号分子、光或者气味受体,配合其他调节结构域稳定蛋白质构象和传递信号。本文简要综述了GAF结构域的基本特征、分类、结构及功能,为阐明一些重要信号转导途径及抗逆性研究提供了一定的理论依据。     

茉莉酸信号转录抑制关键组分JAZ与NINJA互作体系建立及复合体结晶条件筛选

[目的]本文旨在建立JAZ与NINJA蛋白离体和活体互作以及2个蛋白复合体晶体筛选的体系,并获得2个蛋白复合体晶体.[方法]采用酵母双杂交和双分子荧光互补法用于活体条件下JAZ与NINJA蛋白互作区域的验证;在离体条件下,通过氢氘交换质谱(HDX)和Alpha Screen验证JAZ与NINJA蛋白的互作区域并进一步筛...     

家蚕热激蛋白HSP90的鉴定、进化与表达模式

热激蛋白90是一类广泛分布与各类生物体中、高度保守的分子伴侣。HSP90s具有帮助受损蛋白的转运、折叠,防止聚集并恢复其正常构象等功能。昆虫HSP90s与生长发育、滞育和杀虫剂抗性等均相关。本研究在全基因组水平对家蚕HSP90s进行了鉴定,共分析获得3个基因(BGIBMGA004612、BGIBMGA012753和BGIBMGA001241)。根据系统发生分析,对家蚕HSP90s分别命名为Bm HSP90A1、Bm HSP90B1和Bm Trap1,它们分属于3个亚家族。家蚕与黑腹果蝇HSP90s直系同源基因的蛋白序列一致性均在60%以上。与其他物种HSP90s一样,家蚕HSP90s含有N-端ATPase结构域,4个特征性序列。基于组织和发育时期芯片及表达序列标签,发现家蚕HSP90s基因均有表达。基于芯片数据,Bm HSP90A1在雌雄间具有非常相似的表达模式,而Bm Trap1在5龄幼虫精巢中的信号值高达16 082.5,暗示着该基因可能与精巢发育相关。HSP90s作为一类功能广泛的分子伴侣,本研究将为其功能研究奠定基础。     

精子膜表面糖蛋白受精素β的研究进展

作为少数几种在精卵质膜结合与融合中发挥重要作用的精子膜表面蛋白之一,受精素β是多种哺乳动物精子均具有的重要物质。它是ADAMs家族的一种融合蛋白,具有ADAMs家族的完整结构域;同时,因其结构域中去整合素区域的结构特点在精卵质膜结合与融合过程中扮演着重要角色,而被认为是一种重要的疫苗靶抗原。