植物AAO基因家族的鉴定与生物信息学分析

抗坏血酸氧化酶(AAO)是一种多功能的酶,在调节植物发育过程和应激反应方面发挥重要作用。本研究以水稻抗坏血酸氧化酶基因OsAAO2为靶序列,在葡萄、小麦、水稻等物种中鉴定出23个AAO成员,分析其染色体定位、预测蛋白理化性质和二级结构、亚细胞定位、保守基序并且构建系统发生树。结果表明,AAOs在理化性质上有很大的差异,如分子量和理论等电点(pI),但在N端都含有信号肽;AAO家族蛋白富含碱性氨基酸,均为亲水性蛋白;蛋白的二级结构主要是无规则卷曲和延伸链;保守基序分析发现,AAOs蛋白较稳定,具有很强的保守性;亚细胞定位分析发现,AAOs分布在叶绿体、液泡、细胞质等不同的细胞器中。这些结果揭示了植物中AAO基因功能的多样性,为研究它们在植物中的生物学功能提供一定参考。     

植物光受体的结构域与光化学特性研究进展

目前,植物光受体的生理功能和信号转导等已有较多报道。主要介绍了根据结构域划分的6种植物光受体:光氧电位势传感蛋白、视黄质、光敏色素、核黄素蓝光受体、隐花色素和视紫红质在其结构特点和光化学活性方面的最新研究进展,并对其后续发展进行了展望。     

大豆SBP基因家族的序列特征、表达及进化分析

SBP基因家族是植物所特有的一类重要转录因子,由多个成员组成,主要参与植物生长、发育以及多种生理生化过程.试验在大豆基因组中鉴定49个SBP基因,被命名为GmSBP1~49.基于生物信息学手段,对大豆该基因家族49个成员的基因结构、染色体定位、蛋白保守序列、亚细胞定位、表达情况及进化关系进行分析.序列分析表明,SBP基因家族成员分散于不同染色体上,不同基因具有不同个数的外显子,其数目变异范围为1~14;该家族蛋白含有5个保守基序,尽管与SBP结构域有所重叠,但它们能形成6种不同的组织模式,这说明该基因家族序列变异较为复杂.表达分析结果显示,除GmSBP2和GmSBP11等6个基因没有相应的EST外,其余基因都有转录活性;在具有转录活性的基因中,只有GmSBP46显示出组成型表达模式,剩余基因表现出不同程度的组织特异性表达模式.拟南芥、水稻和大豆SBP蛋白的进化树揭示该家族具有8个类群,其中E类群只包括大豆SBP基因,其他类群中大豆SBP基因数目也是最多,这充分说明大豆SBP基因家族起源与进化的复杂性.研究为大豆SBP基因功能研究提供线索     

油菜含MATH结构域基因BnaMT1的克隆及表达分析

利用已构建的甘蓝型油菜种子发育过程SSH文库,筛选得到1个含MATH结构域的EST序列,并以其为信息探针,经电子克隆获得了该基因的全长cDNA,命名为BnaMT-1。BnaMT-1的开放阅读框(ORF)全长1 209 bp,编码402个氨基酸,相对分子质量为46 130.7,预测的理论等电点为8.50,其结构包括信号肽、跨膜结构及2个连续的MATH结构域,为亲水性胞外分泌蛋白;进化树分析发现,该基因与拟南芥含MATH结构域基因亲缘关系较近;利用半定量RT-PCR技术对该基因在甘蓝型油菜湘油15号不同组织及种子不同发育时期的表达分析表明:BnaMT-1在叶、花和果荚中都有表达,在根和茎中没有表达;种子发育过程中,BnaMT-1均有表达,且表达量于花后30～35 d最高,之后表达量下降。推测该基因可能与种子发育及油脂合成代谢相关。     

梅花氧位甲基转移酶结构与功能的生物信息分析

氧位甲基转移酶在调节植物芳香类物质合成方面起着重要的作用,其中梅花氧位甲基转移酶(Prunusmume O-methyltransferase,PmOMT)可能调控甲基丁子香酚的形成[1].为深入了解其结构与功能的关系,分析梅花氧位甲基转移酶在甲基丁子香酚合成中所起的作用,本研究在梅花基因组测序的基础上,从梅花基因数据库中获得PmOMT基因编码蛋白,对其序列特点、理化性质以及保守结构域进行分析,推断甲基丁子香酚的生成可能与其他底物的分布有关,所属反应的逆反应或假底物的调节作用,可能是导致梅花内部甲基丁子香酚少量生成的原因.     

细胞凋亡与病毒的搞细胞凋亡

病毒的侵入可引起机体主细胞的凋亡，细胞凋亡有利于机体清除感染的细胞，保护自身免受病毒的侵害，是机体对病毒侵入的防缺机制之一。一些病毒具有许多抗细胞凋亡和抗CTL活性的机制，如编码免疫调节分子和调亡调节分子，降低细胞凋亡基因的表达以延长感染细胞的存活期，以利于病毒的增殖，现对细胞凋亡及病毒抗细胞凋亡的机制进一综述。     

杆状病毒J 结构域蛋白基因的克隆、表达和抗体的制备

摘要：斜纹夜蛾多粒包埋型核型多角体病毒（Spodoptera litura multicapsid nucleopolyhedrovirus，SpltMNPV）bjdp (baculovirus J domain protein) 基因是杆状病毒基因组中唯一编码J 结构域蛋白的基因。利用PCR方法扩增得到此全长基因，将其克隆到5'端有6×His编码序列的原核表达载体pQE30上并转化E. coli M15[pREP4]， 在IPTG诱导下表达了一个分子量为36 kD的融合蛋白。以纯化过的6×His-BJDP融合蛋白为抗原，免疫新西兰大白兔，得到该蛋白的抗血清。免疫印迹分析表明，该抗血清能与感染斜纹夜蛾多粒包埋型核型多角体病毒的细胞蛋白样品发生特异性反应。     

马氏珠母贝(Pinctada matensii)3个DM结构域的克隆及系统进化分析

Dmrt 基因编码的是一类新的具有锌指结构的转录因子，它们均含有一个DM(Double sex 和Mab - 3) 结构域，在性别分化发育和体节分化等过程中起着重要调控作用。尽管已在多种动物中克隆了Dmrt基因的多个成员，但在贝类中未见任何有关Dmrt基因的报道。本研究通过简并PCR克隆技术，从马氏珠母贝（Pinctada matensii）基因组中克隆到3个不同的DM序列（pmDmrt2，pmDmrt3 pmDmrt4）。证实了在马氏珠母贝基因组中也存在Dmrt基因家族的多个成员。序列分析表明，pmDmrt2编码的氨基酸序列与斑马鱼、爪蟾、红原鸡、家鼠、人等的Dmrt2的一致性为95 %；pmDmrt3编码的氨基酸序列与斑马鱼、青鳉、红原鸡、家鼠、人的Dmrt3的一致性为85%；pmDmrt4编码的氨基酸序列与青鳉、红鳍多纪鲀的Dmrt4一致性高达97%，进一步证明该基因家族在无脊椎动物和脊椎动物都具有高度的进化保守性。     

谷子RNA干扰相关酶类基因家族的鉴定与分析

Dicers酶类、Argonautes蛋白以及RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerases, RDRs)是RNA干扰(RNA interference, RNAi)机制中重要的核心蛋白,但在谷子(Setaria italica)中尚无系统报道。为了研究谷子中与RNA干扰相关酶类基因的特征,本研究对谷子的RNA干扰相关酶类基因家族进行了蛋白质理化性质、亚细胞定位预测、蛋白质保守基序、基因保守结构域、基因家族成员间系统发育关系以及组织特异性表达谱分析。研究共发现24个与谷子RNA干扰相关酶类基因,包括7个DCL (Dicers),13个AGO (Argonautes),4个RDRs。系统进化树分析表明,这些家族被分为3个进化支。同一家族基因成员具有共同的保守结构域。虽然大多数基因可同时在不同发育时期的叶、茎和穗中表达,但其在各时期的穗和茎中的表达量最高。本研究为详细探讨这些基因在谷子生殖和生长发育中的表观遗传修饰作用提供了理论依据。