2种羊巴贝斯虫的核型及系统发育分析

为明确引起羊巴贝斯虫病的病原虫莫氏巴贝斯虫临潭株(Babesia motasi Lintan,BLT)及羊巴贝斯虫未定种新疆株(Babesia sp.Xinjiang,BXJ)的核型和亲缘关系,通过DNA大片段脉冲场凝胶电泳(PFGE)和三代高通量测序对2种虫体进行核型分析和系统发育分析。结果表明:2种巴贝斯虫都有4条染色体,但基因组的大小与核型分析不一致,莫氏巴贝斯虫临潭株基因组大小为11.1 Mb,4条染色体大小分别为6.0 Mb、3.0 Mb、1.1 Mb和1.0 Mb;羊巴贝斯虫未定种新疆株基因组大小为7.0 Mb,4条染色体分别为2.4 Mb、2.0 Mb、1.7 Mb和0.9 Mb;羊巴贝斯虫未定种新疆株与牛巴贝斯虫的亲缘性较近,而莫氏巴贝斯虫临潭株与双芽巴贝斯虫的亲缘关系较近。     

我国葡萄主栽区卷叶病相关病毒种类的检测分析

田间调查200个葡萄品种,结果82个品种表现葡萄卷叶病症状,其中欧亚种群表现葡萄卷叶病症状的品种最多,发病率最高,发病症状最重;欧美杂种发病率和严重度均比欧亚种群低;未发现美洲种群的品种表现葡萄卷叶病症状.从58株表现卷叶病的葡萄上采集休眠枝条进行卷叶病毒ELISA和RT-PCR检测,葡萄卷叶病毒-1,2,3,4,5和...     

Infections Investigation of ALV and REV in Guangxi Local Poultry Breeds and Sequence Analysis of gp85 Gene of ALV Isolates

In order to investigate the infection status of avian leukosis virus (ALV) and avian reticuloendotheliosis virus (REV) in the major local breeds of Qinzhou,Guangxi,totally 953 samples of egg white,cloaca swab and serum of Ma duck,Shitou goose,Tiejiao-Ma chicken,turkey and pigeon were collected from the representing flocks and detected by the commercial ELISA kits.ALV was isolated for the ALV p27 positive samples by culturing on DF-1 cells,and gp85 gene was sequenced.The results showed that the detections of ALV were negative in the samples except those of Tiejiao-Ma chicken,while REV antibody was found positive in Ma duck,Tiejiao-Ma chicken and turkey.The nucleotide sequences of gp85 gene of two isolates shared 94.5% identity with each other,and shared 86.9% to 94.9% with reference strains.The amino acid sequences of gp85 gene of two isolates shared 91.5% identity with each other,and shared 84.0% to 91.6% with reference strains.There were many variable sites in the hyper variable region hr1 and hr2,and the vr2 and vr3 variable regions were relatively conservative.Phylogenetic tree analysis showed that the two isolates shared the highest homology with SCAU11-XG strain.     

枳漆酶基因家族鉴定及其响应盐胁迫的表达分析

漆酶(LAC)是植物木质素生物合成中催化木质素单体聚合的关键酶，在调控植物生长发育和胁迫响应中发挥着重要作用。对枳漆酶基因家族进行鉴定和分析，并探究其在盐胁迫下的表达模式，可为进一步研究枳漆酶基因功能提供重要的参考信息。采用生物信息学手段鉴定枳漆酶基因家族成员，对其家族成员的理化性质、基因结构、系统进化关系、启动子顺式作用元件等进行分析，并通过qRT-PCR方法分析其盐胁迫表达模式。结果表明，枳基因组中共有20个LAC基因家族成员，其中18个分布在5条已知染色体上，2个分布在未知染色体上，被预测定位到细胞膜和细胞核中；共有6～14个外显子，5～13个内含子，9～11个motif;系统进化树分析结果显示，20个枳LAC基因家族成员与17个拟南芥LAC基因家族成员共分成7个亚组，20个枳LAC基因家族成员分布在其中的6组；20个枳LAC基因家族成员与拟南芥LAC基因间存在19对共线性关系；启动子区域含有24种顺式作用元件，其中厌氧诱导元件、干旱响应元件和茉莉酸甲酯响应元件数量最多；16个枳LAC基因在盐胁迫下显著上调表达，推测枳漆酶基因参与了盐胁迫响应。     

云南省野猪源猪瘟病毒E2及5'NTR基因序列测定分析

猪瘟（CSF）是由猪瘟病毒（CSFV）感染猪引起的一种急性、热性、接触性传染病,严重危害我国养猪业健康稳定发展。本研究采用RT-PCR方法,对从云南省宁洱县2头病死野猪体内分离到的2株CSFV毒株进行了E2及5''NTR基因扩增、克隆及序列测定;采用DNAMAN、MEGA6等分子生物学软件,对测得的序列与国内外参考毒株进行了同源性分析及系统发育分析。结果显示：2株野猪源CSFV株E2、5''NTR基因同源性分别为87.2%、100%,与国内外参考毒株同源性分别为81.0%~97.6%、93.6%~98.5%,与我国强毒株Shimen株的同源性分别为81.0%~81.2%、95.6%;2株野猪源CSFV毒株E2基因属于基因2.1亚型,5''NTR基因属于基因2.3亚型。氨基酸序列分析显示：其中一株分离毒株的E2基因有6个氨基酸具有2.1d分子变异特征,另一株兼有2.1d和2.1b亚型分支特征,可能是2.1b和2.1d亚型的过渡毒株。结果表明,云南省野猪源CSFV虽存在一定的遗传衍化,但总体比较稳定。本研究为云南省CSF防控提供了分子流行病学依据,为进一步做好分子变异等研究奠定了基础。     

生物进化研究中遗传距离一词的勘正

在生物进化研究中,通常以根据遗传距离绘制的进化树来表示物种和品系间的亲缘关系。其中"遗传距离"一词,在概念上是错误的,"遗传"是静态词,是生物进化某个时期的特性,是可以遗传的,而"进化"则是动态的,是遗传、变异和选择三种因素的综合作用过程,生物进化与时间密切相关,而与空间距离无关。作者发现,在计算遗传距离(K)的公式中,把p和q理解为p数和q数,则公式无法计算,如将其理解为P率和Q率,则所得数值是个百分率。因此,建议将"遗传距离"一词改为进化率(K率),并根据计算的规律性,制定了变异率在10%以内时K率的变化表,可根据变异率和Q率用查表法迅速查出K率。     

青贮玉米蠕形菌的分离鉴定及其致病性分析

本研究为初步明确引起青贮玉米(Zea Mays L.)叶斑病的蠕形菌种类,采集疑似病斑叶片样本,对病原菌进行分离纯化,形态特征观察,ITS-rDNA序列和GADPH基因序列系统发育分析及致病性测定。形态学和分子生物学鉴定结果表明分离得到的142株病原菌为3属6种真菌,其中麦根腐平脐蠕孢(Bipolaris sorokiniana)和玉米生平脐蠕孢(B.zeicola)为优势病原菌,分别为77株和48株;其次为大斑病菌(Exserohilum turcicum)9株,疣状弯孢(Curvularia verruculosa)2株,新月弯孢(C.lunata)3株,穗状弯孢(C.spicifera)3株。致病性测定发现麦根腐平脐蠕孢和玉米生平脐蠕孢对青海省8个主栽青贮玉米品种均有致病性,其余4种病原菌的致病性各有差异。本研究初步明确引起青贮玉米叶斑病的蠕形菌种类及其致病性,为后续开展病害诊断及其综合防控奠定了基础。     

叶甲科部分种类 Cyt b基因序列及系统发育关系初探

测定分析了叶甲科(Chrysomelidae)15种昆虫mtDNA_Cyt b基因部分序列,结果显示,在获得的390 bp序列中,198个核苷酸位点为多态性位点(约占50.8%),序列间碱基差异平均值为18.9%,A T含量为72.7%,碱基转换呈现明显的TC偏向性,颠换主要以TA为主,转换/颠换(R)值为0.8。依据分子数据建立了该15种昆虫的系统发育关系,结果表明:跳甲亚科(Alticinae)和叶甲亚科(Chrysomelinae)的亲缘关系较近,萤叶甲亚科(Galerucinae)与前两者的关系较远。萤叶甲亚科中瓢萤叶甲为最早分化的类群,长跗萤叶甲属(Monolepta)、凹翅萤叶甲属(Paleosepharia)、长刺萤叶甲属(Atrachya)能形成姊妹群。克萤叶甲属(Cneorane)和守瓜属(Aulacophora)的亲缘关系较近。基于蛋白质序列构建的系统树的置信值高于核苷酸序列建立的系统发育树。     

广东甘薯疮痂病病原菌鉴定

[目的]明确广东甘薯疮痂病的病原菌种类及生物学和系统发育学特征,为甘薯疮痂病防治及抗病育种提供参考.[方法]从广东省茂名和湛江等甘薯产区采集甘薯疮痂病植株,采用分生孢子悬液梯度稀释分离法分离病原菌,通过病原菌的形态特征观察、致病力测定,结合核糖体内转录间隔区(ITS)、28S核糖体RNA(LSU)、RNA聚合酶II第二大亚基(rpb2)和翻译延伸因子1-α(TEF1)部分序列的多核苷酸序列系统学分析等方法对病原菌进行鉴定.[结果]共分离获得26株单分生孢子分离物,随机选取3株代表性菌株SPEb-1、SPEb-2和SPEb-3进行观察和测定.光学显微镜下观察发现,3株代表性菌株的产孢细胞透明,内生芽殖;分生孢子单细胞,透明,短棒形,两侧顶端钝圆,大小为6.1~9.0μm×2.2~3.0μm;分生孢子梗短棒状;致病性人工接种表明,3株代表性菌株均可侵染甘薯引起典型的疮痂病症状.3株代表菌株的ITS、LSU、rpb2和TEF1序列与痂囊腔菌属(Elsino?)的E.ampelina、E.bidentis、E.arachidis、E.mimosae、E.ricini和E.sesseae等多个种的对应序列一致性为95%~99%.系统发育进化树分析结果显示,3株代表性菌株与蓖麻痂囊腔菌(E.ricini)单独聚成一支.[结论]广东甘薯疮痂病的病原菌为甘薯痂囊腔菌(E.batatas).