通过核基因ITS2片段研究四种鲇形目鱼类进化

采用鲇形目鱼鱼类通用引物扩增了鲇形目鱼类4种鱼,长吻(Leiocassi longirostris)、南方南方大口鲇(Si-lurus meridionalis)、黄颡鱼(Pseudobagrus fulvidraco)、斑点叉尾(Ictalurus punctatus)核DNA的ITS2片段,并构建UPMGA,NJ,ME和MP系统树。结果显示:根据遗传距离,斑点叉尾和黄颡鱼的亲缘关系最近(D=0.0661),接下来是黄颡鱼和南方大口鲇(D=0.1100),南方大口鲇和长吻(D=0.1184),斑点叉尾和南方大口鲇(D=0.1266),黄颡鱼和长吻(D=0.1490),斑点叉尾和长吻的亲缘关系是最远的(D=0.1503)。结果表明:长吻最早分化,其次是南方南方大口鲇和黄颡鱼,而斑点叉尾分化最晚。     

囊谦青牦牛母系遗传多样性及遗传背景探析

为从分子水平上揭示青海省囊谦青牦牛的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景,对31头囊谦青牦牛mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序和序列比对分析,确定序列变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。结果表明,在囊谦青牦牛618 bp D-loop区序列分析中,共检测到34个多态位点,包括8个单一多态位点和26个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.846±0.055和0.011±0.005。与野牦牛及我国其他18个家牦牛品种相比,囊谦青牦牛群体核苷酸多样度和单倍型多样度值均较低,表明囊谦青牦牛母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群构建的系统发育树结果显示,囊谦青牦牛群体的12种单倍型分布在3种单倍型组A、C、D中,且聚为2个大的分支,提示囊谦青牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源。综上,囊谦青牦牛群体母系遗传多样性较低,由2个母系支系组成,推测其有2个母系起源。     

无花果树苗中截获的无花果孢囊线虫形态和分子鉴定

上海口岸从旅客携带进境的树苗中分离到1种孢囊线虫属的2龄幼虫,通过形态特征和分子特征分析,鉴定为无花果孢囊线虫(Heterodera fici Kirjanova,1954)。该2龄幼虫的主要形态特征为:体长409.9~454.4μm;唇环3个;口针发达,长22.6~24.0μm,基部球圆形略向前倾斜;侧线4条;尾长圆锥形,末端细圆,尾部透明区长24.7~30.5μm,约占尾长的1/2。序列分析显示其ITS区序列与GenBank中无花果孢囊线虫的序列相似性为99.48%~99.90%,序列差异为1~5 bp。系统发育分析显示该线虫与无花果孢囊线虫处于一个聚类组内。这是我国口岸首次报道截获无花果孢囊线虫。     

小麦蓝矮病植原体16S rDNA序列分析研究

 小麦蓝矮病是我国西北地区冬小麦上一种重要病害。本研究利用植原体16S rDNA通用引物对小麦蓝矮病患病植株全DNA进行nest-PCR扩增,获得1.2 kb的特异片段,并对扩增产物进行核苷酸序列测定,从分子水平证明了小麦蓝矮病的病原是植原体。利用最大简约法构建了16S rDNA系统演化树,系统演化关系分析表明:小麦蓝矮病植原体应该归属于翠菊植原体(Candidatus Phytoplasma asteris);小麦蓝矮病植原体与三叶草变叶病植原体(CPh)关系密切,被聚类为同一亚组(16Sr I-C),但是它们在寄主范围和传播介体等生物学性状方面差异很大。     

准噶尔盆地南缘和阿拉善左旗9个梭梭居群种间系统发育和亲缘关系研究

对荒漠植物梭梭进行ITS序列测定,研究不同梭梭居群系统发育和亲缘关系.材料源于准噶尔盆地南缘及内蒙古阿拉善左旗.结果表明:所测序列经排序后全长732bp.遗传距离矩阵表明:阜康与阿左旗的梭梭居群间遗传距离最小;石河子150与富蕴的居群遗传距离最大.系统发育树结果显示:石河子121、克拉玛依、杜热和150的居群聚为一支;阜康与阿左旗居群以92％的自展支持率相聚;戈壁藜等三种植物作为外类群.     

斑点叉尾鲴嗜麦芽寡养单胞菌的分离鉴定及系统发育分析

从发生在四川、重庆等省市的斑点叉尾妇急性流行性传染病病鱼的肝脏、肾脏内分离到1株高致病性菌株（CCF00024），人工感染健康鱼表现出与自然痛鱼相同的症状，并从中分离获得同种细菌，证实其为斑点叉尾鲴急性流行性传染病的病原菌。形态、生理生化检测表明，该菌为非发酵型直杆菌，严格需氧，革兰氏阴性，极生多鞭毛，对除麦芽糖和甘露糖以外的多种糖类不利用产酸，氧化酶阴性，DNA酶、蛋白酶、脲酶、赖氨酸脱羧酶阳性，MR、VP阴性。在以该菌16SrDNA序列（GenBank登录号AY970826）和GenBank及RDP数据库内同源性较高的细菌16SrDNA序列构建的系统发育树中，分离菌CCF00024与嗜麦芽寡养单胞菌（Stenotrophomonasmaltophilia）聚在一簇，特剐是与5．maltophiliaM5—1的同源性最高，序列相似性达99．6％，结合形态和生理生化特点将其鉴定为嗜麦芽寡养单胞菌（Stenotrophomonasmaltophilia）。药敏试验结果表明，对磺胺甲口恶唑、磺胺异口恶唑、阿齐霉素、洛美沙星高度敏感，而对新霉素、卡那霉素、氨苄青霉素、头孢唑啉、先锋霉素V和链霉素不敏感。     

我国部分地区NDV的分子流行病学研究

新城疫（Ｎｅｗｃａｓｔｌｅ ｄｉｓｅａｓｅ,ＮＤ）是由新城疫病毒（ＮＤＶ）引起的禽类的一种以呼吸道、消化道粘膜出血为典型症状的急性传染病,其病原——ＮＤＶ是副粘病毒科、副粘病毒亚科、腮腺炎病毒属的成员,为有囊膜的负链ＲＮＡ病毒。ＮＤＶ基因组为单股不分节ＲＮＡ,编码六种病毒结构蛋白,其中融合蛋白（Ｆ）和血凝素－神经氨酸酶蛋白（ＨＮ）构成囊膜外表面的纤突,是ＮＤＶ的功能性糖蛋白,在致病和免疫应答过程中起重要作用［１］。由于ＮＤＶ只有一种血清型,对ＮＤＶ不同毒株的差异性分析只能采用毒力、蚀斑形成能力测定等功能性试验来进行,但分型要么太细,无规律可循;要么过于粗放,无流行病学意义,使得ＮＤＶ流行病学研究一直难以突破。 近年来,随着分子生物学技术的广泛应用,使得人们在分子水平上对病毒遗传变异机制的研究取得了长足进展,发现病毒的遗传变异与疾病的流行有着密不可分的联系,并形成了病毒分子流行病学这样一门崭新学科,也为ＮＤ的流行病学研究提供了一种先进技术。已有研究表明,ＮＤＶＦ基因的遗传变异与ＮＤＶ的变异和流行密切相关,是ＮＤＶ分子流行病学研究的首选基因。 本研究根据新城疫病毒（ＮＤＶ）Ｆ基因编码区１－３７４位核苷酸序列计算其遗     

山西猪源基因Ⅰ型乙型脑炎病毒的分离与鉴定

利用RT-PCR技术从2009年山西运城某猪场疑似乙型脑炎仔猪脑组织扩增出乙型脑炎病毒prM和E基因,采取病样通过BHK-21细胞传代,分离到1株病毒.间接免疫荧光和RT-PCR进一步证实该病毒为猪源乙型脑炎病毒,并命名为SX09S-01.根据prM基因绘制的进化树表明SX09S-01毒株属于基因Ⅰ型,E基因与SA-14、SA-14-14-2、P3、HW和XJ69株的核苷酸同源性分别为88%,87%,88%,88%,98%,其蛋白具有强毒株典型特征.     

乙酰螺旋霉素残留降解霉菌的分离与鉴定

从乙酰螺旋霉素菌渣中分离到一株乙酰螺旋霉素残留降解霉菌AD101,通过形态特征观察和ITS序列分析,将该菌株初步鉴定为菌核曲霉(A. sclerotiorum),并构建了其系统发育树。     

谷子RNA干扰相关酶类基因家族的鉴定与分析

Dicers酶类、Argonautes蛋白以及RNA依赖的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerases,RDRs)是RNA干扰(RNA interference,RNAi)机制中重要的核心蛋白,但在谷子(Setaria italica)中尚无系统报道.为了研究谷子中与RNA干扰相关酶类基因的特征,本研究对谷子的RNA干扰相关酶类基因家族进行了蛋白质理化性质、亚细胞定位预测、蛋白质保守基序、基因保守结构域、基因家族成员间系统发育关系以及组织特异性表达谱分析.研究共发现24个与谷子RNA干扰相关酶类基因,包括7个DCL(Dicers),13个AGO(Argonautes),4个RDRs.系统进化树分析表明,这些家族被分为3个进化支.同一家族基因成员具有共同的保守结构域.虽然大多数基因可同时在不同发育时期的叶、茎和穗中表达,但其在各时期的穗和茎中的表达量最高.本研究为详细探讨这些基因在谷子生殖和生长发育中的表观遗传修饰作用提供了理论依据.