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71.
猪繁殖与呼吸综合征病毒缺失变异株的基因组特征 总被引:51,自引:1,他引:51
对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB2(sh)/2002的全基因组序列进行了测定与分析。该毒株基因组全长为15373nt(不包括PolyA尾),与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88.7%~95.1%之间。序列分析表明,该毒株是1个天然存在缺失的变异毒株,其ORFla的Nsp2存在编码12个氨基酸的连续36个核苷酸的缺失,ORF、3存在编码1个氨基酸的3个核苷酸的缺失。这是国内外首次发现PRRSV存在缺失变异现象,研究结果补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据,为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。 相似文献
72.
西尼罗热病毒RT-PCR检测方法的建立 总被引:3,自引:0,他引:3
参考Genebank发表的西尼罗热病毒(West Nile virus,WNV)E糖蛋白基因序列,自行设计合成一对引物,对WNV进行RT—PCR扩增,产物经琼脂糖电泳分析,呈现一条约400bp的条带,将其克隆入pMD18-T—Vector载体中,并进行序列测定,与已发表的WNV基因比较发现,核苷酸的同源性为99.7%,证实为WNV的E基因,通过对样品多次检测,都能扩增出一条约400bp的条带,表明该方法比较稳定。 相似文献
73.
马动脉炎病毒RT-PCR检测方法的建立 总被引:1,自引:0,他引:1
根据已报道的马动脉炎病毒基因组保守基因核苷酸序列,设计并合成了1对引物,通过对影响PCR扩增因素的筛选,成功地从病毒感染的细胞中扩增出约200bp的片段,与理论设计值(204bp)大小一致。而正常的RK-13、BHK-21和Vero细胞和同为动脉炎病毒科的猪繁殖与呼吸道综合征病毒(PRRSV)作为对照的扩增结果均为阴性。敏感性试验表明,该方法可以检测出10^-4个TCID50的病毒含量,说明具有较好的敏感性。 相似文献
74.
2004初从正常鸭群中分离到一株鸭源禽流感病毒,命名为A/Duck/HN/4/2004(H6N2)。经对血凝素基因(HA)序列分析发现HA基因全长为1744bp,共编码566个氨基酸,在裂解位点仅含一个碱性氨基酸-精氨酸(R),符合LPAIV的标准。将所得基因序列与已发表的同一亚型参考序列分析表明,与H6亚型流感HA基因同源性为89.2%-97.1%,经分子遗传演化分析表明本次分离株与香港分离株A/Duck/Hong Kong/3600/99(H6N2)、A/Duck/Hong Kong/3600/99(H6N2)最近。 相似文献
75.
鹅新城疫是近年来我国新发现的能感染多种禽类的传染病,国内许多学者在该病的发生、发展规律以及分子病毒学等领域有了较多的研究,现已确定该病毒是禽副粘病毒Ⅰ型即新城疫病毒的一个变种。本实验选择最近分离的2株鹅源新城疫病毒,采用已经发表的鸡新城疫病毒序列设计引物,应用RT—PCR技术扩增鹅源新城疫病毒的F基因,并将其克隆至载体上,然后进行了核苷酸序列测定、进行了系统的分析,并根据遗传距离的远近确定了鹅源新城疫病毒在NDV系统发育进化树中的地位。 相似文献
76.
目的利用RT-PCR和RACE技术克隆土耳其斯坦东毕吸虫肌动蛋白基因全长序列并进行序列分析.方法根据日本血吸虫和曼氏血吸虫肌动蛋白基因的保守区设计引物,利用RT-PCR扩增出土耳其斯坦东毕吸虫的肌动蛋白基因的大片段,再结合RACE技术分别得到肌动蛋白的3'端和5'端,将三部分序列拼接后获得肌动蛋白基因的全长cDNA序列并进行序列分析.结果成功克隆了土耳其斯坦东毕吸虫肌动蛋白的全长cDNA并提交GenBank,登录号为DQ017265,核酸序列比对表明东毕吸虫肌动蛋白基因的核苷酸序列和日本血吸虫、曼氏血吸虫的同源性分别为90%和91%.结论土耳其斯坦东毕吸虫肌动蛋白的全长cDNA的克隆为进一步表达及其生物学性能的分析提供了理论基础. 相似文献
77.
绵羊肺腺瘤病毒NM株前病毒gag基因的克隆与序列分析 总被引:4,自引:0,他引:4
参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)的全基因序列,设计合成3对引物,对JSRVNM株的gag基因分3段进行PCR扩增,经琼脂糖凝胶电泳分析,分别呈3条531、888和949 bp的特异条带,将其分别克隆人pMD-18T载体中,进行序列测定并拼接序列,得到完整的gag基因序列。分析结果表明,与南非代表株(基因序列号NC-001494)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为89.0%,推导出的氨基酸同源性为90%。与美国代表株(基因序列号AF105220)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为86.3%,氨基酸同源性为87%。 相似文献
78.
H1N1猪流感广东株血凝素基因的克隆与序列分析 总被引:6,自引:1,他引:6
用RT-PCR方法扩增H1N1亚型猪流感病毒广东分离株A/Swine/GuangDong/711/2001HA基因,对其进行了克隆和测序。结果显示,HA基因全长1771bp.共编码579个氨基酸。A/Swine/Guang Dong/711/2001HA基因编码的氨基酸序列中有8个糖基化位点,5个位于HAl基因的第27、28、40、104和287位点,3个位于HA2基因的21、153和213位点。与H1N1亚型猪流感经典毒株比较后发现,血凝素糖基化位点并不是高度保守的。将A/Swine/Guang Dong/711/2001与自Gen Bank读取的1918年人流感毒株A/South Carolina/1/18、1991年人流感毒株A/MD/12/91和1997年猪流感毒株A/Swine/Wisconsin/238/97等进行核苷酸同源性比较分析,A/Swine/Guang Dong/711/2001与A/SouthCarolina/1/18、A/MD/12/91和A/Swine/Wisconsin/238/97等毒株的核苷酸同源性分别为93.9%、94.7%和93.9%。从系统发生树来看,A/Swine/Guang Dong/711/2001与A/South Carolina/1/18和A/Swine/Wisconsin/238/97的亲缘关系相近。 相似文献
79.
为研究一株鸭源H9N2亚型禽流感病毒(JN1株)全基因组的分子特征和遗传进化情况以及感染雏鸭后的排毒规律,对其生物学特性、全基因组序列以及遗传进化进行了分析,通过点眼滴鼻方式感染3周龄健康雏鸭,利用建立的实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测鸭的排毒规律,并测定血清抗体效价。JNI株的鸡胚半数感染量为10~(-7.54)/0.2mL,鸡胚最小致死量的平均死亡时间为72h,静脉致病指数为0.266,抗原相关系数为0.47。系统发育分析表明,JN1株的HA与CK/HK/G9/97和DK/HK/Y280/97在同一分支上,NA、M、NP、PA、PB1、PB2基因与SH/F/98同源性较高,NS基因则与H5N1亚型禽流感病毒进化关系较近。HA的裂解位点为PSRSSR↓GL,存在6个潜在糖基化位点,在234位的氨基酸残基为L,NA基因颈部存在缺失。雏鸭在感染该病毒后,饮食正常,精神良好,3~17d均有排毒,咽拭子和泄殖腔棉拭子排毒规律基本一致,分别在第3天和第13天出现排毒高峰。该H9N2亚型禽流感病毒属欧亚大陆分支,为低致病性禽流感,病毒可通过呼吸道和泄殖腔向外界排毒,排毒时间较长。 相似文献
80.
不同轮作序列对旱地胡麻土壤有机碳稳定性的影响 总被引:1,自引:0,他引:1
为了探索陇中黄土高原半干旱丘陵沟壑区胡麻轮作序列对土壤碳库的影响,2012-2016年通过4年定位试验,以连作为对照,研究了不同胡麻频率下的轮作序列(F:休闲;PWFW:25%Flax、马铃薯-小麦-胡麻-小麦;WFWP:25%Flax、小麦-胡麻-小麦-马铃薯;FWPF:50%Flax、胡麻-小麦-马铃薯-胡麻;WPFF:50%Flax、小麦-马铃薯-胡麻-胡麻;FFFF:100%Flax、胡麻-胡麻-胡麻-胡麻)对土壤团聚体、总有机碳(TOC)、土壤颗粒有机碳(POC)、土壤微生物碳(MBC)和氮(MBN)的影响。结果表明,休闲、不同轮作序列和低胡麻频率显著增加了030 cm土层<0.25 mm粒级的土壤团聚体含量、TOC和POC含量,而随胡麻频率的增加三者的含量呈下降趋势。其中,25%Flax处理下土壤团聚体含量较播前和休闲处理分别显著增加了2.02%4.04%和9.56%11.73%;土壤有机碳(SOC)较连作显著增加5.95%7.48%。50%Flax处理下胡麻位置对土壤SOC影响显著,且轮作(FWPF)显著高于连作(WPFF)。060 cm土层土壤SOC含量表现为休闲>播前≈25%Flax>50%Flax>100%Flax。与连作相比,轮作显著提高了010 cm土层土壤TOC和POC含量,呈现表层富集现象。土壤POC含量表现为25%Flax≈休闲>50%Flax>100%Flax。此外,轮作换茬显著增加了土壤MBC含量,且随着胡麻频率的增加,030 cm土层土壤MBC含量逐渐降低。与播前、休闲、轮作相比,连作显著降低土壤微生物碳氮比,50%Flax(WPFF)轮作序列和土层深度对土壤有机碳和微生物量的互作效应显著。综合来看,休闲可以显著改善土壤理化性状,25%胡麻频率的轮作序列利于保持土壤团聚体稳定性,增加土壤TOC、SOC和POC含量,而50%Flax轮作序列(WPFF)能够提高土壤微生物量和微生物碳氮比。表明25%胡麻频率的轮作序列均可维持土壤有机碳的稳定性,是旱地胡麻比较理想的轮作序列。 相似文献