基于Kingfisher Flex系统树木叶片RNA的提取方法比较及优化

随着林木功能基因组学的发展,如何快速高效地提取高质量的核酸变得越来越重要。本研究基于Kingfisher Flex全自动磁珠提取纯化系统,以细叶桉叶片为材料,利用5种磁珠法RNA提取试剂盒(A/B/C/D/E)比较提取RNA的质量和纯度,筛选出试剂盒C为最佳试剂盒。在试剂盒C默认提取程序基础上,利用正交设计L9(34),研究Kingfisher Flex全自动磁珠提取纯化系统上不同洗涤速度、洗脱速度及时间等机器参数对提取RNA的浓度和纯度的影响。正交试验结果表明,对提取RNA的浓度和纯度影响最大的机器参数是洗涤速度,正交试验最优程序组合下提取RNA的纯度稍优于试剂盒C,但是得率仅为试剂盒C的1/3,综合比较后确认试剂盒C默认程序为提取细叶桉叶片RNA的最优提取程序。另外利用试剂盒C也分别对降香黄檀、大果紫檀、油楠、檀香、黑木相思和柚木这六个树种的叶片RNA进行提取,结果表明提取出的RNA均满足cDNA建库以及转录组测序实验的要求。本研究建立了Kingfisher Flex全自动磁珠提取纯化系统上树木叶片RNA的高效提取方法,对树木叶片高通量RNA提取有重要的应用价值,并为其他树种在提取RNA程序上对相关参数进行优化和设置提供了参考。     

毛竹Stowaway-like MITEs转座子的分离与分析

微型颠倒重复序列(miniature inverted repeat transposable elements,MITEs)是一类对基因组进化和基因表达有重要调节作用的转座子。为分析MITEs在毛竹基因组中的分布特性,借鉴Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing repeats(FIASCO)方法,首次构建Stowaway-like MITEs富集文库。随机挑取21个克隆,测序发现2个含有Stowaway-like MITEs序列(Stow-Ph1和Stow-Ph2),阳性率为9.52%。Stow-Ph1和Stow-Ph2的长度分别为260和258bp,具有Stowaway-like MITEs典型的末端颠倒重复序列(terminal inverted repeats,TIRs)和靶位点重复序列(target site duplication,TSD)。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻的Stow-Os8(FJ266024)的同源性分别为46.4%和52.6%。Stow-Ph1和Stow-Ph2与水稻16类Stowaway-like MITEs的TI...     

太湖新银鱼微卫星位点的分离与序列特征分析

为了开发太湖新银鱼（Neosalanx taihuensis）的微卫星分子标记,采用生物素标记探针（AC）12、（AAC）10、（AAG）10和（GATA）8对其微卫星位点进行了筛选,并对其序列特征进行了分析。共获得490个微卫星序列,筛选的总效率为78．09％。筛选出725个微卫星位点,其中完美型592个,占81．66％;混合型82个,占11．31％;非完美型51个,占7．03％。探针（AC）12富集到的微卫星重复次数大多集中在14～26次,最高44次;探针（AAC）10和探针（AAG）10富集得到的微卫星重复次数主要集中在8～20次,最高42次;探针（GATA）8富集得到的微卫星重复次数一般在6～15次,最高32次。探针（AC）12、（AAC）10、（AAG）10和（GATA）8的杂交效率分别为85．19％、60．19％、5．16％和10．64％。筛选得到的725个微卫星位点中,二碱基重复位点390个（53．79％）,三碱基重复位点284个（39．17％）,四碱基重复位点47个（6．48％）,五碱基重复位点 1个（0．14％）和六碱基重复位点3 个（0.42％）。根据二碱基重复核心序列进行引物设计,对抚仙湖24尾太湖新银鱼样本进行 PCR 扩增,电泳结果显示部分微卫星位点有较高的多态性,同时本研究获得的三碱基、四碱基、五碱基和六碱基重复位点也可为长重复单元微卫星引物的开发提供基础。     

磁珠富集法分离草鱼微卫星分子标记

磁珠富集法是一种快速、高效的分离微卫星分子标记的方法。本研究通过该方法分离草鱼的微卫星分子标记。将草鱼（Ctenopharyngodon idella）基因组DNA经Sau3AI酶切,同收纯化400～900bp片段,连上接头,构建“基因组PCR文库”。用生物素标记的简单重复序列（CA）15作探针与其杂交,杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上,经一系列的洗涤过程,去除磁珠表面不含有微卫星的片段。将吸附在磁珠上的片段洗脱,PCR扩增放大,再进行克隆和测序,根据微卫星两端的保守序列设计引物,即可得到微卫星分子标记。本研究义通过同位素标记的探针（CA）15进行二次杂交筛选,获得阳性克隆132个,所得到的阳性克隆经测序,86．36％含有微卫星序列,共获得130个微卫星DNA序列。用引物设计软件Primer Premier5．0没计引物83对。     

磁珠法核酸自动提取仪在分子生物学领域的应用

磁珠法核酸自动提取仪可以简单、快速、高效和经济地实现各种标本核酸的自动提取。本文概述了核酸自动提取仪的原理及分类,磁珠法核酸自动提取仪原理、分类、特点及其在分子生物学领域的应用。     

3种病原菌多重IMS-荧光RPA检测体系的建立及初步应用

建立一种同时检测沙门氏菌、大肠杆菌O157:H7和布氏杆菌的快速、灵敏、高通量的检测方法。利用特异性免疫磁珠,在37℃条件下从200 mL样液体系中循环捕获目标致病菌。磁珠液提取DNA后,对3种病原菌进行多重IMS-荧光RPA检测。结果表明:针对沙门氏菌、大肠杆菌O157:H7和布氏杆菌的检测限分别达到3.0、4.5和8.7 CFU/mL。使用新建多重IMS-荧光RPA方法对人工感染60份皮张、毛皮纺织品DNA样本进行扩增,结果显示与预期结果一致;对60份公共场所收集的皮张、毛皮、纺织品DNA样本进行扩增,结果显示有2个样本沙门氏菌阳性、1个样本大肠杆菌O157:H7阳性,3份阳性样品送测序,测序结果与GenBank检索沙门氏菌、大肠杆菌O157:H7 DNA序列一致。得出结论:建立的多重IMS-荧光RPA检测体系灵敏度、特异性、准确度符合要求,能够在2 h内完成对3种病原菌检测,可以作为快速应对此三类病原菌安全突发事件的检测手段。     

IMS-PCR对食品中单增李斯特菌快速检测

为了建立一种快速检测食品中单增李斯特菌的方法,试验设计了Listeriolysin O、23SrRNA和hly、iap四对引物分别做双重PCR引物,并与免疫磁珠法分离LMO相结合对LMO进行快速鉴定。结果显示,这四对引物分别扩增条带为700bp,240bp,308bp,505bp,可分辨不同种属的李斯特菌和其它不同菌株。建立的IMS-PCR方法最低检测限可达到1CFU/25g（mL）食品,通过检测食品样本188份,结果与常规检测方法所得的结果一致率为100%。所以,建立的IMS-PCR方法具有极好的特异性、敏感性和稳定性,在24h内可得到准确的检测结果,具有广阔的发展和市场应用前景。     

免疫磁珠法和VIDAS法在检测畜禽养殖场环境沙门氏菌中的应用

本试验将免疫磁珠法和VIDAS法相结合应用于畜禽养殖场沙门氏菌的检测,经试验结果表明：来自于猪场、鸡场和鸽场的粪便样品,猪场和鸡场的污水样品和鸽场的饮水样品中均检测到沙门氏菌;通过应用特异性的PCR对各分离菌株进行鉴定,均为沙门氏菌阳性.将免疫磁珠法和VIDAS法相结合,较大提高了检测效率和准确性,同时缩短了检测时间.     

免疫磁珠分离胸膜肺炎放线杆菌的研究

为尝试从混合样本中提高胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,App)的分离率,实验优化各种条件,将多种磁珠的表面连接抗AppS1或S2血清型的IgG,制备成免疫磁珠,测定各种免疫磁珠特异性捕获细菌的富集效果。结果表明各种磁珠均能特异性富集相对应的细菌,与直接分离培养相比,提高混合样本和人工模拟样本中特异性目标细菌的分离率,但各种磁珠的最佳反应体系不同,如磁珠与抗体的结合量、菌液与免疫磁珠的最佳体积比。试验中100μLS1425S磁珠与20μL的IgG结合,菌液浓度为106CFU·mL-1时,100μL菌液与50μL免疫磁珠的作用体系免疫富集效果最佳。这为推广使用免疫磁珠提高App分离率提供科学依据。     

采用IMS-RT-PCR方法快速检测肉制品中大肠杆菌O157

建立免疫磁珠分离法(immunomagnetic separation,IMS)与实时荧光定量PCR(Real-time fluorescent quantitative PCR,RT-PCR)技术相结合快速检测肉制品中肠出血性大肠杆菌(EHEC)O157的方法。利用改良热酚-水法提取EHEC O157的O-特异性多糖(O-specific polysaccharides,O-SP)作为筛选抗原,制备抗EHEC O157 O-SP单克隆抗体。将PM 3-50纳米磁珠经3-乙基碳二亚胺(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化后,与抗EHEC O157 O-SP单克隆抗体结合,得到偶联量为150μg/mg的免疫磁珠。免疫磁珠的最高捕获量为13748.33 CFU/0.2 mg,在肉制品中特异性捕获的最低检测限为2.2 CFU/m L。根据EHEC 0157血清型的特异性基因rfb E(Gen Bank登录号:S83460)设计引物和荧光探针,将IMS与RT-PCR相结合进行检测EHEC O157。当肉制品中EHEC O157含量≥1 CFU/g(2.5 g样本),免疫磁珠能捕获,并通过EC肉汤培养基增殖3h后,RT-PCR即可成功检测,全程只需6-7 h。IMS-RT-PCR相结合的检测方法,在大大缩短了检测时间的基础上,再次降低了EHEC O157的检测限,在防范肉制品源性致病性EHEC O157传染方面具有重要意义。