泥鳅MSAP技术反应体系的建立及优化

为获得不同倍性泥鳅基因组DNA甲基化水平及模式,以泥鳅Misgurnus anguillicaudatus为研究对象,利用正交试验建立了甲基化敏感扩增多态性( MSAP)方法的反应体系,并利用该方法对二倍体泥鳅鳍基因组DNA进行了MSAP分析。结果表明：最佳双酶切反应体系为800 ng的泥鳅基因组DNA,用EcoR I、 Hpa II和Msp I各10 U,在37℃下反应8 h后即可酶切;最佳预扩增反应体系为模板4μL、预扩增引物0·8μL、0·2 mmol/L dNTPs、1·5 mmol/L Mg2+和 Taq 1 U;最佳选择性扩增反应体系为预扩增产物稀释20倍的模板2μL、引物1·5μL、0·375 mmol/L dNTPs、1·5 mmol/L Mg2+和 Taq 1 U;二倍体泥鳅全甲基化率分别为24·1%、20·8%、22·3%,半甲基化率分别41·4%、20·8%、33·3%,总甲基化率分别为65·5%、41·6%、55·6%。研究表明,该反应体系稳定、可靠、重复性好,为MSAP技术在多倍体泥鳅相关研究中的应用奠定了基础。     

蓝细菌16S rRNA双甲基化酶基因ksgA的进化分析、蛋白结构预测及功能验证

为研究核糖体小亚基rRNA双甲基化酶基因ksgA的进化关系、蛋白结构和功能,利用MEGA 5.2软件构建了37种蓝细菌ksgA基因和16S rDNA的系统进化树,通过SWISS-MODEL分析和预测KsgA的蛋白质结构模型,并通过克隆集胞蓝细菌Synechocystis sp.strain PCC 6803、鱼腥蓝细菌Anabaena sp.strain PCC7120和聚球蓝细菌Synechococcus elongates sp.strain PCC 7942的ksgA基因对大肠杆菌ksgA突变体进行了异源互补.结果表明:ksgA基因在蓝细菌中与16S rDNA进化分支高度相似,且体现出蓝细菌进化的聚类特征;蓝细菌KsgA甲基化酶与该蛋白家族的其他蛋白质拥有共同的保守结构、催化位点和配体结合位点;克隆的3种蓝细菌ksgA基因均能在一定程度上互补大肠杆菌ksgA基因的功能.     

二倍体和四倍体泥鳅IGFBP-1基因的表达及其与DNA甲基化的相关性

为探讨胰岛素样生长因子结合蛋白-1(IGFBP-1)基因在二倍体和四倍体泥鳅之间的表达差异及其与DNA甲基化的相关性,克隆二倍体、四倍体泥鳅的CDS序列和启动子序列,并分别采用qRT-PCR和亚硫酸氢盐测序技术(BSP)分析IGFBP-1在二倍体、四倍体泥鳅中的表达水平及启动子区和第一外显子区的甲基化水平。结果显示,泥鳅的IGFBP-1基因CDS序列长789bp,编码262个氨基酸,二倍体、四倍体泥鳅间有5bp的差异,但氨基酸序列完全相同。在二倍体、四倍体中分别克隆得到2 341bp和2 331bp的启动子序列,倍性间的序列相似度达99%,启动子序列中包含典型元件TATA-box,以及SP1、CREB、C/EBP、POU2F2、GATA-2/3/4和SRY等转录因子结合位点。泥鳅的IGFBP-1基因主要在肝脏中表达,且四倍体泥鳅肝脏中IGFBP-1的表达水平显著高于二倍体(P0.01)。四倍体泥鳅IGFBP-1基因启动子及第一外显子区的甲基化水平均比二倍体低,其中四倍体肝脏中的甲基化水平显著低于二倍体(P0.01)。综合分析研究结果表明,在IGFBP-1基因主要表达的肝脏组织中,其mRNA表达水平与DNA甲基化水平呈负相关,启动子区较高的甲基化可能抑制了二倍体泥鳅IGFBP-1基因的表达。     

茶叶中甲基化EGCG的分离及功能研究进展

综述了茶叶中甲基化EGCG的分离方法和功能研究进展。茶叶甲基化EGCG分离方法有制备液相色谱(p HPLC)、高速逆流色谱(HSCCC)、Sephadex LH-20凝胶柱层析、Toyopearl HW-40S中压柱层析等,主要具有抗过敏、保护肝脏、调节肠道菌群、治疗哮喘、清除自由基等功效。     

Igr5启动子甲基化在上皮性卵巢癌中的表达及临床意义

目的:探讨lgr5甲基化与人类卵巢癌临床病理之间的联系,以及其作为判定总的生存率的价值。方法:采用甲基化特异性聚合酶链式反应(methylation specific polymerase chain reaction,MSP)方法分析卵巢癌患者石蜡组织中lgr5启动子DNA甲基化情况。结果:lgr5在正常卵巢组织中几乎无甲基化改变,而在良性卵巢肿瘤中频率升高,上皮性卵巢癌组织中甲基化频率明显升高(P0.01);lgr5甲基化与低分化上皮性卵巢癌(P0.01)、肿瘤分期Ⅲ～Ⅳ(P0.05)以及淋巴结转移(P0.01)相关,但与组织类型关系不明显(P0.05)。在70例上皮性卵巢癌患者组织中,lgr5甲基化频率为62.9%(44/70),并且5年总的生存率明显低于未甲基化的患者(P0.05)。结论:lgr5甲基化与上皮性卵巢癌分化程度、肿瘤分期Ⅲ～Ⅳ以及淋巴结转移密切相关,同时也可以作为上皮性卵巢癌患者总的生存率的判定指标之一。     

Whole Genome Methylation Variation Analysis of Longissimus Dorsi Between Tan Sheep and Hu Sheep

It aimed to identify the differential methylation region (DMR) and differential methylation gene (DMG) through the analysis of the genome-wide methylation difference of the longest muscle of the sheep's back of different breeds of sheep,and laid the foundation for the analysis of the differences in sheep skeletal muscle development.In this study,one-year-old sheep(Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2) were sanned by the whole genome bisulfite sequencing method(WGBS).The degree of methylation and differentially methylated region in the whole genome DNA of longissimus dorsi(LD) muscle were studied to explore the difference of DNA methylation in level in sheep.The results showed that the methylation (mC) rates of cytosine (C) were 3.55%,3.18% and 3.56% in Tan sheep,Hu sheep and Tan-Hu F2,respectively.A total of 97 731 DMRs and 10 784 related DMGs were detected.In CG,CHH and CHG sequences,the methylation levels of the three groups were not significantly different.419 GO terms and 20 related signal pathways were detected by GO and KEGG analysis,respectively,which were showed to be significantly enriched in cellular process,cell part,binding,long-term depression,and so on.Five candidate genes,ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3 and MYH10 were sreened out in muscle tissues.This study provided genome-wide methylation of pattern of three groups (Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2).The results provided reference information for the epigenetic study of Tan sheep and screened candidate genes related to muscle development and meat quality.     

鸭基因组整体DNA甲基化差异与部分免疫性状的关系

DNA甲基化是真核细胞基因组主要表观遗传修饰方式之一,是调节基因组功能的重要手段.本试验以金定鸭、樱桃谷北京鸭、番鸭、半番鸭(番鸭♂×金定鸭♀、番鸭♂×樱桃谷北京鸭♀)为试验材料,应用MethylFlash整体甲基化定量试剂盒检测其甲基化程度,采用全自动生化分析仪测定总蛋白、球蛋白、IgA、IgM和IgG等部分免疫性状,并分析了两者的关系.结果表明,两个远缘杂交种(番鸭♂×金定鸭♀、番鸭♂×樱桃谷北京鸭♀)的DNA整体甲基化程度显著高于或极显著高于亲本(金定鸭、樱桃谷北京鸭、番鸭),而3个亲本间以及两个远缘杂交种间差异不显著(P＞0.05).所有免疫指标性状值大致表现为家鸭高于番鸭,番鸭高于半番鸭.鸭基因组整体DNA甲基化水平与免疫性状间呈负相关,其中与总蛋白、球蛋白和IgM相关达显著或极显著水平.试验结果揭示了半番鸭及其亲本基因组整体DNA甲基化对部分免疫性状的影响.     

DNA甲基化与食管癌关系研究进展

人类肿瘤的发生是一个多步骤、多阶段、多基因改变与表基因改变的复杂过程,其分子生物学本质是细胞内遗传调控和表观遗传调控的紊乱,其中表观遗传调控紊乱包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色     

家禽营养与表观遗传学

过去几十年里,达尔文创立的生物进化论及孟德尔确立的遗传学说为家禽选育及品种的改良奠定了理论基础,并显著改善了禽肉品质,提高了家禽生产力。尽管遗传选择能够主导亲代基因传递给后代,但越来越多的证据表明营养等环境因素对基因表达具有重要的修饰作用。表观遗传学是研究在核苷酸序列不变的情况下,基因表达的可遗传变化的一门遗传学分支学科。本文主要讨论了家禽营养对DNA甲基化的影响,以及这种影响通过生殖细胞的表观遗传重塑可以成功地传递给后代的现象。     

荣昌猪仔猪性别间DNA甲基化水平的差异研究

应用HPLC方法检测了96头30日龄荣昌猪仔猪(公、母各半)耳组织全基因组DNA的甲基化程度,探讨性别间DNA甲基化水平的差异。结果表明:仔公猪、仔母猪的DNA甲基化含量分别为4.296%和3.902%,在统计上无显著差异(P0.05)。研究结果证实,性别不是影响荣昌猪仔猪DNA甲基化状态的主要因素。