植物DNA甲基化研究进展

植物经常暴露在各种生物和非生物的胁迫之下,这些胁迫会影响植物的生长发育和繁殖并最终导致植物死亡。为了抵御不利的环境条件,植物已经进化出复杂而精细的网络来感知胁迫并激活防御系统。为此,植物激活许多信号转导通路,这些信号转导通路可以改变一些胁迫响应基因的表达,从而引起植物形态、生理和生化的改变以适应逆境。DNA胞嘧啶甲基化是高等真核生物的主要表观遗传机制之一,在维持基因组稳定性和调节基因表达方面起着关键作用。表观遗传变异比遗传变异更为灵活。一旦环境条件发生变化,为了适应新的环境植物都会发生表观遗传的改变。许多研究表明DNA甲基化参与植物的发育和应激反应。基于相关研究对DNA甲基化进行了综述,对植物逆境胁迫有重要意义。     

不同地理群体三疣梭子蟹mtDNA本底甲基化水平分析

利用重亚硫酸盐测序法,对适于三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)线粒体基因组甲基化分析的BSP(Bisulfite sequencing PCR)引物进行了筛选,在设计的21对引物中,获得了12对BSP引物。利用这12对引物分析了三疣梭子蟹海州湾群体(江苏连云港)和莱州湾群体(山东东营)线粒体基因组本底甲基化水平,结果表明:海州湾群体不存在甲基化现象,莱州湾群体发现了2个个体在ND2基因(NADH脱氢酶亚基2)位点存在甲基化现象;在存在甲基化的个体中,甲基化类型主要为CHG和CHH类型,还有少量Cp G类型。该研究结果说明,莱州湾群体和海州湾群体线粒体基因组本底水平上的甲基化特征存在一定差异,相关研究值得进一步深入探讨。     

野生和“黄海1号”中国明对虾不同组织基因组DNA的MSAP分析

为了从表观遗传学角度讨论中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)野生群体和人工选育新品种“黄海1号”不同组织间甲基化水平和多态性差异,应用甲基化敏感扩增多态性(mehylation sensitive amplified polymorphism, MSAP)分别对野生群体组中国明对虾和“黄海1号”肌肉、鳃、血液3种组织样品基因组DNA的CCGG甲基化水平进行对比分析,试图从表观遗传学角度探讨影响中国明对虾生长性状的分子机制.采用30对引物进行选择性扩增,经聚丙烯酰胺凝胶电泳(Polyacrylamide Gel Electrophoresis, PAGE)带型结果显示,野生群体组中国明对虾肌肉、鳃和血液的甲基化比例分别为23.1%,22.3%和19.7%;而“黄海1号”肌肉、鳃和血液的甲基化比例分别为21.4%、19.6%和18.9%.野生群体组中国明对虾和“黄海1号”同一组织间的甲基化水平和甲基化多态性水平不同,肌肉、鳃和血液不同组织间的甲基化水平和甲基化多态性水平亦不同.DNA 甲基化多态性带型分析显示,鳃组织的甲基化水平和多态性水平在野生群体组中国明对虾和“黄海1号”间变化趋势最大,肌肉最稳定.本研究旨为甲基化修饰与中国明对虾生长性状间的相关性研究提供依据.     

茶叶中甲基化EGCG的分离及功能研究进展

综述了茶叶中甲基化EGCG的分离方法和功能研究进展。茶叶甲基化EGCG分离方法有制备液相色谱(p HPLC)、高速逆流色谱(HSCCC)、Sephadex LH-20凝胶柱层析、Toyopearl HW-40S中压柱层析等,主要具有抗过敏、保护肝脏、调节肠道菌群、治疗哮喘、清除自由基等功效。     

Igr5启动子甲基化在上皮性卵巢癌中的表达及临床意义

目的:探讨lgr5甲基化与人类卵巢癌临床病理之间的联系,以及其作为判定总的生存率的价值。方法:采用甲基化特异性聚合酶链式反应(methylation specific polymerase chain reaction,MSP)方法分析卵巢癌患者石蜡组织中lgr5启动子DNA甲基化情况。结果:lgr5在正常卵巢组织中几乎无甲基化改变,而在良性卵巢肿瘤中频率升高,上皮性卵巢癌组织中甲基化频率明显升高(P0.01);lgr5甲基化与低分化上皮性卵巢癌(P0.01)、肿瘤分期Ⅲ～Ⅳ(P0.05)以及淋巴结转移(P0.01)相关,但与组织类型关系不明显(P0.05)。在70例上皮性卵巢癌患者组织中,lgr5甲基化频率为62.9%(44/70),并且5年总的生存率明显低于未甲基化的患者(P0.05)。结论:lgr5甲基化与上皮性卵巢癌分化程度、肿瘤分期Ⅲ～Ⅳ以及淋巴结转移密切相关,同时也可以作为上皮性卵巢癌患者总的生存率的判定指标之一。     

Whole Genome Methylation Variation Analysis of Longissimus Dorsi Between Tan Sheep and Hu Sheep

It aimed to identify the differential methylation region (DMR) and differential methylation gene (DMG) through the analysis of the genome-wide methylation difference of the longest muscle of the sheep's back of different breeds of sheep,and laid the foundation for the analysis of the differences in sheep skeletal muscle development.In this study,one-year-old sheep(Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2) were sanned by the whole genome bisulfite sequencing method(WGBS).The degree of methylation and differentially methylated region in the whole genome DNA of longissimus dorsi(LD) muscle were studied to explore the difference of DNA methylation in level in sheep.The results showed that the methylation (mC) rates of cytosine (C) were 3.55%,3.18% and 3.56% in Tan sheep,Hu sheep and Tan-Hu F2,respectively.A total of 97 731 DMRs and 10 784 related DMGs were detected.In CG,CHH and CHG sequences,the methylation levels of the three groups were not significantly different.419 GO terms and 20 related signal pathways were detected by GO and KEGG analysis,respectively,which were showed to be significantly enriched in cellular process,cell part,binding,long-term depression,and so on.Five candidate genes,ACTA2、ROCK1、CALD1、MYH3 and MYH10 were sreened out in muscle tissues.This study provided genome-wide methylation of pattern of three groups (Tan sheep and Hu sheep and Tan-Hu F2).The results provided reference information for the epigenetic study of Tan sheep and screened candidate genes related to muscle development and meat quality.     

鸭基因组整体DNA甲基化差异与部分免疫性状的关系

DNA甲基化是真核细胞基因组主要表观遗传修饰方式之一,是调节基因组功能的重要手段.本试验以金定鸭、樱桃谷北京鸭、番鸭、半番鸭(番鸭♂×金定鸭♀、番鸭♂×樱桃谷北京鸭♀)为试验材料,应用MethylFlash整体甲基化定量试剂盒检测其甲基化程度,采用全自动生化分析仪测定总蛋白、球蛋白、IgA、IgM和IgG等部分免疫性状,并分析了两者的关系.结果表明,两个远缘杂交种(番鸭♂×金定鸭♀、番鸭♂×樱桃谷北京鸭♀)的DNA整体甲基化程度显著高于或极显著高于亲本(金定鸭、樱桃谷北京鸭、番鸭),而3个亲本间以及两个远缘杂交种间差异不显著(P＞0.05).所有免疫指标性状值大致表现为家鸭高于番鸭,番鸭高于半番鸭.鸭基因组整体DNA甲基化水平与免疫性状间呈负相关,其中与总蛋白、球蛋白和IgM相关达显著或极显著水平.试验结果揭示了半番鸭及其亲本基因组整体DNA甲基化对部分免疫性状的影响.     

DNA甲基化与食管癌关系研究进展

人类肿瘤的发生是一个多步骤、多阶段、多基因改变与表基因改变的复杂过程,其分子生物学本质是细胞内遗传调控和表观遗传调控的紊乱,其中表观遗传调控紊乱包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色     

家禽营养与表观遗传学

过去几十年里,达尔文创立的生物进化论及孟德尔确立的遗传学说为家禽选育及品种的改良奠定了理论基础,并显著改善了禽肉品质,提高了家禽生产力。尽管遗传选择能够主导亲代基因传递给后代,但越来越多的证据表明营养等环境因素对基因表达具有重要的修饰作用。表观遗传学是研究在核苷酸序列不变的情况下,基因表达的可遗传变化的一门遗传学分支学科。本文主要讨论了家禽营养对DNA甲基化的影响,以及这种影响通过生殖细胞的表观遗传重塑可以成功地传递给后代的现象。     

荣昌猪仔猪性别间DNA甲基化水平的差异研究

应用HPLC方法检测了96头30日龄荣昌猪仔猪(公、母各半)耳组织全基因组DNA的甲基化程度,探讨性别间DNA甲基化水平的差异。结果表明:仔公猪、仔母猪的DNA甲基化含量分别为4.296%和3.902%,在统计上无显著差异(P0.05)。研究结果证实,性别不是影响荣昌猪仔猪DNA甲基化状态的主要因素。