鲤与生长性状相关的EST-SSRs标记筛选

以大头鲤(Cyprinus pellegrini Tchang)(母本)与荷包红鲤(Cyprinus carpio wuyuanensis)抗寒品系(父本)杂交产生的F1作为亲本,以其自交F2作为分离群体,结合"拟测交"策略,用EST-SSRs标记对其中92个个体进行基因型检测.利用Windows Map Manager 2.0的标记回归法对符合拟测交分离的70个EST-SSRs标记进行单标记回归分析,检测出8个与鲤体长、体高、体厚性状相关的标记.对同一标记不同基因型个体间生长性状进行显著性比较,通过t检验,找到与生长性状相关的基因型.将上述8个EST序列与GenBank数据库进行BLAST比对,有3条EST序列与蛋白库中已知功能的序列高度同源.其中HLJE225与编码斑马鱼(J9enio rerio)冷诱导基因RNA结合蛋白的基因同源性水平高达97%,HLJE222与编码斑马鱼DAZ相关蛋白1基因同源性水平也高达97%,HLJE599与编码斑点叉尾鲴(Ictalurus punctatus)核糖体蛋白L6基因的同源水平为87%.本研究鉴定的与鲤生长性状相关的功能基因及有利用价值的基因型,为鲤重要生长性状的QTL(数量性状基闪座)定位和分子标记辅助育种提供了一定的依据.[中国水产科学,2009,16(1):15-22]     

固氮、解磷复合菌剂对小麦根际土壤细菌群落的影响

为研究固氮芽孢杆菌、固氮巨大芽孢杆菌、解磷假单胞菌、巴西固氮螺菌组成的复合菌剂对小麦根际土壤细菌群落多样性的影响,通过构建16SrRNA克隆文库及采用核糖体DNA扩增片段酶切分析(ARDRA)的方法,以文库库容值(C)、Rarefaction曲线(R)对克隆文库进行评价。系统发育分析表明,对照及菌剂处理样品均检测到酸杆菌门、变形菌门、浮霉菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、疣微菌门、放线菌门和芽单胞菌门8个细菌类群,并且优势菌群均为变形菌门和酸杆菌门。接种菌剂后小麦根际土壤检出了绿弯菌门、蓝藻门、产水菌门和硝化螺旋菌门,而梭杆菌门未被检出。假单胞菌属由1.59%增加至21.28%。芽孢杆菌属由未检出增至3.05%。两样品中均未检出固氮螺菌属。多样性分析表明,接种菌剂后,小麦根际土壤细菌多样性指数和丰富度指数均提高。因此,接种菌剂对小麦根际土壤细菌类群的组成及所占比例有较大影响。     

水生动物中分离的副溶血性弧菌菌株分子分型研究

本研究通过采用核糖体分型RT、脉冲场凝胶电泳PFGE、多位点序列分型MLST三种方法,对从水生动物中分离到的59株副溶血性弧菌进行分子分型研究。结果将59株副溶血性弧菌分为43个RT型,9个大的聚类群,DI为0.9754;51个PFGE型,13个大的聚类群,DI为0.9988;53个ST型,包括107个新的等位基因、46个新的ST型,DI为0.9982。结果显示PFGE的分辨力最高,MLST较PFGE稍低,RT的分辨力最低。总体来看59株副溶血性弧菌菌株间亲缘关系较远,从同一年份、同一地区、同类样品中分离到的菌株被分为不同的型,表现出较大的遗传多样性。     

巴西橡胶树核糖体蛋白HbRPL14基因逆境响应机制

为研究核糖体蛋白在橡胶树逆境响应中的作用机制,从巴西橡胶树品种热研7-33-97叶片中克隆了核糖体HbRPL14基因,并进行HbRPL14蛋白的生物信息学分析及HbRPL14基因的表达分析。结果表明：其编码蛋白含有特征性核糖体_L14家族结构域,该基因在橡胶树胶乳、花和叶片中表达,但在树皮中不表达。采用荧光定量分析技术证明干旱、机械伤害和白粉菌侵染均显著上调HbRPL14基因表达,表明核糖体HbRPL14基因受逆境调控,通过提高核糖体蛋白合成水平,参与橡胶树对干旱、机械伤害和白粉菌侵染的响应。     

应用种特异性ITS引物(SS-ITS)鉴别新菠萝灰粉蚧

[目的]研究新菠萝灰粉蚧的种特异性ITS引物,以快速准确鉴定该虫,可为口岸快速通关提供依据.[方法]采用PCR扩增方法,首次测定分析了11种粉蚧39个样品的新菠萝灰粉蚧及其他粉蚧的rDNA ITS全序列.基于ITS区序列差异设计了针对新菠萝灰粉蚧的特异性引物,通过筛选引物退火温度、优化PCR反应条件建立了新菠萝灰粉蚧的快速分子鉴定方法.[结果]种特异性ITS引物只对新菠萝灰粉蚧有扩增条带,能有效扩增出约665 bp的DNA片段,其余种类均未有扩增条带.灵敏度试验结果显示该对引物灵敏度高,其检测限可达0.1 ng/μL.[结论]采用设计的ITS区种特异性引物可以对新菠萝灰粉蚧进行快速分子鉴定,该方法可为口岸一线检测鉴定提供参考.     

A preliminary analysis of phylogenetic relationships of Arundinaria and related genera based on nucleotide sequences of nrDNA （ITS region） and cpDNA （trnL-F intergenic spacer）

Phylogenetic relationships of Arundinaria and related genera (Pleioblastus, Pseudosasa, Oligostachyum, Bashania, Clavinodum.etc.) were assessed by analyzing the sequences of the nrDNA internal transcribed spacer (ITS) and the cpDNA trnL-F intergenic spacer (IGS). Comparison with trnL-F IGS sequence, the ITS region provided the higher number of parsimony informative characters, and the interspecific variation of the ITS sequence was higher than that of the trnL-F IGS sequence.The tree obtained by combining both sets of data showed that the species sampled in Arundinaria and the related genera were monophyletic and divided into two clades. The relationships and positioning of all the taxa surveryed (including A. oleosa, A. hsienchuensis, A. chino, A. amara, A. yixingensis, A. amabilis, A. fortunei,A. pygmaea, A. gramineus, A. fargesii, A. faberi, A. hupehense, Pseudosasa japonica cv. Tsutsumiana, P. japonica and Brachystachyum densiflorum) were also discussed. The results from the sequences were broadly consistent with morphological characters, appearing all these taxa sampled belong to the genus of Arundinaria. The topologies of the trees generated from individual data and the combined data were similar.     

海洋放线菌Salinispora areniocola CNS-205腺苷化结构域基因sare0357的酶活测定

[目的]测定海洋放线菌S.areniocola CNS-205腺苷化结构域基因sare0357的酶活。[方法]选取海洋放线菌Salinispora arenicola CNS-205 NRPS A domain基因sare0357,对其进行克隆表达和功能鉴定。[结果]在以Trp为底物时测定Sare0357蛋白的酶动力学参数为:Km=(0.040 33±0.003 67)mmol/L,Vmax=(2.135 05±0.029 43)μmol/(min·L),kcat=(14.233 6±0.196 2)min;Phe为底物时:Km=(0.027 65±0.001 51)mmol/L,Vmax=(1.558 06±0.009 7)μmol/(min·L),kcat=(10.387 1±0.064 6)min。[结论]丰富洋放线菌Salinispora arenicola CNS-205 NRPS腺苷化结构域的底物特异性和密码子领域的研究,为组合生物学和体外酶系合成NRPs提供依据。     

超高效液相色谱-串联质谱法同时测定茶叶中烟酰胺腺嘌呤二核苷酸及其4种前体化合物含量

烟酰胺核糖体(NR)、烟酰胺单核苷酸(NMN)、烟酸(NA)和烟酰胺(NAM)是烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD⁺)的4个前体化合物,口服后可在体内转化为NAD⁺发挥抗衰老等功效。建立了采用超高效液相色谱-串联质谱法(UPLC-MS/MS)同时测定茶叶中NAD⁺及其4种前体化合物含量的方法,茶叶经水提取,稀释后直接进行UPLC-MS/MS分析。经方法学验证,5种目标化合物在各自范围内线性关系良好(R²≥0.99),回收率为70.00%～120.00%,相对标准偏差为2.09%～14.50%,方法的定量限为0.10～0.50μg·L^-1。绿茶、红茶和黑茶中5种目标化合物的含量测定结果显示,绿茶和红茶是NR、NMN、NAD⁺的良好天然食物来源;主成分分析结果显示,根据5种化合物含量能对红茶、绿茶、黑茶进行良好的类群区分;聚类分析结果显示,同一产地同一类型茶叶中5种化合物质量分布不均,离散度较高,无法进行区分。     

抗菌肽的研究进展

抗菌肽是指核糖体合成的相对分子质量通常在1×10^4以下。具有抗菌活性的多肽类物质,它包括cecropins、defensins等。 1072年瑞典科学家Boman等从惜古比天蚕（Hyatophora-cecropia）蛹中诱导分离出第一种杀菌肽,并将其命名为天蚕素Cecropin。此后人们又在细菌、真菌、两栖类、哺乳动物、植物和人类中相继发现并分离得到了抗菌肽。     

核糖体蛋白L41(RPL41)基因对羊驼毛色调控的研究

羊驼原产于南美洲的安第斯山脉,是一种毛用动物,具有很高的经济价值,这是因为羊驼毛具有以下特点:1)羊驼毛手感细腻、光滑,刺激少于其他动物,具有极好的隔热和保温性能,耐磨损,脂肪、油或毛脂含量很低,不散发味道,蓬松不滞留水分,也不会抵制太阳光的辐射,不缩水;2)羊驼毛呈现不同程度的弯