基于Copula函数与经验频率曲线的富营养化风险分析

富营养化问题是我国湖泊面临的重要问题。太湖作为我国东部最大的淡水湖泊,附近城市供水水源地,其富营养化问题直接关系到苏州、无锡、江阴、湖州等环太湖城市的饮用水安全。选取浮游动物生物量、浮游植物生物量和叶绿素作为浮游生物数量的3个指标,绘制经验频率曲线,并采用Copula函数将其进行有效联结,从而得到太湖不同分区的富营养化风险评估。结果表明,太湖西北部湖区富营养化较为严重。     

民猪Haln基因部分序列片段比对分析

为确定民猪群体中Haln基因的核苷酸序列、基因型频率及基因频率,采用PCR方法体外扩增了民猪Haln基因完整的外显子17和内含子16,17的部分序列.采用HhaⅠ内切酶对扩增产物进行了酶切多态性分析,发现民猪HalN HalN( NN)型占70.83％,HalNHaln(Nn)型占25％,HalnHaln(nn)型占4...     

DNA序列判别分类模型

[目的]结合生物学知识和数学方法构建DNA序列判别分类模型。[方法]根据氨基酸分子中侧链基的极性性质,从不同序列中氨基酸含量不同提炼出能从碱基含量和碱基排列情况两方面代表序列特征的氨基酸类别信息,用一个四维向量来表征,用马氏距离法和FISHER判别法对给定序列进行分类。[结果]该模型中,2种分类方法所得的样本回代率均达100%,分类一致率为90%。[结论]该模型算法简单,分类结果精度较高,优于仅基于碱基含量的判别分类模型。     

一种基于变性高效液相色谱技术筛选单核苷酸多态性并估算基因频率的方法

选取生产性能具有明显差异的4个鸡品种(莱航鸡、隐性白洛克鸡、丝羽乌骨鸡和杏花鸡)为材料,利用变性高效液相色谱(DHPLC)技术检测鸡生长激素基因部分序列(518bp)的多态性,快速筛查到5个可能与生产性能相关的单核苷酸多态性(SNPs)．根据DHPLC杂合谱型与测序基因型一一对应的关系,介绍了当所检测目的DNA片段中含有多个SNPs时基因频率估算的简单方法,比较估算的和PCR-RFLP统计的基因频率,发现差异不显著,证明该估算方法有一定的可行性．     

羽衣甘蓝×芥菜型油菜种间杂种再生和染色体加倍

以羽衣甘蓝和芥菜型油菜种间杂种(ZH201)(2=3x=ABC=27)为试验材料,以花序轴,果柄和子房为外植体,采用不同处理对其进行再生研究;对获得的再生试管苗用秋水仙素和二甲基亚砜进行处理,比较不同因素对染色体加倍的影响;对获得的三倍体和六倍体植株进行形态学和细胞学比较.结果表明:杂种植株再生频率从高到低依次为果柄、子房、花序轴,将外植体直接接种到分化培养基(MS+0.2 NAA+3.0 mg/L 6 BA 3.0 mg/L+5.0 mg/L AgNO3+0.6 mg/L GA3)上再生频率最高.在染色体加倍处理方面,以100 mg/L秋水仙素处理根尖24 h效果最好,获得的六倍体植株与三倍体相比,花朵颜色较深,花瓣较大,花药饱满,荚果能够正常生长,获得部分种子.在细胞学上,三倍体植株在花粉母细胞减数分裂中期Ⅰ存在着大量单价体,后期Ⅰ、后期Ⅱ发现有大量染色体落后现象.六倍体植株中在花粉母细胞减数分裂后期Ⅰ、后期Ⅱ也发现有染色体落后现象,但是落后染色体比三倍体少.

Abstract：

Rachises, pedicels and ovaries from the interspecific hybrid ZH201 (2n= 3X=ABC=27) between Brassica oleracea var. acephala and B. juncea were used as explants and cultured on different media to study their frequency of regeneration. The regenerated plantlets were treated with colchicine or Dimethylsulfoxide(DMSO) to compare their effect on chromosome doubling and to obtain hexaploid plants. The morphological and cytological characteristics of the triploid and hexaploid plants were compared. The results showed that plantlet regeneration frequency of the explants was in the order of pedicel ＞ ovary ＞ rachis. The highest regeneration frequency was obtained when the explants were directly inoculated on the differentiation medium MS+0.2 mg/L NAA+3.0 mg/L 6-BA+ 5.0 mg/L AgNO3 +0.6mg/L GA3. The treatment of root meristem with 100 mg/L colchicine solution for 24 hours yielded the best results of chromosome doubling. Compared with their triploid counterparts, the hexaploid plants obtained had bigger petals with darker color and well-filled anther and normal pods and, as a result, yielded some seeds. In cytological examination, many univalent chromosomes were observed during meiosis metaphase I of pollen mother cells of the triploid plants and many lagging chromosomes during anaphase I and anaphase Ⅱ. Though lagging chromosomes were also detected during anaphase Ⅱ and anaphase Ⅱ of the hexaploid plants, their number was much smaller than that of the triploid plants.     

2007～2013年丹东地区酸雨特征及成因分析

根据丹东2007 ～2013年的酸雨监测资料,对近年来该地区酸雨的时空分布特征进行了总结与分析,研究了不同气象条件对降水酸度的影响,分析了酸雨形成的原因.结果表明,丹东降水酸度呈波动性变化;2007 ～ 2013年降水平均pH年平均范围为4.82～5.51,pH均小于5.60,且自2008年以来,呈现波动下降的趋势;pH有明显的季节变化,以夏季酸度为最强、秋季为最弱;出现频率以秋季最高,为43.3％,春季最低,为30.1％.丹东酸雨的形成是该地区的自然和人为因素共同作用的结果,气象条件的变化对降水酸度影响相当明显,丹东市当地地形、工业布局和外来源也为酸雨形成做出了较大贡献.     

二月兰访花昆虫种类及其访花行为1）

为了解南京地区早春植物二月兰（ Orychophragmus violaceus）的访花昆虫种类及其行为特点,采用捕捉、鉴定、视频、图像采集等方法,对二月兰访花昆虫的种类、访花行为进行了调查研究。结果表明：二月兰的访花昆虫有23种,分别隶属5目、13科,其中东方蜜蜂（ Apis cerana）、黄胸木蜂（ Xly ocopa appendiculata）、长木蜂（ Biluna tranquabarorum）、赤足木蜂（Xylocopa rufipes）、黑颚条蜂（Anthophora mle anognatha）、黑带食蚜蝇（Episyrphus baltea-tus）及暗脉菜粉蝶（ Piersi naip ）为主要访花昆虫;它们的日活动规律分为单峰型和双峰型2种;黑颚条蜂弹花频率最高,东方蜜蜂的弹花频率最低;黄胸木蜂、长木蜂以及赤足木蜂在开花盛期的弹花频率高于开花末期,东方蜜蜂和黑颚条蜂在开花末期的弹花频率高于开花盛期;黑颚条蜂的每花停留时间最短,东方蜜蜂的停留时间最长。     

7种水稻育种亲本对福建省稻瘟病菌的抗病性分析

【目的】评价12S、M76A、闽香A、明兴A、延源A、福丰5A和福香1A7种水稻育种亲本对福建省稻瘟病的抗病性,为水稻抗病育种及抗病品种合理布局提供参考。【方法】采用田间自然诱发的方法,测定7种供试水稻育种亲本对水稻叶瘟和穗颈瘟的抗病性;并采用室内人工接种法,测定7种供试水稻育种亲本对水稻苗瘟的抗病性及对福建省稻瘟病菌4个主要致病型的抗性频率。【结果】M76A、明兴A、延源A、福丰5A及福香1A对苗瘟的抗性频率均大于75%,其中M76A、福丰5A、福香1A对叶瘟、穗颈瘟也均表现出较高的抗病性,而明兴A、延源A较感叶瘟和穗颈瘟,12S、闽香A较感苗瘟、叶瘟和穗颈瘟;明兴A、延源A、福丰5A对福建省稻瘟病菌4个主要致病型I34.1、I24.1、I36.1和I35.1菌株的抗性频率均较高,而M76A、福香1A分别对I24.1和I36.1菌株的抗性频率较低,12S对I34.1和I36.1 2个致病型菌株的抗性频率均较低,闽香A对I34.1、I36.1和I35.1 3个致病型菌株的抗性频率均较低。【结论】M76A、福丰5A和福香1A对福建省稻瘟病的抗病性较强,可作为抗瘟育种的候选亲本;明兴A、延源A、12S和闽香A则应与抗病性较强的恢复系杂交育种。     

玉米丝黑穗病菌基因组SSR的信息分析

利用已经公布的玉米丝黑穗病菌基因组测序的结果,对该基因组中基序为2～6碱基的微卫星(SSR)序列进行了系统的分析。结果表明,在已经公布的23条基因组中选择前3条染色体进行分析,共有888个SSR,其总长度为3.512kb,占这3条基因组染色体碱基数的0.068%,平均6.50kb中就分布有一个长度大于15bp的SSR序列。其中,数量最多的为三碱基重复序列,共有SSR数量329个,其次为六碱基重复序列,数量达185个。五碱基重复序列的SSR数量为155个,数量最少的是四碱基重复序列,只有101个。     

基于超参数优化算法下的随机森林模型预测奶牛呼吸频率

奶牛呼吸频率是评估环境造成的奶牛热应激程度的重要指标之一。该研究基于随机森林（random forest,RF）算法提出了适用于生产条件下的奶牛个体呼吸频率准确预测模型,为了平衡模型精度与计算效率问题,利用遗传算法（genetic algorithm,GA）、差分进化（differential evolution,DE）算法、粒子群优化（particle swarm optimization,PSO）算法、贝叶斯优化（Bayesian optimization,BO）算法对模型超参数进行优化,并与网格搜索（grid search,GS）下的人工神经网络（artificial neural network,ANN）和极限梯度提升机（extreme gradient boosting,XGBoost）模型进行了对比分析。研究结果表明,使用融合环境参数的修正温湿指数（adjusted temperature-humidity index,ATHI）、时间区域、奶牛产奶量、泌乳天数、身体姿势以及胎次作为输入特征时,基准RF模型的预测性能最佳。在此基础上,4种智能优化算法下的RF模型性能优于GS-ANN和GS-XGBoost,其中BO-RF的综合性能最优,其决定系数、平均绝对误差、平均绝对百分比误差以及均方根误差分别为0.614、7.723、14.4%、9.737,超参数优化耗时约为DE-RF的1/220。特征重要性分析表明,输入因子对奶牛呼吸频率的影响程度不同,ATHI是影响力最高的因子,相对重要性（relative importance,RI）为0.71,其次是时间区域（RI=0.09）和奶牛产奶量（RI=0.07）。研究为奶牛生产、健康评价及牛舍环境精准调控提供了有效方法和基础。