分子标记辅助渗入佳辐占基因组约800kb区间定向改良珍汕97B外观品质

稻米的外观品质性状主要包括粒长、粒宽、长宽比、垩白和透明度。外观性状是稻米商品品质的第一要素,直接影响稻米的商品价值。中国杂交稻以产量高著名,但常因品质欠佳,尤其是外观品质差而影响杂交稻的推广应用。杂交稻汕优63是中国最著名的杂交稻组合,也因品质欠佳而不能持续应用。本研究构建了三个遗传群体,对稻米外观性状进行了经典和分子遗传学研究,并试图利用分子标记辅助手段改良我国三系杂交稻著名保持系“珍汕97B”,以期提高杂交稻汕优63的品质并使之持续应用。主要的研究结果如下:通过整合已发表的分子遗传图谱和基因组数据库,选用45个与外观性状相关的分子标记,在珍佳群体和广佳群体中进行稻米外观性状分子连锁群重建,并用区间作图法对稻米外观性状进行OTL分析。研究表明:在珍佳群体中,检测到9个与稻米外观性状相关的OTL,其中5号染色体的RM169-RM516是粒宽、长宽比、垩白和腹白的共同座位,贡献率分别为10.9％、14.9％、12.0％和14.2％;7号染色体RM214、8号染色体RM339都是垩白和腹白的共同座位,贡献率分别为9.4％和10.0％、11.0％和12.1％;3号染色体上检测到1个长宽比基因座位RM347,贡献率为10.3％。在广佳群体中,检测到5个与稻米外观性状的OTL,其中5号染色体RM169-RM516是粒宽、垩白和腹白性     

微卫星标记技术及其在蚕学研究中的应用前景

微卫星标记 ,又称SSR(simplesequencerepeat)标记 ,是目前运用最广的遗传标记之一。介绍了SSR标记的特征 ,产生多态性的基本原理 ,获得SSR标记的途径以及多态性数据的统计分析方法。解释了SSR标记使用过程中遇到的所谓“影子带”现象。展望了SSR标记技术在家蚕基因组研究中的应用前景。     

三种罗非鱼的微卫星分子鉴定和遗传结构分析

采用77对微卫星引物对奥利亚、尼罗和橙色莫桑比克三种罗非鱼基因组DNA进行PCR扩增,筛选出17个微卫星鉴定位点,其中奥利亚罗非鱼的特异位点UNH636、UNH117、UNH172、UNH738、UNH878、UNH896;尼罗罗非鱼的特异位点UNH913、UNH907、UNH222、UNH980 、UNH880和橙色莫桑比克罗非鱼的特异位点UNH876、UNH899、UNH853、UNH932、UNH933、UNH773,任意一个位点可在其中一种罗非鱼中扩增出其它两种罗非鱼不具有的条带,从而将这种罗非鱼与其它两种区分开来。利用这17个位点检测三种罗非鱼的遗传结构,共检测到142个等位基因,平均等位基因8.35个,数据经Popgen32计算和MEGA4软件作图,进行了聚类分析,确立了三种罗非鱼的亲缘关系。结果表明,奥利亚、尼罗、橙色莫桑比克三种罗非鱼的平均观测杂合度分别为0.0941、0.5490、0.2588,平均期望杂合度分别为0.1089、0.7230、0.2608,平均多态信息含量分别为0.0869、0.7149 、0.1643,由此可见,尼罗罗非鱼群体的遗传多样性水平最高,奥利亚罗非鱼群体遗传多样性最低;聚类分析显示奥利亚群体和橙色莫桑比克群体间的亲缘关系较近,与前人研究结果一致。     

苹果EST中微卫星分析

利用MISA（microsatellite）软件分析了简单重复序列（simple sequence repeats,SSRs）在苹果EST中的分布频率与密度。结果表明,在263820条EST序列中,共获得160686条SSR序列,SSRs之间的距离约为0．79kb。其中,六碱基重复丰度最大,占57．2％,而单碱基、三碱基、二碱基、四碱基和五碱基重复丰度分别为14．5％,13．1％,10．1％,4．1％和1．0％。在单碱基、二碱基、三碱基和四碱基重复模体中,丰度最大的分别是A／T,AG,AAG和AAAG,而CG在编码区内丰度很低。用CAP3软件进行冗余分析表明,在这六种类型的重复模体中,冗余与非冗余的苹果EST之间没有显著差异,表明可从现有的ESTs数据中方便地获取有效的苹果微卫星标记。     

柽柳cpSSR-PCR反应体系的建立和优化

[目的]建立并优化柽柳cpSSR-PCR反应体系和反应条件。[方法]对影响PCR反应的5个变量(Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、模板DNA浓度)进行L_(16)(4~5)正交试验设计,并对引物退火温度进行梯度筛选。[结果]最优反应体系:Mg~(2+) 2.0 mmol/L、dNTPs 0.125 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.25 U、引物0.25μmol/L、模板DNA 20 ng,共10μL。反应程序:94℃预变性4 min;94℃30 s,引物退火温度30 s,72℃30 s,30个循环;72℃延伸10 min。[结论]该反应体系成功扩增1个柽柳天然群体的23个个体,为柽柳群体扩散路线的确定奠定基础。     

凡纳滨对虾全基因组SSR标记开发及不同养殖群体的遗传多样性

为了探究SSR标记对凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体遗传结构的影响,为凡纳滨对虾种质资源的遗传改良提供基础信息。实验利用MISA软件对凡纳滨对虾全基因组SSR位点进行搜索,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳获得多态性高的SSR标记,基于POPGENE 1.32、PIC-CALC和Mega 6.0软件分析6个不同来源的凡纳滨对虾养殖群体的遗传多样性和群体结构特征。在凡纳滨对虾全基因组数据中共鉴定出10 453 975个微卫星,约占基因组序列总长度的18.56%,其中,二碱基微卫星最丰富,占总数的82.15%。利用具有多态性的14个SSR标记分析3个国内群体[桂海1号(CG)、海兴农2号(CH)和山东养殖群体(CT)],及3个国外群体[厄瓜多尔1号(FO)、厄瓜多尔2号(FT)和墨西哥群体(FM)]的遗传特征。结果显示,14个SSR标记在6个群体中共检测到208个等位基因变异,等位基因数、观测杂合度、期望杂合度和多态性信息含量的范围分别为6～25、0.112～0.994、0.234～0.925和0.226～0.918;遗传多样性丰富程度为CH>FO>FM>CT>FT>...     

粗山羊草抗条锈病遗传分析及抗病基因SSR标记

为筛选出粗山羊草中抗小麦条锈病基因,选用38份来自不同产地的粗山羊草,鉴定抗病情况。离体叶鉴定发现9份材料对条中29和条中31免疫,5份材料高感或中感,其余材料抗病级别不一;大田混合菌株鉴定发现有19份材料全生育期免疫,与离体叶鉴定中全免疫的材料相同,其中有10份材料苗期感病但成株期抗病,其余材料抗病级别不一。粗山羊草亚种之间杂交发现结实率相差较大,结实率0-83.33%,有2个组合出现杂交不育,亚种间出现生殖隔离。从粗山羊草[Aegilops tauschii（Coss.）Schmal]Y201/Y2272杂交后代中鉴定出1个抗小麦条锈病基因,暂定名为YrY201。应用SSR分子标记和分离群体分组法（BSA）筛选到Xgwm273b、Xgwm37和Wmc14标记,与该基因之间的遗传距离分别为11.9、5.8和10.9 cM.根据连锁标记所在小麦微卫星图谱的位置,YrY201被定位在7DL染色体上。分析YrY201基因所在染色体的位置、抗病性特征,认为YrY201是一个新的显性抗小麦条锈病基因,并可用于分子标记辅助选择。     

小麦-黑麦双二倍体形成过程中微卫星序列的变化

为了探索小麦-黑麦双二倍体形成过程中微卫星序列的变异情况,为异源多倍体进化及小麦育种研究提供理论参考,以来源于3个组合的小麦-黑麦杂交后代植株及亲本小麦、黑麦为材料,利用已有的小麦和黑麦微卫星标记调查小麦-黑麦双二倍体形成过程中微卫星序列的变化.结果表明,所用的126对小麦SSR引物中,除22对没有扩增出产物外,其余104对引物从每个组合的后代植株中扩增的带型与从其亲本小麦中扩增的带型完全相同.所用的27对黑麦SSR引物中,10对引物从每个组合的后代植株中扩增的带型与其从亲本黑麦中扩增的带型完全相同,10对引物在亲本黑麦、F1植株及3个双二倍体植株之间表现出了多态性,7对引物从亲本黑麦中扩增的条带在所有后代中缺失.说明小麦-黑麦异源多倍体化过程中小麦微卫星序列是相对稳定的,而黑麦微卫星序列比小麦微卫星序列更易受到异源多倍体化的影响.微卫星序列变化是伴随多倍体体化而快速发生的.     

青蟹微卫星DNA的筛选及特征分析

利用磁珠富集法,结合生物素标记的(CA)16寡核苷酸探针从青蟹基因组MboI酶切片段中筛选微卫星DNA序列.将得到的片段与pGEM-T Easy载体连接后转化克隆构建微卫星富集文库.经PCR筛选检测,对89个阳性克隆进行测序,其中52个克隆中含有64个微卫星,完全型占87.50%,重复次数超过11次的占78.12%.根据所获微卫星的侧翼序列设计并合成了30对引物,通过优化PCR反应条件,并在35只青蟹个体中进行PCR扩增检测,最终获得了10对具有多态性的引物,为进一步开展青蟹遗传多样性分析、遗传图谱构建等研究提供了基础资料.