植物微卫星引物开发方法

综述了开发植物微卫星引物的几种方法:搜寻核酸数据库和寻找已存在的微卫星引物;不同物种间共用;建立基因组文库;利用分子标记技术发展SSR引物。此外,还比较了几种方法的优缺点。     

5个鹅品种微卫星遗传多样分析

选用10个微卫星引物对四川白鹅、豁眼鹅、莱茵鹅、朗德鹅、扬州鹅5个鹅品种进行遗传多样性分析。结果表明:5个鹅品种的10个微卫星座位共检测到272个等位基因,平均基因数为5.4个,5个鹅品种在10个微卫星座位上的基因频率存在一定差异,其平均基因杂合度为0.708 1,平均多态信息含量为0.661 8。其中,扬州鹅平均基因杂合度最高,为0.756 8,遗传多样性最丰富;朗德鹅平均遗传杂合度最低,为0.670 7。     

不同倍性团头鲂群体遗传变异的初步分析

从鲤的微卫星DNA标记中筛选4对有效引物，进行不同倍性团头鲂遗传变异的微卫星DNA分析。结果表明：（1）4对引物中有2对能在不同倍性团头鲂五群体中探测到多态性，其等位基因数为4～6个，大小在131～307bp之间。发现两个等位基因（MFW19—175和MFW19—256）可作为异源3n特异的微卫星DNA标记。（2）不同倍性团头鲂五群体内的Shannon多样性指数为0．0562～0．2887，Nei’s基因多样性指数为0．0315～0．1969，平均遗传距离为0．0395～0．1542，不同倍性团头鲂群体存在较大的遗传变异。（3）反交3n、异源3n、正交3n和同源4n—F1群体的Shannon多样性指数和Nei’s基因多样性指数均显著地高于2n群体（P〈0．05）。（4）分子方差分析和聚类分析的结果表明：五群体分子系统树分成明显的两支，同源4n—F1、正交3n、反交3n和异源3n为一支，2n为另一支。     

辽宁绒山羊七个微卫星位点遗传多样性分析

分析了7个微卫星基因座位OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506、BM1824、BM6438、ILSTS004在辽宁绒山羊4个家系中的遗传多态性.结果表明:7个微卫星标记中仅有4个微卫星位点(OarAE101、OarJMP8、BM143、BM6506)表现出了多态性.OarAE101位点多态信息含量最高,pic为0.727,BM143位点多态信息含量最低,PIC为0.526.在所标记群体中平均有效等位基因数为3.249个±1.318个;平均多态信息含量为0.635±0.087;遗传杂合度均值为0.638±0.182.说明辽宁绒山羊品种内的遗传变异处于一个较高的水平,遗传多样性丰富,选择潜力很大.     

微卫星分子标记鉴定黑龙江主要水稻品种及遗传多样性的研究

选用分布于水稻12条染色体上的75对SSR引物,对25个水稻品种进行DNA扩增,筛选到特异扩增条带的SSR引物25对。共检测出71条多态性条带,用UPGMA聚类分析结果分析,遗传相似性系数为0.54处可分成2类,在第一类中遗传相似系数在0.73~0.94之间,除了松粳3号和龙粳14不能区分之外,其它品种均能区别,表明近缘品种之间的检出率较低。     

栉孔扇贝BES-SSR的开发及遗传多样性分析

通过分析栉孔扇贝BAC末端序列,发现大量微卫星DNA;随机选择14个多态性BES-SSR标记,在我国栉孔扇贝大连群体(DL)和青岛群体(QD)中验证标记的可用性,同时对这两个群体的遗传结构及其分化进行研究。结果表明,从17447条BESs中得到微卫星3374个,以四核苷酸重复为主(26.6%),五核苷酸重复次之(17.7%),六核苷酸重复最少(12.0%)。BES-SSR引物的扩增效率为77.3%(99/128),在作图亲本中的多态比例为33.6%(43/128),14个基因座在两群体中的平均等位基因数Na分别为18.9286和26.2143,平均有效等位基因数Ne为11.7505和17.0891,平均观察杂合度Ho为0.5100和0.4204,平均期望杂合度He为0.9156和0.9450,多态信息含量PIC分别为0.8940和0.9302,群体遗传多样性水平较高。两群体间的无偏遗传相似性系数为0.4879,遗传距离为0.7177,平均基因分化指数FST为0.0243,基因流Nm为10.0179,显示群体间遗传分化程度较弱,遗传变异主要来自于群体内个体之间,经Hardy-Weinberg平衡检验,两群体普遍存在杂合子缺失现象。研究表明,所开发的BES-SSR是高度多态位点,用于群体遗传多样性分析效果很好,显示BES是微卫星标记开发和应用的重要资源。     

利用微卫星标记分析6个鲤鱼群体的遗传差异

为了评估和合理利用鲤种质资源,选出13个微卫星位点对框镜鲤、黑龙江鲤、荷包红鲤、兴国红鲤、黄河鲤和建鲤进行遗传多样性分析。结果显示:13个微卫星位点在6个鲤鱼群体中共检测出142个等位基因,所检测到的等位基因片段长度在116～280bp。各鲤鱼群体的平均观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别在0.564～0.705和0.611～0.776;13个位点在6个鲤鱼群体中平均多态信息含量(PIC)在0.573～0.749。固定系数(FIS)分析表明,只有建鲤群体表现为杂合子过剩(平均FIS<0),其他5个鲤鱼群体表现为杂合子缺乏(平均FIS>0)。试验结果表明,这6个鲤鱼群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高,具有较大的选育潜力。群体间的遗传距离和聚类分析显示,框镜鲤与兴国红鲤亲缘关系最远,黄河鲤与建鲤的亲缘关系最近。     

北部湾皮氏叫姑鱼的遗传多样性分析

【目的】分析北部湾两个野生皮氏叫姑鱼的群体遗传多样性和遗传结构,为其种质资源的合理开发利用提供参考依据。【方法】利用已开发的皮氏叫姑鱼微卫星标记对北部湾临高县西海域（N 20°20',E 109°40'）和乐东县西海域（N 19°30',E 107°80'）的两个野生群体进行遗传多样性和遗传结构分析。【结果】筛选出的7个微卫星位点中有4个位点（Jobe50、Jobe45、Jobe24、Jobe13）呈多态性。4个多态位点的等位基因数（No）介于10～13个,平均10.75个,期望杂合度（He）为0.772～0.844,观测杂合度（Ho）为0.827～0.892,多态信息含量（PIC）为0.824～0.847。两个皮氏叫姑鱼群体各多态位点的群体内近交系数（Fis）为-0.114～0.015,总群体近交系数（Fit）为-0.049～0.031,群体内有明显的杂合过剩现象;群体遗传分化系数（Fst）为0.016～0.082,基因流（Nm）为2.804～28.236。【结论】两个北部湾野生皮氏叫姑鱼群体均具有中等遗传多样性,有明显杂合过剩的现象,群体间存在较大的基因流,群体遗传分化水平较低,临东县西海域群体的遗传多样性水平高于乐东县西海域群体。     

鳙鱼微卫星分子标记的筛选

采用常规方法从鳙鱼(Aristichthys nobilis)血液中提取基因组DNA,经限制性内切酶Sau3AI酶切后,选取250～750bp大小的片段构建鳙鱼基因组文库。采用人工合成的重复序列(CA)15、(AG)12、(AAG)8用同位素标记作为探针,通过原位杂交筛选基因组文库,获得鳙鱼的微卫星序列。进一步用引物设计软件Primer Premier 5．0设计引物。通过杂交获得99个阳性克隆,经测序筛选出82个微卫星序列,设计引物65对。