马立克氏病病毒pp38基因启动子和增强子的克隆和序列分析

参考GeneBank发表的马立克氏病病毒(MDV)国际标准强毒株GA的基因序列，设计合成一对引物，分别以RBIB，814，GD2(广东分离株)，J-1-E(北京分离株)，Md11，Md5，CV1988等不同毒株的MDV基因组DNA为模板，通过PCR扩增，获得了预期大小的PCR产物。该产物经pGEM-T-easy克隆后测序，将所得序列进行比较分析。结果发现：不同毒株间pp38基因的启动子和增强子序列间有缺失突变，序列的同源性大于95．9％，其中大多数的突变发生在MDV复制的原点附近。     

捕食线虫性真菌18S rDNA基因序列与种系发生关系研究

对捕食线虫性真菌——少孢节丛孢菌A1分离株(Arthrobotrys oligospora A1)的18S rDNA基因序列进行了研究。结果表明：其18S rDNA全基因序列为1769bp，在进化树上与同种国外分离株A．oligospora var oligospora 1最为接近，同源性为94．7％。这与二者都具有捕食性结构—菌网的特点相一致。证实捕食线虫性真菌的捕食性结构与捕食线虫性真菌种系发生有关。从少孢节丛孢菌3个分离菌株(Arthrobotrys oligospora A1、A．oligospora 1、A．oligospora2)的进化树及同源性来看。不同国家地区的丛孢菌属(Arthrobotrys)分离株确实存在差异。     

禽副粘病毒-2型标准毒株与不同分离株HN基因的序列测定及分析

提取实验室保存禽副粘病毒-2标准毒株Yucaipa株和3株分离毒株F4、F6、F8株的RNA，经RT—PCR，获得4株毒株的HN基因，同时测得F基因与HN基因之间的序列。序列分析结果表明，HN基因的ORF全长为1743 nt，编码一个由580个氨基酸组成的蛋白。运用DNAMAN软件分析，4株毒株与GenBank上已发表毒株的HN基因的核苷酸和氨基酸之间的同源性相比，同源率分别为99．89％和99．69％。分析F基因与HN基因间序列发现两基因间序列与副粘病毒科其他病毒的基因间序列相似，含有基因起始信号和终止信号，但不含3个碱基的连接序列。通过序列分析，在分子水平上进一步证实分离于同一批进口七彩文鸟的F4、F6株是抗原性存在差异的两个毒株。毒株间的血清学关系与分子水平的核苷酸序列、氨基酸序列的比较关系一致。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒缺失变异株的基因组特征

对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)分离株HB2(sh)／2002的全基因组序列进行了测定与分析。该毒株基因组全长为15373nt(不包括PolyA尾)，与国内外美洲型PRRSV分离株全序列相似性介于88．7％～95．1％之间。序列分析表明，该毒株是1个天然存在缺失的变异毒株，其ORFla的Nsp2存在编码12个氨基酸的连续36个核苷酸的缺失，ORF、3存在编码1个氨基酸的3个核苷酸的缺失。这是国内外首次发现PRRSV存在缺失变异现象，研究结果补充和丰富了PRRSV毒株的基因组信息数据，为深入研究该毒株的遗传与变异及其与生物学特性的关系奠定了基础。     

西尼罗热病毒RT-PCR检测方法的建立

参考Genebank发表的西尼罗热病毒(West Nile virus，WNV)E糖蛋白基因序列，自行设计合成一对引物，对WNV进行RT—PCR扩增，产物经琼脂糖电泳分析，呈现一条约400bp的条带，将其克隆入pMD18-T—Vector载体中，并进行序列测定，与已发表的WNV基因比较发现，核苷酸的同源性为99．7％，证实为WNV的E基因，通过对样品多次检测，都能扩增出一条约400bp的条带，表明该方法比较稳定。     

马动脉炎病毒RT-PCR检测方法的建立

根据已报道的马动脉炎病毒基因组保守基因核苷酸序列，设计并合成了1对引物，通过对影响PCR扩增因素的筛选，成功地从病毒感染的细胞中扩增出约200bp的片段，与理论设计值(204bp)大小一致。而正常的RK-13、BHK-21和Vero细胞和同为动脉炎病毒科的猪繁殖与呼吸道综合征病毒(PRRSV)作为对照的扩增结果均为阴性。敏感性试验表明，该方法可以检测出10^-4个TCID50的病毒含量，说明具有较好的敏感性。     

鸭流感病毒4/2004-H6N2亚型毒株的血凝素基因全序列克隆与分析

2004初从正常鸭群中分离到一株鸭源禽流感病毒，命名为A／Duck／HN／4／2004(H6N2)。经对血凝素基因(HA)序列分析发现HA基因全长为1744bp，共编码566个氨基酸，在裂解位点仅含一个碱性氨基酸-精氨酸(R)，符合LPAIV的标准。将所得基因序列与已发表的同一亚型参考序列分析表明，与H6亚型流感HA基因同源性为89．2％-97．1％，经分子遗传演化分析表明本次分离株与香港分离株A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)、A／Duck／Hong Kong／3600／99(H6N2)最近。     

鹅源新城疫病毒F基因的克隆及其序列分析

鹅新城疫是近年来我国新发现的能感染多种禽类的传染病，国内许多学者在该病的发生、发展规律以及分子病毒学等领域有了较多的研究，现已确定该病毒是禽副粘病毒Ⅰ型即新城疫病毒的一个变种。本实验选择最近分离的2株鹅源新城疫病毒，采用已经发表的鸡新城疫病毒序列设计引物，应用RT—PCR技术扩增鹅源新城疫病毒的F基因，并将其克隆至载体上，然后进行了核苷酸序列测定、进行了系统的分析，并根据遗传距离的远近确定了鹅源新城疫病毒在NDV系统发育进化树中的地位。     

土耳其斯坦东毕吸虫肌动蛋白基因的克隆及其序列分析

目的利用RT-PCR和RACE技术克隆土耳其斯坦东毕吸虫肌动蛋白基因全长序列并进行序列分析.方法根据日本血吸虫和曼氏血吸虫肌动蛋白基因的保守区设计引物,利用RT-PCR扩增出土耳其斯坦东毕吸虫的肌动蛋白基因的大片段,再结合RACE技术分别得到肌动蛋白的3＇端和5＇端,将三部分序列拼接后获得肌动蛋白基因的全长cDNA序列并进行序列分析.结果成功克隆了土耳其斯坦东毕吸虫肌动蛋白的全长cDNA并提交GenBank,登录号为DQ017265,核酸序列比对表明东毕吸虫肌动蛋白基因的核苷酸序列和日本血吸虫、曼氏血吸虫的同源性分别为90%和91%.结论土耳其斯坦东毕吸虫肌动蛋白的全长cDNA的克隆为进一步表达及其生物学性能的分析提供了理论基础.     

绵羊肺腺瘤病毒NM株前病毒gag基因的克隆与序列分析

参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)的全基因序列，设计合成3对引物，对JSRVNM株的gag基因分3段进行PCR扩增，经琼脂糖凝胶电泳分析，分别呈3条531、888和949 bp的特异条带，将其分别克隆人pMD-18T载体中，进行序列测定并拼接序列，得到完整的gag基因序列。分析结果表明，与南非代表株(基因序列号NC-001494)的gag基因序列比较，核苷酸同源性为89．0%，推导出的氨基酸同源性为90％。与美国代表株(基因序列号AF105220)的gag基因序列比较，核苷酸同源性为86．3％，氨基酸同源性为87％。