宁夏白芨滩国家级自然保护区苦豆子内生真菌多样性及生态分布

为探索宁夏干旱荒漠区苦豆子（Sophora alopecuroides L.）内生真菌的多样性及区系组成,为苦豆子内生真菌的合理开发和利用提供理论依据。从宁夏白芨滩国家级自然保护区不同植被和土壤类型的6个样区采集苦豆子样品30份,采用组织匀浆法从植株的根、茎、叶和种子中分离内生真菌,根据培养性状、菌落、孢子等形态特征,结合rDNA-ITS序列分析对菌株进行鉴定;根据内生真菌的相对频率、物种多样性指数、丰富度指数和相似性系数分析其区系组成特点。结果表明,从30份样品中共分离得到内生真菌213株,分别属于19个属,其中镰刀菌属（Fusarium）、链格孢属（Alternaria）和茎点霉属（Phoma）为优势属。苦豆子内生真菌的分布具有一定的组织特异性,根部的内生真菌数量高于其他部位,茎部内生真菌多样性指数最高。植被类型中,沙生植被草原（样区Ⅴ）分离的内生真菌物种多样性指数最高,而荒漠草原（样区Ⅲ）最低。荒漠草原（样区Ⅰ）和沙生植被草原（样区Ⅴ）内生真菌群落有密切的相似性。可见,苦豆子蕴含丰富的内生真菌资源,其内生真菌具有很高的宿主特异性,且分布受生境影响。     

犬细小病毒北京分离株的鉴定及其全基因组序列分析

首先对疑似犬细小病毒(CPV)感染的病犬粪便进行特异性PCR扩增,经目的片段测序分析,初步证明为CPV感染。将该病犬粪便处理物接种F81细胞,自第3代起,细胞出现典型CPE。对该株病毒进行电镜观察、理化特性试验、HA-HI及基因型等方面鉴定,证明该分离株为CPV,命名为CPV/BJ-L1株。该分离株的血凝效价为1∶512,其血凝性能被特异性抗体抑制;Reed-Muench法测定分离株病毒TCID_(50)为10-5.15/0.1 mL;电镜观察可见25nm左右的病毒颗粒;动物回归试验显示,攻毒犬能复制出CPV的典型临床症状和病理变化;对分离株的全基因组(包含两端完整的发夹结构序列)进行克隆、测序与分析。结果表明,BJ-L1为CPV-2a亚型,与GenBank中的21株CPV全基因序列核苷酸同源性为98.8%~99.8%,且与国内近期分离毒株高度同源。对2006-2014年北京市CPV分离株VP2基因进行序列分析,结果显示,CPV流行株的变异具有某种时间相关性。     

传染性喉气管炎病毒WG株糖蛋白gJ基因的克隆与表达

根据GenBank中已发表的传染性喉气管炎病毒全基因组序列（NC006233）设计引物,以传染性喉气管炎病毒WG株基因组为模板,PCR扩增糖蛋白gJ基因,并对其进行序列分析。用DNAStar软件分析酣蛋白的抗原性,选择抗原性强的140aa-483aa片段,克隆并连接到原核表达载体pET-32a（＋）中,转化BL21（DE3）菌株。经IPTG诱导后,获得大小为65．2ku的重组蛋白,命名为卜出,表达量占菌体蛋白总量的60．8％;Westernblot分析表明r-gJ具有较强的抗原性。     

马鹿Zfx/Zfy基因的克隆及序列分析

根据GenBank中公布的牛Zfx/Zfy基因的mRNA序列,设计特异性引物,对马鹿Zfx/Zfy基因进行扩增,并对该序列进行分析。结果表明,克隆得到马鹿Zfx基因序列长为2 115 bp,GenBank登录号为KP257294.1,编码696个氨基酸;Zfy基因序列长为2 406 bp,GenBank登录号为KU041539,编码801个氨基酸。依据Zfx/Zfy基因氨基酸序列构建进化树,分析表明,马鹿Zfx基因与人的亲缘关系较近,与聚为一类的野牛、藏羚羊、虎、家猫、家牛、家犬、绵羊的亲缘关系稍远;Zfy基因与家牛、野牛、藏羚羊、绵羊的亲缘关系较近,与其他动物及人的亲缘关系较远。本研究首次克隆了马鹿Zfx/Zfy基因,为研究该基因蛋白质的结构和功能奠定了基础。     

棘孢木霉葡聚糖酶基因Glu1的克隆及原核表达

从棘孢木霉(Trichoderma asperellum)ACCC30536中克隆获得一个葡聚糖酶基因Glu1,其cDNA全长984bp,编码327个氨基酸。该葡聚糖酶属于Glyco-hydro-12家族,推测为β-1,4-葡聚糖酶,与深绿木霉IMI 206040的Glycohydro-12家族蛋白(XP_013940397.1)有91%相似性,且亲缘关系较近。运用qRT-PCR技术检测9种诱导条件下棘孢木霉Glu1基因的表达水平,结果表明,Glu1基因能参与棘孢木霉对山新杨(Populus davidiana×P.alba var.pyramidlis)或杨树病原菌的识别。构建原核表达载体并获得重组蛋白rGlu1。酶活特性分析结果表明,该酶最适pH为4.5,最适温度为45℃,且酶活性随诱导时间延长逐渐升高,在5h达到稳定。     

家蚕乳糖酶-根皮苷水解酶基因BmLPH014192的表达和序列选择性剪接分析

乳糖酶-根皮苷水解酶(lactase-phlorizin hydrolase,LPH)是肠组织上皮细胞微绒膜上的一种糖蛋白,对乳糖和根皮苷有水解活性。鉴定了家蚕基因组中的一个LPH基因,命名为BmLPH014192。该基因CDS长1 305 bp,编码434个氨基酸,预测蛋白质分子质量为50.8 kD,等电点(pI)为5.35。将该基因的cDNA与家蚕基因组序列比对,显示其具有7个外显子,外显子/内含子边界处均符合GT-AG规则。将BmLPH014192与哺乳动物人、褐鼠、家兔和昆虫黑腹果蝇、冈比亚按蚊、二化螟、佛罗里达弓背蚁、大红斑蝶等的LPH进行氨基酸序列比对,相似度都在60%左右;聚类分析中BmLPH014192与昆虫类LPH聚在一起。芯片数据分析结果表明BmLPH014192在家蚕5龄第3天幼虫的9个组织中,只在中肠中有表达,并且表达量很高。在绿茧品种大造和白茧品种19-710幼虫的中肠中扩增到的特异性条带其长度分别为1 000 bp和750 bp,存在序列选择性剪接;在其它白茧品种的中肠中没有扩增出特异性条带。推测BmLPH014192的特殊表达方式可能与其在不同家蚕品种中肠组织中的特异性功能有关。     

10株巨型艾美球虫rDNA-ITS-1部分序列测定与分析

用一对种特异性引物,对国内10株巨型艾美球虫ITS．1区进行PCR扩增,对扩增产物纯化、测序与分析,并用DNAStar软件对所检测的10株巨型艾美球虫与GenBank中的所有巨型艾美球虫的ITS．1相应序列进行系统发生进化关系分析。结果显示,扬州株、龙岩株和福州株的ITS-1部分序列片段长度为152bp,其余各株均为151bp。10株巨型艾美球虫的同源性为90．7％～100％,在构建的系统发生进化树中分成2大系群,凤阳株形成一个单系群,其余9株为另一系群。虫株间的亲缘关系与地理位置不尽一致,与免疫交叉保护力无相关性。     

鸡新城疫病毒分离株WF00C HN基因的测序与序列分析

新城疫病毒(newcastle disease virus,NDV)是一种禽类传染病的病原,属副黏病毒科禽腮腺炎病毒属.该病毒是具有囊膜、单股、负链、不分节段的RNA病毒, 由15 186或15 192个核苷酸组成.基因组包含6个基因,分别编码3′-NP-P-M-F-HN-L-5′六个主要多肽(即NP核蛋白、P磷蛋白、M基质蛋白、F融合蛋白、HN血凝素-神经氨酸酶和L聚合酶).     

三种猪Ⅰ型干扰素基因的克隆与序列分析

根据GenBank中收录的三种猪Ⅰ型干扰素（porcine interferon,pIFN）基因序列,设计了3对特异性引物。运用RT—PCR技术从长白猪外周血淋巴细胞总RNA中扩增得到了三种猪干扰素基因,并将其克隆至pGEM-T Easy载体上。序列测定结果显示,获得的猪干扰素α1基因序列全长570bp,编码189个氨基酸,获得的猪干扰素α2基因序列全长540bp,编码179个氨基酸,获得的猪干扰素β基因序列全长563bp,编码186个氨基酸。三种猪Ⅰ型干扰素基因与已知猪Ⅰ型干扰素核苷酸序列和氨基酸序列的相似性最高可达99％～100％。     

鸭的NPY基因克隆和适应性检验分析

根据已知的鸭近缘物种及哺乳动物的神经肽Y（Neuropeptide Y,NPY）基因序列设计引物,利用RT-PCR技术从高邮鸭生殖轴组织总RNA中克隆出NPY基因cDNA序列,采用生物信息学方法分析不同物种间序列同源性和进化关系,并利用PAML4b检测位点选择压力。序列分析结果表明,克隆获得的鸭NPY基因cDNA片段序列长度约300bp,其与近缘物种序列的相似性在92%~96%之间,与哺乳动物序列的相似性在77%~84%之间,与鱼类序列的相似性在33%~39%之间。在系统进化树的拓扑结构中,禽类、哺乳动物和鱼类分别位于独立分支,揭示的系统发育关系和物种进化相一致。序列适应性进化检验结果表明,哺乳动物NPY基因在进化过程中经历了正选择作用,而禽类和鱼类NPY基因经历了较强的净化选择作用。研究结果有助于了解NPY基因进化历程及结构与功能变异,为进一步研究其与鸭繁殖性能的关系提供了基础。