山羊溶酶体α-AMA基因的克隆、生物信息学及组织表达谱分析

本研究旨在对山羊溶酶体α-甘露糖苷酶(α-AMA)基因进行组织表达谱和生物信息学分析。参考牛α-AMA基因序列设计引物,采用PCR技术克隆山羊α-AMA基因序列,并利用荧光定量RT-PCR进行组织表达谱分析以及进行生物信息学预测。首次获得了山羊α-AMA基因,含有完整CDS编码区3 000bp,编码999个氨基酸,其中前50个氨基酸为信号肽序列。其编码区的核苷酸序列和预测氨基酸序列与牛的α-AMA相似性最高,分别为95.93%和94.79%。组织表达谱分析表明α-AMA在山羊各组织均不同程度的表达,其中在肺脏、肝脏、小脑表达量较高。生物信息学预测发现,α-AMA蛋白属于糖苷水解酶38家族成员,有2个保守的结构域,存在9个N-糖基化位点。SWISS-MODEL同源建模山羊α-AMA具有良好的可信度。本研究为探讨酶的作用机理及疯草解毒剂的研制提供了理论依据。     

斯氏艾美耳球虫ITS1-5.8S rRNA-ITS2序列的克隆及PCR检测方法的建立

通过对多种鸡球虫和松鼠球虫18SrRNA和28SrRNA进行序列比对分析,在18SrRNA 3′端和28SrRNA 5′端保守区设计艾美耳属通用引物,以斯氏艾美耳球虫洛阳分离株LY卵囊基因组DNA为模板首次成功克隆到斯氏艾美耳球虫完整的ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列,其大小为1 178bp,其中ITS1序列长度为423bp,5.8SrRNA为155bp,ITS2为600bp,斯氏艾美耳球虫LY株ITS1/2序列高度变异,与鸡球虫、啮齿动物球虫的序列相似性低于60%。然后在斯氏艾美耳球虫ITS1/2序列超变区设计种特异引物,建立了灵敏、特异的PCR检测方法。本研究结果将为兔球虫强致病种的临床诊断和揭示兔球虫种群遗传特征提供有效的分子工具。     

蒙古马基因组拷贝数变异的研究

拷贝数变异(copy number variation,CNV)在人类和动物基因组中普遍存在,是重要的遗传变异资源.本试验利用比较基因组杂交(comparative genomic hybridization,CGH)芯片对2匹蒙古马和1匹纯血马进行全基因组CNV检测,共检测到210个CNVs,长度6 109 bp至571.87 kb,平均值为37.81 kb,中值为14.45 kb.合并重叠的CNVs,共检测到70个CNV区域(CNV region,CNVR),大小从6 151 bp至573.59 kb,平均值和中值分别为38.93和14.45 kb,总长度为6.19 Mb.经CNV基因注释和功能分析发现,大部分基因与嗅觉受体活性、嗅觉感官知觉、化学刺激的感官知觉、识别和嗅觉传导等功能相关.对5个CNVRs进行qPCR检验,83.33%的qPCR结果与CGH芯片结果一致.通过对蒙古马基因组拷贝数变异的研究,证明CNV在马基因组中普遍存在,为揭示马基因组CNV与重要生物性状的关联性及品种改良奠定了基础.     

我国一杂交商品猪IgM恒定区CH3-CH4亚区的克隆与表达

目前，国内对猪免疫球蛋白方面的研究较少，赵凯等于1999年对猪IgGH链进行了克隆和表达一。BOSCH等克隆了猪的IgM链，但至今未有关于猪IgM功能区蛋白表达方面的研究报道。本文将对我国一商品杂交品种皮杜猪的IgMCH3-CH4区进行了PCR扩增、克隆、序列测定和分析，并通过表达载体进行表达。其目的是为以后进一步研究IgM抗体亚区的功能打下基础。     

伊氏锥虫HGPRT基因cDNA的克隆及其在E.coli中的表达

根据引物设计的一般原则，参照伊氏锥虫HGPRT基因的核苷酸序列设计、合成一对引物，PCR扩增伊氏锥虫HGPRT基因cDNA。低熔点琼脂糖回收：PCR产物，并将其克隆至pGEM—T Easy载体中，经酶切、PCR鉴定和序列分析，获得重组中间质粒pGEM／HGPRT。重组中间质粒pGEM／HGPRT经Nco I和Sal I双酶切，回收目的片段HGPRT，以非融合形式插入原核表达质粒pBV220构建表达质粒pBV／HGPRT，转化大肠杆菌DH5a，42℃诱导表达，聚丙烯酰胺凝胶电泳和薄层扫描分析，表达产物HGPRT的分子量约为23kD，与理论推算值相符，表达率占总菌体蛋白的19％，经间接ELISA检测，表达产物能被伊氏锥虫阳性血清所识别。     

鸭疫里默杆菌PCR快速检测方法的建立

为了建立一种能快速准确地检测鸭疫里默杆菌的PCR方法,试验采用GenBank中鸭疫里默杆菌42 ku主要外膜蛋白A的基因序列设计并合成1对引物,建立PCR方法,分别以21株来自广西各地区鸭场的鸭疫里默杆菌全菌体为模板,结果均能扩增出大小为660 bp的目的片段,经测序证实为鸭疫里默杆菌,而对鸭源大肠杆菌、鸭源沙门菌、鸭...     

基于α-乳白蛋白基因序列的牛奶过敏原PCR检测

采用收集牛奶中脱落体细胞的方法提取牛奶DNA,针对牛奶过敏原蛋白α-乳白蛋白基因序列设计引物α-La-F/R,筛选适宜的实验条件,建立了检测牛奶过敏原的PCR方法.结果表明:PCR反应的最佳退火温度为56.5℃,引物浓度0.15μmol/L,循环数35,进一步实验表明该方法特异性良好,检测灵敏度可达到0.04ng DNA.将建立的PCR方法应用于10种食品的牛奶过敏原检测,实验结果与商品标示一致,表明该方法具有较高的准确性和可靠性,适用于实际商品中牛奶过敏原的检测.     

同时检测猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒、猪圆环病毒的多重PCR技术

本试验设计了一种多重聚合酶链反应（PCR）技术,可用于同时检测与猪繁殖和呼吸衰竭相关的3种病毒一猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）、猪瘟病毒（CSFV）和猪圆环病毒2型（PCV2）。根据3种病毒的靶序列设计引物,     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据GenBank公布的24株高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒毒株和5株PRRSV经典毒株的保守区基因序列,使用PrimerExpress 3.0软件设计并合成实时荧光定量PCR（Real-timeFluorescent Quantitative PCR,Real-time FQ-PCR）用引物和探针,建立了Real-time FQ-PCR检测方法以鉴别检测高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒。用建立的检测方法对已定量的10倍倍比稀释的质粒pGET-258为标准品进行检测,并与常规PCR进行比较。结果显示,该Real-time FQ-PCR方法敏感度可达1.5个拷贝,比常规PCR敏感度高100倍,且批内和批间重复性检测结果的变异系数均小于2%。用该方法与常规PCR方法及病毒分离方法对18份临床样品进行对比检测,显示该方法灵敏度高、成本低,并且能够对样品中病毒进行定量,为高致病性猪繁殖与呼吸综合征的快速鉴别诊断提供了有效的技术手段。     

一种检测猪基因组中内源性反转录病毒C方法的建立

猪内源性反转录病毒使异种移植猪细胞、组织和器官存在风险,猪内源性反转录病毒A和猪内源性反转录病毒B都出现在猪基因组中,并能在体外感染人.猪内源性反转录病毒C只感染猪细胞,并可整合到大多数猪基因组中,但不是全部.猪内源性反转录病毒A和C的重组能感染人细胞,并大量复制.为了避免这种重组,猪内源性反转录病毒C阳性动物不能用于异种移植.为检测猪内源性反转录病毒C阳性猪,建立了多种不同的方法,如用不同引物建立的特异性PCR技术、异种高灵敏度的巢氏PCR技术和可定量前病毒拷贝数的实时定量PCR技术.实时定量PCR技术可用于区分污染和真正的前病毒分子.这些PCR方法经过优化,具有稳定的检测灵敏性.首先进行PCR1,如果检测结果为阴性,则进行PCR2或PCR5或巢氏PCR;如果检测结果是阳性,则进行实时定量PCR来排除污染.使用这些方法可评估猪内源性反转录病毒C的流行程度和识别未感染猪内源性反转录病毒C的动物.由于可能从其它动物细胞带来污染,不是使用耳活体检测,而是采用血细胞检测.