白斑综合症病毒在日本囊对虾精养池塘中的动态变化

用实时荧光定量PCR技术检测了高密度精养池塘中日本囊对虾体内及浮游动物白斑综合症病毒携带量的动态变化,检测结果显示,两口池塘的日本囊对虾苗种均携带白斑综合症病毒,达2.43×10~5~9.42×10~5 IU/mg;浮游动物也携带微量白斑综合症病毒,达6.78×10~2~8.02×10~2 IU/mg。在整个养殖过程中,日本囊对虾多个组织均携带白斑综合症病毒,平均病毒量为鳃肌肉肝胰腺胃;各组织病毒携带量的变化趋势不一致,肌肉、肝胰腺、胃等呈现明显的先降后升趋势,最低降至1.78×10~3 IU/mg,鳃白斑综合症病毒携带量的下降幅度较小,最低为7.29×10~4 IU/mg。浮游动物的病毒量在白斑综合症爆发前波动不明显,发病时急剧升高。综合认为,苗种携带是白斑综合症病毒的主要来源;当养殖进入中后期,底质变差、水温降至病毒适宜复制的温度时,易爆发白斑综合症。     

荧光实时定量PCR技术及其在水产养殖研究中的应用

荧光实时定量PCR技术是近年来快速发展起来的一门新技术,它是核酸探针技术、荧光共振能量传递技术(Fluorescence Resonance Energy Transfer,FRET)和PCR技术的有机结合。与常规PCR相比,它具有特异性更强、有效解决PCR污染问题、自动化程度高、能较准确定量等特点。本文综述了荧光实时定量PCR技术的基本原理及几种广泛应用的荧光化学方法,并概述了荧光实时定量PCR技术在水产养殖研究领域的应用现状,并对荧光实时定量PCR技术的应用前景进行了展望。     

禁食对大口黑鲈生长和肝脏IGF-ⅠmRNA表达丰度的影响

运用实时荧光定量PCR技术,研究禁食对体质量为（100±1）  g 的1龄大口黑鲈（Micropterus salmoides）的生长和肝脏中类胰岛素生长因子-Ⅰ（IGF-Ⅰ）mRNA表达丰度的影响。在为期6周的实验期间,对照组每天表观饱食投喂2次;禁食组禁食3周后恢复投喂3周。实验期间对照组鱼体质量和体长逐渐增加。6周后,对照组鱼体增重率为10.99%,体长增加率为3.07%。禁食组禁食3周期间,鱼体质量下降了5.08%、体长减少了1.79%。同时肝组织IGF-ⅠmRNA表达水平呈下降趋势,禁食结束时仅为对照组的29.93%。恢复投喂2周后肝组织IGF-ⅠmRNA的表达量仍显著低于对照组（P <  0.05）,鱼体质量为实验初始水平的98.54%,体长为实验初始水平的99.03%;恢复投喂3周后,禁食组鱼体质量、体长恢复到实验初始时水平（P  >  0.05）,但仍与对照组有显著差异（P <  0.01）;肝组织IGF-ⅠmRNA的表达丰度与对照组无显著性差异（P  >  0.05）。结果显示,禁食使大口黑鲈体质量、体长下降,同时肝组织IGF-ⅠmRNA表达丰度也随之降低;而恢复投饲后,其生长、肝脏IGF-ⅠmRNA的表达丰度也逐渐恢复。研究表明,鱼类的营养状况、生长和与IGF-ⅠmRNA的表达之间存有正相关关系。     

山东省沙地葡萄茎痘相关病毒的检测

为明确沙地葡萄茎痘相关病毒(GRSPaV)在山东省发生的情况,2006-2007年在葡萄主栽区和葡萄品种资源圃进行了田间调查、样品采集和病原检测。应用GRSPaV外壳蛋白基因表达获得的多克隆抗体,经间接酶联免疫吸附试验(PTA-ELISA)和斑点酶联免疫吸附试验(Dot-ELISA)检测,在2a采集的298个样品中,125个样品为阳性反应,阳性率41.95%。125个阳性样品涉及43个品种,品种被侵染率74.14%。研究对检测的样品用RT-PCR法验证,有3对引物均扩增出了预期片段,分别为解旋酶基因340bp片段、外壳蛋白(CP)基因842bp片段和RNA聚合酶(RdRp)基因499bp片段。     

猪δ冠状病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立与应用

为灵敏、快速检测猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV),根据PDCoVM基因保守区域设计引物和探针,建立了一种PDCoV实时荧光RT-PCR检测方法,并评价了该方法的特异性、灵敏性和重复性。结果显示,该方法的拷贝数对数值与Ct值在1.3×10³～1.3×10⁷ copies/μL拷贝数浓度范围内呈现良好的线性关系,R²=0.994;最低检出限为13 copies/μL,且无非特异性扩增;批内和批间重复性试验变异系数(CV)为0.24%～2.15%,均小于3%。利用该方法和普通RT-PCR对42份临床样品同时进行检测,发现本方法比普通RT-PCR灵敏性更高,二者符合率为95.2%。以上结果表明,本试验建立的实时荧光RT-PCR方法灵敏、特异、可靠,可用于PDCoV的临床检测和流行病学调查。     

富含多糖甜玉米幼穗RNA提取及高温胁迫基因表达分析

以改良Trizol试剂法从富含多糖的甜玉米幼穗中提取高质量、完整的总RNA,利用实时荧光定量PCR对高温胁迫下粤甜13雌穗发育的8个差异表达基因进行分析。结果表明,8个基因分为上调表达和下调表达,实时荧光定量PCR和测序法基因表达谱检测的基因上调或下调表达的趋势一致,上调表达基因ZM2G058057和下调表达基因ZM2G059964、ZM2G044670相对表达量较高,可能在高温胁迫影响甜玉米幼雌穗发育过程中起更重要的作用。     

小麦籽粒淀粉合成酶基因表达与酶活性特征的研究

为研究小麦籽粒淀粉合成酶基因表达与酶活性的特征,以普通小麦品种秦麦11(粒重36.942 mg/粒,淀粉含量61.02%)和中优9507(粒重50.636 mg/粒,淀粉含量68.36%)为材料,采用实时荧光定量RT-PCR方法,对灌浆期籽粒淀粉合成酶相关基因的表达进行了研究,并对其表达量与相应酶活性的相关性做了分析.结果表明,腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶基因(AGPase)、束缚态淀粉合成酶基因(GBSSI)、可溶性淀粉合成酶基因(SSS)、淀粉分支酶基因(SBE)表达均呈单峰曲线变化,在花后3 d 内检测不到其表达,花后4～6 d 这些基因开始表达.AGPase和SSS在花后12 d左右表达量达到高峰,GBSSI和SBE在花后15 d左右的表达量最大.自花后18 d开始,各基因的表达量均显著下降.中优9507在表达高峰期(即花后第12、15、18 d)的酶基因相对表达量均显著高于秦麦11,且差异均达显著水平.整个灌浆期间中优9507的四种淀粉合成酶活性高于秦麦11,尤其在灌浆中期差异更显著.相关分析表明,AGPase、SSS、SBE基因在花后15 d的相对表达量与相应酶活性间呈极显著正相关,而GBSS基因的相对表达量与GBSS酶活性间相关不显著,暗示AGPase、SSS、SBE基因在籽粒淀粉合成过程中属于转录水平调控,而GBSSI基因属于转录后调控.     

番木瓜果实中芥子酶基因组织差异表达和酶活性研究

检测了番木瓜果实3个发育时期(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)的果皮(外果皮)、果肉(内果皮)及种子中芥子酶的活性,并通过RT-PCR分析CpTGG1、CpTGG2和 CpTGG3三个番木瓜芥子酶基因在番木瓜果实各组织的差异性表达情况。结果表明,番木瓜果皮及种子中均有明显的芥子酶活性,但在果肉中无法检测出芥子酶活性;成熟后(Ⅲ期)番木瓜果皮的芥子酶活性相比未成熟前提高了6.6倍,而不同发育时期种子中的芥子酶并不表现出显著差异性。RT-PCR分析结果表明,番木瓜芥子酶基因在番木瓜果实中的表达存在显著时空差异性。其中,CpTGG1在番木瓜果皮及种子中均有表达,且表达量无明显差异,在果肉中完全无表达;CpTGG2在番木瓜果实的各个组织中均无表达;CpTGG3在果皮及种子中也均有表达,成熟果皮(Ⅲ期)和Ⅰ期种子中表达量比较强,并随着果实的发育成熟而呈现梯度变化。     

马银花愈伤组织RoWUS基因及其启动子的克隆与表达分析

WUSCHEL(WUS)基因是植物干细胞的标志基因。采用同源克隆法结合RACE技术从马银花愈伤组织中克隆得到Ro WUS c DNA全长序列,采用染色体步移法克隆得到该基因的启动子序列,登录号分别为KF365488、KF861578。马银花Ro WUS c DNA全长1 123 bp,编码302个氨基酸;DNA序列2 001 bp,包含2个内含子和3个外显子;启动子序列3 122 bp。生物信息学分析表明:Ro WUS亚细胞定位于细胞核,是不稳定的亲水蛋白,无信号肽,具有跨膜结构,包含homeodomain功能位点。系统进化树分析结果表明:Ro WUS单独形成一个分支,与葡萄、大豆和苜蓿的亲缘关系最近。对Ro WUS的启动子进行分析表明,该启动子除了含有丰富的TATA-box和CAAT-box等基本元件以外,还含有多个光响应元件、逆境胁迫响应元件、激素应答元件和其他功能元件。q PCR结果表明:Ro WUS基因在马银花愈伤组织不同生长时期中呈先上升后下降的趋势,在第5个继代周期时表达量最高。外源赤霉素和脱落酸浓度为15 mg/L时表达量最高,说明Ro WUS基因在该浓度时对赤霉素和脱落酸的响应最强。     

三氯生对雄性斑马鱼鳃组织凋亡相关基因表达的影响

为探究三氯生(TCS)对于硬骨鱼类的凋亡相关基因表达的影响,以雄性斑马鱼(Danio Rerio)为试验动物,采用半静态水体接触染毒法,将斑马鱼分别置于质量浓度为17、34和68μg/L的TCS溶液中,并设计空白对照组,42 d后,对鳃组织进行采样,利用普通PCR和RT-qPCR技术分析雄性斑马鱼鳃组织凋亡基因Bcl-2、Bax、MDM2、p53的表达量。研究发现,与空白对照组相比,Bax和p53基因在TCS处理组中的表达量都出现了下调趋势,且在68μg/L的TCS处理组中表达水平显著下调;Bcl-2在各TCS处理组中无显著变化;MDM2基因在34μg/L和68μg/L TCS处理浓度组中表现为极显著上调。研究结果表明:高浓度TCS对雄性斑马鱼鳃组织凋亡相关基因的表达具有一定的影响。