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Cloning and Sequence Analysis of Complete Genome of Porcine Circovirus Type 2 from Liaoning Province
It was aimed to lay a foundation for epidemiological survey of porcine circovirus type 2(PCV2) in Liaoning province and selection of highly homologous strain inactivated vaccine.Some pigs suspected of having postweaning multisystemic wasting syndrome (PMWS) from Shenyang,Chaoyang,Tieling,Dalian and other places in Liaoning province,were detected by PCR method,then the whole genome of 10 positive samples were cloned and sequenced.The result showed that all of them were virulent strains,9 strains were 1767 bp and 1 strain was 1768 bp,and there was a T base additon at 1039 bp.The nucleotide homology was 95.1% to 98.5% with HM038034 and JQ692110.In the phylogenetic tree,JHZ2 was PCV2a type,the other 9 strains were PCV2b type,DLS38,LYD32 and SYX7 were in the same branch and same onset time.The amino acid homology of ORF2 was 89.6% to 100.0%,there were 35 mutation points,large degree of variation,the only glycosylation site (NYS) was conserved.10 strains did not change significantly,mutants were not due to PCVD,PCV2b was the predominant type,and PCV2 was related with seasonality. 相似文献
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<正>猪蓝耳病(PRRS)给世界各国的养猪业造成了严重的经济损失。近几年,由蓝耳病病毒(PRRSV)变异毒株引起的高致病性PRRS给中国以及泰国、越南、柬埔寨等东南亚国家造成了严重影响,导致极高的死亡率,并且几乎波及所有日龄段的猪群。PRRSV属于动脉炎病毒科动脉炎病毒属,为有囊膜的正链单股RNA病毒,基因组大小约15 kb,共有9个开放阅读框(ORF)。PRRSV可以分为欧洲(EU)和北美(NA)两种基因型。这两种基因型的病毒核苷酸序 相似文献
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棉花单核苷酸多态性标记研究进展 总被引:1,自引:0,他引:1
单核苷酸多态性标记已在农作物研究中得到广泛应用并取得重大进展。为了便利棉花SNP(Single nucleotide polymorphism)标记的研究和应用,介绍了利用基因芯片、简化基因组测序、重测序等在棉花中开发SNP标记的方法 ,综述了SNP标记在棉花遗传图谱构建、数量位点的定位和分子标记辅助育种、基因组测序以及系统进化等研究中的应用。并对异源四倍体棉花中SNP标记开发时,同源序列位点和部分同源序列位点上的SNP标记辨别问题进行了系统探讨,对其快捷的开发、检测方式和在数量基因定位中的应用前景进行了展望。 相似文献
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旨在探究快速型黄羽肉鸡饲料利用效率性状的遗传参数,评估不同方法所得估计育种值的准确性。本研究以自主培育的快速型黄羽肉鸡E系1 923个个体(其中公鸡1 199只,母鸡724只)为研究素材,采用"京芯一号"鸡55K SNP芯片进行基因分型。分别利用传统最佳线性无偏预测(BLUP)、基因组最佳线性无偏预测(GBLUP)和一步法(SSGBLUP)3种方法,基于加性效应模型进行遗传参数估计,通过10倍交叉验证比较3种方法所得估计育种值的准确性。研究性状包括4个生长性状和4个饲料利用效率性状:42日龄体重(BW42D)、56日龄体重(BW56D)、日均增重(ADG)、日均采食量(ADFI)和饲料转化率(FCR)、剩余采食量(RFI)、剩余增长体重(RG)、剩余采食和增长体重(RIG)。结果显示,4个饲料利用效率性状均为低遗传力(0.08~0.20),其他生长性状为中等偏低遗传力(0.11~0.35);4个饲料利用效率性状间均为高度遗传相关,RFI、RIG与ADFI间为中度遗传相关,RFI与ADG间无显著相关性,RIG与ADG间为低度遗传相关。本研究在获得SSGBLUP方法的最佳基因型和系谱矩阵权重比基础上,比较8个性状的估计育种值准确性,SSGBLUP方法获得的准确性分别比传统BLUP和GBLUP方法提高3.85%~14.43%和5.21%~17.89%。综上,以RIG为选择指标能够在降低日均采食量的同时保持日均增重,比RFI更适合快速型黄羽肉鸡的选育目标;采用最佳权重比进行SSGBLUP分析,对目标性状估计育种值的预测性能最优,建议作为快速型黄羽肉鸡基因组选择方法。 相似文献
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旨在通过对奶绵羊产奶性状的全基因组关联分析(GWAS),寻找和定位与奶绵羊产奶性状相关的遗传标记和功能基因。本研究以135只戴瑞奶绵羊为试验材料,基于全基因组重测序技术,通过SAMTOOLS进行单核苷酸多态性(SNP)检测,使用PLINK v1.90进行质控,利用GEMMA v 0.98.1的混合线性模型对质控结果进行奶绵羊产奶性状相关的全基因组关联分析。结果表明,有1个SNP与泌乳后90天日均产奶量在全基因组范围内显著相关,8个SNPs达到潜在显著关联,相关的候选基因包括TRNAQ-CUG-2、LOC114117240、ACADL、MYL1、CHD6、SLCO3A1;有2个SNPs与150天日均产奶量达潜在显著关联,相关的候选基因包括PRMT6、RNF180;有2个SNPs与泌乳周期达潜在显著关联,相关的候选基因包括PRMT6、TRNAW-CCA-68、TRNAS-GGA-61。进一步基因功能分析推测,ACADL、SLCO3A1可能是影响奶绵羊产奶性状的候选基因。本研究为奶绵羊产奶性状的分子机制解析提供了一定的基础,为我国奶绵羊新品种培育提供了一定的理论参考。 相似文献