六株猪圆环病毒2型国内分离株的全基因组序列测定与分析

利用PK15细胞从临床发病猪和死亡猪淋巴结中分离到6株猪圆环病毒2型(PCV2)，对其全基因组序列进行了测定和分析。结果表明，除深圳分离株(SZ)的基因组全长为1768nt外，其余5株均为1767nt；6个分离株之间全序列核苷酸同源性为98．08％；与欧、美毒株之间同源性高，介于94．4％～99．7％。     

小型猪近交系新品种的培育与开发利用

小型猪近交系是中国农业科学院北京畜牧兽医研究所以2头五指山猪(Sus scrofa)为系祖,历时15年,采用“近亲交配”、提高营养水平、同期发情以及笼架等饲养技术,逐步克服后代畸形率高、弱仔率高、成活率低等3大阶段性难题,育成国际上首个近交系猪.本文介绍小型猪近交系的培育过程、近交系研究鉴定、新遗传资源种质特性,以及开发利用.该研究成果填补了国内外近交系猪的研究空白,为大型哺乳近交系动物培育理论和应用研究提供了新的视角.     

Isolation and Identification of Cellulase-producing Bacillus in Yak Rumen

To investigate the species of cellulase-producing Bacillus in yak rumen,10 samples of rumen content were aseptically collected from 10 adult Maiwa yaks to isolate the heat-resistant Bacillus by water bath at 80 ℃ for 20 min.The cellulase-producing strains were screened using the CMC-Na medium and Congo red staining.The 16S rRNA gene sequence of those cellulose-producing strains were amplified and sequenced.The results showed that 64 strains were isolated from the 10 samples.Total 23 strains were identified as cellulase-producing bacillus,including 16 strains of Bacillus cereus,7 strains of Bacillus thuringiensis.Furthermore,phylogenetic analysis showed that the 16 Bacillus cereus strains were clustered into two branches:One isolate was clustered into a branch alone,the other 15 isolates were clustered into a branch which clustered into 5 small branches,showing that there was certain genetic diversity in the isolates of Bacillus cereus.And all 7 Bacillus thuringiensis strains were clustered into a branch.Hence,the results layed the foundation of investigating the species of cellulase-producing Bacillus in yak rumen and developing probiotics special for yak.     

全基因组选择在猪育种中的研究进展

目前,随着分子生物学技术和遗传学的不断发展,动物育种方法从传统的数量评估方法,逐渐向全基因组选择法评估育种值转变。全基因组选择是动物育种的一次革命,利用全基因组遗传标记信息对个体进行遗传评估,能大大缩短育种间隔,提高遗传进展,已然成为动物育种研究的热点。该文主要对全基因组选择在动物育种中的应用及展望做一个简述。     

广西2013年-2015年鸡传染性支气管炎病毒S1基因分子流行病学分析

为了解近年来广西地区鸡传染性支气管炎病毒(IBV)的分子流行病学特点和遗传变异规律,本研究对广西地区2013年-2015年分离的26株IBV的S1基因进行了克隆、序列测定和分析.结果发现,26株IBV S1基因核苷酸序列长度在1 599 bp～1 632 bp之间,编码533个～544个氨基酸,说明分离毒株核苷酸存在较多的插入和缺失;分离毒株之间核苷酸序列同源性在76.5％～100％之间,其推导氨基酸序列同源性在74.4％～100％之间,分离株与参考株核苷酸及推导氨基酸的同源性分别介于75.9％～97.3％和74.9％～96.3％之间;分离毒株可以分为4个主要分支,南宁地区2013年-2014年分离毒株主要在第2分支,而在2015年分离毒株主要分布在第1.1分支,这是一个新的流行趋势,桂林地区的分离毒株主要分布在1.3、4.2分支,2015年以来的3个分离毒株分别存在于3和4.2分支,没有形成比较明显的优势流行毒株,玉林地区的毒株分布较散,也没有形成明显的优势流行毒株;分离毒株中大部分毒株与疫苗毒株同源性较低,部分毒株向着各自的方向进化,呈现出一定的地域性.     

家蚕金属羧肽酶基因家族的鉴定与表达分析

金属羧肽酶是昆虫消化管中参与食物消化吸收的重要酶类,并可能在昆虫变态、发育、抗病免疫等多种生命过程中发挥重要作用。利用家蚕全基因组数据库,基于同源搜索和隐马尔可夫模型搜索相结合的方法,对家蚕金属羧肽酶基因家族进行鉴定。全基因组预测家蚕的金属羧肽酶基因家族包括22个成员,推导的氨基酸序列均具有锌离子结合位点和金属羧肽酶M14的保守特征。根据其保守氨基酸序列不同,家蚕的金属羧肽酶分属于M14A、M14B和M14D 3个亚家族。通过RTPCR方法检测显示22个家蚕金属羧肽酶基因中有18个基因在家蚕不同组织和发育时期中表达,其中7个基因在家蚕5龄第3天幼虫中肠组织特异高量表达,提示金属羧肽酶在家蚕对营养物质的消化吸收中有重要作用;家蚕5龄幼虫添食感染Bm NPV后24 h内,中肠中有5个金属羧肽酶基因上调表达,表现出对病原微生物侵染的应答反应。研究结果有助于解析家蚕金属羧肽酶在蚕体对营养物质的消化和对病原物入侵应答中的功能作用。     

蜜蜂所在西方蜜蜂种群适应性机制和进化研究领域取得重大突破

正近日,中国农业科学院蜜蜂研究所蜜蜂资源与遗传育种研究室石巍研究员带领的研究团队,在分子生物学和进化领域的权威期刊《分子生物与进化(Molecular Biology and Evolution)》(牛津大学出版社,5年累计影响因子:11.667)上发表在线文章,报道了该团队在我国首次发现的西方蜜蜂新亚种西域黑蜂(Ap/s mellifera sinisxinyuan)及运用重测序技术,从基因组水平上揭示的西域蜜蜂对温带气候的环境适应性机制研究。过去普遍认为西方蜜蜂的分布范围在中亚、非洲     

生物进化研究中遗传距离一词的勘正

在生物进化研究中,通常以根据遗传距离绘制的进化树来表示物种和品系间的亲缘关系。其中"遗传距离"一词,在概念上是错误的,"遗传"是静态词,是生物进化某个时期的特性,是可以遗传的,而"进化"则是动态的,是遗传、变异和选择三种因素的综合作用过程,生物进化与时间密切相关,而与空间距离无关。作者发现,在计算遗传距离(K)的公式中,把p和q理解为p数和q数,则公式无法计算,如将其理解为P率和Q率,则所得数值是个百分率。因此,建议将"遗传距离"一词改为进化率(K率),并根据计算的规律性,制定了变异率在10%以内时K率的变化表,可根据变异率和Q率用查表法迅速查出K率。     

广西地区犬细小病毒检测及VP2基因序列分析

为了调查广西地区犬细小病毒(CPV)的优势毒株及其遗传变异情况,试验利用PCR方法对采自广西地区的423份犬血清样本进行CPV检测并扩增其VP2基因,利用MegAlign软件进行同源性比对并分析VP2蛋白主要突变的氨基酸位点,同时利用MEGA 7.0软件采用邻接法构建遗传进化树。结果表明：共获得55份CPV阳性血清样本,阳性率约为13.0%。PCR扩增得到大小约为1 755 bp的VP2基因。55株分离毒株之间的相似性为98.6%～100%;分离毒株与国内外参考毒株的相似性为97.4%～100%,与疫苗株Pfizer/vaccine/06的相似性为98.3%～98.9%。扩增序列的推导氨基酸主要在第5,297,370,426,440位发生变异。在55株分离毒株中,有32株为New CPV-2a亚型毒株,20株为CPV-2c亚型毒株,3株为New CPV-2b亚型毒株。55株分离毒株形成3个主要的流行分支,与国内参考毒株的亲缘关系较近,而与国外参考毒株、猫细小病毒的亲缘关系较远。说明New CPV-2a、CPV-2c、New CPV-2b亚型毒株在广西地区流行广泛,正逐步取代CPV-2a...     

牦牛Y染色体基因组单纯型微卫星丰度分析

微卫星或简单序列重复（SSRs）广泛分布于真核生物基因组中,其在物种基因组结构组成和功能中发挥着重要作用。本研究以2021年报道的牦牛（Bos grunniens）Y染色体基因组序列为研究对象,利用生物信息学方法系统分析了其单纯型微卫星的丰度状况。结果表明,在牦牛Y染色体基因组（26.36 Mb）中共发现12 699个1～6个碱基重复的单纯型SSRs,总长为0.33 Mb,平均长度为25.68 bp,相对频率和相对密度分别为481.77 loci/Mb和12 371.73 bp/Mb,提示牦牛Y染色体基因组包含约1.25%的单纯型SSRs。6类单纯型SSRs在牦牛Y染色体上分布不均匀,其中二碱基重复的SSRs最为丰富,总数为5 835个（45.95%）,平均长度为27.82 bp,而单碱基和三、四、五、六碱基重复的SSRs所占比例分别为29.79%、9.66%、8.81%、5.57%和0.22%。不同类别的单纯型SSRs其不同重复单元的重复次数存在差异,其中以A、AC、AAC等为重复单元的单纯型SSRs在牦牛Y染色体上所含比例相对较高;各重复单元重复次数的范围分别集中在12～20次（单...