鸭圆环病毒Ⅰ型与Ⅱ型Cap蛋白原核表达及免疫原性分析

为了比较鸭圆环病毒(Duck circovirus, DuCV)Ⅰ型与Ⅱ型Cap蛋白免疫原性,试验分别选取DuCV-BJ株(HM162350.1,DuCVⅠ型)和DuCV-FJ株(EF370476.1,DuCVⅡ型)Cap基因作为参考序列,进行抗原表位预测,密码子优化与合成,克隆至pET-28a载体,将重组质粒转化至BL21(DE3)宿主菌中进行诱导表达,获得重组蛋白。重组蛋白纯化后免疫Balb/c小鼠,检测免疫小鼠体内特异性抗体IgG水平和细胞因子干扰素-γ(IFN-γ)、白细胞介素2(IL-2)、IL-4。结果表明：DuCV-BJ株和DuCV-FJ株Cap蛋白平均抗原指数分别为1.727和0.505,抗原表位区域存在差异。密码子优化后,密码子适应指数(CAI)由原来的0.89增长至1.00。重组质粒pET28a-BJ和pET28a-FJ均在大肠杆菌中成功表达;重组蛋白rCap-BJ和rCap-FJ免疫Balb/c小鼠后,均可诱导小鼠产生特异性抗体IgG,三免后rCap-FJ组、rCap-BJ组IgG水平极显著高于对照组(P<0.01),但rCap-FJ组与rCap-BJ组差异...     

不同物种肌生成素(MyoG)密码子使用模式分析

肌生成素(MyoG)是最重要的肌生成调节因子(MRFs)之一,是控制骨骼肌生成的关键调控因子。密码子使用偏倚(codon usage bias, CUB)是目前基因组特有的一种特征,可以揭示物种间的特异性差异。此外,在基因序列密码子使用模型中,碱基组成的动态变化可以更好地了解某一基因的分子机制和进化关系。本研究从GenBank数据库中选取8个物种的MYOG编码序列,用R软件计算其核苷酸组成(GC含量)和遗传指标,包括有效密码子数(ENC)、相对同义密码子使用(RSCU)和相对密码子使用偏量(RCBS)。然后,对不同物种MYOG密码子的密码子偏好性和碱基组成的动态进行了分析比较。结果表明,不同物种的MYOG密码子使用受GC偏置的影响,尤其是GC3s偏置。最优密码子偏倚以A/U结束。CUG、GUG、AUG、AGC和GUU在不同物种中均表现出较高的RSCU值,是最优密码子。人与鸡的密码子功能性质相似,牛与羊的密码子功能性质相似。ENC值与GC3s呈极显著负相关(P<0.01)。最优密码子频率的FOP值越高,说明不同物种的MYOG在密码子使用上存在较大的偏性。     

两种植物病原黄单胞菌基因组中同义密码子使用的分析

 根据已释放的基因组序列,对野油菜黄单胞菌野油菜致病变种(Xanthomonas campestris pv. campestris,Xcc)和地毯草黄单胞菌柑桔致病变种(X. axonopodis pv. citri,Xac)的密码子使用进行了分析。相对同义密码子使用值(relative synonymous codon usage,RSCU)的计算表明,它们具有高度相似的密码子使用模式。2个基因组密码子第3位的GC含量(GC3s)平均达0.806±0.077(Xcc)和0.791±0.075(Xac),倾向于使用GC含量较高的密码子。对有效密码子数量和密码子适应指数的分析表明,Xcc与Xac基因组中,高表达基因具有较高的GC含量,倾向于使用少数种类的密码子,而低表达基因具有较高的AT含量,倾向于随机地使用密码子。对密码子使用绝对次数进行的对应分析也证明了上述结论。同时,计算也证明了基因在基因组中的位置不影响密码子使用的模式。因此,基因组的GC含量、基因的表达水平和基因的种类与起源是影响这2个基因组密码子使用的主要因素。     

双生病毒的同义密码子用法及其进化分析

 对双生病毒编码基因的变异进行了密码子用法分析,推测双生病毒基因的表达水平普遍不高,而外壳蛋白基因的表达水平相对较高,它们在密码子第3位上偏好使用A或T。双生病毒的密码子用法主要受到突变偏好和翻译选择等因素的影响。双生病毒的密码子使用具有基因特异性和一定程度的寄主特异性。基于相对同义密码子使用频率的聚类分析可以很好反映侵染单子叶植物和双子叶植物双生病毒之间的差异,也在一定程度上反映出双生病毒之间的亲缘关系。     

西藏凹乳芹叶绿体基因组密码子偏好性分析

为揭示影响西藏凹乳芹叶绿体基因组中同义密码子使用偏好和使用模式的因素,本研究利用CUSP在线程序和Codon W 1.4.2、Microsoft Excel、SPSS 19等软件,计算并分析西藏凹乳芹叶绿体基因组53个蛋白质编码基因序列(coding sequences,CDS)的密码子使用偏性指标和碱基组成.结果 表...     

枸杞自交不亲和基因S-RNase密码子偏性分析

为了掌握枸杞S-RNase密码子及其使用偏好性,利用EMBOSS和Codon W软件分析了枸杞S-RNase基因密码子的使用偏好性,并将其与酵母、大肠杆菌和柑橘等10种植物S-RNase基因密码子偏好性进行比对,结果表明：枸杞S-RNase密码子偏好以A/T结尾;RSCU值显示该基因高频率使用的密码子有9个,相较其他物种同源基因存在明显的密码子偏好性差异。此外,较密码子使用偏好性分析结果,基于 S-RNase基因编码序列的聚类结果更能准确地反应物种之间的亲疏关系。比对其他物种该基因密码子的使用频率发现,同科物种差异较小,不同科物种差异较大;同时对比使用频率发现,枸杞S-RNase基因更适合导入酵母菌进行异源表达,但需要对其进行适当优化改造。     

豇豆叶绿体基因组密码子使用偏好性分析

为了探究豇豆（Vigna unguiculata）叶绿体基因组密码子的使用模式,本研究从NCBI下载完整的豇豆叶绿体基因组序列,并对其进行结构分析。利用CodonW和CUSP对筛选获得的50条可编码蛋白序列（CDS）进行分析,获得GC1、GC2、GC3、RSCU、CAI、CBI、Fop、ENc、RFSC等重要参数,并进行中性绘图、PR2-plot绘图、ENc-plot绘图以及对应分析、最优密码子分析和其他物种对比分析。结果发现,豇豆叶绿体基因密码子更偏向以A或U(T)结尾,G和C在密码子各位置中的占比较低,平均值为36.31%;有效密码子数（ENc）的平均值为44.903,密码子偏好性较弱;GC1与GC2、GC3间均有相关性,表明碱基突变对密码子选择也有影响。从中性绘图、PR2-plot绘图、ENc-plot绘图结果可以看出,豇豆叶绿体密码子使用偏好性同时受到了碱基突变与自然选择的影响。本研究最终筛选出20个最优密码子,并将豇豆叶绿体基因组密码子使用频率与其他物种进行比较,发现豇豆与番茄在密码子使用频率上存在较高的相似度。本研究结果为提高豇豆叶绿体外源基因的表达效率提供了参考依据。     

荨麻叶绿体基因组密码子偏好性分析

以荨麻(Urtica fissa L.)叶绿体基因组为研究对象,筛选出56条CDS序列,通过中性绘图分析、ENC绘图分析和PR 2绘图分析,探究其密码子的使用模式.结果表明,荨麻叶绿体基因组中密码子第3位偏好以A/T碱基结尾,密码子使用模式主要受自然选择的影响,最优密码子分析中确定GCT、CGT等15个最优密码子,且大...     

金花茶叶绿体基因组密码子偏好性分析

为揭示金花茶叶绿体基因组的密码子偏好性和相关指标变化,探讨适合金花茶叶绿体基因组表达的最佳密码子,本研究利用R语言和Codon W、Microsoft等软件,对金花茶叶绿体基因组中52个编码基因(coding sequence, CDS)的密码子使用模式进行了研究。结果表明,在金花茶叶绿体基因组中,同义密码子的使用偏好以A/U结尾,特别是以U结尾;有效密码子数(effective number of codon, ENC)均大于35,属于弱偏好性;密码子第3位的碱基组成同第1位和第2位存在显著差别,密码子第3位核苷酸的组成对密码子使用偏好性的影响较之其他位点更为重要;除自然选择之外,密码子偏好性还受到突变压力和核苷酸组成等因素的影响;共有16个密码子被鉴定为金花茶叶绿体基因组最优密码子。本研究为金花茶叶绿体基因组的遗传修饰和系统发育研究提供参考。