RAPD技术在鱼类研究中的应用

RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA, 随机引物扩增多态DNA)技术是1990年由Williams和Welsh两个研究小组同时发展起来的一项DNA多态检测技术.RAPD技术与其他分子标记技术相比具有独特的优势,在生物种群遗传结构分析、遗传多样性检测、物种亲缘进化关系鉴定、基因连锁图谱的构建和基因定位与分离等得到了广泛应用,在鱼类研究中也有了一定应用,并取得相应成果,主要表现在以下方面.     

丁雌核发育鱼的异源精子诱导及其与亲本的RAPD比较分析

鱼类人工雌核发育的研究始于20世纪50年代,在随后的50年里发展迅速。雌核发育可以为纯系建立、性别控制、基因定位等研究提供一种有效途径,乃鱼类遗传育种研究工作活跃领域之一[1-3]。丁(Tincatinca)隶属于鲤科、雅罗鱼亚科、丁属,是一种广温性鱼类(0～37℃)。主要分布于欧洲,在我国仅分布于新疆额尔齐斯河流域[4]。由于丁雌鱼生长比雄鱼快,Linhart等[5]对其人工诱导雌核发育和雌核发育子代性逆转进行了研究。但到目前为止,与其他大多数鱼类雌核发育研究工作一样,尚未获得功能性雄鱼。本研究旨在对丁人工雌核发育条件进行探索,…     

长吻遗传多样性的RAPD分析

以洞庭湖和原种场长吻（Leiocassis longirostris）为研究对象,采用20个随机引物对10个野生个体进行了随机扩增多态性DNA（random amplified polymorphic DNA,RAPD）群体遗传多样性分析。共检测到103条带,每个引物产生的条带数在2～9之间,片段大小在0.2～3.0kb之间,多态座位比例为41.75%,2群体内个体间遗传相似系数和遗传距离分别是,洞庭湖个体间遗传相似性系数（S）0.8795～0.9833,遗传距离（D）0.0167～0.1205;原种场个体间S为0.8794～0.9892,D为0.0319～0.1108;比较2群体S为0.7983～0.9994,D为0.0167～0.3017;Nei遗传多样性指数（He）0.3269。结果表明,长吻群体内遗传多样性较为丰富。     

长江口刀鲚遗传多样性的随机扩增多态DNA(RAPD)分析

用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对长江口刀鲚(Coilia ectenes)30个个体的遗传多样性进行了检测,从40个随机引物中筛选出17个对每个刀鲚的DNA进行扩增,结果表明,17个引物共检测到148条清晰且重复性好的条带,分子量在200～2000bp之间,其中多态位点为86个,占58．11％;群体的Shannon多样性指数为0．1905,Nei基因多样性指数为0．2280;个体间最大遗传距离为0.212,最小遗传距离为0．092。通过与其他鱼类的遗传多样性的研究结果比较可初步判断,刀鲚群体的遗传多样性比较丰富。     

利用GoldenGate分析的高通量SNP芯片对鲤基因进行分型

单核苷酸多态性(SNPs)标记在大多数物种基因组中数量巨大且分布均匀,是许多水产物种遗传研究的理想标记,因此快速发展了几种高通量、快速的SNP标记分型平台。本研究利用Golden Gate分析技术对鲤Cyprinus carpio转录组测序的1 536个SNP标记合成了一张中等密度SNP芯片,对5个鲤群体的480份样本进行基因分型。结果表明:1 235个SNP标记成功分型,约占80%;915个标记至少在一个家系中呈现多态性,占74.1%;标记最小等位基因频率(MAF)介于0.05~0.5之间,平均为0.334,其中48.9%的标记最小等位基因频率(MAF)大于平均值;5个群体中SNP标记平均多态性信息含量(PIC)在0.3左右,为中度多态,杂合度为0.010~0.990,平均为0.5左右,暗示群体具有丰富的遗传多态性,育种价值及性状改良潜力很大。本研究分型的多态性SNP标记可广泛应用于遗传多样性研究、标记-性状关联分析以及分子标记辅助育种。     

凡纳滨对虾遗传多样性的SSR分析

通过对5个SSR位点的聚合酶链式反应(PCR)扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测,探究凡纳滨对虾群体的遗传多样性.结果表明,供试的凡纳滨对虾群体在5个SSR位点上有2～4个等位基因,平均等位基因数3个,平均杂合度0.5755,平均多态信息量0.4864,平均有效等位基因数2.5053.全群基因纯合度0～0.8,平均0.3917.显示该凡纳滨对虾群体的遗传多样性水平处于中度多态.     

中国大陆沿海六水系绒螯蟹(中华绒螯蟹和日本绒螯蟹)群体亲缘关系:RAPD指纹标记

用 4 8个具有丰富多态性的 10碱基随机引物对辽河、黄河、长江、瓯江、珠江和南流江的中华绒螯蟹和日本绒螯蟹的 6个群体进行RAPD分析。结果发现 :(1)两个引物具有群体特异性带 ,其中Z2扩增的 880bp片段为珠江蟹和南流江蟹群体中所特有 ,而 70 0bp片段为长江蟹、辽河蟹、黄河蟹和瓯江蟹所特有 ,可作为区别日本绒螯蟹和中华绒螯蟹的分子遗传标记 ;(2 )Opp17扩增的 94 7bp片段的出现频率 ,在长江、黄河和辽河群体显著地从南到北递减 ,长江蟹 87.50 %、黄河蟹4 1.66%、辽河蟹 10 .83%。这一遗传渐变的度量可作为区别这三个水系的中华绒螯蟹种群的判据 ;(3) 6水系群体内的平均遗传相似度依次为 :辽河蟹 0 .90 8>南流江蟹 0 .897>瓯江蟹和珠江蟹 0 .895>黄河蟹 0 .890 >长江蟹 0 .850 ;6群体间遗传距离及其UPGMA、NJ聚类分析进一步表明 ,南流江蟹、珠江蟹同长江蟹、辽河蟹及黄河蟹在基因组之间存在明显的歧化。     

长江流域铜鱼和圆口铜鱼的遗传多样性

利用线粒体DNA控制区序列多态性分析了长江流域铜鱼（Coreius heterodon）和圆口铜鱼（Coreius guichenoti）各4个群体的遗传结构;同时利用9对自行开发的多态性微卫星标记分析圆口铜鱼4个群体的遗传结构。结果显示,铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出22个多态位点,28种单倍型,平均单倍型多样性指数（h）和核苷酸多样性指数（7r）分别为0．849和0．00257。圆口铜鱼线粒体DNA（mtDNA）D-loop序列共检出18个多态位点,28种单倍型,平均单倍型多样性指数和核苷酸多样性指数分别为0．902和0．00424。分子变异分析（AMOVA）结果提示,铜鱼和圆口铜鱼分别有98．80％和99．17％的遗传变异发生于群体内部,表明铜鱼和圆口铜鱼未出现种群分化。选用的9个微卫星标记在圆口铜鱼群体中共检测到48个等位基因;群体平均观测杂合度在0．631～0．753之间;平均期望杂合度为0．598-0．728：平均多态信息含量为0．548～0．670。结果表明,长江流域铜鱼遗传多样性较低,长江上游圆口铜鱼遗传多样性较高,且均未出现种群遗传分化。圆口铜鱼SSR固定指数为0．12l58,高于D．1oop固定指数,显示SSR标记对圆口铜鱼群体间遗传差异的检测更为灵敏。[中国水产科学,2008,15（3）：377-385]     

鲢肌球蛋白热诱导的凝胶化温度

为了研究鲢鱼糜凝胶化温度与肌球蛋白热稳定性的关系,测定经不同凝胶化温度处理的鱼糜凝胶特性,利用浊度法检测鲢肌球蛋白溶液聚集体的形成过程,并采用圆二色谱仪、差式量热扫描仪分别对鲢肌球蛋白溶液的α-helix结构变化和热变性温度进行测定。结果表明,鲢鱼糜的适宜凝胶化温度为40℃,肌球蛋白的聚集速率在39℃、51℃、54℃3个温度点时出现大幅度增加,其中39℃时聚集速率最快;肌球蛋白α-helix在40℃、55℃时大量解旋成无规卷曲结构,40℃时解旋速率最快;肌球蛋白存在两个变性温度43.32℃和51.59℃。鲢鱼糜凝胶化温度与肌球蛋白α-helix的第一个解旋温度和第一个变性峰值温度点相对应,凝胶化温度实质上是肌球蛋白的第一个变性峰值温度点。     

多子领春木RAPD反应体系的研究

利用RAPD(随机扩增多态性DNA)技术对濒危植物多子领春木进行了RAPD反应体系的研究.以多子领春木叶片为材料,采用改良的CTAB法提取其基因组DNA,进行RAPD反应条件的优化.通过单因子试验,分别研究了模板DNA用量、Mg2 浓度、dNTPs浓度、Taq酶的用量和引物浓度对RAPD反应的影响,建立了适于多子领春木RAPD分析的有效稳定的反应体系,即在25μL总反应体系中,模板DNA的最适用量为10 ng、Mg2 的适宜浓度为2.0 mmol·L-1、dNTPs的适宜浓度2.2 mmol·L-1、Taq酶的用量为1U、随机引物的浓度以2.5 μmol·L-1为佳.