福氏志贺菌gyrA和parC基因QRDR序列的测定与同源性分析

测定了我国痢疾流行病原志贺菌福氏2 a 3 0 1株与喹喏酮类药物耐药性相关的 gyr A( DNA旋转酶 A亚单位 )和 par C(拓扑异构酶IVA亚单位 )基因 ,并将 gyr A和 par C基因QRDR(喹喏酮类药物耐药性决定区 )核苷酸序列与几种动物和人的病原菌进行了同源性和遗传进化比较分析。结果显示 ,志贺菌福氏 2 agyr A和 par C基因 QRDR序列分别与宋内氏志贺菌、大肠杆菌 O1 57、大肠杆菌 K1 2、阴沟肠杆菌、坂口肠道杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、副伤寒沙门氏菌、肺炎克氏杆菌、产道克氏杆菌、空肠弯曲杆菌、弗氏柠檬酸杆菌具有显著同源性(均大于 88% ) ,表明 gyr A和 par C是这些细菌中的看家基因 ,推测在各种细菌中具有类似的起源 ,因此对在不同细菌之间进行喹喏酮类药物耐药性的研究非常有利。 QRDR的遗传进化分析表明 ,同属或相近属细菌 gyr A或 par CQRDR的遗传距离明显接近 ,其中与大肠杆菌属的距离最近 ,认为可列到同一个属 ,结果有力支持了近年提出的大肠杆菌与志贺菌属于同族细菌的理论。研究对理解喹喏酮类药物耐药性的分子机理及其与细菌遗传进化之间的关系具有重要意义     

猪流行性腹泻病毒的分离鉴定及其M蛋白截段基因编码氨基酸的生物学分析

利用PK-15细胞从四川省某猪场发病死亡的7日龄仔猪肠系膜淋巴结和脱落的肠黏膜材料中分离获得1株病毒,PCR检测证实为猪流行性腹泻病毒,命名为SC-405.对其M截段基因克隆后进行测序,结果显示该基因长664bp,编码221个氨基酸;序列分析并通过NCBI做序列比对,与其他已知的GenBank公布的序列同源性为97％～99％;氨基酸序列有突变,同源性为95％～99％;系统进化树表明该病毒跟序列号为AEQ29504、ACA81419、AEE38481序列的亲缘关系比较近;用DNAStar Protean模块对该基因编码的蛋白进行主要的抗原指数、二级结构、蛋白质骨架柔性、表面可及性等参数进行预测,并在线预测该蛋白的亲水性及跨膜区,确定该截段基因的B细胞抗原优势表位可能分布在Leu12-Asn14、Lys36、Trp100 Thr113、Val196-Asp202和Asp215-Glu217这些区段.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒NADC30-like毒株的分离鉴定

对河南漯河地区某养殖场检出的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)阳性病料进行处理,接种到原代猪肺泡巨噬细胞中,经细胞盲传成功分离出1株PRRSV毒株,命名为HeNLH2017株,并测定了该分离株在原代猪肺泡巨噬细胞上的生长曲线。为进一步分析该分离株的遗传进化特点,扩增测定了ORF5基因和部分Nsp2基因的核酸序列。核酸同源性分析显示,该分离毒株ORF5基因和Nsp2序列与NADC30毒株同源性最高,分别为93.4%和93.8%。遗传进化树分析显示,该分离株与我国2013年以来流行的NADC30-like(Lineage1)毒株处于同一进化分支。氨基酸序列比对分析显示,ORF5基因和Nsp2序列与NADC30-like毒株具有相似的遗传变异特点,且Nsp2序列存在特征性的131个不连续的氨基酸缺失。成功分离到1株NADC30-like毒株,有助于进一步认识NADC30-like毒株在河南地区的流行情况和临床致病特点。     

23株猪瘟病毒E2基因主要抗原编码区序列差异分析

用RT－PCR及测序获得了17株猪瘟病毒（HCV）215bp的E2基因主要抗原编码区序列，经DNAStar软件对获得的17株HCV及已发表的6株HCV毒株序列进行了比较和分析，并构建了HCV遗传发生树。结果，这23株与石门株的序列相比，所有毒株的碱基变化随机地分布于整个序列，无缺失和插入，其中变化较大的区域位于序列的3’端。23株HCV E2基因主要抗原编码区核苷酸及氨基酸同源性分别74．1％－100％、79．7％－100％，其中4株20世纪70－80年代分离毒株的核苷酸及氨基酸同源性分别为76．3％－86．2％、81．1％－87．8％，10株20世纪90年代分离毒株的核苷酸及氨基酸同源性分别为75．4％－100％、79．7％－100％。所绘制的遗传发生树分为2个组群（group），每个组群分为2个亚组群（subgroup），14株猪瘟（HC）流行毒株在2个组群中均有分布，20世纪70－80年代分离的3株（75％）在组群2，20世纪90年代分离的5株（50％）在组群1。     

贵州尾矿区野生豆科牧草根瘤菌及其抗性测定

为了筛选获得对复合重金属具有耐受能力且能在本地豆科植物根系内定殖共生的抗性根瘤菌,本研究从贵州省内的锰矿区、铅锌矿区采集野生豆科牧草根瘤样品,经分离纯化、菌体形态观察、16S rRNA基因序列比对分析,获得71个根瘤菌保存菌株。系统发育和区系分析结果表明,分离菌株分属7属28种,其中根瘤菌属(Rhizobium)的分布频率高达54.93%,为优势属,木兰根瘤菌(R.indigoferae)的分布频率最高(15.49%),为优势种。选择来自不同尾矿区、不同种类的根瘤菌17株,采用重金属平板法测定各供试菌株对贵州尾矿土分布较多的Pb²⁺,Zn²⁺,Cr⁶⁺,Mn²⁺,Cd²⁺五种重金属的耐受性,结果发现17个菌株对3种或3种以上的重金属都具有不同程度的耐受能力,其中HMZT039-6,HSST042-6,HSST042-1,ZHQT052-1和HXTT050-1对5种重金属离子均有耐受能力,为筛选出的最优抗性根瘤菌株。本研究结果可为本地区土壤重金属污染的修复治理提供共生微生物资源。     

反刍动物PRNP基因进化机制研究

PRNP基因编码朊蛋白,若朊蛋白异常折叠并在宿主体内蓄积则可导致绵羊和山羊瘙痒病,对肉羊产业造成巨大经济损失.同时,羊群还可感染疯牛病且不表现明显的临床症状,从而增加了该病沿食物链侵染人类的风险.鉴于此,清除瘙痒病的育种计划在欧美国家已经持续近300年,但目前仍然收效甚微.可能原因是PRNP基因是动物固有的基因,只在动物生命晚期才表现明显的不良适应性,此时动物基本上已经繁殖后代,该基因已经传代并扩散.研究PRNP进化模式可为抗病育种提供理论参考.本研究采用最大似然函数方法分析PRNP基因的进化驱动力.利用PAML中部分嵌套模型结合SLAC/FEL/REL三个模型共同确认PRNP基因受正选择驱动的是编码98和100氨基酸的位点,而编码136和171的位点为中性进化,154为强烈的漂变选择.这在一定程度上可解释目前针对136、154和171位点的瘙痒病育种计划对清除该病作用不明显的原因.     

生物个体"纯"与"杂"的相对论

物种是生物分类中的基本单位.在同一物种内,某一个体是"纯种"还是"杂种",都是相对的.一个生物是纯种或是杂种,需要有一个参照生物体.生物个体B是否是纯种,必须有一个同物种(或品种)的纯种个体A作为参照生物体.当B的DNA中单核苷酸序列与A的DNA中单核苷酸序列完全相同时,可以说,它与A是同一物种(或品种)的纯种.从"核苷酸序列"的角度说,地球上的每个人和动物都是杂合体,或可称为"杂种".同一物种内两个生物体之间的交配可视为"杂交",称之为"杂合体之间的杂交".同一物种内的生物体为了自己的繁衍与世代延续,总是在不断的杂交.这种亲代间的杂交会引起子代核苷酸序列的轻微变异,这种轻微的改变,多数情况下,不会改变生物的主要性状.当这种变异积累到一定程度,又引起更多、更大的变异,特别在某些核苷酸序列的关键位点发生改变,有时甚至只要有一个核苷酸被置换,就有可能改变生物的某些性状.本文对同一物种内生物个体种质的"纯"与"杂"的相对性及一个新物种的形成过程进行了阐述.     

Sequence and Phylogenetic Analysis of rDNA ITS of Three Eimeria Species in Rabbit

In order to study whether the internal transcribed spacers (ITS) sequence could be used as a molecular marker for the species identification of rabbit coccidian, the rDNA ITS of Eimeria intestinalis, Eimeria flavescens and Eimeria magna were amplified by polymerase chain reaction (PCR), and were cloned into pGEM-T Easy vector subsequently. The positive recombinant plasmids were identified by PCR and then sequenced. By sequence comparison and comparative analysis with the relative sequences of rabbit Eimeria spp. available in GenBank, the results showed that the lengths of Eimeria intestinalis, Eimeria flavescens and Eimeria magna were 1065, 1009 and 1047 bp, respectively, and the sequence homologies with the same species sequences were 99.2%, 99.0% and 94.5%, respectively, while were 55.3% to 82.1% compared with corresponding sequences of other different species sequences. The phylogenetic analysis using software Mega 5.0 showed that all rabbit coccidia clustered together in a clade, which was divided into two sister lineages, corresponding to the presence or absence of oocyst residuum. The result demonstrated ITS could be used as a molecular marker for the species identification of rabbit coccidia.     

两广地区2011--2012年H9N2亚型禽流感病毒的HA基因进化分析

为探究两广地区H9N2亚型禽流感病毒（avianinfluenzavirus,AIV）的变异情况及分子流行规律,于2011-2012年从该地区发病鸡群中共分离到16株H9N2亚型A1V,并对分离株HA基因进行测序与进化分析。结果表明,分离株HA基因开放阅读框全长均为1683bp,编码560个氨基酸;HA基因核苷酸同源性为88．7％～99．6％,编码氨基酸同源性为91．8％～99．5％。本试验分离毒株与国内疫苗株（GD-SS、SH—F和SD-6）的核苷酸同源性在90．1％～92．6％之间,推导的氨基酸序列同源性在91．6％～94．8％之间。进化分析显示分离株可分为Group1和Group2两个亚分支,与疫苗株均属于欧亚谱系的Y280分支,但亲缘关系较远。分离株HA蛋白裂解位点附近序列有3种形式：PARSSR＋GLF、PSRSSR＋GLF和PARLSR0GLF,均无连续碱性氨基酸的插A,符合低致病性AIv的特征。本试验发现分离株GD4、GX2在HA1的127、295位分别增加一个潜在的糖基化位点;除分离株GD5和GD6外,其余分离株在HAl的216位发生Q216L氨基酸突变,表明其存在感染人的可能性。     

稻-蛙生态共生关键技术及效益分析

稻-蛙生态共生模式在原有稻田养殖模式的基础上集成关键技术,创新生态化养殖模式,合理利用了农村田地资源,实现资源最佳配置,养殖设施简易,单位面积产值是单一水稻种植的8～10倍,能极大地提高农民收益,有利于乡村振兴战略的发展。同时稻-蛙生态共生模式减少了农药、化肥、除草剂的使用,水稻几乎不会发生疾病,养殖过程达到生态化和循环化,适宜在农村进行大面积推广。既能满足部分市场需求,还能保证粮食安全、食品安全和生态安全,符合民众对于美好生活的需求,市场潜力巨大,在西南地区可进行广泛推广应用。