棉花SSR-PCR过程中聚丙烯酰胺凝胶电泳操作常见问题的解决与优化

在大批量聚丙烯酰胺凝胶电泳过程中,难免会出现条带空白、弯曲或者拖尾等各种异常现象。本文以棉花DNA为例,综述了多年实验操作中遇到的突发情况及解决方法,为广大科研工作者提供参考。     

利用 HPLC 分析菠萝愈伤组织 DNA 甲基化水平

建立菠萝 DNA 甲基化水平的 HPLC 测定方法，分析菠萝愈伤组织 DNA 甲基化水平变化，为进一步研究菠萝 体细胞无性系变异机理奠定基础。通过对流动相和水解温度等条件的优化，建立菠萝 DNA 甲基化水平的检测方法。结 果表明，分离 C 和 5m-C 的最佳流动相为甲醇∶磷酸二氢钾∶三乙胺为 10∶90∶0.2（V/V），pH 3.0，DNA 的最佳水解 温度为 90 ℃。利用此体系分析菠萝愈伤组织和胚性愈伤组织的 DNA 甲基化变化，结果表明，菠萝愈伤组织在分化过 程中 DNA 总甲基化水平呈动态变化，变化范围为 5.14%~96.86%。此外，胚性愈伤组织甲基化水平低于非胚性愈伤组 织。推测 DNA 甲基化影响菠萝愈伤组织的分化及胚性愈伤组织的形成。     

日本一项研究发现:男性多吃蔬菜可降胃癌风险

<正>据新华社电日本国立癌症研究中心的一份新报告说,大量食用蔬菜的日本男性患胃下部癌的风险明显较低,这可能是因为蔬菜中含有的抗氧化成分遏制了胃癌元凶之一的幽门螺杆菌发挥作用。这家研究中心对15万日本人进行了问卷调查,按每天的蔬菜进食量将研究对象分为5组,进行了约11年的跟踪调查。调查结果显示,上述研究对象中有1 670人患上了胃癌,     

纳米孔生物技术的新进展

纳米孔技术通过绝缘膜上的纳米级微孔随机地高通量识别溶液中的生物大分子。纳米孔检测原理的普遍性以及单分子检测的易用性,使得纳米孔在生物技术方面具有较大的应用潜力。最近关于纳米孔的结构和精密度研究取得了一定的进展,其在DNA/蛋白质绘图、生物大分子结构分析、蛋白质检测以及DNA测序方面也得到了广泛应用。     

首次报道病毒miRNA调控对虾抗病毒

<正>病毒,尤其是DNA病毒,会产生自身的microRNA(miRNA)来调控宿主和病毒基因的表达。由于其在病毒-宿主相互作用中的重要作用,近年来病毒miRNA已引起了广泛的关注与研究,然而人们对无脊椎动物病毒miRNA的了解却十分有限。大多数对病毒miRNA的研究是在细胞系中进行的,但是病毒miRNA在细胞系中发挥的作用可能与其在宿主体内的作用差异巨大。浙江大学生命科学学院章晓波教授课题组首次对对虾体内的白斑综合症病毒(WSSV)编码的miRNA进行了表征分析,     

一种高质量天门冬基因组DNA提取方法

针对天门冬[Asparagus cochinchinensis(Lour.)Merr.]成熟叶片富含多糖、多酚、蛋白质及其他次生代谢物质的特点,采用改良CTAB法对其基因组总DNA进行提取,并对DNA进行质量检测。结果表明,改良CTAB法可从天门冬成熟叶片中获得纯度高、完整性好的总DNA,其OD260 nm/OD280 nm为1.86,OD260 nm/OD230 nm为2.36,浓度为390μg/mL,产率达11.7μg/g,多糖、多酚和RNA杂质被去除干净,无降解现象,说明该方法提取的天门冬基因组总DNA质量较高。     

Characterization of Genomic Integration and Transgene Organization in Six Transgenic Rapeseed Events

To characterize the DNA rearrangement of both the T-DNA region and the genomic insertion site during T-DNA insertion, the Genomewalker strategy was used to isolate the junctions between the inserted DNA and the plant genomic DNA in six rapeseed events as well as the genomic DNA at the sites before integration. During transformation in each of the six events, portions of both the right border（RB） and left border（LB） regions of the T-DNA were deleted, ranging from a 7 nucleotide deletion of the LB repeats in event RF1 to a 207 bp deletion of the LB region in event RF2. For the six events, T-DNA integration resulted in a deletion at the target site spanning less than 100 bp. Sequence analysis indicated that the T-DNA was integrated into the coding region of various native rapeseed genes in events RF1 and RF2. Duplications of the genomic DNA target site were observed in events RF2, RF3 and Topas 19/2. And multimerization of transgenes was found in event Topas 19/2, in which, the T-DNA was integrated as a head-to-head（RB-to-RB） concatemer into the recipient genome. In event MS1, chromosomal translocation or a large target-site deletion may have occurred during T-DNA integration, which was identified due to a failure to amplify the presumptive insertion site based on the flanking rapeseed DNA sequences. Our results provide comprehensive data concerning transgene organization and the genomic context of the T-DNA in six rapeseed events, which can aid in the developing of insert fingerprinting and the monitoring of long-term genetic stability and potential unintended effects of transgenic events.     

高含固率木质纤维素厌氧发酵物总DNA的4种提取方法比较

不同的样本特性和提取方法对获得微生物总DNA的质量有重要影响。文章基于高含固率木质纤维素厌氧发酵物腐殖酸、酚类物质含量高、质地均一性差、微生物浓度低的特点,研究了4种方法提取不同高含固率粪秸厌氧发酵物中微生物总DNA的效果。结果表明,常规的十二烷基磺酸钠法(sodium dodecyl sulfate,SDS)、十二烷基磺酸钠和溴化十六烷基三甲铵结合法(sodium dodecyl sulfate and cetyltrimethyl ammonium bromide,SDS-CTAB)和商业的粪便试剂盒法提取的DNA质量均较差,SDS法和试剂盒法未能获得聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增目的条带,SDS-CTAB法得到的条带较模糊;改进SDS-CTAB法获得的DNA杂质少、纯度高,具有较好的稳定性,A260/A280和A260/A230值分别为1.74~1.86和1.65~1.86,每克样品的DNA浓度在50 ng·μL^-1以上,电泳条带单一齐整、清晰明亮,PCR扩增的目的条带清晰度高,适宜后续分子生物学技术的分析。林格氏液洗脱、聚乙烯吡咯烷酮-40(Polyvinyl Pyrrolidone-40,PVP-40)洗涤液除杂以及裂解液和多种酶联合破壁是改进SDS-CTAB法获得该类专一性样本高质量微生物总DNA的关键步骤。     

种公猪精子活力与mtDNA拷贝数的关联

为探讨猪精子线粒体DNA拷贝数和精子活力高低关系,选取长白猪、大约克猪和杜洛克猪新鲜精液,采用上游法分离高、低活力精子,对其进行活力检测,后提取上、下游精子DNA,采用实时荧光定量PCR技术测定精子线粒体DNA(mtDNA)拷贝数。结果表明,上、下游精子活力差异显著(P0.05),活力高的精子mtDNA拷贝数显著低于活力低的mtDNA拷贝数(P0.05),长白猪的mtDNA拷贝数与杜洛克猪、大约克猪差异显著(P0.05)。由此可见,mtDNA拷贝数可能影响猪精子活力,不同品种猪mtDNA拷贝数差异显著。