Genetic diversity of livestock-associated MRSA isolates obtained from piglets from farrowing until slaughter age on four farrow-to-finish farms

During a previous longitudinal study, performed on four farrow-to-finish farms (A to D), samples were taken from twelve sows, their offspring, and the environment on various occasions over six months to study the MRSA presence. During the present study, a selection of the obtained MRSA isolates were typed by multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis (MLVA), Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), spa typing, and SCCmec typing to study the genetic diversity of LA-MRSA isolates and to determine possible MRSA sources for pig(let)s. PFGE, spa typing, and SCCmec typing revealed the presence of one or few dominant genotype(s) per farm. In contrast, 212 MLVA types were detected on the four farms, forming one cluster on farm A, three on farm B, four on farm C and two on farm D. The genotype, found on farm A was unique for this farm. Farms B, C and D shared one cluster. In general, MLVA types from these clusters were isolated from piglets, sows, and the environment on various sampling events. Piglets carried MLVA types both related and unrelated to their mother sows’ MLVA types at farrowing and onwards. In conclusion, molecular typing revealed that within a farm one or a few dominant strain(s) are widespread. Potential MRSA sources for piglets were mother sows, the environment and other piglets.

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广东南岭自然保护区翼手类物种资源调查

2009年9月,对南岭自然保护区翼手类物种多样性进行了调查。采集蝙蝠标本9种36号,其中西南鼠耳蝠和中管鼻蝠为广东省蝙蝠新纪录。结合以往调查资料,得出该保护区共有翼手类25种,隶属5科12属,其物种多样性十分丰富。     

马鹿的起源进化与遗传多样性研究进展

马鹿是非常重要的物种资源,由于栖息地的流失和人为干扰进行近亲繁殖等导致野生马鹿数量急剧减少,而家养马鹿多经过改良,因此马鹿的纯种数量锐减。对马鹿进行分子遗传学研究不仅可以加深人们对马鹿起源和物种形成的认识,还能帮助开展遗传多样性保护研究。随着高通量测序技术、分子生物学和生物信息学的迅速发展,马鹿的起源进化研究已发展到全基因组水平,并取得了一定的成果。马鹿的起源进化研究从最初对体态外貌和染色体核型的研究逐渐发展到对DNA序列与生理指标的研究。文章回顾了近年来国内外对马鹿起源进化和遗传多样性方面的研究,从起源时间、起源地和迁徙路线等方面揭示了马鹿的演化历史,介绍了父系、母系和常染色体研究方面分析了马鹿遗传多样性选取的不同分子标记,为进一步揭示马鹿种群的遗传变异、分化情况、迁徙路线和系统发育关系等提供基础信息,同时为马鹿遗传资源的利用和保护以及马鹿产业的良性发展提供重要的借鉴与参考。     

不结球白菜形态性状及SSR遗传多样性关联分析

分析不结球白菜遗传多样性,筛选与形态性状相关联且具有多态性的标记位点,为不结球白菜的分子辅助育种选择、种质资源的利用和新品种选育提供依据.本研究以类型差异大、有南方特色的54份种质资源为材料,对其6个质量性状和5个数量性状进行3次田间调查,从40对引物中筛选出25对SSR引物进行遗传多样性分析,结合形态性状对54份不结...     

普通豇豆应用核心种质的SSR指纹图谱构建及多样性分析

不同种质资源群体的多样性及遗传背景分析可为种质资源收集保存及创新利用提供有效信息。对不同来源的88份普通豇豆应用核心种质资源进行了14个SSR位点的指纹图谱构建及多样性分析,共检测到39个等位变异,每对引物检测到2~5个,平均为2.79。多态信息含量（PIC）变幅为0.25~0.72,平均为0.58。UPGMA聚类结果显示,除了3对种质外,39个等位变异可将其他材料有效区分,且在遗传相似系数为0.63时,88份种质可分为4个类群,地理来源相同的材料有聚在一起的趋势。     

芜湖市公园绿地植物群落基本类型及其物种多样性研究

公园是城市园林绿地系统的主体,也是植物群落及其物种多样性最丰富的地方,研究公园植物多样性可为城市生物多样性保护提供基础数据。根据对芜湖市6个公园绿地的调查,分析和总结了芜湖市公园绿地植物群落组成和基本类型,论述了公园绿地物种多样性特征,并对芜湖市的园林绿化提出了一些可行性建议。     

毛乌素沙地南缘生态过渡带植被物种多样性的研究

对毛乌素沙地南缘生态过渡带流动半流动沙丘、固定半固定沙地、盐化丘间低地和缓坡丘陵梁地4种不同生境的植被物种组成及多样性进行研究。结果表明:随着沙化程度的加重,从缓坡丘陵梁地,经盐化丘间低地、固定半固定沙地到流动半流动沙丘,多年生草本植物逐渐减少,一年生草本植物及沙生灌木、半灌木逐渐增加;物种丰富度指数、多样性指数及均匀度指数均下降。     

碳菌调控对虾、蟹混养系统微生物群落功能多样性的影响

利用Biolog生态板方法和冗余分析(RDA)等方法,分析了菌碳调控对虾、蟹混养系统水体细菌群落功能多样性的影响,探讨了水体微生物群落多样性与不同环境因子间的关系。实验通过添加益生菌制剂和糖蜜调节养殖水体中菌群结构,共设6个处理,分别是为短小芽孢杆菌(C2)、蜡样芽孢杆菌(C3)、硝化细菌制剂(C4)、EM制剂(C5),以未添加菌制剂的处理为对照组(C1),另外以未添加碳源和菌制剂的处理为对照组(C0)。研究结果表明,不同菌碳下细菌群落对底物碳的利用数量和代谢强度存在较大差异。随着养殖时间的延长,处理组C3的碳代谢活性和对碳源的利用强度总体上高于其它处理组,而处理组C4较低和对照组C0相差不大。PCA分析结果表明,不同处理的细菌群落处于动态变化之中,反映出细菌群落的组成和代谢特征出现了显著差异,其中处理组C3和C4间差异最为显著。处理组C3的多样性指数如Simpson指数Shannon指数和S-E均匀度均较高,而处理组C4则较低。RAD分析表明,碳菌调控条件下,影响细菌群落碳代谢功能的主要环境因子7月为:Chl a、PO4--P、NO2--N、NH4+-N;8月为:NO3--N、NO2--N、TP、TN和PO4--P;9月为:TP、Chl a、PO4--P和NO2--N。综合水质指标和细菌群落对碳源的代谢功能的分析结果,本实验初步表明在C/N为15的虾、蟹混养水体中添加蜡样芽孢杆菌,细菌群落的多样性指数及对碳源的代谢功能为最佳。     

基于SNP芯片揭示中国玉米育种种质的遗传多样性与群体遗传结构

【目的】选择具有重要育种价值的玉米自交系进行遗传多样性与群体遗传结构解析,为玉米育种实践提供指导和参考。【方法】选用344份具有广泛代表性和时效性的玉米自交系,其中包括美国主要杂种优势群、由国内地方种质发展来的杂种优势群、由美国商业化杂交种选系发展来的杂种优势群以及近年来在中国玉米育种中应用的新种质。利用北京市农林科学院玉米研究中心自主研发的包含3 072个SNP位点的MaizeSNP3072芯片对供试自交系进行全基因组扫描,揭示其遗传多样性与群体遗传结构。【结果】在344份自交系中,3 072个SNP标记所检测到的基因多样性为0.028-0.646,平均为0.442;多态信息含量（PIC）为0.028-0.570,平均PIC值为0.344。群体遗传结构分析表明,K=8时,△K值最大,即本研究所采用的自交系群体可以划分为8个类群,分别为旅大红骨群、黄改群（又称塘四平头群）、Iodent群、兰卡斯特群、P群、改良瑞德群、瑞德群和X群,其中前7个群已有报道且基本被育种家所公认,第8个群为近年来以X1132X等杂交种作为基础材料选育出的优新种质,命名为X群。比较8个类群,遗传分化系数（Fst）为0.319-0.512,遗传距离为0.229-0.514。AMOVA结果表明类群间存在显著的遗传变异,占总遗传变异的38.6%,类群内的遗传变异占58.1%。PCA（主成分分析）结果显示,X群与黄改群、兰卡斯特群遗传关系较远,与Iodent群遗传关系较近。各类群平均基因多样性分析结果表明,随着类群改良年代的增加,类群平均基因多样性降低,其中X群种质平均基因多样性最高;进一步分析表明,美国种质类群（兰卡斯特群、瑞德群和Iodent群）和国内地方种质改良系（旅大红骨群和黄改群）核心材料多样性下降幅度较大,P群和改良瑞德群核心材料下降幅度较小,X群核心材料则没有下降趋势,说明X群核心材料仍然保留了较高的遗传多样性,未来还有很大的育种潜力可挖掘。【结论】近年来,以X1132X等杂交种所构建的基础材料选育而成的京724等系列优良自交系,区别于其他已知的7大类群,可以单独成群,称之为X群。该群与黄改群之间存在较远的遗传距离,从分子水平验证了“X群×黄改群”这种强杂优模式具有良好的应用潜力。     

黄河故道区域不同种植模式及秸秆还田方式对土壤的改良效果

由于长期受到流水冲击,黄河故道区域农田以中低产田为主,因此本区域农田质量提升成为黄河中下游平原绿色发展的重要研究课题。在河南濮阳清丰地区秸秆还田方式的基础上,选取黄河故道区域广泛种植的小麦、玉米和花生三大主要农作物,于2009年进行4种种植模式长期定位试验：小麦-玉米、小麦-花生、小麦-玉米-小麦-花生和单季花生,其中小麦和玉米秸秆全部还田,花生秸秆不还田,探究不同种植模式对土壤理化性质和微生物群落结构的影响。结果表明,秸秆还田量越多,土壤有机质含量提高越多,小麦-花生、小麦-玉米-小麦-花生种植模式下土壤有机质含量最高,且其土壤含水量也显著高于其他处理,上层土壤容重有所降低,显著改善了土壤砂质化,提升了土壤的蓄水能力;秸秆还田量较大的种植模式的养分保持能力明显提高,养分含量显著增加;微生物群落结构对不同种植模式响应结果为,花生可以显著提升微生物丰度,微生物群落多样性随种植作物类型的增加而增加。因此,小麦-玉米-小麦-花生种植模式较为适宜濮阳清丰黄河故道区域,有利于土壤改良和区域农业的可持续发展。