Seroprevalence,associated risk factors analysis and first molecular characterization of chlamydia abortus among Egyptian sheep

Chlamydia abortus is one of the most common abortive agents worldwide in sheep. Few studies have been reported C. abortus infection among sheep in Egypt but the available data is scarce. The objective of the present study was to determine the seroprevalence of C. abortus among sheep, the associated risk factors and its molecular characterization. The present study was conducted on 675 sheep in six Governorates at Northern Egypt. Data analysis confirmed the presence of antibodies against C. abortus in 93 out of 675 sheep. The logistic regression model was fitted to identify the associated risk factors with C. abortus infection. The results revealed that C. abortus increased significantly in ewes (OR = 4.04, 95 %CI: 1.44−11.28) during autumn season (OR = 3.6, 95 %CI: 1.64–8.28), in ewes with a history of abortion (OR = 1.4, 95 %CI: 0.87–2.50) and in farm where no lambing pen (OR = 2.2, 95 %CI: 1.30–3.94) or abscence of post abortion measures (OR = 1.96, 95%CI: 1.23-3.12). In addition, age, flock size and exchange of breeding ram had no significant effect on prevalence of chlamydiosis. Also, PCR assay was confirmed presence of C. abortus as accusative pathogen in aborted ewe and the genetic characterization of Egyptian C. abortus strain revealed 100 % identity with another strain from Iraq. A control program should be applied to reduce economic losses and risk of human infection.     

基于生物信息学方法的小鼠精子发生关键基因筛选

为探索精子发生的分子机制,寻找精子变形期间的关键基因,本研究从公共基因表达数据库下载小鼠精细胞的转录组测序数据,利用R软件Ballgown程序包筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行Gene ontology(GO)和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)富集分析后,再对筛选出的关键基因进行分析。结果显示:筛选出8个相关性较强的关键通路,将其所包含的基因进行FPKM值从大到小排序,取前18名的基因进行功能分析。其中,Txnrd3和Tcp1与繁殖活动相关;Gpx4、Dkkl1、Dbil5与发育相关;Prm2、Selenof、Tnp1、Tnp2、Ropn1l、Pafah1b2、Spink2和Prm1等8个基因参与精子发生;Spa17、Ldhc、Hsp90aa1、Gstm5和Csnk2b参与鞭毛和纤毛的形成。以上基因对精子发生具有重要作用,深入发掘这些基因的功能特点可为进一步揭示精子变形机制提供理论依据。     

氧化应激状态下仔猪海马差异表达miRNAs与转录组的关联分析

旨在解析仔猪脑海马背、腹侧区域参与氧化应激反应的小RNA（miRNA）靶基因及可能的调节机制。本研究基于前期投放到基因表达数据库（GEO）中的miRNAs和转录组数据包,采用生物信息学分析方法,对氧化应激荣昌仔猪脑海马背、腹侧区域差异表达的miRNA进行靶基因预测,并将预测的结果和转录组数据进行重叠筛选,将筛选得到的miRNA-mRNA构建互作网络图,并对靶基因进行GO分类和KEGG分析,以期探索仔猪脑海马背、腹侧区域中参与氧化应激调控的分子机制。结果表明,氧化应激分别引起了仔猪脑海马背侧309对和腹侧247对负向调控的miRNA-mRNA差异表达,其中,已知的差异表达miRNAs（DE miRNAs）负向调控差异表达mRNA（DE mRNAs）的互作网络背侧有67对（2对上调miRNA-下调mRNA,65对下调miRNA-上调mRNA）,腹侧有41对（3对上调miRNA-下调mRNA,38对下调miRNA-上调mRNA）。GO分类和KEGG分析结果显示,miRNA靶向上调的基因主要调节氧化应激损伤和维持机体稳态;而靶向下调的基因,背侧主要调节细胞凋亡,腹侧主要调节细胞增殖、迁移等。并且部分DE miRNAs能够通过对基因的靶向调节协同或发散地参与对氧化应激相关神经系统疾病的调控。本研究首次描述了仔猪脑海马中与氧化应激相关的miRNA-mRNA的相互作用网络和信号通路,剖析了仔猪海马背、腹侧对氧化应激调节的差异性和一致性,为氧化应激介导的神经性疾病病理机制的研究奠定了基础。     

Histology of corpuscles of Stannius in Lake Van fish (Alburnus tarichi Güldenstädt, 1814) (Cyprinidae)

In the present study, the location, histology and number of corpuscles of Stannius (Sc), which are endocrine glands associated with the kidneys of teleost fish, were investigated for the first time in Lake Van fish (Alburnus tarichi), an anadromous and endemic inhabiting Turkey's Lake Van Basin. The Sc, which were ovoid or spheroid and white or cream in colour, were found to vary in number between three and five among the examined fish. The glands were located in the caudal part of the kidney, and either partially or completely embedded, and found to be present on both the ventral and dorsal surface of either side of the caudal part of the kidney. The Sc were surrounded by a connective tissue capsule that penetrated and divided the gland into incomplete lobules. Two types of cells were determined in the parenchyma of the gland. Type-I cells were predominant throughout the parenchyma and larger than the second (type-II). In the type-I cells, the cytoplasm was observed as weakly or moderately eosinophilic with haematoxylin and eosin staining and weakly or moderately acidophilic with Mallory's triple staining. In the type-I cells, the cytoplasm exhibited weak to moderate periodic acid-Schiff staining and slight or uniform staining with aldehyde fuchsin. The type-II cells were round, had a darkly stained spherical nucleus and were dispersed among the type-I cells. They displayed no cytoplasmic staining with the abovementioned stains.     

抗球虫药物残留的免疫检测技术

抗球虫药物在畜禽业应用广泛,可预防治疗球虫病,提高家禽饲料转化率,提升肉品质。但是,随即会出现饲料交叉污染,对非目标动物产生毒性作用,动物性食品中药物残留超标等问题。因此,建立简便、快速、灵敏度高的检测方法检测动物源性食品中的抗球虫药物残留极为重要。基于抗原-抗体特异性结合原理的免疫分析检测技术能够完成快速检测,高通量筛选,具有特异性强、灵敏度高、操作简便、成本低的优点。本文综述了不同基质中抗球虫药物残留的免疫检测技术进展,重点介绍了酶联免疫吸附检测法、免疫层析法、荧光偏振免疫分析检测法、时间分辨荧光免疫分析检测法和生物传感器检测法。并对免疫检测技术在残留检测方面的发展趋势进行了展望,旨在为抗球虫药物的残留监控提供方法学上的参考,为新方法的建立提供思路。     

杜洛克与二花脸杂交猪群体SNP偏分离分析

偏分离（TRD）是生物中普遍存在的现象,本研究拟在高密度基因芯片判断基因型的大规模群体中挖掘猪基因组标记位点的偏分离位点并探究其潜在的遗传机制。本研究用60K Illumina Porcine SNP芯片对1 020头F2资源家系（杜洛克与二花脸杂交F0-F2群体）进行基因型分型,用偏分离分析软件TRDscan （BF>100）和TDT （P<0.01）方法在单个位点上检测偏分离信号,并对二者共有的显著信号位点附近100 kb窗口的基因进行功能分析。此外,本研究还利用单倍型分型的软件包PHASEBOOK采用多位点连锁分析的策略分析了父源和母源配子中的偏分离区域,并在该区域内搜寻潜在的QTLs。结果表明：1）在单位点的偏分离分析中共鉴定到44个显著的偏分离位点,筛选到23个相关基因;对父本和母本特异性偏分离效应进行分析时,分别鉴定到27和35个显著偏分离位点,其中,分别有11和25个位点的100 kb附近有已注释的功能基因。2）基于单倍型多位点连锁的偏分离结果显示,父本显著偏分离位点位于5和13号染色体上,在该偏分离区域内搜寻功能相关的QTL,共搜寻到3个与繁殖性状（木乃伊数、产活仔数、黄体数）有关的QTLs;分析母本偏分离位点时,在4、6和12号染色体上定位到显著偏分离区域,结合已知的猪QTL数据库,共找到了5个与繁殖性状相关的QTLs。本研究利用大规模猪家系数据系统地鉴别了猪基因组的偏分离位点,为解析猪中的偏分离现象和进一步探究其生物学机制提供了一定的参考作用。     

戴瑞奶绵羊产奶性状的全基因组关联分析

旨在通过对奶绵羊产奶性状的全基因组关联分析（GWAS）,寻找和定位与奶绵羊产奶性状相关的遗传标记和功能基因。本研究以135只戴瑞奶绵羊为试验材料,基于全基因组重测序技术,通过SAMTOOLS进行单核苷酸多态性（SNP）检测,使用PLINK v1.90进行质控,利用GEMMA v 0.98.1的混合线性模型对质控结果进行奶绵羊产奶性状相关的全基因组关联分析。结果表明,有1个SNP与泌乳后90天日均产奶量在全基因组范围内显著相关,8个SNPs达到潜在显著关联,相关的候选基因包括TRNAQ-CUG-2、LOC114117240、ACADL、MYL1、CHD6、SLCO3A1;有2个SNPs与150天日均产奶量达潜在显著关联,相关的候选基因包括PRMT6、RNF180;有2个SNPs与泌乳周期达潜在显著关联,相关的候选基因包括PRMT6、TRNAW-CCA-68、TRNAS-GGA-61。进一步基因功能分析推测,ACADL、SLCO3A1可能是影响奶绵羊产奶性状的候选基因。本研究为奶绵羊产奶性状的分子机制解析提供了一定的基础,为我国奶绵羊新品种培育提供了一定的理论参考。     

参考群筛选方法及规模对基因型填充准确性的影响

为探究基于A矩阵期望遗传关系最大化（maximizing the expected genetic relationship for matrix A,RELA）、基于A矩阵目标群体遗传方差最小化（minimized the target population genetic variance for matrix A,MCA）、平均亲缘关系最大化（the highest mean kinship coefficients,KIN）、随机选择（random selection,RAN）、共同祖先筛选（common ancestor,CA）等不同参考群筛选方法及参考群规模对基因型填充准确性的影响。本研究使用矮小型黄羽肉鸡作为试验群体,采用鸡600K SNP芯片（Affymetrix Axion HD genotyping array）进行基因分型,测定435羽子代公鸡45、56、70、84、91日龄体重。利用Beagle软件将低密度SNP芯片填充为高密度SNP芯片数据,比较不同参考群筛选方法、参考群规模对基因型填充准确性的影响,以及填充芯片基因组预测准确性。结果表明,使用Beagle 4.0结合系谱信息进行填充效果最佳,其次为Beagle 4.0,而Beagle 5.1填充效果最差。使用MCA方法筛选参考群进行基因型填充准确性最高,使用RAN方法筛选参考群进行基因型填充准确性最低,MCA、RELA、CA 3种方法基因型填充准确性差别较小。相比其他方法,使用MCA方法筛选个体作为参考群将低密度SNP芯片填充至高密度SNP芯片进行基因组选择的预测准确性较高,与真实高密度SNP芯片的基因组预测准确性相差甚微。随着参考群规模增大,基因型填充准确性也随之增加,但增速逐渐下降,最后趋于平缓。综上所述,可以通过参考群筛选方法构建参考群以及控制参考群规模,以保证基因型填充和基因组预测准确性并节省成本,本研究为基因型填充在畜禽遗传育种中的应用提供技术参考。     

3株H9亚型禽流感病毒的分离与鉴定

为了获得H9亚型禽流感病毒(AIV)流行毒株并掌握流行毒株的分子特征和致病性,采用病毒分离、血凝性试验、鸡胚半数感染量(EID₅₀)测定、HA基因序列分析、致病性试验、交叉保护性试验等对3份临床疑似H9亚型AIV感染病料进行了研究。结果:3份临床病料样品可引起10日龄SPF鸡胚规律性死亡,3株分离毒株对1%鸡红细胞的凝集效价分别10log₂、11log₂和10log₂;对SPF鸡胚的EID₅₀分别为10^-8.83/mL、10^-9.50/mL和10^-9.0/mL;与2018年上海分离毒株亲缘关系较近,进化树处于同一分支;对SPF雏鸡的发病率分别为80%、100%和90%;均未引起SPF雏鸡死亡;彼此之间具有100%的交叉保护率,商品化禽流感(H9亚型)灭活疫苗对3株分离毒株的保护率分别为100%、90%和100%。本试验成功分离鉴定到了3株低致病性H9亚型AIV流行毒株,并证实当前商品化疫苗对H9亚型AIV流行毒株仍具有较好的保护效果。