我国首次完成海藻基因组大规模测序

由中国科学院北京基因组研究所胡松年研究员和中国科学院海洋研究所王广策研究员共同主持的“坛紫菜大规模测序和生物信息学分析”研究项目日前取得重大进展。     

五指山小型猪DAZAP2 cDNA的克隆及其生物信息学分析

为了克隆五指山小型猪DAZ相关蛋白2(DAZAP2)cDNA全长并进行生物信息学分析,试验以构建的五指山小型猪外周血白细胞cDNA文库为材料,采用菌落PCR方法克隆得到DAZAP2全长cDNA序列,并运用生物信息学软件对其核苷酸序列进行分析,预测其编码蛋白的理化性质及二级结构等。结果表明:五指山小型猪DAZAP2基因的核苷酸序列及其氨基酸序列与人、苏门达腊猩猩、斑马鱼、非洲爪蟾、牛、褐家鼠等动物具有很高的相似性。DAZAP2 cDNA全长943 bp,5’非翻译区长69 bp,3’非翻译区长367 bp,含有1个完整的开放阅读框,编码168个氨基酸。该蛋白的分子质量为17 311 ku,等电点为7.48。     

桃酵母双杂交cDNA文库的构建及生长素响应因子4互作蛋白的筛选

[目的]为解析桃果实发育成熟的机制,通过构建成熟期前后桃果实的酵母双杂交cDNA文库,筛选生长素响应因子4的互作蛋白,探究生长素响应因子4对桃果实成熟过程的调控作用.[方法]以硬溶质桃(Prunus persica L.)'突围'为材料,提取果皮的总RNA,建立酵母双杂交cDNA文库,采用Mating法筛选生长素响应因子4的互作蛋白.[结果]构建的酵母双杂交cDNA文库的总库容量1.6×107CFU,重组率100％,插入片段平均长度大于1 000 bp.构建诱饵载体pGADT7-PpARF4重组质粒,在桃果实酵母双杂交cDNA文库中筛选互作的靶蛋白,共获得有潜在互作的蛋白26个,主要功能涉及信号转导与胁迫响应、器官的形成、大分子代谢及蛋白合成与修饰因子.[结论]试验建立的酵母双杂交cDNA文库质量较高,完整性较好,为后续筛选果实成熟相关蛋白奠定基础.     

欧文氏杆菌CXJZ95-198基因组文库的构建

采用改良鸟枪法构建了草本纤维精制高效菌种Erwinia carotovora CXJZ95-198的基因组文库，结合透明圈法，筛选到了8个甘露聚糖酶基因阳性克隆，并采用PCR方法对它们进行了分析鉴定，结果表明它们含有同一个甘露聚糖酶基因。     

水稻cDNA酵母表达文库的构建及重金属镉胁迫相关基因的初步筛选

提取经重金属胁迫处理的水稻幼苗总RNA并纯化mRNA,采用SMART技术反转录成cDNA,利用Gateway技术将cDNA构建到入门载体pDONR222后,再经LR反应重组到酵母表达载体pYES2-DEST52上,获得水稻cDNA表达文库。检测表明,所构建的cDNA文库能达到后续试验要求。使用重金属镉敏感酵母突变株ycf1Δ进行水稻中重金属镉耐受相关基因筛选,获得多个可以恢复表型的酵母单克隆。提取质粒并测序分析后可知涉及到水通道蛋白、蛋白酶抑制剂以及金属硫蛋白等不同基因,筛选所得基因即为水稻应答重金属镉胁迫的候选基因。     

小麦cDNA文库构建方法的改进及优化

基于SMART法,优化cDNA文库构建方法。将常规SMART法中的限制性内切酶SfiI替换成BsaI,在引物两侧分别加入BsaI-XhoI和BsaI-BamHI酶切位点,仅使用BsaI单酶切即可获得两不同的粘性末端,可用于连接任意载体。应用此方法构建了小麦cDNA文库,获得2.7×104个独立克隆,文库平均长度500bp。     

A/J小鼠感染猪链球菌2型后脾脏消减cDNA文库的构建及相关差异基因表达分析

为了分离与猪链球菌2型感染密切相关的基因,利用抑制性消减杂交(SSH)技术构建了8周龄A/J小鼠感染猪链球菌2型后的脾脏消减cDNA文库,并对其中169个阳性克隆进行测序,去除冗余的cDNA序列载体并聚类拼接后共获得110条差异表达序列标签(EST)。利用GenBank的BLAST软件分析比较核酸和蛋白质同源性,发现共有36个基因与这些EST具有高度的同源性,它们分别参与细胞成分、免疫、信号转导、凋亡、转录等重要功能。这些差异表达基因主要有ATP/GTP结合蛋白1(Agtpbp1)、天冬氨酸-谷氨酸-丙氨酸-天冬氨酸盒多肽5、核蛋白p68、ATP-依赖RNA解旋酶、真核生物转录因子2亚基(Eif2s2)、Na+/K+-ATP酶转运β3多肽、溶菌酶1、溶菌酶2等基因。结论:这些差异表达基因在猪链球菌2型感染过程中可能发挥重要功能。     

专家文库

刘娣,1963年生,汉族。1985年毕业于东北师范大学生物系获学士学位,1994、1998年毕业于东北农业人学动物遗传繁育专业获硕士和博士学位,2001年于东北林业大学野生动物资源博士后流动站出站,     

专家文库——来砺

朱砺,男,1975年生,动物遗传育种与繁殖学博士,教授,博士生导师,国家生猪产业技术体系后备人才,四川省学术和技术带头人后备人选。现任四川省畜牧兽医学会养猪学分会副理事长和四川省乐山市国家畜牧科技园博士工作站站长、中国畜牧兽医学会会员、美国动物遗传育种学会（ASAS）会员。2001至今在四川农业大学动物科技学院任教,2010年破格晋升教授。2012年遴选为博士生导师。主要从事养猪生产和猪的遗传育种方面的教学和科研工作。主讲（（养猪学》、     

专家文库

<正>田克恭,男,汉族,1964年4月生,山西省万荣县人,博士,研究员。1988年毕业于北京农业大学兽医学院,获传染病与预防兽医学硕士学位、1988年—2000年供职于军事医学科学院实验动物中心,1995年—1998年在中国农业大学动物医学院在职攻读并获得博士学,2000年—2006年供职于农业部全国畜牧兽医总站,2006年4月至今先后任中国动物疫病预防控制中心兽医诊断室(农业部兽医诊断中心)常务副主