中华鳖体表和体内菌群多样性分析

采用16S rDNA分析方法,分别提取中华鳖体表和体内细菌总DNA,以之为模板进行PCR扩增获得细菌16S rDNA基因片段,并构建16S rDNA克隆文库.从2个文库中分别随机选取100个重组克隆子,抽提重组质粒,用Hae Ⅲ和MspⅠ限制性内切酶进行酶切,获得酶切指纹图谱,从每种图谱随机挑选克隆子测序,获得其16S rDNA部分序列,构建了系统进化树.在中华鳖体表和体内细菌克隆文库中分别包含13种和10种RFLP谱型,分别挑选了70个和60个克隆子进行测序.结果表明,中华鳖体表和体内文库克隆子分别归为15类和11类OTU,体表和体内菌群多样性较强,优势细菌类群分别为拟杆菌和变形菌,并在文库中检测到了几株益生菌和条件致病菌.     

长春地区绵羊和兔隐孢子虫分子流行病学调查

采用抗酸染色法分别对长春地区287份兔粪便样品和167份绵羊粪便样品进行隐孢子虫检查,确认阳性的样品用巢武PCR-RFLP方法扩增隐孢子虫Small-Subunit rRNA基因,选择限制性内切Ssp Ⅰ和Vsp Ⅰ分别对该目的片段单酶切,PCR产物测序后进行RFLP及系统发育分析.结果共检出97份兔粪便和45份羊粪便含有隐孢子虫卵囊,感染率为33.8%和26.9%.巢式PCR-RFLP检测发现由绵羊和兔粪便中分离的隐孢子虫分别是C.parvum和C.bovis,系统发育分析显示隐孢子虫虫种形成了2个群,一个群包括C.parvum,C.boris,C.baileyi,C.meleagridis,C.feti,和C.wrairi,另一个群包括C.andersoni,C.muris和C.serpentis.     

RFLP揭示的籼粳基因组多态性

采用28个RFLP籼粳特异性探针和6个SSR籼粳特异性标记对水稻不同品种进行了籼粳基因组多态性分析，结果表明，这些标记分布在水稻12条染色体上，能对水稻品种进行籼粳稻分子分类。由于水稻基因组序列图的完成和释放，使得这些籼粳特异性标记揭示的基因组多态性可以在基因组序列水平上进行分析和验证。本研究以RZ906探针和RM405为例分析了籼粳特异性其及序列分子生物学基础。     

金水乌鸡PRL基因第2内含子的RFLP分析

通过对金水鸟鸡PRL基因第2内含子PCR-RFLP的检测分析,发现Hae Ⅲ内切酶对PCR产物进行酶切后表现出PCR-RFLP多态性,由带型判断有AA、AB、BB 3种基因型,AA型为优势基因型,A基因频率较高.采用SPSS11.0软件分析基因型与产蛋数的相关性后,发现不同的基因型间其产蛋数差异不显著(P＞0.05).     

土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取

建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法（Lab method）,它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打．SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多性（Restriction fragmentlength polymorphism,RFLP）技术及PCR-温度梯度凝胶电泳（Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE）技术．结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法（Labmethod）得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒（Mo Bio UhraClean Soil DNA Kit和Bio 101 FastDNA SPIN Kit（For Soil1）所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法（Labmethod）的粗DNA产量低于Bio 101 Kit的,但高于Mo Bio Kit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16S rDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异．主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法（Lab method）所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。     

Low genetic diversity in wild emmer (T. turgidum L. subsp. dicoccoides (Körn. ex Asch. et Graebn.) Thell.) from South-eastern Turkey revealed by Restriction Fragment Length Polymorphism

The present work was carried out to study genetic diversity among 17 populations of wild emmer wheat sampled from South-eastern Turkey, considered to be an important region for domestication of wheat. Eleven RFLP clones and 4 restriction enzymes combinations were used to probe the genomic DNA. A total of 151 polymorphic loci were obtained from the enzyme-probe combinations. The Genetic Distance (GD) values were from 0.019 (Gaziantep-3 and Sanliurfa-4) to 0.200 (Gaziantep-1 and K. Maras). Cluster analysis results showed that populations formed 2 clades within the dendrogram. Population Gaziantep-1 was unique and genetically most diverse from the remaining 16 populations. The results of average genetic distance (GD) among populations suggested that narrow genetic variability exist among 17 populations in the present study.     

玉米细胞质线粒体DNA RFLP分类研究

本实验用4个酶、4个探针组成16个酶/探针组合对玉米N、T、C、S、WBMs、801CMS等细胞质进行了线粒体DNA(mtDNA)RFLP分析。一方面对玉米细胞质mtDNARFLP分类方法进行研究，证明只要酶/探针技术体系合适，可以通过该方法对细胞质进行快速准确地分类；提出探针的选择是主要的，酶次之；认为PstⅠ/B30、HindⅢ/pBcmH3、BamHⅠ/pHJ2     

中国大豆疫霉菌群体遗传结构的RFLP分析

 【目的】分析中国大豆疫霉菌的群体遗传结构,探索不同地区大豆疫霉菌群体间的亲缘关系。【方法】采用RFLP（restriction fragment length polymorphism）技术,对大豆疫霉菌进行群体遗传结构的分析;利用Popgene V1.32软件计算大豆疫霉菌群体间的遗传相似度;利用NTSYSpc V2.10软件估算菌株间的遗传距离,并依据遗传距离构建UPGMA（unweighted pair-group method with arithmetic averages）系统树状图谱。【结果】采用探针PS127558对来自黑龙江、新疆和内蒙古等5个大豆疫霉菌地理群体的133个菌株的遗传多样性进行了分析,共得到25条杂交带,其中多态性条带为24个,占96%。黑龙江分别和新疆、内蒙古群体间遗传相似度较高。相对于黑龙江群体遗传结构的高度复杂性,新疆和内蒙古菌株的群体遗传结构则比较简单,分别有88.2%和100%的菌株分属于同一聚类组,且均有超过58%的菌株和部分黑龙江菌株指纹图谱完全相同。Shannon’s多样性指数也表明黑龙江群体的遗传多样性最为丰富。福建和其它群体之间的遗传相似度较低,且分别有45.5%和54.5%的福建群体都属于聚类组E和F,遗传背景较为单一。福建群体的Shannon’s多样性指数低于黑龙江和美国。美国和黑龙江群体之间的遗传相似度较高,且部分美国菌株和黑龙江菌株指纹图谱相同。【结论】新疆、内蒙古的大豆疫霉菌起源于黑龙江,福建的大豆疫霉菌可能为一个独立的进化分支或起源于其它地区。此外,中国和美国的大豆疫霉菌群体间存在菌源交流。     

普通野生稻和亚洲栽培稻核基因组的RFLP分析

 本研究通过对来自亚洲10个国家的122份普通野生稻（O.rufipogon Griff.，简称普野，下同）和76份亚洲栽培稻（O.sativa L.）的核DNA RFLP分析，探讨了中国普野与南亚、东南亚普野，普野与栽培稻以及籼粳之间的遗传分化关系。结果表明，籼粳分化是栽培稻核DNA遗传分化的主流。在核DNA分化上，中国普野可分为原始普野型，偏籼型和偏粳型；南亚普野只有原始普野型和偏籼型，没有偏粳型；东南亚普野有原始普野型和偏籼型，还可能有偏粳型。中国普野因地理分布不同，其遗传分化表现出多态性，江西东乡和湖南茶陵以及部分云南元江普野既不与籼稻聚在一起，又不与粳稻聚在一起，而独聚一类，其形态上亦比较原始，属于原始祖先型。广东、广西普野则表现为偏籼或偏粳。根据中国、南亚、东南亚普野的遗传分化关系，再次论证了中国和南亚（以印度为中心）是栽培稻起源演化的两个原始中心，并提出了籼粳演化应该是多途径的。