Generation and analysis of expressed sequence tag sequences from a soft‐seeded pomegranate cDNA library

The cultivation of soft‐seeded pomegranate is an important direction in pomegranate breeding. To comprehensively understand the molecular mechanisms involved in the formation of soft‐seeded pomegranate (Punica granatum. var. Hongmanaozi), we established an expressed sequence tag (EST) resource. Two thousand valid sequences were generated, from which 907 unigenes were obtained after initial assembly using the clustalx program. Among these unigenes, 51 showed no similarity to any protein in the public databases, 433 matched with proteins of unknown function, and 423 matched with proteins of known or putative functions. The 423 unigenes were further classified into 13 categories. Among these categories, protein synthesis, cell structure, protein destination and storage, secondary metabolism, signal transduction and transporters accounted for 8%, 8%, 4%, 7%, 6% and 17%, respectively. We also successfully developed 10 highly polymorphic expressed sequence tag‐simple sequence repeat (EST‐SSR) markers for pomegranate. The results provide a new tool for future activities in pomegranate breeding.     

棉花根系和叶片质外体汁液分离方法的改进

质外体汁液(apoplastic washing fluid, AWF)在植物生长发育和抵抗生物及非生物逆境方面发挥着重要作用。目前普遍采用真空渗透离心法提取质外体汁液,但具体提取流程和条件却因植物培养条件、种类和器官等不同而不同。本试验以营养液培养的棉花幼苗为材料,改进了棉花根系和叶片AWF分离的取样方法、渗透条件和离心参数等。结果表明,相对于通常的非整体取样,改良后整体取样简单易操作且显著降低了质外体与共质体的苹果酸脱氢酶(malate dehydrogenase, MDH)活性比值,更适宜开展质外体汁液组分研究。根据真空渗透鲜重增加和AWF稀释因子,进一步证明根系不用真空渗透;而叶片需真空渗透,适宜真空强度/时间为-60 kPa/1min,真空后恢复到正常压强约110s。证明叶片颜色变深面积可作为判定真空渗透强度或时间是否适宜的一种简易可行方法。最后,AWF体积、质外体与共质体的可溶性蛋白含量比值和MDH活性比值综合分析表明,棉花根系适宜离心力大小/时间长度为800×g/10～20 min,叶片为400×g/5 min。本改进方法为棉花AWF组分,如蛋白质组学和代谢组学等研究结果的准确性和可靠性奠定了基础,为其他作物AWF分离方法的优化提供了参考。     

浙东白鹅GAPDH基因的扩增及其在荧光定量PCR中的应用

三磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)是一种糖酵解酶,在脊椎动物的所有组织均有稳定的表达,经常作为看家基因来研究基因的表达,本研究分析了鸭GAPDH基因序列,设计了一对引物,利用PCR,RT-PCR技术扩增得到了浙东白鹅的GAPDH基因的DNA序列为235 bp,mRNA序列为209 bp,作为参比基因应用于荧光定量PCR来研究目标基因的表达,目标基因在mRNA水平上的表达量可通过参比基因校正cDNA加入量的不同来研究,荧光定量PCR显示了以cDNA为模板,此引物扩增时Ct具有单一的溶解曲线,说明其表达稳定,可以作为参比基因用于浙东白鹅基因的定量表达研究。     

Rho激酶抑制剂Y-27632对小鼠早期胚胎发育的影响

[目的]研究Rho激酶特异抑制剂Y-27632对小鼠早期胚胎发育的影响。[方法]取小鼠早期胚胎2细-胞,经体外培养1~2 d后,进行细胞计数、受体移植,观测Rho激酶抑制剂Y-27632对细胞数目和胚胎着床效率的影响。[结果]早期胚胎经Y-27632处理后,胚胎发育延迟,囊胚出腔脱带时间推后,试验组胚胎桑椹胚、囊胚发育率同对照组差异不显著（P〉0.05）,与同期胚胎相比细胞数目增加,差异显著（P〈0.05）,着床效率相当。[结论]Rho激酶特异抑制剂Y-27632对小鼠早期胚胎细胞数目增加和延迟着床具有重要作用。     

复合型丸粒剂对防风种子萌发的影响

研究了复合型丸粒剂对防风种子发芽和发芽生理的影响。结果表明,防风种子经复合型丸粒剂处理后,种子活力、过氧化物酶和脱氢酶活性显著提高。丸粒化防风种子发芽集中度较裸种子显著提高,为裸种子的1.39倍。这说明复合型丸粒剂可有效改善防风种子的萌发。     

擎天凤梨GAPDH基因的克隆及序列分析

管家基因GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)常被用作定量、半定量PCR试验的内参,以确定目标基因的相对表达量。基于前期从全长cDNA文库中获得GAPDH基因的EST单克隆,进行Primer Walking测序,获得一个GAPDH的全长cDNA序列,序列长1 790 bp,编码421个蛋白氨基酸,命名为GoGAPDH1。采用Blast,ExPASy,ProtParam,SPOMA,Find Conserved Domains(NCBI),ClustalX, MEGA等生物信息学软件对cDNA 序列、氨基酸序列、保守区、亲缘关系等特征进行分析。结果表明,GoGAPDH1与玉米的细胞质GAPDH基因源性最高,为82%。初步推断GoGAPDH1可能是一个胞质型GAPDH。     

酚类化合物对发光细菌的急性毒性和对ETS的抑制研究

研究了5种酚类化合物对发光细菌毒性和活性污泥脱氢酶活性的抑制作用。结果表明,酚类化合物对502海水发光细菌的毒性大小顺序为2,4-二氯苯酚>对硝基苯酚>邻甲基苯酚>苯酚>对氨基苯酚,对应的EC50值分别为4.95、23.90、42.43、83.65和178.75 mg/L。而对活性污泥脱氢酶活性抑制的大小顺序同发光细菌毒性测定结果不太一致,毒性大小顺序为2,4-二氯苯酚>邻甲基苯酚>对氨基苯酚>苯酚>对硝基苯酚,相应的EC50值分别为37、398、575、794和1 333 mg/L。两种毒性测定方法的EC50结果差异比较大,可能和测定方法的特点有关。但仅仅根据单一的、高灵敏度的发光细菌毒性测定结果来调整废水处理工艺中的各项参数而实现对水质的调控,可能会造成处理成本的大幅度地增加,因此根据两种或多种毒性测定方法(其中包括以活性污泥为对象)的测定结果判定有机污染物的毒性更科学。     

基于SRK和SCR序列的甘蓝自交不亲和系单倍型分析

采用RT-PCR和其他分子生物学方法,以甘蓝自交不亲和系E1和F1柱头cDNA为模板扩增SRKE1和SRKF1基因,以花药cDNA为模板扩增SCRE1和SCRF1基因.经序列比对首次证明E1和F1材料分别为S28和S7单倍型.经三维结构分析,预测SCRE1上C5-C6和C7-C8之间氨基酸序列决定SCRE1的单倍型特异性,SRKE1上TNNSFYSRLKVS序列决定了SRKE1的单倍型特异性,并对两者相对作用的关键氨基酸位点进行了分析.     

锯缘青蟹精氨酸激酶基因的克隆与表达

通过分子生物学方法,克隆得到锯缘青蟹（Scylla serrata）精氨酸激酶（Arginine Kinase,AK）开放阅读框基因序列.测序结果显示：该开放阅读框基因的序列长度为1 071 bp,编码356个氨基酸残基;该序列登录Genbank（GQ：851626）,序列比对结果显示,锯缘青蟹精氨酸激酶与凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）精氨酸激酶的氨基酸序列同源性高达94%,与岸蟹（Carcinus maenas）、中华绒鳌蟹（Eriocheir sinensis）等甲壳类动物的精氨酸激酶也有较高的同源性,均高于90%;将克隆得到的锯缘青蟹精氨酸激酶基因与pGEX-4T-3载体连接,转化大肠杆菌BL21,经IPTG诱导得到分子质量为65 ku的融合表达蛋白（GST-AK）,经兔抗锯缘青蟹精氨酸激酶多克隆抗体的免疫印迹分析证实,GST-AK具有抗原性.     

昆明裂腹鱼不同组织乳酸脱氢酶同工酶研究

采用不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳法,对昆明裂腹鱼的眼球、心脏、肾脏、性腺、脾脏、肝胰脏、脑、鳃和肌肉等9种组织的乳酸脱氢酶同工酶(LDH)进行了测定。结果表明:昆明裂腹鱼LDH共有15条酶带表现出特异性,在不同组织中检出的LDH酶带数量不同,以肝胰脏中最多,共检出9条;在酶活性方面,LDH在脑、鳃、肌肉和肾脏等组织中活性最强,而在眼球组织中最弱。