牛SLC27A1基因SNPs筛选及其与中国荷斯坦奶牛产奶性状的关联分析

[目的]对牛SLC27A1基因进行SNPs筛选并与中国荷斯坦奶牛的产奶性状进行关联分析,以期发现对中国荷斯坦奶牛产奶性状有显著影响的SNP位点。[方法]根据性能测定记录选取48头中国荷斯坦奶牛,提取血样DNA,组成2个DNA池,用于SNPs筛选,采用PCR-SSCP和克隆测序方法对DNA池进行SLC27A1基因SNPs筛选。针对发现的SNP位点,采用PCR-RFLP方法对另外231头中国荷斯坦奶牛进行群体基因型检测,采用SAS（8.02）GLM过程对各基因型与产奶性状进行关联分析。[结果]在exon3发现T112C位点,在3‘UTR发现G64A位点,T112C为同义突变;经PCR-RFLP检测,发现在T112C位点存在TT、TC、CC3种基因型,G64A位点存在GG、GA、AA3种基因型。2个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。T112C位点的CC型个体的产奶量极显著高于TC型个体（P〈0.01）,3种基因型对乳蛋白率和乳脂率影响均不显著（P〉0.05）,乳蛋白率呈现CC〉TC〉TT的趋势,乳脂率呈现TT〉TC〉CC的趋势;G64A位点3种基因型对产奶量、乳蛋白率、乳脂率的影响均不显著（P〉0.05）,但产奶量呈现GA〉GG〉AA的趋势,乳蛋白率和乳脂率呈现AA〉GG〉GA的趋势。[结论]该基因T112C位点与产奶量性状有一定的关联性,通过提高CC基因型频率有望提高中国荷斯坦奶牛的产奶量,SLC27A1基因可作为调控中国荷斯坦奶牛产奶量的候选基因,同时为该基因的标记辅助育种和进一步研究奠定了良好基础。     

贵州山羊品种RERG基因多态性与生长性状的相关性

【目的】研究贵州地方山羊品种黔北麻羊、贵州白山羊和贵州黑山羊ras-related and estrogen- regulated growth inhibitor（RERG）基因第2、3和4外显子的多态性及其与生长性状的相关性。【方法】本试验通过PCR-SSCP技术和直接测序法,对3个品种外显子SNPs位点进行检测,利用一般线性模型分析其与生长性状的关联性。【结果】3个供试群体中在第4外显子上都检测到4个SNPs位点,即56 bp（C/G）、826 bp（A/G）、1 434 bp（T/C）和1 798 bp（A/T）。最小二乘法分析结果表明,AA型和BB型的体重对AB型达到差异极显著水平（P＜0.01）,CC型和DD型的体重对CD型达到差异显著水平（P＜0.05）,EE型和FF型的体重对EF型达到差异极显著水平（P＜0.01）、1 798 bp（A/T）位点各基因型间差异不显著。【结论】RERG基因的56 bp（C/G）、826 bp（A/G）和1 434 bp（T/C）多态性位点可作为生长性状的候选分子标记。     

广西巴马小型猪JAK2基因外显子14克隆及SNP位点分析

【目的】克隆广西巴马小型猪非受体型酪氨酸蛋白激酶（JAK2）基因外显子14并进行SNP位点分析,为探讨广西巴马小型猪JAK2基因多态性与有关临床疾病治疗奠定基础。【方法】参照GenBank已发表的猪JAK2基因编码序列设计引物,克隆出猪JAK2基因外显子14,经测序鉴定后,利用PCR-SSCP技术对其进行SNP位点分析。【结果】PCR扩增获得的巴马小型猪JAK2基因外显子14序列为205 bp,与猪的同源性为100.0%,与人类的同源性为94.2%;猪和人类在JAK2基因外显子14序列中有6个位点不同;PCR-SSCP分析结果表明,JAK2基因外显子14不存在多态性。【结论】广西巴马小型猪JAK2基因外显子14不存在多态性,其基因纯合度高,是进行育种研究和医学试验的理想实验动物模型。     

猪PPARGC1A基因的遗传变异检测及与胴体性状的关联分析

采用PCR-SSCP方法检测PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪及其杂交群体中的遗传变异,并分析其对胴体性状的影响.猪PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪(n=24)、瑞典长白猪(n=26)、英国大白猪(n=23)、长大通(n=43)、大长通(n=40)存在多态分布,在长白猪中只有AA基因型.基因型频率分析表明国外品种中CC基因型频率低于国内地方品种;性状关联分析结果表明:CC基因型个体的胸腰椎背膘厚、肩部背膘厚和三点平均背膘厚显著高于AA基因型个体,等位基因C是胸腰椎背膘厚和三点平均背膘厚的增效等位基因.     

渤海黑牛BOLA-DQA2基因SNPs多态性与生长性状的关联性分析

本试验采用PCR-SSCP方法对渤海黑牛BOLA-DQA2基因的编码区进行分析,研究渤海黑牛BOLA-DQA2基因多态性与生产性状的关系。研究表明,外显子1和外显子5处没有发现多态性位点,外显子2处发现两个多态位点产生4种基因型,外显子3处发现1个多态位点产生3种基因型,外显子4处发现1个多态位点产生3种基因型。外显子2中基因型AA所对应的个体头长、额宽、体高、十字部高显著高于基因型BB、AB、BC(P<0.05),其它生长性状均无显著差异。外显子3、外显子4中生产性状在AA、BB、AB这3种基因型上均无显著差异。DQA2外显子2中等位基因A对渤海黑牛的生产性状起关键作用,可以为渤海黑牛品种选育提供一定的参考。     

KAP8.1基因多态对内蒙古绒山羊绒毛性状的影响

以角蛋白关联蛋白8.1(KAP8.1)基因为候选基因,采用PCR-SSCP技术,在内蒙古绒山羊群体中进行基因多态性检测.结果检测到AA、AB、AC、BB、BC和CC六种基因型,A、B和C三种等位基因;测序结果验证融P8.1基因编码区存在T113G和G116C两个SNP位点(GenBank accession no.AY510122),这两个突变未改变KAP 8.1蛋白氨基酸序列;关联分析结果表明,不同基因型对产绒量、绒长度和毛长度有显著影响(P＜0.05),但对绒细度没有影响(P＞0.05);AB基因型和BB基因型产碱量显著高于其它基因型.分析认为该效应是由于T113G突变所造成,表明KAP8.1基因多态性可能是缄山羊产绒量的一个分子标记.     

欧氏和玛氏对盲囊线虫线粒体nad1基因部分序列的比较研究

欧氏对盲囊线虫(Contracaecum ogmorhini)和玛氏对盲囊线虫(Contracaecum margolisi)是属于欧氏对盲囊线虫复合种中的两个种，前来自于南半球，后来自于北半球，二在地理分布和宿主特异性方面均有明显的不同。本研究用γ^33P对引物进行标记，通过聚合酶链式反应一单链构象多态性(PCR—SSCP)分析和DNA序列分析技术对来自南半球两个不同地理种群的欧氏对盲囊线虫和北半球种群的玛氏对盲囊线虫在线粒体NADH脱氢酶亚单位Ⅰ基因(nad1)部分序列的差异及种群遗传关系进行了研究。结果显示：南半球两个种群的序列相似性很高，而北半球种群与南半球种群的序列相似性则相对较低，它们之间had1部分序列种间遗传差异大于种内，且存在着2个可作为区分两的遗传标记。种群遗传关系分析也表明：北半球的玛氏对盲囊线虫种群作为一个独立的新种而区别于南半球的两个欧氏对盲囊线虫种群。     

牛类胰岛素生长因子IGF-Ⅰ基因研究

采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术分析了类胰岛素生长因子1(IGF-Ⅰ)基因5′侧翼区、第5外显子、第2外显子在南阳牛、鲁西牛、中国西门塔尔牛3个牛品种中的遗传多态.结果表明在IGF-Ⅰ基因的5′侧翼区、第5外显子上未发现PCR-SSCP或PCR-RFLP遗传多态;在第2外显子中发现PCR-SSCP多态,有3种基因型AA型、AB型、BB型.对第2外显子的多态片段测序分析表明在35 bp处有碱基A→G的突变,248 bp处有碱基C→T的突变,256 bp处有碱基A→G的突变;35 bp、248 bp的碱基突变都是无义突变,而256 bp处碱基A→G的突变为有义突变,使谷氨酸变为甘氨酸.     

山羊催乳素基因PCR-SSCP分析

设计5对引物，采用PCR SSCP技术检测催乳素（prolactin，PRL）基因外显子1~外显子5在高繁殖力山羊品种（济宁青山羊、波尔山羊、文登奶山羊）和低繁殖力山羊品种（内蒙古绒山羊）中的单核苷酸多态性，同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。通过克隆测序首次获得了山羊PRL基因外显子全序列。结果表明PRL基因在研究的4个山羊品种中都不存在单核苷酸多态性，提示检测的PRL基因座位对济宁青山羊高繁殖力没有显著影响。     

民猪FSHβ-亚基基因的多态性分析

采用PCR-SSCP方法,对108头民猪的FSHβ-亚基基因的2个基因座位进行了研究。结果表明:FSHβ-亚基基因的这2个基因座位在民猪内都存在AA、AB、BB3种基因型,A、B基因频率之间差异显著。本实验进一步证明了FSHβ-亚基基因在民猪内存在着丰富的多态性。